转录组（RNA-seq）

生信豆芽菜-山峦图分析使用说明

适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、微生物等丰度数据，可以用箱型图、小提琴图展示的数据都适用于山峦图。二、使用
木之如水·2023-08-11 19:27

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

项目文章｜ IF20.693！国自然热点m6A修饰参与调控动物疱疹病毒致肿瘤的重要过程

m6A修饰是哺乳动物中最丰富和可逆的表观转录组修饰之一，可通过调节mRNA胞质转运、剪接、稳定性、结构和翻译从而影响各种生理和病理过程，因而在疾病发生发展、发育和分化以及环境暴露与响应（如污染、抗逆）等分子机制研究方向广泛应用
诺禾致源·2023-08-11 17:01

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（
悦时光_·2023-08-11 14:36

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

今天接着单细胞文章的内容：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！
KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

空间转录组教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率

最近开发的空间基因表达技术，如空间转录组学可以在保留空间背景的同时，全面测量转录组谱。然而，现有的空间基因表达数据分析方法往往不能有效利用空间信息，不能解决技术分辨率有限的问题。
周运来就是我·2023-08-11 10:48

项目文章 | Theranostics — 单细胞转录组测序技术揭示玉米赤霉烯酮对原始卵泡发育的毒害作用

近日，青岛农业大学沈伟课题组在期刊《Theranostics》上发表了题为“Single-celltranscriptomicprofilingprovidesinsightsntothetoxiceffectsofZearalenoneexposureonprimordialfollicleassembly”的研究论文，青岛农业大学生殖细胞生物学课题组李兰副教授为文章的通讯作者，硕士生田宇为文章
贝瑞科服·2023-08-11 01:29

偏最小二乘法的原理与实现

然而，在诸如基因组学、转录组学、蛋白组学以及代谢组学等高通量数据的一大特点是特征量多、样本数少。以转录组数据为例，特征量个数通常为基因个数，达到万级，而样本数一般是几十到几百例。
生信阿拉丁·2023-08-10 09:07

NCBI|转录组原始数据上传

今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下
维凡生物·2023-08-10 06:14

Stranded RNA library链特异的转录组文库

链特异性建库方式（以目前最常用的dUTP为例，如下图所示）首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉StrandedRNA-seq文库的构建
香波地海·2023-08-09 22:20

linux学习100篇38：转录组分析用软件及安装salmon

安装(rnaseq)root11:55:29~$condainstall-ysalmonCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[-h|options]Commands:index:createasalmonin
Seurat_·2023-08-09 19:49

多组学联合分析案例

根据客户提供差异基因（转录本），差异蛋白，差异代谢物可进行如下关联分析：方案一转录组与蛋白质组关联分析方案二转录组与代谢组关联分析方案三蛋白质组与代谢组关联分析方案四转录组、蛋白质组与代谢组三者关联网络分析方案五代谢组
siyao41·2023-08-09 07:22

2022-08-01 时空组学工具

比较不同空间转录组的技术及原理等STOmics来自Chen,Ao,etal."
森尼啊·2023-08-09 00:54

数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？

GEO数据挖掘或转录组分析差异表达基因时，结果中会出现Log2FC，p值和FDR值，这三个值是生信技能树生信爆款入门课程geo数据挖掘差异基因筛选提到的重点。这些个值是什么意思呢？
Seurat_Satija·2023-08-08 01:00

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。
seqyuan·2023-08-07 22:41

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA（bulkRNA）进行测序，能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据
hyena_7·2023-08-07 15:17

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术
单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

TCGA pan-cancer 分析

泛癌分析的基础数据可以从如下网站轻松下载：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas其中突变数据为.maf格式，可以采用R语言的maftools包进行分析；RNA-seq
judyhappy·2023-08-07 07:30

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你

联系转录组特征和表型特征是非常常见的操作，这次的视频，我以文献中一个小图为例，讲解了在均值比较中常见的箱型图、小提琴图，以及几种变形。
TOP生物信息·2023-08-06 16:23

转录组专题：limma与芯片数据差异表达分析

#原始数据为count表#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#biocLite("limma")#选择路径保存setwd('E:/')library(limma)library(edgeR)#表达矩阵exprSetfoldChang
挽山·2023-08-06 13:27

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

TCGA转录组数据转录组数据的差异分析与芯片数据的差异分析有不同，这里我们使用count数据，因为这几种包中包装了标准化的函数，只需要程序化的输入两个数据，count矩阵和group数据，就能得到差异分析的结果
芋圆学徒·2023-08-06 11:41

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...
Ju_sir·2023-08-05 13:35

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系
Davey1220·2023-08-05 04:20

