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Linux
测序
【动植物研究动态】20220320文献解读
长读环化
测序
(Circular
生物信息与育种
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2023-11-03 13:01
第十六章 隐马尔科夫模型
文章目录简介概念随机变量与随机过程马尔可夫链隐含马尔可夫模型两个基本假设三个基本问题算法观
测序
列生成算法概率计算算法前向概率与后向概率前向算法后向算法小结概率与期望学习问题监督学习方法Baum-Welch
小酒馆燃着灯
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2023-11-03 05:19
机器学习
手写AI
深度学习
机器学习
生信搬运工-03-
测序
文件格式介绍
生信搬运工-03文章目录一、Peak文件介绍1.NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、
测序
常见文件格式
奈良家の小鹿
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2023-11-03 04:20
生信笔记
linux
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞
测序
分析
生信宝典
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2023-11-03 04:45
html
css
数据挖掘
数据可视化
正则表达式
NGS数据分析实践:03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式
4]-bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式4.bed格式5.Wiggle/Bigwig/bedgraph格式5.1Wiggle/Bigwig5.2BedGraph格式系列文章:二代
测序
方法
hucy_Bioinfo
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2023-11-03 04:45
基因组学
其他
Seurat对象数据结构整理-1
@data:原表达矩阵通过NormalizeData()归一化消除
测序
文库差异(对于每个细胞,将每个基因的表达量除以该细胞的所有基因表达量之和,然后乘以一个scale.factor,之后以自然对数进行转换
Nh_code
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2023-11-03 01:06
r语言
聚类
转录组分析(五)--王通老师讲解
19tophat(二)具体演示(重中之重来了)A为对照组,B为处理组,A和B都采用illumina
测序
,reads读长分别为70bp,插入片段大小为200bp,reads之间的距离为200-70-70=
不如好好学生信吧
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2023-11-02 20:40
生信 | 三维基因组技术(三):Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用
High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术1.2Hi-C目的了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质
测序
片段更好
生信卷王
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2023-11-02 20:06
2020.8.26丨代谢组
测序
产品概述
背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义:分子量小于1000的小分子代谢组学:检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC:气相色谱LC:液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子,进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活
穆易青
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2023-11-02 17:50
心得
经验分享
代谢组
测序
产品概述
背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义:分子量小于1000的小分子代谢组学:检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC:气相色谱LC:液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子,进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活
wangchuang2017
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2023-11-02 16:14
代谢组测序
关于Fastq格式的一些想法
FASTQ是基于文本的,保存生物序列(通常是核酸序列)和其
测序
质量信息的标准格式。
Better_man1
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2023-11-02 13:20
【生物信息学】单细胞RNA
测序
数据分析:计算亲和力矩阵(基于距离、皮尔逊相关系数)及绘制热图(Heatmap)
.质量控制(可选)3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍 计算亲和力矩阵,一般按照以下步骤进行:导入数据:加载单细胞RNA
测序
数据集
QomolangmaH
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2023-11-02 05:04
#
生物信息学
数据分析
矩阵
数据挖掘
人工智能
生物信息学
## 单细胞文献14-单细胞
测序
揭示人肝驻留免疫细胞的异质性
Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman,2020年6月发表在CellDiscov,去年影响因子:6.255,现在是:10.849,这个杂志这两年接收了大量单细胞
测序
的文章
土豆学生信
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2023-11-02 02:42
【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲 分子生物学操作技术
核酸的凝胶电泳7.1.2细菌转化(transformation)7.1.3聚合酶链式反应(PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR,Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐
测序
技术
taotaotao7777777
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2023-11-01 21:05
分子生物学
深度学习
人工智能
R包pheatmap绘制热图
前言:欢迎关注微信公众号:生信天团本文微信连接:R包pheatmap绘制热图此文参考自B站孟浩巍的系列视频[1]代码,利用个人
测序
数据绘图,现学现卖,不足之处,请多指教;1.pheatmap热图解读:文件输入为矩阵
谢俊飞
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2023-11-01 10:19
R语言实现Alpha多样性指数的计算
