宏基因组测序

高通量测序学习

为了督促自己学习，在此立下flag，更新高通量测序相关产品知识。学习记录随手截个图，之后会连续更~
假装_学霸·2023-12-05 17:37

SETD2基因和自闭症

家长这次提供的基因检测数据一同既往，是非常简单的：约20000个基因的外显子测序孩子的SETD2基因含一个错义突变Ser381Ala孩
椰菜君·2023-12-05 15:21

认识HDF5文件格式及R中.h5 文件读取

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5格式.HDF5格式HDF5文件一般以.h5或者.hdf5作为后缀名，需要专门的软件才能打开预览文件的内容。HDF5文件结构中有2pri
该叫个什么名字好呢·2023-12-05 13:38

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

或许网速是一个原因，但我更多地开始认为或许NCBI并没有存储所有的短读段测序数据。DDBJ也是一样。相反ENA似乎存储全面，只是传
生信石头·2023-12-05 02:00

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

长读测序系列文章-1标题（英文）：PrecisionFDATruthChallengeV2:Callingvariantsfromshortandlongreadsindifficult-to-mapregions
chSNP·2023-12-04 20:20

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识
jjjscuedu·2023-12-04 19:44

KRAS肺癌抑瘤功能分类研究--2020-04-12

AfunctionaltaxonomyoftumorsuppressioninoncogenicKRAS-drivenlungcancercancerdiscovery29.497思路从TCGA、GENIE和TRACERx数据库中选取突变频率高的以及文献调研多个方面评估所得的48个抑癌基因→构建慢病毒载体池→tuba-seq测序测得每种
FFwizard·2023-12-04 16:49

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。
生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

酵母双杂交服务专题（四）

接下来，对这些质粒中的cDNA片段进行测序分析，并将其编码的序列与GENEBANK数据库中的序列进行对比，从而探究其与已知基因在生物学功能上的潜在关联
卡梅德生物·2023-12-04 13:05

用于种系疾病诊断的临床全基因组测序分析验证的最佳实践

Bestpracticesfortheanalyticalvalidationofclinicalwhole-genomesequencingintendedforthediagnosisofgermlinedisease摘要全基因组测序
亦是旅人呐·2023-12-04 13:55

生信技能29 - 提取VCF文件测序深度和基因型信息

提取VCF文件测序深度和基因型信息，示例如下，结果保存至excel文件中。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:19

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计软件安装1.conda安装condainstallbedtools-y2.源码安装wgethttps://github.com
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

简介kingfisher是一款专门用于高通量测序数据下载的工具。支持从公共数据库（ENA、NCBI、SRA、AmazonAWS和GoogleCloud）获取序列文件及其元数据注释。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

Duplicated Reads

谈到NGS数据的duplicatedreads（暂且翻译为“重复数据”），我们通常会直观地认为：duplicatedreads是在NGS文库构建过程中，由于PCR过度扩增导致同一个模板DNA片段被反复测序多次
村长吃火锅·2023-12-03 23:15

2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题

去除PCR扩增重复序列由于构建文库的时候进行了pcr扩增，然后进行测序，这么测
AsuraPrince·2023-12-03 14:54

转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

Sanger测序峰图矢量图的导出

Fig1.pngA3纵向：~126nt碱基横向：~180nt碱基A4纵向：~87nt碱基横向：~126nt碱基A5纵向：~59nt碱基横向：~87nt碱基B4纵向：~108nt碱基横向：~156nt碱基B5纵向：~74nt碱基横向：~108nt碱基Executive纵向：~76nt碱基横向：~112nt碱基Statement纵向：~56nt碱基横向：~91nt碱基信纸纵向：~90nt碱基横向：~1
佳名·2023-12-03 08:48

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。
儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

GEO数据库下载

GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS），https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建维护的，是个公开的基因数据库，包含了测序和芯片数据
翾格格·2023-12-03 00:12

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能
YX_Andrew·2023-12-02 22:47

宏基因组分析指南--综述

Apracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedata第一作者：Yong-XinLiu时间：2021May发表期刊：ProteinCellpubmed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8106563/期刊版:https://academic.oup.com/protei
亦是旅人呐·2023-12-02 12:27

病原微生物高通量测序数据分析笔记

https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html
生物信息与育种·2023-12-02 12:37

MAGIC||利用流形学习还原单细胞的基因表达

单细胞转录组测序数据由于测序技术的问题，常常难以捕获到低表达的基因，从而出现大量的零值，这些零值通常被称为“dropout”。
生信编程日常·2023-12-01 21:15

2020-07-31

这些缺口通常包含重复的DNA片段，非常难以测序，但是这些重复片段却是控制人类遗传信息变异最丰富的区域之一，可能隐藏着理解人类生物学
TOM_5462·2023-12-01 14:25

