- 随机数选取经验
DJ.马
#评价指标参数和模型参数javascripthtml前端
file=r"D:\academic\01_degree_doctor\01_project\mPGES\06_QSAR\C2_cal_rdk.csv"forrandxin[8,12,42,50,65,78,105]:spliter=randomSpliter(test_size=0.25,random_state=randx)spliter.ExtractTotalData(file,label
- 定量构效关系QSAR
AtomXe
定量构效关系是指化合物的化学结构与其性质之间的定量关系。定量构效关系研究是将分子的各种结构参数和所有研究的性质进行统计分析，建立分子结构参数和性质之间的定量关系模型。通常称为定量结构活性关系。活性可以是不同的性质，如生物活性、毒性、熔点、沸点等。核心内容时建立分子描述符与性质之间的定量模型，基本方法就是数学模型的建立方法。常用的建模方法是多元线性回归MLR，主成分回归PCR，偏最小二乘法PLSR、
- 化学信息的表示
AtomXe
化学信息学可分为两大组成部分，即可化学物质和化学信息和媒体形式的化学信息前者是通过测量得到的化学成分相关信息，如理化性质、成分结构后者是化学信息的记录和传播手段，通过书籍、期刊、专利、数据库等可共享化学信息化合物结构编码线性编码、连接表、连接矩阵、键-电子矩阵、逻辑谓词分子描述符指的是采用一系列数值对分子结构进行定量描述，或者称为分子结构的数字化，借助QSAR（定量构效关系）的需要，分子描述符的研
- 关于支持向量机（SVM）的QSAR的结果的分析
DJ.马
#评价指标参数和模型参数人工智能算法机器学习
图中的灰色部分代表了预测pIC50值与实测pIC50值之间的95%置信区间（confidenceinterval）。这个区间提供了一个预测误差的范围，意味着在统计上，我们有95%的把握认为真实值会落在这个区间内。具体来说，这个置信区间围绕着最佳拟合线（图中的虚线）而形成，显示了数据点在预测模型中的分散程度。简而言之，这个区间展示了模型预测的不确定性。
- 分子对接软件（薛定谔Schrodinger) 使用
Hbaixue
薛定谔经验分享
文章来源：公众号“科研讨论圈”1.蛋白-配体相互作用2.柔性对接及基于结构的虚拟筛选3.基于药效团虚拟筛选4.构效关系模型预测分子活性Schrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构
- Schrodinger Maestro分子对接详细教程 薛定谔软件 薛定谔 Maestro对接
小德乐乐
分子对接Pymol薛定谔个人开发其他
薛定谔分子对接教程chrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测；参考：Maestro薛定谔软件使用：https:/
- 用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)
六月雨滴
Oraclejava开发语言后端
化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和生物信息学的免费开源Java库。ChemistryDevelopmentKit(CDK)为分子信息学中的常见任务提供方法，包括化学结构的2D和3D渲染、I/O例程、SMILES解析和生成、环搜索、同构检查、结构图生成等。用Java实现，它既可用于服务器端计算服务（可能配备Web界面），也可用于应用程序和客户端小程序。本文介绍了CDK的新QSAR功能以及最近引
- （化学结构）数据清洗流程
_森罗万象
数据库
主要参考数据缺失、混乱、重复怎么办？最全数据清洗指南和论化学结构整理在化学信息学和QSAR建模研究中的重要性及一些实践文章目录1.一般数据处理1.1.观察数据1.2.数据缺失1.3.异常值1.4.冗余1.5.格式不一致2.化学数据处理2.1.无机物和混合物2.2.带电荷分子和盐类，处理显性/隐性氢原子2.3.化学结构规范化2.4.重复化合物2.5.人工检查1.一般数据处理1.1.观察数据查看数据集
- Uni-Mol：基于三维结构的分子表征预训练模型及其案例
预训练模型正在席卷多个领域。从大规模无标注数据中提取表征信息，再在小范围标注的下游任务上进行监督学习，正在成为很多领域的事实解决方案。药物与材料设计领域的预训练模型如何构建与应用？让我们从Uni-Mol@Notebooks共同出发。定量构效关系（QSAR）模型定量构效关系(QuantitativeStructure-ActivityRelationship，QSAR)是一种研究化合物的化学结构与生
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- 化学信息学Notebook案例｜分子对接、聚类分析、药效团识别......你想用的这里都有
