LDA理解以及源码分析（二）
LDA系列的讲解分多个博文给出，主要大纲如下：
- LDA相关的基础知识
- 什么是共轭
- multinomial分布
- Dirichlet分布
- LDA in text
- LAD的概率图模型
- LDA的参数推导
- 伪代码
- GibbsLDA++-0.2源码分析
- Python实现GibbsLDA
- 参考资料
GibbsLDA++-0.2源码分析
GibbsLDA++-0.2工具包下载地址为：下载
工具包里docs文件夹里有说明文件GibbsLDA++Manual.pdf，按照要求编译就可以使用，很方便。（具体使用方法后面给出）
代码在文件夹src中，主要有这么几个类：dataset，model， strtokenizer，utils以及lda.cpp, constants.h文件。
dataset
//两个全局变量，分别存储word和id的对应。
typedef map<string, int> mapword2id;
typedef map<int, string> mapid2word;
//类document
class document {
public:
//保存每个word对应的id
int * words;
string rawstr;
//文章的words总数
int length;
document() {}
document(int length) {}
document(int length, int * words) {}
document(int length, int * words, string rawstr) {}
document(vector<int> & doc) {}
document(vector<int> & doc, string rawstr) {}
~document() {}
};
class dataset {
public:
document ** docs;
document ** _docs; // used only for inference
map<int, int> _id2id; // also used only for inference
int M; // documents总数
int V; // words总数
dataset() {}
dataset(int M) {}
~dataset() {}
void deallocate() {}
void add_doc(document * doc, int idx) {}
void _add_doc(document * doc, int idx) {}
//根据pword2id写wordmap，文件每行都是“word id”的格式
static int write_wordmap(string wordmapfile, mapword2id * pword2id);
//读wordmap中的内容，存储到pword2id中
static int read_wordmap(string wordmapfile, mapword2id * pword2id);
static int read_wordmap(string wordmapfile, mapid2word * pid2word);
int read_trndata(string dfile, string wordmapfile);//读训练文件
int read_newdata(string dfile, string wordmapfile);//读推断的新文件
int read_newdata_withrawstrs(string dfile, string wordmapfile);
};utils
class utils {
public:
// 解析命令行参数
static int parse_args(int argc, char ** argv, model * pmodel);
// 读<model_name>.others文件并解析模型参数
static int read_and_parse(string filename, model * model);
// 为当前的迭代生成模型名字，命令行有个参数会指定什么时候需要保存模型，iter=-1时最后才保存
static string generate_model_name(int iter);
// 排序
static void sort(vector<double> & probs, vector<int> & words);
static void quicksort(vector<pair<int, double> > & vect, int left, int right);
};strtokenizer
class strtokenizer {
protected:
vector<string> tokens; //存储分后的词
int idx;//tokens的索引
public:
strtokenizer(string str, string seperators = " ");//对str按照seperators分词，存在tokens中
void parse(string str, string seperators);//同上
int count_tokens(); //返回tokens的大小
string next_token(); //返回idx当前索引的token值
void start_scan(); //idx = 0
string token(int i); // 返回tokens[i]的值
};model类是最重要的类，实现核心代码
class model {
public:
// fixed options
string wordmapfile; // file that contains word map [string -> integer id]
string trainlogfile; // training log file
string tassign_suffix; // suffix for topic assignment file
string theta_suffix; // suffix for theta file
string phi_suffix; // suffix for phi file
string others_suffix; // suffix for file containing other parameters
string twords_suffix; // suffix for file containing words-per-topics
string dir; // model directory
string dfile; // data file
string model_name; // model name
int model_status; // model status:本代码提供est，estc和inf三种模式
dataset * ptrndata; // 指针，指向训练文档集
dataset * pnewdata; // 指针，指向推断的新文档集
mapid2word id2word; // word map [int => string]
/*下面是模型参数和变量*/
int M; // documents数量
int V; // words数量（不重复）
int K; // topics数量
double alpha, beta; // LDA超参数
int niters; // Gibbs采样迭代的次数
int liter; // 需要将模型保存为文件的迭代次数
int savestep; // saving period
int twords; // 输出每个topic的前twords个词
