Gromacs源码收获（二）

        这个系列谈不上多深刻，更谈不上高深。只是想把做论文过程中看到的一些东西记录下来。难免零零碎碎一些。Gromacs作为老牌的分子动力学模拟软件，其优化已经做的相当出色了。我想做的工作主要是将其中的CUDA计算nonbond力的工作移植到OpenCL上来，讲起来容易，可是真正做起来才发现不是这么简单啊。

1.首先对分子动力学不了解，目前也就是皮毛的认识

2.CUDA不了解

3.因为工程是用CMake去管理，这也将会是一个工作量

4.OpenCL在学习中

…………

       尽量去做吧，研究生用最后在校的时间按照老师的要求再折腾下吧。

        我所阅读的代码的版本是Gromacs4.6.5。欢迎有相同志向和兴趣的一起探讨。

        好了，说了这么多，今天要讲的只是一个知识点，用typedef定义一个函数，什么用?下面就知道了：

/* Function that should return a pointer *ptr to memory
 * of size nbytes.
 * Error handling should be done within this function.
 */
typedef void nbnxn_alloc_t (void **ptr, size_t nbytes);


/* Function that should free the memory pointed to by *ptr.
 * NULL should not be passed to this function.
 */
typedef void nbnxn_free_t (void *ptr);

      这里定义了两个函数类型，这是很多C语言程序初学者感觉迷惑的，因为typedef真的很少用。然后看一个简化的结构体

typedef struct {
    gmx_cache_protect_t cp0;

    nbnxn_alloc_t      *alloc;
    nbnxn_free_t       *free;

    gmx_bool            bSimple;         /* Simple list has na_sc=na_s and uses cj   *
                                          * Complex list uses cj4                    */

    int                     na_ci;       /* The number of atoms per i-cluster        */
    int                     na_cj;       /* The number of atoms per j-cluster        */
    int                     na_sc;       /* The number of atoms per super cluster    */

    struct nbnxn_list_work *work;

    gmx_cache_protect_t     cp1;
} nbnxn_pairlist_t;

     在上面的结构体中，下面两个变量是关键：

    nbnxn_alloc_t      *alloc;
    nbnxn_free_t       *free;

 这实际上就是用C语言定义类的一个基础模型，就是用结构体实现简单的类功能，有数据有操作。这两个变量实际上就是定义了两个上面类型的函数的指针。

源代码文件名为：nbnxn_pairlist.h