单细胞转录因子分析第7页

科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘

知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题，“为什么生物从单细胞进化到现在，所有动物几乎都是左右对称的？”

神奇小瘪斯·2024-01-15 18:22

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation

纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

如何利用因子分析确定权重

常用的权重研究分析方法中，AHP层次分析法，熵值法，组合赋值法均无法直接使用SPSS软件进行计算，因此在SPSS上利用因子分析法进行计算权重是一种常规做法。

spssau·2024-01-14 22:16

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

AAAI 2022：三角分解一致性约束的端到端语音翻译丨AI Drive

我们的工作尝试基于语音输入对转录和翻译的联合概率进行建模，以直接利用此类三元组数据。在此基础上，提出了一种新颖的三角分解一致性正则化训练方法，以提

数据实战派·2024-01-14 20:44

有什么副业可以一天赚四五十的呀？

有一些副业可以在一天内赚取四五十的收入，例如1.打字工作你可以在网上找到一些打字的兼职工作，例如转录录音或输入数据，每小时通常可以赚取几十元。

黑鲨阁软件·2024-01-14 11:03

呼和吸那回事

作为单细胞生物很明显就是直接通过和外界互换氧气来达到的，可是人类并不是一个单细胞生物，而是一个有着复杂结构的多细胞生物，那么人类的呼吸又是靠着哪一些结构配合而完成的呢？

Ryanta·2024-01-14 01:08

单细胞组学 | 人脑类器官中的细胞命运调控组

Inferringandperturbingcellfateregulomesinhumanbrainorganoids——————————————————————————单位：ETH时间：2022年8月杂志：Nature今天分享一篇前两天发表在Nature杂志上的利用单细胞组学技术研究人脑类器官的细胞命运调控的文献

防秃基因挖掘机·2024-01-14 00:18

用一个简单的例子说明单细胞分析中的dgCMatrix数据的结构

dgCMatrix用来存储矩阵的一种数据格式，这种数据格式很适合存储稀疏矩阵（即矩阵中大部分值为0）。dgCMatrix使用三个数组（分别是i，p，x）来存储矩阵。怎么存的呢？先举一个普通矩阵的例子：300040805060如果要把它转换成dgCMatrix格式，搞清楚对应的i，p，x值就行了。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下，从左往右的顺序的排列。对于上面这个例子：x=3,8,4,6,5i则

我是胡锦州·2024-01-13 15:13

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

基因组编码区的注释

UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测

loooop·2024-01-13 03:18

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

10X单细胞空间联合分析方法论

hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快乐，我们来继续看一下10X单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution

单细胞空间交响乐·2024-01-12 18:01

评估LLM在细胞数据上的实用性(2)-细胞层面的评估

在细胞数据上的实用性(1)-基本概述目录定义参数和任务批次整合多模态整合细胞类型注释细胞层面的评估批次整合多模态整合细胞类型注释定义我们考虑一个预训练LLM表示为M(x,θ)M(x,\theta)M(x,θ)，其基于单细胞数据集

tzc_fly·2024-01-12 17:27

转录本的统计指标N50 vs ExN50

刘小泽写于19.2.19之前得到转录本的时候，我们使用TrinityStats.plTrinity.fasta这个命令对转录本进行了统计，结果包含了ContigNx长度的统计，例如：$TRINITY_HOME

刘小泽·2024-01-12 17:07

对人的全面了解(五)

达尔文的《物种起源》推翻了欧洲文明中的物种神创论和物种不变论，提出了物种变异伦和生物进化论，说明所有生物伴随着地球的演化进程而形成，所有的生物之间有着密切联系，地球上的无机物合成有机物，有机物组成单细胞生物

张老大186·2024-01-12 13:40

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

使用推测解码 (Speculative Decoding) 使 Whisper 实现 2 倍的推理加速

OpenAI推出的Whisper是一个通用语音转录模型，在各种基准和音频条件下都取得了非常棒的结果。最新的large-v3模型登顶了OpenASR排行榜，被评为最佳的开源英语语音转录模型。

