转录组（RNA-seq）第6页

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、

生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

空间转录组（ST，Spatialtranscriptomics）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常仅限于单个2D组织切片，限制了我们理解3D空间中发生的生物过程。

tzc_fly·2023-12-21 07:47

单细胞转录组学习笔记-7-重复平均表达量和变异系数相关性散点图

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.4-第二单元第五讲：重复平均表达量和变异系数相关性散点图笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-12-21 01:39

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。

小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

可视化DESeq2中的数值属性通过提供通常用于转录组分析的DESeq2软件包的结果，可以在图形的节点中反映数值结果。该函数可用于此目的。

小果运维·2023-12-20 14:22

多组学文章思路解析3-蛋白组与转录组联合分析讨论

老师们经常做的是蛋白组与转录组的多组学实验及联合分析，我们经常找蛋白组与转录组一致变化的基因。而转录组有变化，蛋白没有变化，或者转录组没有变化而蛋白有变化的情况是什么原因引起的。

纪伟讲测序·2023-12-20 10:03

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

两年来，参加了无数线上和线下的生信学习班，但是一直都没能学明白。这次参加完生信技能树举办的为期一个月的线上生信入门班课程，仿佛醍醐灌顶一样，瞬间打通了我的任督二脉，在此由衷的感谢生信技能书的各位老师们。因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析

范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

新版TCGA表达矩阵整理简单版

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的

医学和生信笔记·2023-12-19 20:16

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq数据分析5.ATAC-seq数据分析6.单细胞RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

RNA-seq数据如何做PCA

PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea

OmicsAcademy·2023-12-19 08:49

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(3)

对于没有Org.Db的非模式生物，由于某些原因不制作Org.Db，然后利用clusterProfiler做富集数据格式##Annotation_GO.xlsxGene.IDBiological.PathwayBP.DescriptionMolecular.FunctionMF.DescriptionCellular.ComponentCC.Descriptiongene_1GO:0007283sp

半夜一更·2023-12-19 07:15

10X空间转录组数据分析之细胞单元

hello，大家好，今天我们来分享一个新的、很有意思的内容，细胞单元，在我之前分享的文章里面10X空间转录组的位点注释和临近通讯，提到过这个内容，但是不够系统，今天我们就来详细分析一下什么是细胞单元。

单细胞空间交响乐·2023-12-19 00:16

【R画图学习2.1】火山图-plot篇

今天学习画，分析转录组等数据时，最常见的火山图，其实就是优化的散点图而已，今天测试用plot实现，其实ggplot实现更方面，下篇测试如何用ggplot实现。

jjjscuedu·2023-12-18 06:47

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。

学术程稻属·2023-12-18 03:56

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im

维凡生物·2023-12-17 22:49

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

空间转录组学（ST）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常局限于单个二维（2D）组织切片，这限制了我们理解在三维（3D）空间中发生的生物过程的能力。

DrugAI·2023-12-17 19:06

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

第七节：空间转录组分析在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。

夕颜00·2023-12-17 01:04

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq

felix108·2023-12-16 23:08

转录组入门学习（五）

表达定量1.处理原始比对文件利用picard/samtools将sam格式转换为bam格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量，耗时长）输出结果可以选择转录本定量或者基因定量定量单位包括featurecount,FPKM,TPM操作相对复杂3.STAR+HTSeq（先比对，再定量，耗时长）输出结果为原始readcount结

杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

2020-12-24 文献阅读

Phenotypicvariationoftranscriptomiccelltypesinmousemotorcortex科学问题：目前对于大脑皮层神经元的研究并没有同时检测神经元转录组和电生理的特征

Zane_bio·2023-12-16 12:47

2022-05-14 multiqc时解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。

小孟在充电·2023-12-16 05:44

诺禾单细胞测序助力杨树茎干组织的单细胞转录组图谱绘制

Transcriptionallandscapeofhighlylignifiedpoplarstemsatsingle-cellresolution”的研究论文，该研究利用单细胞测序技术构建了杨树茎干组织的单细胞转录组图谱

诺禾致源·2023-12-16 05:53

宏基因组学及宏转录组学分析工具MOCAT2（Meta‘omic Analysis Toolkit 2）安装配置及常用使用方法

MOCAT2（Meta'omicAnalysisToolkit2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。

小果运维·2023-12-15 20:36

时空CNV分析导论

最近有人问我为什么开始收费了，我真的是被别人抄袭害怕了，没办法，被老六给吓得~~~~好了，今天我们来分享关于空间CNV的分析内容，其实一开始对于空间转录组能否做CNV是存疑的，空间转录组的每个spot包含不止一个细胞

单细胞空间交响乐·2023-12-15 14:26

生信小白Linux入门——安装Linux子系统

之前一直听闻Linux，但不是特别了解，直到前段时间学习转录组数据分析才真正接触到。Linux是什么？嗯….它一个操作系统，同windows，Mac都是好兄弟。

张小张__·2023-12-15 10:21

Geneformer：计算生物学的大模型革新

近日，《Nature》杂志发表了关于Geneformer的研究，这是转录组计算生物学领域的第一个大模型。

努力犯错·2023-12-14 13:11

Hepatology（IF 17.425）| 明尼苏达大学Revelo教授团队通过单细胞转录组揭示肠道菌群加重脂肪肝的潜在机制

非酒精性脂肪肝（NASH）正迅速成为肝移植和肝衰竭的首要原因。肝炎是NASH的关键特征，但参与这一过程的免疫通路尚未充分阐明。B细胞是适应性免疫系统的细胞，是免疫反应的关键调节剂。然而，B细胞在NASH发病机制中的作用以及导致它们在肝脏中激活的潜在机制尚不清楚。美国明尼苏达大学XavierRevelo教授等研究团队在Hepatology（IF17.425）上发表了一项题为“Microbiota‐d

中科新生命·2023-12-06 21:09

分析空间转录组数据学习笔记

教程：https://www.jianshu.com/p/f6da86489784https://www.jianshu.com/p/07593e4d99a9新版10XVisium分析所要用到的两个软件：SpaceRanger-1.0.0(November25,2019)和LoupeBrowser4.0.0(December2,2019)SpaceRangerspacerangerangermkf

jiarf·2023-12-06 21:46

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!

