LSF系统
環境變數
基本上當您登入後，系統就已將LSF 相關的環境變數載入，因此您不需再做任何設定。 您可以透過以下的命令，來檢驗系統是否已幫您完成 LSF 的相關設定。
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$ env | grep LSF
LSF_ENVDIR=/opt/lsf/conf
LSF_BINDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin
LSF_LIBDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib
LSF_SERVERDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc
XLSF_UIDDIR=/opt/lsf/6.2/hpuxia64/lib/uid
$
echo $PATH
...:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/etc:/opt/lsf/6.2/hpuxia64/bin:…
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基本指令
基本操作的幾個指令為：bsub、bqueues、bhosts、bjobs、bkill、bhist、bacct
| bsub | ||
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【說明】
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bsub
為LSF 提交(submit) 計算工作的指令，常用的參數有：-n、-q、-o、-e、-J
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-n
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指定計算工作所需的計算核心數目。可省略，預設值是：1
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-q
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指定執行計算工作的佇列的名稱。可省略，預設名稱是：xfer
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-o
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指定程式訊息(stdout) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.out
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-e
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指定錯誤訊息(stderr) 的輸出檔案名稱。可省略，預設名稱是：$job_id.err
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-J
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指定計算工作在佇列中的名稱。可省略，預設名稱為所執行的程式名稱
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【範例】
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1.
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非平行(serial ) 程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
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$ bsub ./my_program
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$ bsub -n 1 -q xfer -o output.txt -e error.txt -J TEST ./my_program
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上述兩例執行後產生的結果皆相同，都是提交到xfer 這個佇列裡。不同的是程式訊息輸出檔及錯誤訊息輸出檔，前例會以$job_id 做為檔案名稱。除此之外，後例在佇列中顯示的名稱為TEST，但前例則是my_program。
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2.
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平行程式(其中以紅色粗體標出的部分，是您要執行的程式名稱)：
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$ bsub -n 4 -q xfer /work1/my_small_job
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$ bsub -n 16 -q mono my_paralle_job
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上述兩例的差別在於指定執行程式的路徑位置，若未列出指定執行程式的完整路徑，則預設是認為執行程式位於目前的目錄下。
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3.
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MPI 的程式(其中以紅色粗體標出的mpi_program，即是您在互動模式(interactive mode) 下所執行的程式名稱)
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$ bsub -n 16 -q mono mpirun -np 4 mpi_program
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| bqueues | |
【說明】 |
查看各個佇列的排隊狀況 |
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【範例】
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$ bqueues
QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND RUN SUSP
mono 50 Open:Active 80 80 4 - 224 160 64 0
xfer 50 Open:Active 80 32 4 - 0 0 0 0
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| bhosts | |
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【說明】
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查看佇列系統中的各個計算主機(host) 的狀態
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| 【範例】 |
$ bhosts
HOST_NAME STATUS JL/U MAX NJOBS RUN SSUSP USUSP RSV
hale ok - 88 64 64 0 0 0
halen ok - 8 0 0 0 0 0
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| bjobs | |
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【說明】
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查看佇系統中各個計算工作的執行狀態。常用參數有：-u、-q、-l、-p
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-u 指定要查詢的使用者帳號。可省略，預設值是目前使用的帳號。
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-q 指定要查詢的佇列名稱。
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-l 以長格式(long format) 的方式，顯示詳細的佇列資料。
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-p 只顯示暫停中(pending) 的計算工作。
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不加任何參數時，只會顯示目前使用者執行中或暫停中的計算工作。若要查看其他使用者計算工作的執行狀態，可使用-u 參數指定要查詢的使用者帳號，或使用all 查詢所有使用者的執行狀態。(註：all 亦可套用在佇列名稱上。)
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【範例】
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$ bjobs -u all
JOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME
4001 u11aaa0 RUN mono halen 32*hale *igen-1010 Jan 1 02:03
4002 u12bbb0 RUN mono halen 32*hale *igen-1020 Jan 1 03:04
4003 u13ccc0 RUN xfer halen hale *igen-1030 Jan 1 04:05
4004 u14ddd0 PEND mono halen *igen-1040 Jan 1 05:06
4005 u15eee0 PEND mono halen *igen-1050 Jan 1 06:07
4006 u16fff0 PEND mono halen *igen-1060 Jan 1 07:08
4007 u17ggg0 PEND mono halen *igen-1070 Jan 1 08:09
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| bkill | |
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【說明】
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終止或暫停計算工作。
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【範例】
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$bkill 4001 |
| bhist | |
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【說明】
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用來查看(包括已執行完成的) 計算工作的執行歷程及結束的原因。常用的參數有：-b、-l
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| -b簡短格式 | |
| -l 詳細資料 | |
| 【範例】 | $ bhist -l4001
Job <4001>, User , Project , Command
Sat Jan 1 21:31:06: Submitted from host , to Queue , CWD , Output File , 32 Processors Requested;
Sun Jan 2 17:10:38: Dispatched to 32 Hosts/Processors <32*hale>;
Sun Jan 2 17:10:38: Starting (Pid 18479);
Sun Jan 2 17:10:38: Running with execution home , Execution CW
D , Execution Pid <10000>;
Summary of time in seconds spent in various states by Sun Jan 2 16:04:18
PEND PSUSP RUN USUSP SSUSP UNKWN TOTAL
243572 0 168820 0 0 0 412392
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| bacct | |
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【說明】
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統計在佇列系統中執行的CPU 時間及相關資料。常用的參數有：-C、-l、-q、-u
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| -C 指定時間。可省略，未指定則是從系統紀錄開始時間到現在時間。 | |
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-l 詳細資料。可省略，未指定則僅顯示統計數據不會顯示每一筆記錄。
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-q 指定佇列名稱。可省略，未指定則是所有佇列都算。
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-u 指定使用者帳號(可省略)。
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| 【範例】 | $ bacct -u user -q mono -C 03/01,05/31 |
統計user 從今年3/1 日到5/31 間，提交到mono 這佇列中的使用資料。 |
以上各指令的詳細用法，皆可由man page 取得。例如：man bacct、man bjobs、…