int withrawstrs;
/*下面是LDA核心算法中的变量*/
double * p; // 采样的临时变量
int ** z; // M x doc.size()， 文档中words的topic分布
int ** nw; // V x K，nw[i][j]词i在主题j上出现的次数
int ** nd; // M x K，nd[i][j]: 文章i中属于主题j的词的个数
int * nwsum; // K， nwsum[j]: 属于主题j的词的数量
int * ndsum; // M， ndsum[i]: 文章i中词的数量
double ** theta; // M x K， document-topic分布
double ** phi; // K x V， topic-word分布
/*下面的变量只有在推断时用到*/
int inf_liter;
int newM;
int newV;
int ** newz;
int ** newnw;
int ** newnd;
int * newnwsum;
int * newndsum;
double ** newtheta;
double ** newphi;
// --------------------------------------
model() {
~model();
// 对变量设置初值，构造函数中调用
void set_default_values();
// 解析命令行得到LDA参数
int parse_args(int argc, char ** argv);
// 初始化模型，调用后面的init()设置初值
int init(int argc, char ** argv);
// 加载已有的LDA模型继续训练或者推断
int load_model(string model_name);
// 保存LDA模型文件
int save_model(string model_name);
int save_model_tassign(string filename);
int save_model_theta(string filename);
int save_model_phi(string filename);
int save_model_others(string filename);
int save_model_twords(string filename);
// 保存inf的结果
int save_inf_model(string model_name);
int save_inf_model_tassign(string filename);
int save_inf_model_newtheta(string filename);
int save_inf_model_newphi(string filename);
int save_inf_model_others(string filename);
int save_inf_model_twords(string filename);
// 训练模型前的初始化，init()函数中会调用
int init_est();
int init_estc();
// LDA核心算法！！！下面详细介绍
void estimate();
int sampling(int m, int n);
//计算迭代之后的theta和phi
void compute_theta();
void compute_phi();
// 推断初始化，在init()中调用
int init_inf();
// 在已知LDA模型中，对未知的新文档进行推断
void inference();
int inf_sampling(int m, int n);
void compute_newtheta();
void compute_newphi();
};下面详细分析estimate()函数和sampling()函数
void model::estimate() {
if (twords > 0) {//如果要求输出主题下的词，则读wordmap文件排序后输出
dataset::read_wordmap(dir + wordmapfile, &id2word);
}
printf("Sampling %d iterations!\n", niters);
int last_iter = liter;//记录迭代次数
for (liter = last_iter + 1; liter <= niters + last_iter; liter++) {
printf("Iteration %d ...\n", liter);
// 对所有的z[m][n]采样一个主题
for (int m = 0; m < M; m++) {
for (int n = 0; n < ptrndata->docs[m]->length; n++) {
// sampling根据Gibbs采样公式p(z_i|z_-i, w)采样
int topic = sampling(m, n);
z[m][n] = topic;
}
}
//判断是否需要保存这次迭代的模型
if (savestep > 0) {
if (liter % savestep == 0) {
printf("Saving the model at iteration %d ...\n", liter);
compute_theta();
compute_phi();
save_model(utils::generate_model_name(liter));
}
}
}
//迭代结束，根据theta和phi的公式计算值，并且保存模型文件
printf("Gibbs sampling completed!\n");
printf("Saving the final model!\n");
compute_theta();
compute_phi();
liter--;
save_model(utils::generate_model_name(-1));
} int model::sampling(int m, int n) {
//采样算法，排除当前词，根据其他词的主题分布计算当前词的分布
int topic = z[m][n];//获得当前主题
int w = ptrndata->docs[m]->words[n]; //获得当前词的id
//首先，排除当前词，即涉及的统计变量个数减一
nw[w][topic] -= 1;
nd[m][topic] -= 1;
nwsum[topic] -= 1;
ndsum[m] -= 1;
//临时计算变量
double Vbeta = V * beta;
double Kalpha = K * alpha;
/*通过累加来采样*/
//计算当前词在每个主题下的概率
for (int k = 0; k < K; k++) {
p[k] = (nw[w][k] + beta) / (nwsum[k] + Vbeta) *
(nd[m][k] + alpha) / (ndsum[m] + Kalpha);
}
// 概率和累加
for (int k = 1; k < K; k++) {
p[k] += p[k - 1];
}
//随机生成小数
double u = ((double)random() / RAND_MAX) * p[K - 1];
//根据随机生成的值，采样主题编号
for (topic = 0; topic < K; topic++) {
if (p[topic] > u) {
break;
}
}
//新的topic对应的参数增加1
nw[w][topic] += 1;
nd[m][topic] += 1;
nwsum[topic] += 1;
ndsum[m] += 1;
return topic;
}