大桃子技术·2023-12-06 21:11

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

本期的教程代码（部分）#!/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578;dopfastq-dump--split-files--threads20--gzip-s00_RawData/${i}.sra--out

小杜的生信筆記·2023-12-05 21:44

一个完整的转录组分析流程

本期的教程代码（部分）#!/bin/bash##使用fastq-dump解压sra数据#本数据集为双端数据#解压格式为fq.gzforiinSRR6929571SRR6929572SRR6929573SRR6929574SRR6929577SRR6929578;dopfastq-dump--split-files--threads20--gzip-s00_RawData/${i}.sra--out

小杜的生信筆記·2023-12-05 21:09

文献速递||空间转录组-时空组学联盟4篇Stereo-seq模式物种文章

欢迎关注同名公主号：BBio2020年《NatureMethods》杂志将空间转录组学评选为Methodoftheyear，时至今日，空间转录组的应用已然如浪潮一般，滚滚而来。

BBio·2023-12-05 09:25

Nat Med：全转录组+蛋白质组联合揭示痴呆症病因

生命发展机理包含了多层次、多水平和多功能的复杂结构体系，单一组学研究已无法解释复杂的生物学动态过程，借助高通量技术发展积累的大量组学信息和数据，整合多组学数据可以对生物系统进行更全面的了解。如何利用多组学联合进行实验设计呢？下面请跟随小编的脚步，一起看看生物学大神们通过多组学联合分析能够得到什么有意思的发现呢？研究背景额颞叶痴呆(FTD)是一种高度遗传且常见的老年性痴呆病，病因可能为神经元胞体特发

中科新生命·2023-12-04 22:35

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

minimap2的使用非常简单，直接用叶绿体基因组与目标转录组数据比对minimap2-a../..

惊鸿影·2023-12-04 21:57

预测胶质瘤预后的铜结合蛋白的转录组学特征

结果解读：铜结合蛋白的转录组表达共有85种蛋白质被确认具有结合铜的能力。这些蛋白质主要包括依赖铜的酶，包括细胞色素c氧化酶（CCO

生信风暴·2023-12-04 21:34

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来，我们

小潤澤·2023-12-04 18:04

TimiGP细胞互作算法

我们的方法将存活统计数据与批量转录组学图谱相结合，以构建免疫细胞-细胞相互作用网络，其中边缘（例如，X→Y）表明高X/Y比值与良好的预后相关。

hx2024·2023-12-03 15:04

空间转录组第十讲：空转的细胞分化（拟时序分析）该怎么玩

在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。用于拟时序分析的软件和算法很多，目前文章中用到最多的是Monocle软件，这也是是CNS主流期刊的常用软件。对于单细胞的数据做拟时序分析基本的流程是挑选一些感兴趣并且可能有分化关系的亚群，然后来分析它们

邓老师呦·2023-12-03 11:40

转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。

纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

代谢组学10问10答——带你轻松入门（基础版）

转录组、蛋白组和代谢组，在这三大组学中，代谢组被认为是难度最大的组学。因为代谢物种类多，组成复杂，涉及到的仪器平台多，分析方法难，数据库多，标准品库不全面等，这些原因都导致了代谢组学研究入门比较难。

Seurat_Satija·2023-12-02 18:52

先发Nature再发Cell|人工智能与组学研究结合彻底改变生信研究

木舟笔记·2023-12-02 18:17

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。

Seurat_Satija·2023-12-02 17:11

跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图

之前做单细胞比例图的时候做过堆叠柱状图，（跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化），看那篇Cell文章封面也给我一个启发，我们做的柱状图每个样本是一个单独的柱子，如果有很多细胞类型，

KS科研分享与服务·2023-12-02 06:44

MAGIC||利用流形学习还原单细胞的基因表达

单细胞转录组测序数据由于测序技术的问题，常常难以捕获到低表达的基因，从而出现大量的零值，这些零值通常被称为“dropout”。

生信编程日常·2023-12-01 21:15

学习小组Day3笔记--小黑

链接清华源下载链接bash安装激活conda添加源查看软件image.pngimage.png能打开help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境rna-seq

Great_6450·2023-12-01 11:48

基因结构注释（4）：整合预测结果

参考链接如何对基因组进行注释从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集了大量证据，下一步就是通过这些证据定义出更加可靠的基因结构，这一步可以通过人工排查，也可以使用EVidenceModeler

周小钊·2023-12-01 03:57

转录组分析之韦恩图

本来是数学分支集合论中的用来表示集合的草图，在生物学中，很多时候我们都用来分析不同处理的转录组样本，中共同上调或下调的重叠基因集合。

lxmic·2023-11-30 03:08

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

RNA-seq可视化之差异分析得到的FC值，我们能做什么？

首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla

热衷组培的二货潜·2023-11-30 02:28

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

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