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Linux
测序
不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组
测序
分析流程
下边上干货.1.分析流程:2.分析步骤2.1数据预处理,质控过程,与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的:将预处理后reads进行拼接,得到拼接结果。原理:应用deBruijngraphpath算法对reads进行denovo拼接;对上一步的拼接结果,再用HamiltonPath算法拼接。结果:UniGene序列,UniGene统计信息,序列长度分布图2.3数据库注释目的:对拼接得到
师敬超
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2023-11-29 18:49
不用linux转录组数据分析
转录组学习第5弹-比对参考基因组
比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化,因此
测序
得到的序列只是基因组的部分序列。
长腿猴子请来的救兵
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2023-11-29 18:12
测序
学习
计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS
DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata),为基于高通量
测序
数据的差异分析而设计的Bioconductor包。
黄晶_id
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2023-11-28 16:39
bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起
经过我们之前的12个问题,我们对Illumina
测序
的原理,
测序
的储存模式,
测序
数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。
RachaelRiggs
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2023-11-28 04:12
HMM基础
三、HMM的3个问题(一)概率计算/评估------likelihood给定模型参数以及观
测序
列,求当前模型参数下生成给定观
测序
列的概率。图3.1likelihood问题1、穷举法图3.2穷举法2
cherryleechen
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2023-11-27 16:06
R语言实现OTU表的抽平分析
相信大家平常在16sRNA
测序
后,一般都会对
测序
数据划分后生成的OTU表进行抽平,保证保证样本
测序
序列的均一性。那么今天就来讲一下如何使用R语言来实现对OTU表的抽平分析。1抽平是什么?
fafu生信小蘑菇
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2023-11-27 13:03
混合(Pooling)样本
测序
研究
1.混合
测序
基础
测序
成本虽然下降了,但对于植物育种应用研究来说还是很高,动不动就上百群体,小小植物个体价值又低,测完了很可能后面就用不到了。这时,混合样本
测序
是一种省钱的好办法。
生物信息与育种
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2023-11-26 19:46
python检
测序
列中的元素是否满足严格升序关系
方法1deflessThan1(seq):forindex,valueinenumerate(seq[:-1]):ifvalue>=seq[index+1]:returnFalsereturnTrue方法2deflessThan2(seq):func=lambdax,y:x
el psy congroo
·
2023-11-26 07:02
Python
python
这篇11分文章还留了个宝藏给你
11.878)的一篇文章,“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”,本文通过联合单细胞转录组
测序
技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响
科研菌
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2023-11-26 06:41
基因组在动物的实际应用综述
•也可能会出现从基因型微阵列到
测序
的转变。摘要许多牲畜物种的高维基因组信息的获取正在加速。这不仅得益于基因分型成本的持续降低,而且还得益于利用基
Hello育种
·
2023-11-26 05:17
qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t
做完转录组分析之后,一般都要求做qRT-PCR来验证二代
测序
得到的转录本表达是否可靠。
生信小博士
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2023-11-25 15:01
算法
LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据
LoRDEC是一个利用二代
测序
短序列reads矫正三代
测序
长reads的工具,利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph(DBG)对三代长Reads进行纠错,适用于PacBio和Oxford
迎着阳光走
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2023-11-25 11:18
生信课程笔记12-负二项分布与
测序
随机变量随机试验的样本空间为Ω,如果对于每一个样本点ω∈Ω,有一个实数X(ω)与之对应,这样得到一个定义在Ω上的单值函数X=X(ω),则称X(ω)为随机变量,简记为X。也就是说,随机变量X是一个从Ω到实数域R的函数,它的定义域为Ω,它的值域X(Ω)为R或R的一个子集。通常用X,Y,Z表示随机变量,用x,y,z表示随机变量的取值。引入随机变量是为了将随机试验数量化,便于对其规律性进行研究。例如,随机
果蝇饲养员的生信笔记
·
2023-11-25 10:06
NC:樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞
测序
解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制
2021年07月02日,Naturecommunications在线发表了复旦大学(中山医院)肝癌研究所樊嘉院士、杨欣荣教授团队与深圳华大生命科学研究院合作的最新成果DissectingspatialheterogeneityandtheimmuneevasionmechanismofCTCsbysingle-cellRNA-seqinhepatocellularcarcinoma。论文通过单细胞
尐尐呅
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2023-11-25 07:54
