随机交换（swap randomization）的python实现
随机交换内容可以看这：http://blog.csdn.net/lgnlgn/article/details/5936945
其实是直接翻译作者perl源码过来的... 作者perl源码在这：http://www.cs.helsinki.fi/hiit_bru/software/swaps/ 作者用的是self loop的实现方式。
不懂perl不过还是勉强看懂过程，python源码直接贴出来：
import sys
import random
g = {}
iref = []
jref = []
n = 0
rowc = 0
def swap():
a = random.randint(0, n-1)
b = random.randint(0, n-1)
aj = jref[a]
ai = iref[a]
bj = jref[b]
bi = iref[b]
if g.get((aj, bi)) is None and g.get((bj, ai)) is None:
##delete edges
g.pop((aj , ai))
g.pop((bj , bi))
## add edges
g[(aj, bi)] = a
g[(bj, ai)] = b
## replace $ai with $bi and $bi with $ai
iref[a] = bi
iref[b] = ai
return 1
return 0
def main(dbpath, prefix, iterlen, loop):
f = open(dbpath)
global iref, jref, g , n , rowc
for line in f.xreadlines():
items = line.split()
for item in items:
i = int(item)
g[(rowc, i)] = n
jref.append(rowc)
iref.append(i)
n += 1
rowc += 1
f.close()
swaps = 0
i = 0
size = iterlen * loop
while i <= size:
if i % iterlen == 0:
k = 0
row = []
f = open("%s.%d.dat" %(prefix, i/iterlen) , 'w')
for l in xrange(n+1):
if l < n and k == jref[l]:
row.append(iref[l])
else:
row.sort()
f.write(" ".join(map(str, row)) + "\n")
if l < n:
row = [iref[l]]
k = jref[l]
f.close()
if i >0:
print "%d\t%d\t%.5f\t%.5f" %(i, swaps, (swaps+0.0)/i, (swaps+0.0)/n)
else:
print "0 0 0 0"
swaps += swap()
i += 1
if __name__ == '__main__':
if not len(sys.argv) == 5:
print "usage: EXE dbpath, prefix, iterlen, loops"
else:
main(sys.argv[1], sys.argv[2], int(sys.argv[3]), int(sys.argv[4]) )
变量名没完全沿用，jref是为每个item存行号用的，iref存的是item的id， db视为一个图结构g，(行号,id)作为map的key
程序首先读取数据集进内存，分别存在上述3个空间里。
迭代进行local swap操作，成功返回1，不成功返回0
当迭代达到iterlen的步数 输出swap后的db
在小本本上跑的 python代码和perl代码 时间差不多，内存python 少一些；也试过pypy1.4，速度更快一些但内存消耗大一些。
作者有c的实现，肯定效率更高，
准备在jung里试试，图结构里直接swap， 另外有向边的swap也值得尝试~
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突然发现原来有个bug ，open("%s.%d.dat" %(prefix, i%iterlen) , 'w')
%应该是/ 。否则一直输出到0。
java的也实现了一下，速度比Python快一倍多，但如果限制内存频繁GC，倒也快不了太多