CentOS 6.2部署Hadoop的注意事项<转>

最近新采购的一批机器,由于intel cpu体系架构的改变,新机器的系统需要升级,选择了CentOS 6.2系统。

1  在新机器上将MR业务开启后,导致整个集群都反应很慢,运行的job几乎都被卡住;通过ganglia监控发现,机器的system cpu超过30%,机器几乎是满负载的情况。

原因分析:

RHEL 6.2和6.3系统中包含了一个新特性,被称为“transparent hugepage compaction”,它和Hadoop负载不能很好的交互。相比于其他的操作系统,这导致了严重的性能损失。Red Hat会在未来的更新中解决此问题。

解决方法:把如下命令增加到开机启动中。

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echo always > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/enabled
echo never > /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/defrag

2  解决上述问题,把MR业务开启一段时间后,经常出现某个task卡死的情况,job会一直hang住,查看TT日志

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2013 - 08 - 20 06 : 12 : 31 , 050 INFO org.apache.hadoop.mapred.TaskLogsTruncater: Initializing logs' truncater  with mapRetainSize=- 1 and reduceRetainSize=- 1
2013 - 08 - 20 06 : 12 : 31 , 053 FATAL org.apache.hadoop.mapred.Child: Error running child : java.lang.OutOfMemoryError: unable to create  new native thread
     at java.lang.Thread.start0(Native Method)
     at java.lang.Thread.start(Thread.java: 640 )
     at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask$ReduceCopier.fetchOutputs(ReduceTask.java: 1932 )
     at org.apache.hadoop.mapred.ReduceTask.run(ReduceTask.java: 382 )
     at org.apache.hadoop.mapred.Child$ 4 .run(Child.java: 270 )
     at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
     at javax.security.auth.Subject.doAs(Subject.java: 396 )
     at org.apache.hadoop.security.UserGroupInformation.doAs(UserGroupInformation.java: 1157 )
     at org.apache.hadoop.mapred.Child.main(Child.java: 264 )

从上面的日志看,是OOM的错误,不能创建新的进程。但查看该TT机器,内存充足,应该不是内存导致的问题。

后来又check了环境的配置,发现在以前RHEL 5.4系统中生效的ulimit的nproc限制,在新系统中并没有生效(可以通过ulimit -u查看)。google后得知,6.2系统中修改了这一配置,新的配置需要在里/etc/security/limits.d/90-nproc.conf设置生效。

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[hdfs@hd0447-sw40 ~]$ cat /etc/security/limits.d/ 90 -nproc.conf
# Default limit  for number of user's processes to prevent
# accidental fork bombs.
# See rhbz # 432903 for reasoning.
 
*          soft    nproc      1024

 

在处理hadoop前期环境的时候,发现有些机器在没有业务的情况下机器负载很高的情况,这里也记录一下。

1. 通过top命令发现plymouthd进程cpu负载达到近100%

解决方法:打开 /boot/grub/menu.lst , 去掉 “rhgb quiet”这两个参数 ,然后重启

2.power_saving死锁引起的高负载

解决方法:

方法1:rmmod acpi_pad,重启机器,机器将不支持电源节能;

方法2:在BIOS中开启ACPI支持,重启,更新内核至2.6.32-358.2.1.el6.x86_64;

方法3:在BIOS里设置禁用;

方法4:要将驱动程序列入黑名单,编辑 /etc/modprobe.d/blacklist.conf,然后添加blacklist acpi_pad。

开始使用方法1,解决了大多数机器power_saving死锁的问题,有些机器的整体负载还是会保持在10%以上,查看后发现还有部分power_saving进程,采用方法4,问题得以解决。

 

参考资料:

  1. http://serverfault.com/questions/356962/where-are-the-default-ulimit-values-set-linux-centos
  2. http://www.cnblogs.com/jishilei/archive/2013/03/29/2988222.html
  3. https://www.linuxwind.org/html/power_saving-thread-deadlock.html
  4. http://en.community.dell.com/support-forums/servers/f/1466/p/19456558/20387384.aspx

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