化学信息学化学信息学是建立在多学科基础上的交叉学科，它运用计算机技术、统计学方法和化学知识，用以解决药物研发、材料设计、生物活性预测等方面的实际问题。我们熟悉的分子对接、QSAR、药效团识别等问题，都属于化学信息学的范畴。在AIforScience时代，化学信息学软件通过结合深度学习、机器学习等技术，实现了许多前所未有的功能，提高了研究效率和成果质量。Notebook案例化学信息学的学习并非易事。
- 定量构效关系研究的关键技术之分子结构参数化
c6eb0e6e8582
在药物化学研究中，计算机辅助药物设计和构效关系研究都是比较重要的内容。化合物的结构决定其性质，对于定量构效关系研究来说，如何产生出表征分子结构特征的结构参数是其研究成败的关键所在。结构参数即表达分子结构特征的结构描述，从分子结构出发，用定量结构性质相关模型来估计并预测药物活性以及生物毒性，对于现代药物研究具有重要的意义。定量结构与活性相关（QSAR）研究即如何从物质的化学成分与结构来定量预测其化学
- 2023最新大数据毕业设计论文题目（117篇）
李威威wiwi
人工智能大数据知识图谱
基于公共匿名平台数据的高校大学生心理健康问题识别系统基于SOA农业大数据管理服务平台基于对抗性迁移学习的药品不良反应监测研究面向社交大数据的舆情分析系统基于公告事件的投资决策分析系统基于UGC社交数据分析的芜湖市目的地形象感知平台基于时空大数据和神经网络技术的智慧基于知识图谱的一站式药物系统基于深度学习的运动意图识别算法研究基于医疗磁通大数据的人体金属植入物检测方案基于机器学习的药物筛选的QSAR
- 计算机辅助药物设计在新药研发中的应用
桃子0
药物代谢动力学（PK）和毒理学（T）是药物临床前研究的重要组成部分，其中PK反映了药物在生物体内吸收（A）、分布（D）、代谢（M）、排泄（E）的规律。在过去的新药创制过程中，约60%的药物由于ADME性质不佳或毒性过大而导致开发失败，为此研究者付出了沉重的资金和时间代价。基于QSAR、定量结构性质关系（ASPR）、定量结构-毒性效应关系（QSTR）等理论基础，ADME/T性质预测能将无成药前景的药
- CADD课程学习（11）-- 构建已有小分子的构效关系模型(SYBYL)
发呆的比目鱼
DrugAi开发语言
CADD课程学习（11）--构建已有小分子的构效关系模型(SYBYL)定量构效关系（QSAR，QuantitativeStructure-ActivityRelationship）分析是指利用理论计算和统计分析工具来研究系列化合物结构（包括二维分子结构、三维分子结构和电子结构）与其生物效应（如药物的活性、毒性、药效学性质、药代动力学参数和生物利用度等）之间的定量关系。它是药物研究中的一个重要理论计
- CADD药物设计；QSAR模型
loong_XL
CADD/AIDDsklearnpython
1、CADD药物设计计算药物设计（CADD）是一个使用计算技术来帮助设计和开发新药的领域。它涉及使用计算机程序来模拟潜在药物分子与体内靶蛋白之间的相互作用，以及预测这些分子的性质和行为。这可以帮助研究人员识别新的药物候选物，优化其结构和活性，并预测潜在的副作用。CADD还可用于研究现有药物，了解其作用机制。它是一种强大的工具，可以帮助加速药物发现和开发过程，并已应用于包括癌症、心血管疾病和传染病在
- MOE定量构效关系（QSAR）
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CADD学习
定量构效关系（QSAR）指利用数理统计方法建立特定性质与分子理化性质参数或结构参数之间关系的方法。目前多款商业软件都已集成了该功能，之所以以MOE为例，是因为它的QSAR构建页面是我见过最简洁、最直观的，而且功能分区比较集中，不需要开开关关多个窗口。1.打开任意一个sdf文件这里选择打开MOE内部示例数据（该数据集记录了每个分子血脑屏障通透性数值logBB）最终目标是训练一个可以预测分子血脑屏障通
- ECFP、FCFP和SMILES的内在原理
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指纹是一种非常有用的低分辨率的分子表征，其形式多种多样。在过去几十年中，指纹已被应用于解决各种问题。扩展连通性指纹（ExtendedConnectivityFingerprints，ECFP）是当下最广受使用用于构建化合物定量构效关系（QSAR）模型的分子指纹。ECFP于2000年随着PipelinePilot的发布而首次引入。在RDKit中，ECFP指纹又叫Morgan指纹，其原因为ECFP的核
- 关于应用形态数轴方法的一点展望
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用分类实现衰变形态数轴形态相互作用应用化学
