转录组（RNA-seq）第4页

无参转录组起步

刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了，果然临近过年事情比较多，最近重新开始无参转录组。

刘小泽·2024-01-18 06:46

如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞

有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm

王子狐·2024-01-18 01:06

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑Q群：32798724编者按现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。

基因学苑·2024-01-17 21:53

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

易基因：表观遗传学和表观转录组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属（non-essentialmetal）和准金属（metalloid，也称类金属）对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响，以及随后的生长阻碍。植物可以激

易基因科技·2024-01-16 13:53

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容，就是RNAVelocyto如何在空间数据上的运用，发育不仅仅是细胞的转变，更重要的是，空间位置上的变化，我们多么希望在空间转录组上直接同时体现细胞的发育进程和位置变化

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊：Cell发表时间：2021年1月影响因子：41.582应用领域：人（肠道）肠道是人体最大的屏障器官，可与肠道菌群共生，协调营养需求和免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态，但是

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，

纵纵纵小鸮·2024-01-14 06:51

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

基因组编码区的注释

UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测

loooop·2024-01-13 03:18

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

把常用的函数写成了几个包，方便之后使用，bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。本次小编通过结合一个全长转录本后续分析的工具集Cupcake的使用方法，来给大家介绍一下Iso-seq测序得到高质量转录本之后的一些分析。1.Cupcake安装在介绍Iso-seq后续分析之前，先来看一下Cupcake如何安

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

hello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式，而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。密苏里大学许东教授和俄亥俄州立大学马勤教授的团队发表在NatureCommunications上的一篇文章“scGNNisanovelgraphneuralnetworkframeworkforsingle-cellRNA-Seqanalyses”。单细胞RNA测

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件，RNA-seq

1yon·2024-01-09 18:21

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？

周运来就是我·2024-01-09 03:13

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。

ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。

微光**·2024-01-06 14:41

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。

颗粒神经园·2024-01-06 14:08

从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

前言在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费

YY生物日记·2024-01-06 14:38

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

案例三研究背景构树（Broussonetiapapyrifera,2n=2x=26)属于桑科(Moraceae)构属(Broussonetia)多年生乔木，是我国乡土树种和先锋植物，有悠久的历史和文化，因为蔡伦用它造纸而世界闻名。构树的树皮和树干是造纸的优质原料，树叶还可以作为蛋白饲料，其根、茎、叶、果实及种子均可入药，富含黄酮类化合物；还是尾矿处理、生态绿化的理想树种。然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值今天在学习转录组知识，在进行做表达量热图时候发现表达量差值很大，于是上网查资料看到关于解决问题的方法，就赶紧转存记下了。

天明豆豆·2024-01-04 14:44

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses

单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。

畅背书·2024-01-04 07:58

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