gromacs安装流程

(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码
     tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
     tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
     tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi
     cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"   
     make
     make install
     注：--without-fc是不编译mpif77，可以去掉

(3) 添加mpi环境变量
      export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版
     cd fftw-3.1.2
     ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2  

(3) 设置fftw环境变量
     export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
     export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4) 编译gromacs
     cd gromacs-3.3.1

     ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

(5) 设置gromacs环境变量
      export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

(6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）
      make contrib