医学图像分割

医学图像分割之 Dice Loss

文章目录医学图像分割之DiceLoss1.Dicecoefficient定义1.1.Dice系数计算示例1.2.Dice-coefficientlossfunctionvscross-entropy2.
John Mason·2019-07-27 17:35

【图像分割模型coding】Keras 利用Unet进行多类分割

1.前言unet论文地址unet，刚开始被用于医学图像分割。但当时的训练集是黑白图像并且只涉及到二分类问题。此前一直有尝试使用unet处理rgb三彩色图像进行多类分割问题，摸索之后，终有所获。
LawenceRay·2019-07-26 16:44

针对使用Unet预测的结果全是黑（白）色的分析及解决方案

•出现该问题的原因是：选用的loss函数有问题，目前使用的loss函数是binary_corssentropy，这种loss函数将正样本和负样本均拿来计算loss值•在医学图像分割的例子中，正样本（目标
Hodors·2019-07-26 13:17

U-Net图像语义分割实战：训练自己的数据集

U-Net是一种基于深度学习的图像语义分割方法，尤其在医学图像分割中表现优异。
bai666·2019-07-26 09:48

pytorch版Unet实现医学图像分割

MITLicenseCopyright(c)2019PJ-Javis目录：链接:https://pan.baidu.com/s/1WVVo6VDv5NkjgdYfkIO7Fw提取码:14miunet.pyimporttorch.nnasnnimporttorchfromtorchimportautogradclassDoubleConv(nn.Module):def__init__(self,in
Mr.Q·2019-07-23 11:57

医学图像分割————集成与后处理

最近在做BraTS2019脑肿瘤分割竞赛，阅读了一些相关的论文，这里总结其中的一些要点，今天记录的是集成与后处理，集成是一种非常有效的提升性能的方法，可以从不同角度来集成输出结果，获得更加稳定的结果。通过经验性的后处理，能够使网络输出更加美观，同时效果也有提升。MyronenkoA.3DMRIbraintumorsegmentationusingautoencoderregularization[
longlong9·2019-06-24 14:54

医学图像分割————数据预处理

最近在做BraTS2019脑肿瘤分割竞赛，阅读了一些相关的论文，这里总结其中的一些要点，今天记录数据预处理部分。脑肿瘤比赛方已经进行了数据预处理，包括配准，重采样到以及头骨去离。但是对于分割任务来说，数据增扩和归一化也是非常重要的。MyronenkoA.3DMRIbraintumorsegmentationusingautoencoderregularization[C]//Internation
longlong9·2019-06-24 14:01

医学图像分割————网络结构

由于最近在做BraTS2019竞赛，本文主要对BraTS2018比赛的前三名以及今年发表在TMI的一篇论文的网络结构进行归纳总结。MyronenkoA.3DMRIbraintumorsegmentationusingautoencoderregularization[C]//InternationalMICCAIBrainlesionWorkshop.Springer,Cham,2018:311-
longlong9·2019-06-24 10:29

【图像分割应用】医学图像分割（一）——脑区域分割

从本周开始，新专栏《图像分割应用》就跟大家见面了。本专栏主要介绍图像分割在各个领域的应用、难点、技术要求等常见问题。本文是专栏《图像分割应用》的第1篇文章，首先来聊聊医学领域的图像分割之一：脑区域分割。作者|孙叔桥编辑|言有三1任务分析医学领域中，为了满足病情诊断、治疗方案制定等需求，常常需要对病人进行扫描，从而确定各内部器官的情况。深度学习方法出现以前，这个过程主要是由医生直接完成。尽管成熟医生
言有三·2019-06-13 17:19

keras框架下 Unet 医学图像分割

简介最近在做医学眼底血管抽取的项目，需要用到Unet，关于Unet的介绍，全网各类博客已经讲过很多，我就不再赘述了，主要是讲讲我自己训练实际的情况，和经常遇到的错误数据集拿到的图片一般都是以下这样的我拿到时，总共只有60张，可以说是少的可怜了，我试过直接用60张图片做训练，完全不行，train_loss都达到0.3，预测的图片黑的一片，可以肯定需要做数据增强了，由于对原图进行数据增强的时候，需要同
yoshiaki_ley·2019-06-12 16:53

tensoflow gpu版安装 win10+anaconda3+python3.6+gtx950m

本人最近在研究机器学习方面的知识，要运用unet来实现医学图像分割，本文是为了实现unet代码而做的前期准备工作，综合网上的经验与自身的实践最终选择了keras+tensorflow-gpu来跑unet
scuecdjx·2019-05-26 21:31

tensoflow gpu版安装 win10+anaconda3+python3.6+gtx950m

本人最近在研究机器学习方面的知识，要运用unet来实现医学图像分割，本文是为了实现unet代码而做的前期准备工作，综合网上的经验与自身的实践最终选择了keras+tensorflow-gpu来跑unet
scuecdjx·2019-05-26 21:31

