转录组（RNA-seq）第13页

号外号外，桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始，快来报名吧！

：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之

桓峰基因·2023-09-10 20:12

SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录组生信分析教程桓峰基因公众号推出转录组分析教程，有需要生信的老师可以联系我们！

桓峰基因·2023-09-10 19:41

基因类型

第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】-基因组：单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部DNA【核基因组+线粒体基因组+叶绿体基因组】-狭义转录组

YX_Andrew·2023-09-10 02:28

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。当然，前面自己进行安装，示例数据在https://www.dropbox.com/s/r7rpsftbtxl89y5/conga_example_datasets_v1.zip，大家可以自己下载尝试分析。1、加载%matplotlibinlineimportcongaimportnumpyasn

单细胞空间交响乐·2023-09-09 17:20

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

作者，追风少年i周五了，一周马上过去了，感觉如何？？？和很多人交流，发现一个很有意思的现象，每个人都盯着自己没有的东西，自己拥有的都选择忽视，这样的态度，是不是我们烦恼的根源？？好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc

单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序

小贝学生信·2023-09-09 15:03

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire

单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。

jiarf·2023-09-09 06:22

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！fastq-dump.sra文件然后压缩一下（因为节省空间）gripSRR.fastq3、质控及去接头trim_galore自动检测adapter的质控软件，具体参数--length

pudding815·2023-09-09 02:57

转录组测序数据分析

本文参考文献https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据、参考基因组、注释文件、index索引文件的下载，当然也可以自己建立index文件。rawdata下载

柴本·2023-09-08 20:26

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞RNA-seq

生信学霸·2023-09-07 14:08

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。

单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

单细胞测序在发育生物学的应用

通过将记录信息与单细胞转录组测序数据的整合，研究人员概述了不同组织类型之间的基本发育过程，并揭示了胚外和胚胎来源的内胚层细胞几乎完全的转录趋同。

today_is_geqi·2023-09-07 10:34

2022-12-28

Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和单细胞转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=66.85推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-09-06 22:13

BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域

识别空间域（即在基因表达和组织学上具有空间相关性的区域）是空间转录组学中最重要的课题之一。

尐尐呅·2023-09-06 18:03

Nature：微生物空转 2022-11-17

2022年11月16日，Nature发表了弗雷德·哈钦森癌症研究中心(FredHutchinsonCancerResearchCenter)的研究者们的最新微生物空间转录组研究成果！

笺牒九州的怪咖·2023-09-06 15:05

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有

dming1024·2023-09-06 08:16

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud

好风凭借力·2023-09-06 07:31

细胞发育学—小胶质细胞_Science

安哥生个信·2023-09-06 04:31

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点，该函数将Seurat对象列表作为输入，并使用IntegratedData()函数，用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

单细胞转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲：每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-09-04 17:53

Nature commun |晚期胰腺导管腺癌中自发进化的祖细胞niches逃避Yap癌基因成瘾

那么，在晚期胰腺导管腺癌(PDAC)中结合RNA-seq和Cut&Tag技术对肿瘤自发复发研究有什么样的影响呢？看看今天我们带来的文章。

爱基百客·2023-09-04 06:04

零基础练习一个RNA-seq分析】CH0：准备一个云服务器

写在最前面大概也是受到了【时代灰尘】的重压，原来的实验计划全盘打乱，本来计划利用疫情期间要写完的综述看起来也要虎头蛇尾了。在经历了一个惨淡的保研申请季后，决定重新把精力放到自己的课题上来，一方面听从老板的建议，充实一下自己保研答辩的PPT，另一方面也是冲淡一下夏令营带来的挫败感。作为一个计算机小白，从搭建一个云服务器开始，学习Linux，跟着@Y大宽姐姐和@徐洲更hoptop哥哥的慢慢摸索。到今天

josia_luo·2023-09-04 04:59

空间转录组分析-工具箱

空间转录组注释通过marker进行spot注释1、手动2、使用工具-SingleR空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释if(!