不过你可能会说,这个不是
测序
公司都计算好了吗,而且还可以用qiime软件,为啥还要使用R,因为有些
测序
公司并没有帮你抽平,再一个我使用R语言比较多,如果你会使用其他软件当然更好。欢迎你与我分享一下。
fafu生信小蘑菇
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2023-11-01 06:12
WGBS vs RRBS
为什么使用亚硫酸氢盐
测序
法?基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA,发现基因组中单个胞嘧啶或整个区
生信start_site
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2023-11-01 03:21
Jellyfish-2的安装与使用
计算输入的基因组数据(fasta)、
测序
数据(fastq)等,长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合,kmer就相当于一个子集,去遍历整个集合。
陈有朴
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2023-10-31 23:46
随机森林与人工神经网络联合诊断心衰模型的构建与分析
近年来,随着基因
测序
技术的进步和进步,人们发现了更多与心力衰竭相关的基因。利用基因表达综合(GEO)数据库中现有的基因表达数据
科研侠
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2023-10-31 14:38
第六期Day7笔记--徐沫沫
测序
相关知识集中充电主要学习内容区分一二三代
测序
二代
测序
大体流程NGS组学包括哪些分类image.pngimage.png今天就简单整理一下吧,偷个懒,累了。。。。
徐沫沫
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2023-10-31 08:35
10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理
在这里,使用10X单核RNA
测序
(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据(单
单细胞空间交响乐
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2023-10-30 23:09
基因组denovo
测序
与meta联合分析
在生物进化的过程中,动植物和微生物存在互利共生的关系,如人肠道菌群的微生物。物种的不断进化,菌群的变化对物种的免疫功能、生长状态也有着巨大的影响。已有研究表明,利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究,发现了50多种新的细菌,这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外,在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇,通过克隆和筛选,获得了新的生理活性物质,包括抗生素、酶以
花生学生信
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2023-10-30 11:19
DNA甲基化数据分析(二)
DSS是一个R包,对基于计数的
测序
数据进行差异分析。它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因(DEG),以及来自亚硫酸氢盐
测序
(BS-seq)的差异甲基化位点或区域(DML/DMR)。
杨博士聊生信
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2023-10-30 10:21
三维基因组 | 棉花 《Nature Plants》 2018
目前基因组
测序
获取了大量物种的染色体的一级结构(通俗讲DNA序列),对于基因功能研究起到了重要的作用,但染色体的高级结构(3D结构)对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构
生信师姐
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2023-10-30 07:53
了解大数据时代的生物信息
早上赵老师介绍了
测序
技术的发展历程,我们了解到一代的基因
测序
设备并不完善,因此二代在此基础上研发出较多设备帮助人们去进行研究,现在的三代已有了较多的仪器,能够测得更多的基因序列,具有很高的准确度。
青山见我_11fa
·
2023-10-30 07:00
2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析记录
/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文:在这篇工作流程文章中,我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA
测序
数据
程凉皮儿
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2023-10-30 05:34
高通量
测序
技术与转基因分子特征
高通量
测序
技术与转基因分子特征以下文章来源于核酸检测科学前沿,作者hsjsqy20近年来,随着
测序
技术的发展,基于高通量DNA
测序
技术的转基因植物分子特征分析为精准解析转基因植物的分子特征提供了新的思路
天明豆豆
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2023-10-29 16:24
202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream
MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具,它能够从宏基因组
测序
数据中识别和分离微生物的组成。
小果运维
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2023-10-29 11:03
生信分析-bioinfo
学习
数据分析
2021-12-10
本文作者使用单细胞RNA
测序
的方法,分析了35个早期NSCLC病变中的36
图灵基因
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2023-10-29 09:18
HIFISAM 组装
hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi
测序
技术,在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。
笺牒九州的怪咖
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2023-10-29 07:32
生信课程笔记8-序列特征和基因模型
基因模型被定义为基因产物的描述,包括来源于计算预测、mRNA
测序
或遗传特征的基因产物。该基因特征旨在近似覆盖该领域的工作者认为是基因的核酸区域。
果蝇饲养员的生信笔记
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2023-10-29 07:34
工作流开源系统--DRAKE
包括下一代
测序
技术(NGS)打开了数据分析的空间,生物学成为数据密集领域,越来越多的生物数据需要通过复杂的计算工具(集群、云端和网格计算)进行NGS处理和分析。
袁一白
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2023-10-29 05:03
bigdata
workflow
20210520【生信星球】-
测序
知识
测序
知识.png参考:illumina公司原理介绍密码:bxsry4文章《
测序
的世界》初涉
测序
名词结构化
测序
技术原理及常用数据格式简介第三代
测序
[图片上传中...