Hugging Face·2024-01-12 07:59

单细胞测序初学者指南

自我们在科学的早期阶段就被告知，我们身体中的每个细胞都有完全相同的基因信息(除一两个细胞之外)。因此，如此多样化的细胞来自基因表达--每个细胞必须表达一组基因，并抑制另一组基因才能正常工作。即使我们有了这些知识，我们仍然很难确定哪个基因(或一组基因)对该细胞才是至关重要的。这不仅是因为技术上的困难，还因为细胞在不断变化，不断适应。因此，基因表达几乎就像薛定谔的猫。一个混乱的概念，很难理解，但非常有

11的雾·2024-01-12 00:48

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。

KS科研分享与服务·2024-01-11 22:36

1025晨读笔记书名《阿米巴经营》

阿米巴，它最初是指一种单细胞虫子，也叫变形虫。稻盛和夫用阿米巴来指代一个核算单位，也就是指在企业里拥有明确的志向和目标、持续自主成长的独立组织。

苏小文S·2024-01-11 20:42

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。本教程介绍了来自Kang等人，2017年的两组PBMC的比对情况。在这个实验中，PBMCs被分成处理组（刺激组）和对照组，处理组使用干扰素β处理。对干扰素的应激导致细胞类型特异性基因表达发生变化，这使得对所有数

冷冻工厂·2024-01-11 14:26

因子分析——主成份算法实现

主因子分析，在炼数成金课程中提到：降维的一种方法，是主成分分析的推广和发展是用于分析隐藏在表面现象背后的因子作用的统计模型。

weixin_30685047·2024-01-11 11:06

4.AI实时语音转录——Flask从制作到起飞，零件级颗粒度制造

1.包管理重新生成项目依赖文件$pipinstallpipreqs$pipreqs--force更新virtualenv的packages$virtualenv--clearvenv$pipinstall-rrequirements.txt目前还没有特别好的自动包管理工具，pipreqs会遗漏一些package，pipfreeze不能很好的区分package和packagedependency，比

Sisyphus235·2024-01-11 09:37

GS-7340 hemifumarate

15232BAnti-infection-GS-7340(Tenofoviralafenamide)hemifumarate是Tenofovir(TFV)的前体，Tenofovir(TFV)是一种HIV-1核苷酸逆转录酶抑制剂

莫小枫·2024-01-11 09:25

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

2021-08-04 mRNA display

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA

NAome·2024-01-11 05:18

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

两药治疗方案首次被批准用于HIV-1治疗

2019年4月9日，美国食品和药物管理局宣布批准Dovato，这是首个被批准的两种药物、固定剂量、完整的治疗方案，用于没有接受过抗逆转录病毒药物治疗的HIV-1成人。

重燃爱不断小心爱悦奔一生·2024-01-11 02:49

生命的演化5——真核生物的繁荣

除了病毒，单细胞便可以构成最简单的生命体。生命可以分为由细胞构成和非细胞构成两大类。非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。

数元·2024-01-11 01:34

英伟达推新AI语音识别模型Parakeet 号称优于Whisper

领先的开源对话AI工具包NVIDIANeMo宣布推出ParakeetASR模型系列，这是一系列最先进的自动语音识别（ASR）模型，能够以出色的准确性转录英语口语。

智云研·2024-01-10 23:14

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

许多生信分析，两个阵营都发展出了自己的方法，比如单细胞数据分析，R有Seurat，Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球，同时也让人患上了选择困难症。到底谁优谁劣？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

Alphalens 因子分析 - 以低换手率因子为例(1)

因子分析是量化研究的基本技能之一。通过因子分析，找出有效的因子，通过相关性去重后，就可以通过机器学习、线性回归等方法把因子组合起来，构成交易策略。

量化风云·2024-01-10 11:46

Alphalens因子分析(2) - 低换手率因子秒杀98%的基金经理？

上一篇笔记，我们已经为因子分析准备好了数据。这一篇笔记，我们就进行因子分析。分析过程在Alphalens中非常简单，核心是读懂它的报告。

量化风云·2024-01-10 11:43

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

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