配置python版本的MPI

安装：

首先下载MPI for python 的源码包：mpi4py解压，进入文件夹，编辑mpi.cfg:

# Default configuration

# ---------------------

[mpi]

 

mpi_dir              = /usr/local/openmpi#自己的mpi位置，openmpi和mpich均可

mpicc                = %(mpi_dir)s/bin/mpicc

mpicxx               = %(mpi_dir)s/bin/mpicxx

include_dirs         = %(mpi_dir)s/include

#libraries            = mpi

library_dirs         = %(mpi_dir)s/lib64

runtime_library_dirs = %(library_dirs)s

保存退出。

输入python setup.py build，编译文件。

进入root账号，输入python setup.pyinstall，mpi4py将默认安装到linux的/usr目录下。

以后任何同样配置的计算机要安装mpi4py，只需要以root身份进入该编译目录（比如网络共享）并执行python setup.py install即可。

使用：

建立一个文件，比如host，输入运行的计算机名称和地址。如果计算机集群使用NIS用户管理，则直接输入主机名就可以了。

建立py可执行文件:

from mpi4py import MPI

import sys

size = MPI.COMM_WORLD.Get_size()

rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()

name = MPI.Get_processor_name()

fp = open('./%s'%name, 'w')

fp.write('I am %s'%name);

fp.close()

如果是使用openmpi， 直接输入mpirun -n {并行数} -f {host文件} python test.py。其中-n表示所开进程数，-f表示节点列表。

如果使用mpich或者intel mpi，输入mpdboot -n {并行数} -f {host文件}，成功之后输入mpirun -n {并行数} -f {host文件} python test.py