转录组（RNA-seq）第14页

10X空间转录组重点分析合集2

作者，追风少年i马上国庆了，祝大家节日快乐，我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块，筛选关键转录因子在基因模块中是否为hubgene，并通过预测转录因子的靶基因（MEME），筛选出基因

bioyigene·2023-08-26 12:27

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!

bioyigene·2023-08-26 12:57

copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）

hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology，影响因子36分多，非常高，前几位的作者都是中国人，非常值得一看，文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT，也是通过

单细胞空间交响乐·2023-08-25 15:19

2021-12-22

自身免疫炎症期间稳态和致病性细胞的转化原创骄阳似我图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过在体内稳态和CNS自身免疫炎症期间对84000多个Th17细胞的转录组和

图灵基因·2023-08-25 05:04

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多

NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

转录组分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。

生信宝库·2023-08-24 08:00

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

数据库的主页面数据库的数据来源第一步：选择肿瘤第一步我们选择肝癌第二步：选择数据类型第二步我们选择RNA-seq第二

生信小课堂·2023-08-23 09:19

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例

单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化

生信森林·2023-08-22 19:05

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

在获得RNA-seq基因表达矩阵后，通常需要对数据进行预处理、探索性数据分析、差异表达检验以及通路分析，以得到可以帮助进一步实验和验证研究的结果。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

RNA-seq的样本为什么是负二项分布？

参考下面这篇，深入浅出，条理很清晰RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？https://www.jianshu.com/p/ad24bb90b972

RachaelRiggs·2023-08-22 07:34

空间转录组国产平台之光------STOmics

今天我们要继续空间转录的内容，不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-21 18:21

详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst引言随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。

生信阿拉丁·2023-08-20 23:19

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMF

在我分享的文章中10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger中详细分享了liger，其中用到了iNMF，我们这次也要详细的讲解。图片.png其实liger批次矫正的核心思想是非负矩阵分

单细胞空间交响乐·2023-08-20 20:19

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因

很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。

麦冬花儿·2023-08-20 09:55

projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中

termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF)transformationandlatentsemanticindexing(LSI)算法进行数据降维转换，可以将query的单细胞或bulk转录组数据集映射到

Davey1220·2023-08-20 06:16

转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释

既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts),因此很有必要对这些转录本进行注释。注释的工具有很多，我们可以通过Trinotate对拼接的转录本进行注释首先我们安装Trinotate到下载页下载最新的Trinotate然后解压后yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:~/Biosoft$wgethttps:/

Yeyuntian·2023-08-20 05:25

单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-19 19:43

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

例如，CITE-seq可以同时测量同一细胞的转录组和细胞表面蛋白。其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对

Seurat_·2023-08-18 20:35

2022-07-11

现在，研究人员已经使用单细胞RNA-seq来表征未分化多形性肉瘤小鼠模型的免疫组成。他们发现软组织肉瘤会产生一种

图灵基因·2023-08-18 12:43

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病

提到科研顶流，就不得不提单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST），两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。

尐尐呅·2023-08-18 09:57

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的单细胞转录组图谱

标题：Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊：natureecology&evolution日期：2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象，基于华大DNBelabC4单细胞建库测序平台，分析了来自4种不同品级的法

六博说·2023-08-17 20:06

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

rna-seq批量pipeline

###拿到cleandata之后先trimmomatic此列选用特异的adapter序列##foriin*1.clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq${i}1.unpaired.fastq${i}2.paired.f

njmujjc·2023-08-17 12:10

单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲：得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-17 09:44

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

本文是参考学习CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-16 23:26

初学单细胞转录组差异分析

单细胞转录组差异分析主要分为两步：首先构建Seurat对象，然后查找或添加分组信息，最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。

小贝学生信·2023-08-16 07:47

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

10X空间转录组之再谈距离分析和空间临近通讯

首先来谈第一个距离分析关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析、空间转录组细胞类型的距离分析之二

单细胞空间交响乐·2023-08-15 19:13

热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异

近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM，BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这

KS科研分享与服务·2023-08-15 19:31

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

虽然三代测序在蓬勃发展，并在基因组和转录组测序等领域展现出前所未有的优势，但限于成本问题，其应用范围尚不及二代测序。二代测序技术以其短读长、高通量、准确性高的特点，仍在

牧牧牧之·2023-08-15 13:34

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。对于可获得scRNA-seq数据的系统列表不断增加，用户可能有兴趣对每个空间体素进行“反卷积”以预测细胞类型的潜在组成。在准备此小插图时，我们使用了参考scRNA-seq数据集测试了多种decovonlution和整合方法使用SMART-Seq2协议生成的来自AllenInsti

Seurat_·2023-08-15 10:45

如何改造inferCNV的热图？

首先花半小时来看什么是inferCNV：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异划重点：安装说明：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/

Seurat_Satija·2023-08-15 07:14

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平

周六周六·2023-08-15 01:15

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah

面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

更新随笔转录组分析课程结束，可以说开始认识生信的世界了。

佳奥·2023-08-14 18:49

10X空间转录组数据分析之思路总结（针对肿瘤样本）

hello，大家好，今天我们来分享一下有关空间转录组研究肿瘤样本切片的一些思路，主要的参考文献是ComprehensiveAnalysisofSpatialArchitectureinPrimaryLiverCancer

单细胞空间交响乐·2023-08-14 16:42

单细胞转录组数据分析课件||8. Differential expression analysis of scRNA-seq data

单细胞数据分析中的差异分析主要是找出每个亚群的marker基因，可以作为亚群的某个特性。此处省略SCDE的标准流程。ThislecturebyStåleNygård(UniversityofOslo,Norway)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR"(27.-29.5.2019).Pleaseseehttps://www.csc

周运来就是我·2023-08-13 15:14

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上

生信宝典·2023-08-13 05:47

转录组不求人系列(一)：转录组测序文件与一般基础概念解读

其实转录组现在很普及了，一个样品的测序价格也非常低。转录组的作用几乎如同于PCR一样常见，在很多文章中只是一个验证的作用，很少有文章单纯靠转录出发做一个研究，除非你有非常好的新点子。

KS科研分享与服务·2023-08-13 04:19

跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种

之前我们发过GSVA分析（有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集），【后续来了】有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第二集）），接着单细胞系列，重新说一下GSVA分析。首先是数据集的问题，通常只做人和小鼠的，想要做其他物种的，苦于没有数据集，不过这里说的这个包，即使猪的GSVA分析也都可以做。这里我们以小鼠为示例，也是常见物种的GSVA分析，结合单细胞的数据！GSV

KS科研分享与服务·2023-08-13 00:04

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式，更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样，把代码存放在Github上面也是一种比较好的

生信宝典·2023-08-12 23:49

2022-07-29

系统性地比较多种组织间的细胞类型及其转录组的异同，有助于科学家理解器官特异性的细胞状态分化。2022年5月12日，S

appleppear·2023-08-12 05:03

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