“既然目前物理化学关于物质世界的最高理论成果，即所谓由量子力学和统计力学组成的第一原理，只能求算物质无生命的性质，而药物设计关心的却是有生命的性质.那么是否第一原理对药物设计就无所作为呢？不是的.也就是说，尽管目前的科学水平还未能对药物的治疗过程建立普遍有效的物理模型，那么还可以退而从数学模型着手作药物设计。20世纪60年代，Hansch、藤田等开创了“经典QSAR”(定量结构活性关系，又称定量构
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- Bioinformatics2019 | FP2VEC+：基于新分子特征的分子性质预测
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- Chapter10 : Deep Neural Networks for QSAR
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- 【转帖】药物设计软件【schrodinger】 all manual
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- RDKit | 基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型
qq2648008726
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QSAR定量构效方法（quantitativestructure-activityrelationship,QSAR）是应用最为广泛的药物设计方法。所谓定量构效方法就是通过一些数理统计方法建立其一系列化合物的生理活性或某种性质与其物理化学性质之间的定量关系，通过这些定量关系。可以预测化合物的生理活性或某些性质，指导我们设计出具有更高活性的化合物。早在1867年，Crum-Brow和Fraser就提
- RDKit | 基于scikit-learn将pytorch用于QSAR模型构建
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RDKit化学信息学与AI
将PyTorch用于深度学习框架。PyTorch非常灵活，并且有很多文章将其用于实现。利用scikit-learn一样调用fit来训练pytorch模型，使用skorch可以使训练过程变得简单。skorchskorch一个基于pytorch封装兼容scikit-learn的神经网络库skorch安装pipinstallskorchQSAR模型构建导入库importosfromrdkitimport
- RDKit | 通过Lipinski规则了解如何在RDKit中处理描述符
qq2648008726
RDKit化学信息学与AI
以Lipinski的为主题，学习RDKit如何处理表征分子特性的“描述符”。描述符描述符是确定分子性质的指标。当然，水的性质是水的溶解度和大小的性质，生物活性的存在或不存在也可以说是自然的。特别是在化学信息学领域，可以从分子结构衍生的那些被描述符进行属性描述。许多情况下，使用描述符的目的是通过组合多个描述符来了解实验数据（例如生物活性），并最终创建一个用于预测的模型（QSAR模型）。已经开发了许多
- 读《计算机辅助药物分子设计》
lirong0943
化学
1.药物设计方法主要有：基于小分子的药物设计方法和基于受体结构的药物设计方法1)基于小分子的药物设计方法（先导化合物的优化），主要包括l定量构效关系（QSAR）：将化合物的结构信息，理化参数与生物活性进行分析计算，建立合理的数学模型，研究结构和活性间的量变规律l药效团模型方法：药效团指的是一系列活性化合物具有的共同特征，这些特征包括特定的化学基团，氢键给体或受体，正电基团，疏水性基团等2)基于受体
- RDKit toolkit实战三：描述符计算及可视化
qq2648008726
RDKit化学信息学与AI
DescriptorCalculation&VisualizationofDescriptorsLinux（CentOS7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接RDKittoolkit实战演练学习一下，参考网站点击打开链接描述符计算在结构搜索比对以及QSAR中应用很广。#!Python2.7fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDescript
- 科研技术服务介绍
汐阳_f871
不知道各位科研朋友有没有这样的经历:我的研究需要获得某个实验数据支持，但是自己对这个实验又不熟悉，从头学起又太费时间精力，那怎么办？中科联盟平台在实验/技术服务上能够提供各种科研技术支持，包括有PCR/QPCR技术、超声成像技术、透射电镜技术、分子对接/QSAR技术、低分辨/高分辨质谱技术、肝微粒体代谢稳定测试、血浆蛋白结合率测试、高效液相色谱、核磁共振氢谱/碳谱/二维相关等：PCR技术与QPCR