近期必读的9篇CVPR 2019【域自适应（Domain Adaptation）】相关论文和代码

【导读】最近小编推出CVPR2019图卷积网络、CVPR2019生成对抗网络、【可解释性】，CVPR视觉目标跟踪，CVPR视觉问答，医学图像分割，图神经网络的推荐相关论文，反响热烈。
c2a2o2·2019-05-22 08:10

语义分割系列（1） -- 语义分割背景介绍

经典方法灰度分割条件随机场深度学习方法FCNU-NETDeepLab...语义分割应用自动驾驶医学图像分割卫星图像语义分割数据集VOC2012MSCOCOCityscapesData
搬运工学黛玛·2019-05-20 11:46

【图像分割】DeepMedic —— 医学图像分割的3D CNN框架

转自https://blog.csdn.net/JYZhang_CVML/article/details/79519748医学图像分割领域的最经典的分割网络之一，可能有些读者读完之后会有所抱怨：大部分和
McGregorWwww·2019-05-12 18:09

dice loss解析及caffe添加

使用深度学习做医学图像分割时，经常会用dice系数作为损失函数。
GL_a_·2019-03-28 14:19

医学图像分割 基于深度学习的肝脏肿瘤分割 实战(一）

在之前的一篇博客里：医学图像分割unet实现(一)，是学习并复现别人的实验。这篇将记录下自己毕设第一阶段的实验。毕设题目为：基于深度学习的肝脏肿瘤分割。
normol·2019-03-24 22:55

U-net网络实现医学图像分割以及遥感图像分割源代码

U-net网络主要思路是源于FCN，采用全卷积网络，对图像进行逐像素分类，能在图像分割领域达到不错的效果。因其网络结构类似于U型，所以以此命名，可以由其架构清晰的看出，其构成是由左端的卷积压缩层，以及右端的转置卷积放大层组成；左右两端之间还有联系，通过灰色箭头所指，右端在进行转置卷积操作的时候，会拼接左端前几次卷积后的结果，这样可以保证得到更多的信息。在网络的末端得到两张featuremap之后还
暳花season·2019-02-28 10:00

医学图像分割 unet实现(一)

这次实验用来学习unet网络实现图像分割(keras,backend:tensorflow)。数据集DRIVE：为眼部图像，目的是分割出眼部血管。数据集结构：上面分别是训练的原始图片images、first_manual、mask整体流程：1、前期准备：将所有图片写入h5文件，（为了后期训练网络时减少io时间）2、训练网络2.1、获取训练图片和groundtruth图片2.1.1、读取hdf5文件
normol·2019-02-27 17:35

基于 keras的全卷积网络u-net端到端医学图像多类型图像分割（一）

搜索结果，是用u-net做医学图像分割的较多，于是决定使用u-net。关于FCN的介绍，看这个博客吧，本文着重于代码实现！FCN介绍考虑到任务的价
Lynn_Chan·2019-01-11 11:11

医学图像分割常用的损失函数

本文主要介绍医学图像中常用的损失函数，包括crossentropy,generalizeddicecoefiicients,focalloss 等。    一、crossentropy 交叉熵    图像分割中最常用的损失函数是逐像素交叉熵损失。该损失函数分别检查每个像素，将类预测(深度方向的像素向量)与我们的热编码目标向量进行比较。   由此可见，交叉熵的损失函数单独评估每个像素矢量的类预测，然
Biyoner·2018-12-03 17:44

基于深度学习的医学图像分割综述

摘要：医学图像分割是决定医学图像在临床诊疗中能否提供可靠依据的关键问题。
echo_1994·2018-10-20 15:49

基于深度学习的医学图像分割综述

转载：https://blog.csdn.net/weixin_41783077/article/details/80894466摘要：医学图像分割是决定医学图像在临床诊疗中能否提供可靠依据的关键问题。
jieshaoxiansen·2018-09-12 18:16

unet做医学图像分割

关于unet网络医学分割的网址unet，大家可以在该网站中学习有关unet的知识我将我的版本上传上了github，这是用keras实现的，运行data.py就可以将图片转换成.npy格式，这里我已经生成数据了，直接运行unet.py就可以了大家可以在这里下载：https://github.com/huangshaoyin/U-net（具体参考的是哪个开源项目，我已经忘了，如有抄袭，可以联系我）打开
huangshaoyin·2018-07-14 10:05

医学图像分割中常用的度量指标

接下来给大家介绍一下医学图像中常用的几个度量指标,主要参考MICCAI2007-首先定义以下标识符:VgtVgt代表的是groundtruth的分割结果,VpredVpred代表的是预测的分割结果.-DICE:这个相信大家最熟悉,因为使用的频率应该是最多的.它的定义如下所示.直观上来说代表的是两个体相交的面积占总面积的比值.完美分割该值为1.DICE=2∗(VsegandVgt)Vseg+VgtD
UpCoderXH·2018-06-04 21:42