群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”
基于重
测序
数据的群体结构分析,很多时候,我们会用一款软件,即Admixture(替代传统的Structure,后者太慢了)。输出的结果可视化,才能方便下游分析。
生信石头
·
2023-11-25 07:46
VirtualBox 中练习安装linux系统centos7
,只要下载好vbox软件,双击运行一直下一步就安装好了:下载地址:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads2.2下载centos7系统iso文件:海量的高通量
测序
数据
组学大讲堂
·
2023-11-25 04:45
疫情.怡情(之三百九十九)
该发现是由弗朗切斯科·布罗科洛教授领导的米兰研究小组与那不勒斯合作研究发现的,已经对该毒株完成了全部
测序
。并于今日正式保存在两个主要的国际数据库Pubmed和Gisais中。
飞扬的雪ing
·
2023-11-25 01:41
真菌基因组研究高分策略(一):比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源
随着
测序
技术的发展,高通量
测序
揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性,高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。
SHANGHAILINGEN
·
2023-11-24 23:58
测序
组学
单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组
测序
◆单细胞
测序
的概念◆上节我们讲到转录组
测序
相关内容,这期将继续学习单细胞转录组
测序
。
爱基百客
·
2023-11-24 23:27
单细胞测序
其他
关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考
目前植物单细胞转录组
测序
主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢?啥?成年人少做选择?看看账上,摸摸兜里,得有财力支持啊!本期,聊聊这个主题,有错的话请读者留言批评。
SHANGHAILINGEN
·
2023-11-24 23:56
测序
组学
自然综述:单细胞和空间组的数据整合方法
然而,单细胞
测序
破坏了细胞间的空间关系,而空间转录组并不能区分出特定的细胞。
概普生信
·
2023-11-24 18:29
BSA分析详解
Bulkedsegregationanalysis)即混合分组分析(BSA,or集群分离分析法),也称分离群体分组分析,是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体,在子代分离群体中,选取两组表型差异极端的个体分别构建混合池,结合高通量
测序
技术对混合样本
测序
awk_bioinfo
·
2023-11-23 18:38
群体遗传进化&GWAS
生物信息
算法
BSA
练习八-利用有限状态机进行时序逻辑的设计
案例:重复检
测序
列,实现检测功能是:5进制“10010。考虑到序列重叠的可能,有限状态机共提供8个状态(包括初始状态IDL
向兴
·
2023-11-23 17:38
Verilog数字系统设计教程
fpga开发
Kraken2安装与数据库构建2022-01-02
我将其用于
测序
数据以及序列的物种的物种注释,检查
测序
数据以及序列是否有污染。
土雕艺术家
·
2023-11-23 08:28
学习:StatQuest-RNA-seq
RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA
测序
过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边
测序
的原则,不同碱基,带有不同荧光,
测序
仪测出不同荧光image.pngRNA-seq
小潤澤
·
2023-11-23 06:32
跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组
测序
UMAP降维聚类
更多内容请关注个人公众号---KS科研分享与服务---接上节(跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应)。数据合并之后,就需要跑标准的Seurat分析流程了。在《cell》文章中,作者还计算了细胞周期评分,因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期,所以看周期是很有必要的,尤其是针对具体的研究目的。在示例数据中,可以看到,各个样品细胞周期基本一致。s.g
KS科研分享与服务
·
2023-11-22 15:15
单细胞
测序
分析肺部分实性结节的细胞生态系统
2022年2月,北京大学人民医院王俊院士团队在ClinicalandTranslationalMedicine发表了题为“Single-cellRNAsequencingrevealsthemulti-cellularecosystemindifferentradiologicalcomponentsofpulmonarypart-solidnodules”的研究成果。通过比较肺腺癌早期患者部分实
晶典教你玩转科研
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2023-11-22 08:15
论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”
WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA
测序
掉了西红柿皮_Kee
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2023-11-22 03:22
从头
测序
+重
测序
| 利用细菌二/三代
测序
组装全基因组草图,注释,并应用于遗传分析...
假设你分离到了一株菌,是一种当前研究地少、或新发现的物种,NCBI也无参考基因组,那么:①需要从头组装;②二代
测序
Reads太短,为了获得最大的contig或染色体,就可能需要加些三代
测序
数据;③组装好了之后就要注释
生信宝典
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2023-11-22 03:03
GEO数据挖掘-数据下载
储存有基因芯片数据,新一代
测序
数据以及其他形式的高通量功能基因组数据。详细参考菜鸟青盐:https://www.
活捉一只Sophie
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2023-11-22 03:49
annovar对非模式生物建库注释
annovar简介在我们做重
测序
,或者比较基因组学分析的时候,我们往往在callsnp或者indel的时候,需要对我们的变异位点进行注释,而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多,但是我们所研究的物种却不仅限于人类
小潤澤
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2023-11-22 03:04
1130转录组分析(三)--王通老师讲解
[endif]RNAseq
测序
定义[if!supportLists]2.