- 312个免费高速HTTP代理IP（能隐藏自己真实IP地址）
yangshangchuan
高速免费superwordHTTP代理
124.88.67.20:843
190.36.223.93:8080
117.147.221.38:8123
122.228.92.103:3128
183.247.211.159:8123
124.88.67.35:81
112.18.51.167:8123
218.28.96.39:3128
49.94.160.198:3128
183.20
- pull解析和json编码
百合不是茶
androidpull解析json
n.json文件:
[{name:java,lan:c++,age:17},{name:android,lan:java,age:8}]
pull.xml文件
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<stu>
<name>java
- [能源与矿产]石油与地球生态系统
comsci
能源
按照苏联的科学界的说法,石油并非是远古的生物残骸的演变产物,而是一种可以由某些特殊地质结构和物理条件生产出来的东西,也就是说,石油是可以自增长的....
那么我们做一个猜想: 石油好像是地球的体液,我们地球具有自动产生石油的某种机制,只要我们不过量开采石油,并保护好
- 类与对象浅谈
沐刃青蛟
java基础
类，字面理解，便是同一种事物的总称，比如人类，是对世界上所有人的一个总称。而对象，便是类的具体化，实例化，是一个具体事物，比如张飞这个人，就是人类的一个对象。但要注意的是：张飞这个人是对象，而不是张飞，张飞只是他这个人的名字，是他的属性而已。而一个类中包含了属性和方法这两兄弟，他们分别用来描述对象的行为和性质（感觉应该是
- 新站开始被收录后，我们应该做什么？
IT独行者
PHPseo
新站开始被收录后，我们应该做什么？
百度终于开始收录自己的网站了，作为站长，你是不是觉得那一刻很有成就感呢，同时，你是不是又很茫然，不知道下一步该做什么了？至少我当初就是这样，在这里和大家一份分享一下新站收录后，我们要做哪些工作。
至于如何让百度快速收录自己的网站，可以参考我之前的帖子《新站让百
- oracle 连接碰到的问题
文强chu
oracle
Unable to find a java Virtual Machine－－安装64位版Oracle11gR2后无法启动SQLDeveloper的解决方案
作者：草根IT网 来源：未知 人气：813标签：
导读：安装64位版Oracle11gR2后发现启动SQLDeveloper时弹出配置java.exe的路径，找到Oracle自带java.exe后产生的路径“C:\app\用户名\prod
- Swing中按ctrl键同时移动鼠标拖动组件（类中多借口共享同一数据）
小桔子
java继承swing接口监听
都知道java中类只能单继承，但可以实现多个接口，但我发现实现多个接口之后，多个接口却不能共享同一个数据，应用开发中想实现：当用户按着ctrl键时，可以用鼠标点击拖动组件，比如说文本框。
编写一个监听实现KeyListener,NouseListener,MouseMotionListener三个接口，重写方法。定义一个全局变量boolea
- linux常用的命令
aichenglong
linux常用命令
1 startx切换到图形化界面
2 man命令:查看帮助信息
man 需要查看的命令,man命令提供了大量的帮助信息,一般可以分成4个部分
name:对命令的简单说明
synopsis:命令的使用格式说明
description:命令的详细说明信息
options:命令的各项说明
3 date:显示时间
语法：date [OPTION]... [+FORMAT]
- eclipse内存优化
AILIKES
javaeclipsejvmjdk
一 基本说明 在JVM中，总体上分2块内存区,默认空余堆内存小于 40%时，JVM就会增大堆直到-Xmx的最大限制；空余堆内存大于70%时，JVM会减少堆直到-Xms的最小限制。 1)堆内存(Heap memory):堆是运行时数据区域，所有类实例和数组的内存均从此处分配,是Java代码可及的内存，是留给开发人
- 关键字的使用探讨
百合不是茶
关键字
//关键字的使用探讨/*访问关键词private 只能在本类中访问public 只能在本工程中访问protected 只能在包中和子类中访问默认的 只能在包中访问*//*final 类 方法 变量 final 类 不能被继承 final 方法 不能被子类覆盖，但可以继承 final 变量 只能有一次赋值，赋值后不能改变 final 不能用来修饰构造方法*///this()
- JS中定义对象的几种方式
bijian1013
js
1. 基于已有对象扩充其对象和方法(只适合于临时的生成一个对象)：
<html>
<head>