大魔王鱼鱼鱼·2023-09-03 16:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

接着单细胞下游分析：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！

KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

10X单细胞个性化分析之CNV篇

目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，尤其是肿瘤样本的分析研究；3）其他非模式物种的细胞图谱。

单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

2022-04-19

黑色素瘤恶化和免疫编辑的高精度空间图景原创huacishu图灵基因2022-04-1909:14收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=39.397推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者整合了3D高分辨率显微镜和空间转录组学来研究原发性黑色素瘤的免疫逃避和免疫编辑

图灵基因·2023-09-03 11:34

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络

素材积累·2023-09-03 09:09

linux学习100篇39：转录组分析用软件及安装trim-galore

安装(rnaseq)root11:58:44~$condainstall-ytrim-galoretrim-galoreCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.cutadaptremovesadaptersequ

Seurat_·2023-09-03 01:47

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

同时，RNA种类繁多、功能复杂，借助RNA-NGS这一强大而灵活的转录组学工具，深度解析免疫微环境，助力免疫治疗策略优化，已取得极大进展……本期，求小臻将带领大家一起

求小臻·2023-09-03 00:35

轰动学界的Nature重磅进展：生信研究迎来史诗级大爆发

生信宝典·2023-09-02 19:30

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

hello，大家好，今天我们来总结一些10X单细胞和10X空间转录组联合分析的运用案例，让我们对10X单细胞和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。

单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性；②找到一群（相对于正常样本）在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞

TOP生物信息·2023-09-02 17:29

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(9)changeo

hello，大家好，前面分享了很多有关TCR的数据分析，今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备，现在还都只是中间过程，好了，我们今天我分享的软件是changeo，大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata，2015年便发表了，而我们分享这

单细胞空间交响乐·2023-09-02 06:53

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的

felix108·2023-09-02 00:36

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实

冷冻工厂·2023-09-01 11:23

单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing，单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

拾光_2020·2023-09-01 01:12

Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

作者的思路很清晰，利用TCGA数据库和CCLE数据库，评估细胞与肿瘤组织的相关性，并进行下游的转录组学分析，最终得到了所谓的TCGA-110，就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。

熊逸Byron·2023-08-31 14:57

高通量测序的前世今生

今天有师弟问我关于转录组测序和基因芯片的东西。问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？

研平方·2023-08-31 06:23

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata

单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

Cancer Letters|胰腺癌：蛋白组+转录组

今天跟大家分享的是2019年11月发表在CancerLetters上的一篇文章，影响因子6.508。Noveltargetsidentifiedbyintegratedcancer-stromalinteractomeanalysisofpancreaticadenocarcinoma癌-基质相互作用组分析确定的胰腺癌新靶标首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容，胰腺癌微环境对癌症的发展，进

概普生信·2023-08-30 07:42

【文献分享，IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险

为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤，德国柏林大学研究团队将单细胞蛋白组（CyTOF）与单细胞转录组（scRNA-seq）技术相结合，评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号

普罗亭·2023-08-29 19:45

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相

易基因科技·2023-08-29 13:09

【趋势速览】-单细胞研究数据库揭示转录组学研究趋势

迄今为止已发表的1000多项单细胞转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。

六博说·2023-08-29 12:29

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

DART:afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation

wangchuang2017·2023-08-29 02:16

黄单胞菌在多种生物膜下的差异基于表达

本研究对逆转录黄单胞菌转录组在单种生物膜、双种和四种菌群中与根嗜寡养单胞菌、氧化单胞菌和溶淀粉酶Paenibacillusamylolyticus的基因表达进行了比较分析。

小三的后一位小四·2023-08-28 12:04

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.[endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的reads(错配最多5bpr

不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_

好风凭借力·2023-08-27 22:26

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。

Seurat_·2023-08-27 21:49

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

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