POJ_1007_DNASorting分析

POJ_1007_DNASorting分析

DNA序列由四个字母的组合来表示，四个字母分别是A、C、G、T。每个序列都可以定义一个无序的度，比如GCA的无序度为3，计算方法为：G比后面2字母大，C比后面1个字母大，因此GCA的无序度为3。

输入要求：

第一行输入两个数字，第一个数字表示序列的长度，第二个数字表示序列的个数，如下：

10 6
AACATGAAGG
TTTTGGCCAA
TTTGGCCAAA
GATCAGATTT
CCCGGGGGGA
ATCGATGCAT

输出要求：

按DNA序列的无序度由低到高输出，如果DNA无序度相同，则按输入的先后顺序输出。

 

这道题可分为两个部分，第一，计算DNA序列的无序度；第二，根据DNA序列的无序度进行排序。

计算DNA序列无序度的时候，如果该字母和前一字母相同，那么其无序度也和前一字母的相同，可以直接娶前一个字母的无序度值，减少计算量。

排序的时候由于数据量较小，所以选择什么排序都可以，推荐希尔排序。使用java的同学可以直接调用Arrays中的sort()方法。

Arrays.<String>sort(strArray, new Comparator<String>() {

			@Override
			public int compare(String o1, String o2) {
				// TODO Auto-generated method stub
				int len = o1.length();
				int[] v1 = new int[len];
				int[] v2 = new int[len];
				char c1 = o1.charAt(0);
				char c2 = o2.charAt(0);
				for (int i = 1; i < len; i++) {
					if (c1 - o1.charAt(i) > 0) v1[0]++;
					if (c2 - o2.charAt(i) > 0) v2[0]++;
				}
				int value1 = v1[0], value2 = v2[0];
				for (int i = 1; i < len; i++) {
					if (o1.charAt(i) - o1.charAt(i - 1) == 0) {
						v1[i] = v1[i - 1];
						value1 += v1[i-1];
						continue;
					}
					if (i == len - 1) {
						v1[i] = 0;
						break;
					}
					if (o1.charAt(i) == 'A') {
						v1[i] = 0;
						continue;
					}
					for (int j = i; j < len; j++) {
						if (o1.charAt(i) - o1.charAt(j) > 0) v1[i]++;
					}
					value1 += v1[i];
				}
				for (int i = 1; i < len; i++) {
					if (o2.charAt(i) - o2.charAt(i - 1) == 0) {
						v2[i] = v2[i - 1];
						value2 += v2[i - 1];
						continue;
					}
					if (i == len - 1) {
						v2[i] = 0;
						break;
					}
					if (o2.charAt(i) == 'A') {
						v2[i] = 0;
						continue;
					}
					for (int j = i; j < len; j++) {
						if (o2.charAt(i) - o2.charAt(j) > 0) v2[i]++;
					}
					value2 += v2[i];
				}
				System.out.printf("%s, length:%d   %s, length:%d\n", o1, value1, o2, value2);
				if (value1 < value2) {
					return -1;
				} else if (value1 == value2) {
					return 0;
				} else {
					return 1;
				}
			}
			
		});