EasyMicrobiome-易扩增子、易宏基因组等分析流程依赖常用软件、脚本文件和数据库注释文件

啥也不说了，这个好用，给大家推荐：YongxinLiu/EasyMicrobiome(github.com)大家先看看引用文献吧，很有用：https://doi.org/10.1002/imt2.83还有这个，后面马上介绍：YongxinLiu/EasyAmplicon:EasyAmplicondataanalysispipeline(github.com)这个EasyMicrobiome的代码库
小果运维·2023-12-01 14:17

如何绘制带置信区间的物种积累曲线

背景稀释曲线（Rarefactioncurves）是从样品中随机抽取一定测序量的数据（序列条数），统计它们所对应的OTUs种类（代表物种），并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。
不想当厨子的裁缝不是好司机·2023-12-01 13:36

Seurat24节气之10夏至---整合方法merge()与IntegrateData()

随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat团队是最值得关注的。
Seurat_·2023-12-01 12:48

2022-04-28

day7测序技术知识——罗wb测序技术原理及平台.png测序技术原理及常用数据格式简介（*****）https://mp.weixin.qq.com/s/zPa2G5gzl-sTFAi-qAzbvA各测序技术的参数及特点微信图片
婉_870f·2023-12-01 12:03

基因组浏览器使用 (EPGG)

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。
生信宝典·2023-12-01 11:53

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候
felix108·2023-12-01 07:01

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

注意：第6步，文件名，测序是R1和R2这种，把R1和R2放在同一行，最后面一栏filename，filename2分别填写R1和R2的完整文件名。上传数据到数据库。选择
wo_monic·2023-11-30 22:17

学习小组Day7笔记—白兔儿溜溜

测序知识基因测序技术的发展历史一、二、三代测序基因测序技术.png二代测序大体流程现在的测序平台基本都是illumina公司出品的。
白兔儿溜溜·2023-11-30 15:24

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

现在测序技术发展快速，序列数据越来越多，NCBI中SequenceReadArchive(SRA)数据库中的reads成倍地增长。
乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。DNA甲基化检测技术包括：基于Bisulfite转化的检测技术、基于限制性内切酶的检测技术、基于免疫共沉淀的检测技术。基于Bisulfite转化的检测技术通过亚硫酸氢盐将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，而有甲基化修饰的C碱基则
b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

隐马尔可夫模型笔记

1.定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状态序列，再由各个状态随机生成一个观测而产生观测序列的过程。
MusicDancing·2023-11-30 03:50

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

更多内容请访问个人公众号---KS科研分享与服务---接上节（跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建）。
KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究
felix108·2023-11-29 23:18

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。
阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

转录组测序学习第二弹

安装软件前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件1.先进入我们前面建立的虚拟环境中condaactivatemy_env2.安装软件condainstall-ysra-toolscondainstall-ytrimmomaticcondainstall-ycutadaptmultiqccondainstall-ytrim-galorecondainstall-ysta
长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在
super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。原理：应用deBruijngraphpath算法对reads进行denovo拼接；对上一步的拼接结果，再用HamiltonPath算法拼接。结果：UniGene序列，UniGene统计信息，序列长度分布图2.3数据库注释目的：对拼接得到
师敬超·2023-11-29 18:49

转录组学习第5弹-比对参考基因组

比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化，因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。
长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。
黄晶_id·2023-11-28 16:39

bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起

经过我们之前的12个问题，我们对Illumina测序的原理，测序的储存模式，测序数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。
RachaelRiggs·2023-11-28 04:12

metawrap宏基因组数据处理流程（亲测有用）

1.metaWRAP简介MetaWRAP旨在成为一个易于使用的宏基因组数据分析软件包，从头到尾完成宏基因组分析的核心任务：序列质量控制、组装、可视化、分类分析、提取基因组草图（又称分箱binning）和功能注释
不锈铁·2023-11-27 21:44

HMM基础

三、HMM的3个问题（一）概率计算／评估------likelihood给定模型参数以及观测序列，求当前模型参数下生成给定观测序列的概率。图3.1likelihood问题1、穷举法图3.2穷举法2
cherryleechen·2023-11-27 16:06

R语言实现OTU表的抽平分析

相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。那么今天就来讲一下如何使用R语言来实现对OTU表的抽平分析。1抽平是什么？
fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

混合（Pooling）样本测序研究

1.混合测序基础测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。
生物信息与育种·2023-11-26 19:46

python检测序列中的元素是否满足严格升序关系

方法1deflessThan1(seq):forindex,valueinenumerate(seq[:-1]):ifvalue>=seq[index+1]:returnFalsereturnTrue方法2deflessThan2(seq):func=lambdax,y:x
el psy congroo·2023-11-26 07:02
上一页 5 6 7 8 9 10 11 12 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他