我就是那只猪脚
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2023-10-29 04:14
斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因
测序
转自:机器之心在世界范围内,RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大,这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。因此,我们有必要加深对它们的了解。近日,斯坦福大学的几位科学家在GitHub上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗mRNA序列的新文件,或有助于增加我们对该疫苗的了解。GitHub链接:https://gith
开源前哨
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2023-10-29 03:06
单细胞
测序
--Seurat标准流程
单细胞
测序
--Seurat(上)--创建对象和数据预处理参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件:1)barcodes.tsv:样本中所有的细胞的条码
Seurat_Satija
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2023-10-29 01:16
简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值
GWAS大家都很熟悉了,随着目前越来越多的重
测序
文章的发表,可见如今SNP数据是非常的丰富,以及GWAS也发展了15年了,如今到了一个后GWAS时代。
只看不写_nathan
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2023-10-28 23:57
在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法
比如,在微生物组成谱和宏基因组
测序
中,堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue
维凡生物
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2023-10-28 23:28
Chip-seq简介
与蛋白质的相互作用,首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机
测序
生信修炼手册
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2023-10-28 16:54
chip_seq质量评估之计算样本间的相关性
为了保证重复样本具有较好的一致性,除了在实验上保证操作流程的规范化,对于
测序
数据,我们也需要对其进行评估。
生信修炼手册
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2023-10-27 20:53
运行picard FixMateInformation的问题
运行picardFixMateInformation单端
测序
数据正常,运行两端
测序
数据没有结果。
浩瀚之宇
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2023-10-27 16:30
群体遗传学习笔记:NGS结构变异检测原理
随着
测序
的成本越来越低,
测序
技术越发先进,除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了各位复杂,但是也同样非常常见的结构变异(SV)。
lakeseafly
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2023-10-27 06:49
2021-12-26
测序
TPM
TPM与RPKM和FPKM是相似的,但是其对
测序
深度和基因长度归一化的顺序不一致,得到的结果也略有差别。Step1:对每个基因的长度进行归一化。
一去二三
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2023-10-27 03:46
2021-11-18
2020-05-2610:17某物种基因组被
测序
后,大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章,此举常常被误解为“灌水”,其实不然,理清基因组内基因家族成员分类组成,是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作
844ed84ba80d
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2023-10-27 01:04
用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding
背景介绍在得到初步的组装结果之后,如果手上有10xgenomics的基因组
测序
数据的话,除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)
卖萌哥
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2023-10-27 01:33
宏基因组,代谢组:高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的?
测序
行业的蓬勃发展,带来微生物组学日新月异的变化。目前,单一组学的文章不断“贬值”,前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析,即结合多个组学的分析角度,从多个层面阐述生物学机制。
Seurat_Satija
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2023-10-26 15:49
【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱
通过单细胞RNA
测序
鉴定的人胚胎心脏细胞类型,证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用
六博说
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2023-10-26 13:45
宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱
1.高通量
测序
是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离,数据库中无相关信息;利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析,可以对数据产生新的理解
JarySun
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2023-10-26 09:10
学习小组Day7--魏东升
想不到
测序
这么复杂,迷迷糊糊先写个轮廓。其实差的很远,重点知识还是二代
测序
知识吧,由于样品的浓度不够,所以,需要巢式PCR扩增
测序
样品,过程非常繁琐。
魏东升_1b7f
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2023-10-26 08:06
生信格式之sam、bam
一、sam、bam简介1、samSequenceAlignment/Mapformat,直译就是序列比对格式;序列比对是
测序
结果分析中最基础的一步操作,它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域
小贝学生信
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2023-10-26 03:59
根据已有序列提纯二三代
测序
数据
提纯二代数据bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>
[email protected]
>out.bambedtoolsbamtofastq-iout.bam-fqmito_f1.fq-fq2mito_f2.fq提纯三代数据bwaindexr
马连洼小法师
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2023-10-25 23:44
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