不如好好学生信吧
·
2023-11-22 01:36
ATAC-seq经典之作
Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition表观
测序
领域大牛
Shaoqian_Ma
·
2023-11-21 22:28
单细胞
测序
+免疫,还可以这样做!
近些年,免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点,单细胞
测序
也是越来越受欢迎,这篇文章就很好的将二者进行了结合,从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。
概普生信
·
2023-11-21 21:50
空间组数据和单细胞数据的相关性分析(Seurat)2022-05-20
相似关键词单细胞数据集相关性分析空间组与单细胞数据集相关性分析空间组数据集相关性分析适用背景近年来,单细胞转录组
测序
异常火爆,而与其类似的空间转录组
测序
很有可能成为下一个风口。
黄甫一
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2023-11-21 19:47
山核桃的基因组
测序
ThegenomesofpecanandChinesehickoryprovideinsightsintoCaryaevolutionandnutnutrition作者:肖力宏黄见钦单位:浙江农林大学文章地址:https://academic.oup.com/gigascience/article/8/5/giz036/5484800主要内容:利用二代和三代
测序
技术对美国山核桃和中国山核桃的
香波地海
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2023-11-21 12:03
贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3
写在前面目前基因组
测序
和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载。
生信石头
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2023-11-21 10:57
Chipseq单端
测序
数据分析
工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile#method1:sratoolkitscatsrr.txt|whilereadlinedoprefetch-O$wkd/sra$linedone#method2:axel#findthe
bred
·
2023-11-21 09:50
基因组重
测序
与转录组联合分析简介
基因组重
测序
是挖掘候选基因的重要手段,转录组
测序
则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重
测序
中的全基因组关联分析(GWAS)、数量性状基因座(QTL)等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。
花生学生信
·
2023-11-19 20:29
基因组与群体进化,解析物种进化历程-04
基于高质量的基因组和不同茶树基因组重
测序
来探索基因组变异,将有助于更好地利用这些宝贵的基因组资源,
百迈客生物
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2023-11-19 18:45
GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具
三代Pacbio和Nanopore
测序
技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步,泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。
花生学生信
·
2023-11-19 15:12
如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析?
NGS
测序
项目,不管是基因组
测序
,还是转录组
测序
,通常会得到一个基因列表,记录了基因突变,或者高/低表达量。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2023-11-19 15:52
大数据
人工智能
java
编程语言
数据分析
bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer
我们在[生物信息学100个基础问题——第5题
测序
建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问
RachaelRiggs
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2023-11-19 09:20
微生物多样性研究10步走(第一步)-OTU聚类与注释
通常微生物多样性分析都是基于二代
测序
技术来实现的。二代
测序
的上机、建库等实验流程我们暂且不聊,我们从拿到下机数据来讲起。本期先为大家分享一个基础概念--OTU。
f70420f979c3
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2023-11-19 06:08
一起做论文的兄弟
大三之前我们玩着各自的游戏我玩我的暗黑你玩你的传奇毕业前夕不知怎么分到了同一个毕业课题芍鸡标本中线粒体的提取与
测序
自从开了课题就再也见不到你的实体如同你的发型飘逸如同你的刘海诡异每次有事找你总是回着同样的信息不急
古瑞特
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2023-11-19 06:15
2023-06-09 scRNA-seq分析个人分析记录贴
前言scRNA-seq越来越成为一种常规
测序
内容,最近正好分析一些scRNA-seq的数据,把分析过程记录下来,便于后续再次使用。对于走过的坑也进行记录,后续便于解决问题。
xiaoguolaile
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2023-11-19 04:23
测序
原理碎碎念
大家都知道高通量
测序
,那你知道
测序
的接头是如何加上去的吗?
BINBINCC
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2023-11-19 04:12
「干活」基因组组装之前要做的:Genome Survey
可以系统性地称为genomesurvey,这是一个非常简单的分析,但是其实有一些问题是值得注意的GenomeSurvey一般基于Illuminashortreads进行分析,因为二代
测序
便宜,先测出来试试水
陈有朴
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2023-11-19 04:46
生信星球学习小组第29期第七天
双脱氧链终止法原理固定的点开始随机在某一个特定的碱基处终止并且在每个碱基后面进行荧光标记产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸尿素变性的PAGE胶上电泳检测获得可见DNA碱基序列优点准确性高达99.999%缺点通量低1000bp第二代循环阵列合成
测序
法
科研狗Poppy
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2023-11-19 02:57
一文看懂植物单细胞
测序
怎么做?
作者:椰子糖审稿:童蒙编辑:amethyst随着单细胞
测序
技术的突破,单细胞
测序
的时代已然到来。
生信阿拉丁
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2023-11-19 02:36
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