医学图像分割--U-Net的颅内血管的分割 keras 实现

最近在进行医学图像的处理研究，主要是进行了颅内血管的CT图像的分割研究。现阶段进行深度学习的图像分割的研究基本就是几种比较成熟的几个方法，FCN，u-netdeeplab等一些方法。具体方法的操作，我这里就不细说了。大家可以自己去看看论文。现阶段进行医学图像的深度学习处理的方法，最大的瓶颈就是数据量比较少，导致网络训练不是很理想。由于进行颅内血管的数据量也比较少，所以需要进行一定的数据量的扩充操作
skyfengye·2018-05-03 11:27

互信息

互信息在做医学图像分割时需要用到互信息来计算两幅图像的相似度。之前写好了函数，在此备份。
darren711·2018-04-04 13:13

医疗图像分割（一）综述

图像分割在医学应用中具有特殊的重要意义，本文从医学应用的角度出发，对医学图像分割方法做一个简单的汇总。
荒野13·2018-03-15 20:21

DeepMedic —— 一种经典的医学图像分割的3D CNN框架

etal.Efficientmulti-scale3DCNNwithfullyconnectedCRFforaccuratebrainlesionsegmentation[J].Medicalimageanalysis,2017,36:61-78.医学图像分割领域的最经典的分割网络之一
JYZhang_sh·2018-03-12 10:45

U-Net论文详解

U-Net：生物医学图像分割的卷积神经网络U-net是基于FCN的一个语义分割网络,适合用来做医学图像的分割。摘要有许多成功利用大量带标注训练数据的神经网络。
一个小迷糊66·2018-02-22 22:15

全卷机神经网络图像分割(U-net)-keras实现

医学图像分割框架医学图像分割主要有两种框架，一个是基于CNN的，另一个就是基于FCN的。基于CNN的框架这个想法也很简单，就是对图像的每一个像素点进行分类，在每一个像素点上取一个patch，当做
jessican_uestc·2018-01-15 17:51

医学图像分割综述（上）

    医学图像分割是医学图像处理与分析领域的复杂而关键的步骤，其目的是将医学图像中具有某些特殊含义的部分分割出来，并提取相关特征，为临床诊疗和病理学研究提供可靠的依据，辅助医生作出更为准确的诊断。
Biyoner·2017-11-28 11:45

全卷机神经网络图像分割(U-net)-keras实现

医学图像分割框架医学图像分割主要有两种框架，一个是基于CNN的，另一个就是基于FCN的。基于CNN的框架这个想法也很简单，就是对图像的每一个像素点进行分类，在每一个像素点上取一个patch，当做
FccLccY·2017-10-16 17:20

医疗图像切割FCN的Keras实现

医学图像分割框架现在的医学图像分割（尤其是眼科OCT图像（光学相关层析图像））主要有两
sooner高·2017-09-23 07:35

基于CNN的医学图像分割方法

总结一下最近一段时间的学习成果1、了解CNN（1）http://cs231n.github.io/convolutional-networks/斯坦福大学的关于CNN的学习资料，里面详细讲解了卷积层、池化层是怎么工作的。（2）Gradient-BasedLearningAppliedtoDocumentRecognition（YANNLECUN）主要了解LeNet-5的基本原理。（3）ImageN
ispurs·2017-05-16 15:26

第六章 医学图像分割

第六章医学图像分割第一节医学图像分割的意义、概念、分类和研究现状所谓医学图像分割，就是根据医学图像的某种相似性特征（如亮度、颜色、纹理、面积等）将医学图像划分为若干个互不相交的“连通”区域的过程。
qq_22337877·2016-09-09 16:00

图像医学处理概论（2）

医学图像分割图像分割是一个根据区域内的相似性以及区域间的差异性把图像分割成若干区域的过程。
qq_22337877·2016-09-06 18:00

医学图像分割综述

图像处理流程大致如下图所示：图像分割的定义：将一副图像g(x,y),其中0≤x≤Max_x,0≤y≤Max_y,进行分割就是将图像划分为满足如下条件的子区域：1.基于区域的分割方法：图像分割通常用到不同对象间特征的不连续性和同一对象内部特征的相似性。基于区域的算法则侧重于利用区域内特征的相似性。1.1阈值法：阈值分割是最常见的并行直接检测区域的分割方法。单阈值分割：将图像分为目标和背景。多阈值分割
chenbang110·2013-10-22 15:00

医学图像分割综述—学习

图像处理流程大致如下图所示：图像分割的定义：将一副图像g(x,y),其中0≤x≤Max_x,0≤y≤Max_y,进行分割就是将图像划分为满足如下条件的子区域：1.基于区域的分割方法：图像分割通常用到不同对象间特征的不连续性和同一对象内部特征的相似性。基于区域的算法则侧重于利用区域内特征的相似性。1.1阈值法：阈值分割是最常见的并行直接检测区域的分割方法。单阈值分割：将图像分为目标和背景。多阈值分割
Sounms·2013-09-05 11:11
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