下载和使用NCBI的SRA数据

下载和使用NCBI的SRA数据

首先，对于加密的数据（dbGaP受限制数据）需要申请，申请后需要设置项目密码，下载数据，然后对下载后的数据进行dump，相当于解压缩，解压时
用到NCBI的sratools，对于拥有图形界面的系统来说，可以直接用sratoolkit。jar进行解密密码相关的设置，如果没有图形界面，则可使用2.3以前的旧版本，
利用configuration perl脚本进行设置，设置好以后解压，然后对序列数据进行align或者其他的工作，所以，还算比较繁琐的。

新下载的文件记得用configuration perl脚本检测external reference sequence文件，它会自动下载这些需要的文件。