<title>基于已有对象扩充其对象和方法(只适合于临时的生成一个对象)</title>
</head>
<script>
var obj = new Object();
- 表驱动法实例
bijian1013
java表驱动法TDD
获得月的天数是典型的直接访问驱动表方式的实例，下面我们来展示一下：
MonthDaysTest.java
package com.study.test;
import org.junit.Assert;
import org.junit.Test;
import com.study.MonthDays;
public class MonthDaysTest {
@T
- LInux启停重启常用服务器的脚本
bit1129
linux
启动，停止和重启常用服务器的Bash脚本，对于每个服务器，需要根据实际的安装路径做相应的修改
#! /bin/bash
Servers=(Apache2, Nginx, Resin, Tomcat, Couchbase, SVN, ActiveMQ, Mongo);
Ops=(Start, Stop, Restart);
currentDir=$(pwd);
echo
- 【HBase六】REST操作HBase
bit1129
hbase
HBase提供了REST风格的服务方便查看HBase集群的信息，以及执行增删改查操作
1. 启动和停止HBase REST 服务 1.1 启动REST服务
前台启动（默认端口号8080）
[hadoop@hadoop bin]$ ./hbase rest start
后台启动
hbase-daemon.sh start rest
启动时指定
- 大话zabbix 3.0设计假设
ronin47
What’s new in Zabbix 2.0?
去年开始使用Zabbix的时候，是1.8.X的版本，今年Zabbix已经跨入了2.0的时代。看了2.0的release notes，和performance相关的有下面几个：
:: Performance improvements::Trigger related da
- http错误码大全
byalias
http协议javaweb
响应码由三位十进制数字组成，它们出现在由HTTP服务器发送的响应的第一行。
响应码分五种类型，由它们的第一位数字表示：
1）1xx：信息，请求收到，继续处理
2）2xx：成功，行为被成功地接受、理解和采纳
3）3xx：重定向，为了完成请求，必须进一步执行的动作
4）4xx：客户端错误，请求包含语法错误或者请求无法实现
5）5xx：服务器错误，服务器不能实现一种明显无效的请求
- J2EE设计模式-Intercepting Filter
bylijinnan
java设计模式数据结构
Intercepting Filter类似于职责链模式
有两种实现
其中一种是Filter之间没有联系，全部Filter都存放在FilterChain中，由FilterChain来有序或无序地把把所有Filter调用一遍。没有用到链表这种数据结构。示例如下：
package com.ljn.filter.custom;
import java.util.ArrayList;
- 修改jboss端口
chicony
jboss
修改jboss端口
%JBOSS_HOME%\server\{服务实例名}\conf\bindingservice.beans\META-INF\bindings-jboss-beans.xml
中找到
<!-- The ports-default bindings are obtained by taking the base bindin
- c++ 用类模版实现数组类
CrazyMizzz
C++
最近c++学到数组类，写了代码将他实现，基本具有vector类的功能
#include<iostream>
#include<string>
#include<cassert>
using namespace std;
template<class T>
class Array
{
public:
//构造函数
- hadoop dfs.datanode.du.reserved 预留空间配置方法
daizj
hadoop预留空间
对于datanode配置预留空间的方法 为：在hdfs-site.xml添加如下配置
<property>
<name>dfs.datanode.du.reserved</name>
<value>10737418240</value>
- mysql远程访问的设置
dcj3sjt126com
mysql防火墙
第一步: 激活网络设置 你需要编辑mysql配置文件my.cnf. 通常状况，my.cnf放置于在以下目录： /etc/mysql/my.cnf (Debian linux) /etc/my.cnf （Red Hat Linux/Fedora Linux) /var/db/mysql/my.cnf (FreeBSD) 然后用vi编辑my.cnf，修改内容从以下行： [mysqld] 你所需要: 1
