XFree86、桌面环境、窗口管理器和xWindow
XFree86
随着自由软件开始流行，一些爱好者成立了XFree86。XFree86是一个非营利的组织，起初专注在Intel?x86兼容系统上的仿UNIX环境中开发X-Window，但是这套免费、功能完整的X-Window很快便侵入了商用UNIX系统之中，并且被移植到许多种不同的硬件平台。XFree86组织的产品也叫XFree86。
大多数Linux发行版附带的X-Window都是XFree86。单独启动XFree86的命令是“xinit”。如果希望桌面环境也同时启动，用“startx”。
桌面环境
X-Window提供了创建图形界面的基础。但是它只管在屏幕画点、画线、画框和着色，至于在哪里画点、画什么样的线、画什么样的框
以及着什么色，这些要求都是由客户端程序提交的。一套桌面环境一般会包括窗口管理器、面板、菜单、桌面背景设置和一些常用的小程序，负责为使用者创建一个友好的图形化操作界面。
大多数Linux发行版都会附带常用的桌面环境有KDE或GNOME，这是两套功能齐全的重量级产品。但也有人偏爱资源消耗更少、运行速度更快的其他桌面环境，FVWM是其中很出众的一种。
窗口管理器
窗口管理器一般只是桌面环境的一个组件，但是极端情况下可能也会充当整个桌面环境。一个桌面环境通过设置也可以使用非自身的窗口管理器。
X-Window
图形界面支持软件。图形界面最初不是Micro$oft搞出来的。X-Window-System是一套为UNIX或是类UNIX的操作系统提供形操作界面的软件。X-Window-System具备的网络透明性使它成为UNIX类平台上的工业标准，现在UNIX的工作站或大型主机几乎都能运行X-Window-System，而且只要根据X标准所发展的应用程式，均可以在不同的环境下执行。
早在1970年代，众家电脑厂商对于更友好的人机界面都还在摸索时候，Xerox下属的研究中心开始对图形化用户界面做一系列的研究，其研究成果对后来的X-Window、苹果-Macintosh系统、甚至Micro$oft-Window$造成了相当深远的影响。1984年美国麻省理工学院与迪吉多电脑公司合作，在UNIX系统上发展一个分散式的视窗环境，这便是X-Window。1986年，麻省理工学院开始发行X-Window，随后X-Window很快就成为UNIX系统的标准视窗环境。同时X协会成立，以订定业界标准，并继续发展X-Window。
X-Window-System本身是一个非常杂的图形化作业环境。当然，要让用户方便，就只有自己复杂了。X-Window大致可以分成三个部分，分别是X服务器、X客户端、X协议。X服务器主要是处理输入输出的讯息，X客户端是执行大部份应用程式的运算功能，而X协议则是建立X服务器和X客户端的沟通管道。
大多数Linux发行版都附带了X-Window的某个分支版本。
注意，X-Window只是一套外围软件，并不是一个完整操作系统所必须的。
正因为如此，一般情况下，X-Window以及其中运行的程序出问题不会导致系统崩溃。反观WindowS，所有程序所调用的图形界面都与操作系统核心紧密纠缠，也导致了操作系统的不稳定。