R的内存管理和垃圾清理

[转载]R的内存管理和垃圾清理

已有 292 次阅读 2011-5-17 19:05 |个人分类:R|系统分类:科研笔记|关键词:垃圾清理 style 空间 时间 硬件

R的内存管理和垃圾清理

原文： http://www.lijian001.com/r/blog_comment.asp?article_id=214 写R程序的人，相信都会遇到过“cannot allocate vector of size”或者“无法分配大小为...的矢量”这样的错误。原因很简单，基本都是产生一个大矩阵等对象时发生的，最干脆的解决办法有两种，第一种是加大内存换64位系统，第二种是改变算法避免如此大的对象。第一种办法，是最好的办法，不过大对象的需求是没有止尽的，终究不是长久之道。第二种办法是最好的思路，无论多么大的对象都是可以弄小的，无非就是分而治之、时间换空间等，对算法的研究也是没有止尽的。 升级硬件和改进算法是解决内存问题的永恒的办法，超出了本文想要表述的范围。在这里，只是简单谈谈R语言的内存管理和垃圾清理机制，只有对这些有所了解，才能对任何问题都能找到针对性的解决办法。 相信所有人在遇到无法分配矢量这一问题后，都能很快地找到改变“--max-mem-size”（假设都是在Windows下）或者“memory.limit”的方法，的确，这是最直接的方法。因为出现新对象无法分配内存的直接原因就是内存不够，R获取内存的方式和其他应用程序一样，都是向操作系统要内存，如果无法获取连续的某个大小的内存空间，就会出现无法分配内存的错误。由于大家使用R时通常都是自动安装自动运行，操作系统愿意分配给R多少内存都是采用的默认设置，在R中使用命令memory.size(NA)或者memory.limit()可以看到当前设置下操作系统能分配给R的最大内存是多少。同时可以使用memory.size(F)查看当前R已使用的内存，memory.size(T)查看已分配的内存（注意刚开始时已使用内存和已分配内存是同步增加的，但是随着R中的垃圾被清理，已使用内存会减少，而已分配给R的内存一般不会改变。）。如果memory.limit()得到的数是一个很小的内存，说明操作系统太小气了，留那么多内存给别的程序用不给R。解决办法很简单，就是打开R时不通过双击图标，而是在“运行”中输入“Rgui --max-mem-size 2Gb”（假设要分配2G内存且在环境变量中正确设置了R的安装文件夹），在运行memory.limit()就会发现内存加大了，其实更简单的方法是直接在R中运行memory.limit(2000)，效果一模一样，而且不用重启R。 可惜大多数情况下改变这个值也不会有效果，因为这个值已经足够大，那么无法分配内存的原因不是操作系统小气对R不公，而是它确实拿不出来，谁找它要也拿不出来。这个时候就需要了解R的内存管理到底是怎么回事了。 R的操作基本都是通过变量来实现的，变量可以是各种各样的对象类型，R中的对象（比如矩阵）在内存中存于两种不同的地方，一种是堆内存（heap），其基本单元是“Vcells”，每个大小为8字节，新来一个对象就会申请一块空间，把值全部存在这里，和C里面的堆内存很像。第二种是地址对（cons cells），和LISP里的cons cells道理一样，主要用来存储地址信息，最小单元一般在32位系统中是28字节、64位系统中是56字节。在R中，可以通过ls()来查看当前所有对象名，对于每一个对象，可以通过object.size(x)来查看其占用内存的大小。 如果是因为当前对象占用内存过多，那么可以通过处理对象来获取更大的可用内存。一个很有用的方法是改变对象的存储模式，通过storage.mode（x）可以看到某个对象的存储模式，比如某个矩阵默认就是“double”的，如果这个矩阵的数值都是整数甚至0-1，完全没必要使用double来占用空间，可以使用storage.mode(x） <- "integer"将其改为整数型，可以看到该对象的大小会变为原来的一半。 对于当前对象占用内存过多的情况，一个很主要的原因就是在写程序的过程中造成了太多的中间对象，R是一个很方便的语言，大家使用它一般都是写各种复杂的模型和算法，很多问题构造几个矩阵经过一系列的矩阵运算就可以很快解决，但是这些辅助算法的大矩阵如果不清理，就会留在系统中占内存。因此在写程序中对于中间对象，经常使用rm(x)是一个很好的习惯，如果是非常重要的信息不想删掉，可以存在硬盘里，比如csv文件或者RSqlite等。 rm()用来删除对象时，只会删除变量的引用，并不会立即清除占用的内存空间，失去引用的对象就成了内存中的垃圾，R清理垃圾的机制和JAVA很像，都是在一定时间内自动发现垃圾再集中清理。所以通过rm()删除对象后在Windows的任务管理器可以看到R进程占用的内存并没有被立即释放，而是过一段时间后才会清理。如果想要删除的对象立刻被清理，可以运行垃圾处理函数gc()，将会立刻释放空间。但是通常不是很必要，因为当内存不够时系统会自动清理垃圾的，我们要做的只是将不再使用的对象rm()掉，在写R程序时应该养成习惯。 很多时候，在程序中尤其是循环里，如果内存处理不当，还没来得及垃圾清理，就会把内存撑爆，因此新建对象时一定要考虑到R的内存管理机制。大家都知道R中矩阵的维度并不需要赋一个固定的值（很多语言的数组长度不能为变量），这为写程序带来了极大的方便，因此经常在循环中会出现某个矩阵越来越长的情况，实际上，矩阵每增长一次，即使赋给同名的变量，都需要新开辟一块更大的空间，假设初始矩阵为100K，第二个为101K，一直增到120K，那么，将会分别开辟100K、101K一直到120K的连续堆内存，如果一开始就开一块120K的，使之从101K逐渐增长到120K，将会大大地节约内存。cbind函数也是这个道理，所以在循环中要注意不要滥用。 要处理好内存的问题其实很简单，养成随时关注内存的习惯即可，每新建一个对象或者循环赋值的时候适当估算一下所占内存，大内存的中间变量用完后记得清理。如果实在需要新建一个巨大的对象，那么就该考虑一些专门处理大内存对象以及并行处理的包，比如bigmemory等。