- ios 使用特定的popToViewController返回到相应的Controller
dcj3sjt126com
controller
1、取navigationCtroller中的Controllers
NSArray * ctrlArray = self.navigationController.viewControllers;
2、取出后，执行，
[self.navigationController popToViewController:[ctrlArray objectAtIndex:0] animated:YES
- Linux正则表达式和通配符的区别
eksliang
正则表达式通配符和正则表达式的区别通配符
转载请出自出处：http://eksliang.iteye.com/blog/1976579
首先得明白二者是截然不同的
通配符只能用在shell命令中,用来处理字符串的的匹配。
判断一个命令是否为bash shell(linux 默认的shell)的内置命令
type -t commad
返回结果含义
file 表示为外部命令
alias 表示该
- Ubuntu Mysql Install and CONF
gengzg
Install
http://www.navicat.com.cn/download/navicat-for-mysql
Step1: 下载Navicat ，网址：http://www.navicat.com/en/download/download.html
Step2：进入下载目录，解压压缩包：tar -zxvf navicat11_mysql_en.tar.gz
- 批处理，删除文件bat
huqiji
windowsdos
@echo off
::演示：删除指定路径下指定天数之前（以文件名中包含的日期字符串为准）的文件。
::如果演示结果无误，把del前面的echo去掉，即可实现真正删除。
::本例假设文件名中包含的日期字符串（比如：bak-2009-12-25.log）
rem 指定待删除文件的存放路径
set SrcDir=C:/Test/BatHome
rem 指定天数
set DaysAgo=1
- 跨浏览器兼容的HTML5视频音频播放器
天梯梦
html5
HTML5的video和audio标签是用来在网页中加入视频和音频的标签，在支持html5的浏览器中不需要预先加载Adobe Flash浏览器插件就能轻松快速的播放视频和音频文件。而html5media.js可以在不支持html5的浏览器上使video和audio标签生效。 How to enable <video> and <audio> tags in
- Bundle自定义数据传递
hm4123660
androidSerializable自定义数据传递BundleParcelable
我们都知道Bundle可能过put****()方法添加各种基本类型的数据，Intent也可以通过putExtras(Bundle)将数据添加进去，然后通过startActivity()跳到下一下Activity的时候就把数据也传到下一个Activity了。如传递一个字符串到下一个Activity
把数据放到Intent
- C＃：异步编程和线程的使用（.NET 4.5 ）
powertoolsteam
.net线程C#异步编程
异步编程和线程处理是并发或并行编程非常重要的功能特征。为了实现异步编程，可使用线程也可以不用。将异步与线程同时讲，将有助于我们更好的理解它们的特征。
本文中涉及关键知识点
1. 异步编程
2. 线程的使用
3. 基于任务的异步模式
4. 并行编程
5. 总结
异步编程
什么是异步操作？异步操作是指某些操作能够独立运行，不依赖主流程或主其他处理流程。通常情况下，C＃程序
- spark 查看 job history 日志
Stark_Summer
日志sparkhistoryjob
SPARK_HOME/conf 下:
spark-defaults.conf 增加如下内容
spark.eventLog.enabled true spark.eventLog.dir hdfs://master:8020/var/log/spark spark.eventLog.compress true
spark-env.sh 增加如下内容
export SP
- SSH框架搭建
wangxiukai2015eye
springHibernatestruts
MyEclipse搭建SSH框架 Struts Spring Hibernate
1、new一个web project。
2、右键项目，为项目添加Struts支持。
选择Struts2 Core Libraries -<MyEclipes-Library>
点击Finish。src目录下多了struts