单细胞转录组数据分析课件||4. Removal of confounding factors in scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中一个分析点：如何消除混杂因素？何为混杂因素（confoundingfactors）？它与批次效应有何区别与联系？如题，如何去除混杂因素在已有的方法中均是消除连续变量型的混杂因素（如“nCount_RNA”），要是离散变量呢？在R中的几种实现方法。主要基于回归的方法。urlThislecturebyBishwaGhimire(UniversityofHelsinki)isp
周运来就是我·2023-08-04 10:07

10X单细胞空间分析回顾之SPOTlight

SPOTlight的目标是提供一种工具，能够对包含细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行解卷积，最初是为10X的Visium-空间转录组学技术开发的，itcanbeusedforalltechnologiesreturningmixturesofce
单细胞空间交响乐·2023-08-04 10:43

GENIE3 || 基因调控网络推断

前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应RcisTarget||从基因列表到调控网络我们知道单细胞数据分析中，有两个明显的分支：细胞基因细胞我们可以分析细胞之间的细胞分群、拟时间关系
周运来就是我·2023-08-04 08:36

以果蝇蛋白序列注释转录组数据

本篇的主要内容是：以果蝇蛋白序列数据为参考序列，注释转录组CDS序列。
伽罗CG4825·2023-08-04 02:30

单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析三：降维与聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_·2023-08-03 22:20

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA
Bio小盼·2023-08-03 15:51

热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联，但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了；相反的，空间转录组学技术知道转录物的位置，却不知道是哪个细胞产生了转录物。
尐尐呅·2023-08-03 08:30

纯生信分析系列 Nature|溃疡性结肠炎中结肠CD8 + T细胞单细胞图谱

今天我们又要介绍一篇单细胞图谱文章，于2020年8月3日发表于naturemedicine，题目为Single-cellatlasofcolonicCD8+Tcellsinulcerativecolitis，作者使用单细胞转录组学与
概普生信·2023-08-03 00:54

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

RNA-seq分析通常从基因水平的序列计数开始，涉及到数据预处理，探索性数据分析，差异表达检验以及通路分析，得到的结果可用于指导进一步实验和验证研究。
王诗翔·2023-08-02 19:42

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件
小小白的jotter·2023-08-02 18:42

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。
Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

2022-06-27肝脏发育学习

我们确定了从肠内胚层到成肝细胞的胚胎肝脏发育轨迹，并表征了肝谱系的转录组。更重要的是，我们将肝原基鉴定为具有肠道和肝脏特征的新生肝祖细胞，并在E9.5-11.5期间肝脏规范阶段
科研与生信记录·2023-08-02 07:13

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。
白墨石·2023-08-02 01:13

GEO数据上传的详细步骤演示

GEO数据上传的详细步骤演示想必很多老师、同学们对转录组相关数据如何上传至GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教大家如何上传数据。
纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性

10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图10X空间转录组分析之细胞
单细胞空间交响乐·2023-07-31 22:07

一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

----Du•转录组使用hisat2比对后，我们会
小杜的生信筆記·2023-07-31 21:59

GATK-变异流程2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq
家和建材广场·2023-07-31 19:47

RNA-seq align

hisat2alignbeginingtoanalysisrawdata,youshouldbecleanthefastqdata.Hereweusethehisat2softwaretodothisproject.#usr/bin/perlusestrict;openIN,"sqf.sh";my%fg;my@gg;while(){print$_;}#usr/bin/perlusestrict;o
Nothing_More·2023-07-31 17:46

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20
马连洼小法师·2023-07-31 16:10

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2023-07-31 14:44

各物种转录组数据下载和可视化

一、玉米:ZEAMAP，需要注册才能下载tsv数据。ZeamapTissueExpression.pngePlant_maize，但需要进行id转换，如GRMZM2G158252。eFP_maize.pngmaizegdb的qTeller，可下载svg格式的图片，非常方便!qTeller.png二、水稻:rap-db下载，如转录本Os11t0559200-00，搜索，可以找到https://rap
新_世_界·2023-07-31 03:32

来一波基于干细胞指数的生信分析思路吧！

我们使用一种创新的一类逻辑回归机器学习算法来提取源自非转化多能干细胞及其分化后代的转录组和表观遗传特征集，建立干细胞指数模型，评估肿瘤干细
vegene·2023-07-30 23:45

干货 | 一文读懂miRNA的生物合成、调控机制及研究热点

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，而在众多的RNA类型中，越来越多的研究者将目光聚焦到miRNA
中科新生命·2023-07-30 13:32

空间转录组聚类分析与生态位

作者，追风少年i对于单细胞和空间转录组的数据分析而言，聚类分析都是绕不开的一个话题，从单细胞数据分析的角度看，聚类分析得到的聚类结果，每个群代表了某种细胞类型，运用经典的marker或者生信的手段可以将其注释并用于下游的个性化分析
单细胞空间交响乐·2023-07-30 11:47

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。
贝瑞科服·2023-07-30 07:57
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