转录组（RNA-seq）

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

具体软件参数，见转录组全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find.
wo_monic·2023-10-29 13:55

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

本文是参考学习单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？
Seurat_·2023-10-29 02:39

2022-04-09

-04-0910:49收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者介绍了EasyFuse，一种机器学习计算工具，用于检测从人类癌症样本中获得的转录组数据中的癌症特异性基因融合
图灵基因·2023-10-28 12:39

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂·2023-10-28 11:56

单细胞scRNA-seq学习笔记6-单细胞批次效应

课程学习生信技能树单细胞转录组（基础）现在福利来了，单细胞课程免费开放了：#完整版视频上线！全！面！免！费！
天涯清水·2023-10-27 04:18

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

空间转录组学鉴定了在每个发育阶段对应不同解剖区域的独特基因图谱。通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用
六博说·2023-10-26 13:45

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero·2023-10-26 06:04

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

2022-05-15

NatBiothech|通过空间转录组学与细胞类型对应关系原创存在一棵树图灵基因2022-05-1519:19收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=54.902推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了一种基于条件自回归的反卷积的方法
图灵基因·2023-10-25 20:29

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2023-10-25 15:43

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之质量控制（FastQC）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之序列剪切（Trimmomatic）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]date:2023.07.25recorder:CYH-BI特别注意（声明）：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-09-30-day6-重点是

主要参考百迈客医学公众号的文章“SRA数据下载的几种常见方法”和生信星球公众号的文章“生信小白第19天--转录组实战(一)”。
重点是·2023-10-25 11:44

2021-08-05 Omics Playground在线转录组和蛋白质组数据分析工具

网站链接OmicsPlayground是一个免费的生信分析平台，可以用于组学数据的可视化、分析和挖掘。适用于没有任何计算基础的生物小白，界面友好、图形可视化，没有任何编程经验的人都能用。参考文献：MurodzhonAkhmedov,AxelMartinelli,RogerGeiger,IvoKwee.OmicsPlayground:acomprehensiveself-serviceplatfor
iColors·2023-10-25 11:00

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

图片来源：中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议，将携原核三代甲基化、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技·2023-10-25 10:03

跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论
凉亭下·2023-10-24 06:42

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引
凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

——恩格斯单细胞转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法，如比较有名的轨迹推断(TI，trajectoryinference)。
周运来就是我·2023-10-23 08:12

「文献06」植入前胚胎的染色质可及性和转录组图谱

日期：2019年2月9日——2019-Week6分类：「思路,方法」题目：Anintegratedchromatinaccessibilityandtranscriptomelandscapeofhumanpre-implantationembryosDOI:https://www.nature.com/articles/s41467-018-08244-0.pdf杂志：NatureCommuni
六六_ryx·2023-10-23 05:28

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png
瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的
冷冻工厂·2023-10-22 08:54

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术转录组概念中心法则
Drone_xjw·2023-10-21 20:42

2021-12-31

前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：人们对肿瘤克隆在组织内是如何组织的，以及癌症的发展在多大程度上是由克隆特异性遗传畸变或环境线索驱动的仍然知之甚少，依然需要有新的方法来整合基因组、转录组和空间的规模测量
图灵基因·2023-10-21 17:17

2022-04-02

收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：作者及其研究团队使用高通量单细胞基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性
图灵基因·2023-10-21 16:12

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。
denghb001·2023-10-21 10:09

模式植物GO背景基因集制作

本期教程点击访问原文：模式植物GO背景基因集制作前言我们在做转录组数据分析时，大多数都会进行功
小杜的生信筆記·2023-10-20 21:47

空间转录组介绍

而最受欢迎的，莫过于空间转录组的培训，动辄就上千人，而且大家的提问也很热烈，充分显示了科研工作者对这项刚推出不久的新技术的浓厚兴趣。今天，就带大家全面了解一下这项新技术——Visium空间转录组测序。
空谷百合花·2023-10-20 11:18

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件
onlyme_862a·2023-10-19 20:03

（Python）在Matplotlib中对图像坐标轴进行log转换

对于跨度很大其分布离散的数据，常用log转换来缩写其差距，呈现在图上的效果也更好，比如在绘制转录组的表达量数据时，常用log转换之后的值进行绘制。
Think@·2023-10-19 05:43

“非因线上讲堂”DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间转录组

非因生物诚邀您参加2021年9月23日下午15:00-16:00举办的“DSP空间多组学系列第一讲——从单细胞到空间转录组”线上会。本次线上会将围绕单细胞与空间组学结合的实际案例进行详细解析。
FynnBio·2023-10-18 23:47

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗
菌小落·2023-10-18 18:07

RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)

关注公众号，桓峰基因这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因，这个模块在SCI文章中也是经常出现，并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的，现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析？
90066456ace6·2023-10-18 13:16

2022-05-17

NatBiotech|DestVI识别同类细胞空间转录组的连续变化原创苏安图灵基因2022-05-1707:03收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.作者开发了一种全新的算法来进行空间转录组学图谱的分析
图灵基因·2023-10-18 12:11

R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：image.png需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。
dandanwu90·2023-10-18 08:58

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频
冻春卷·2023-10-17 18:21

linux学习100篇37：转录组分析用软件及安装samtools

安装(rnaseq)root11:51:32~$condainstall-ysamtoolsCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[options]Commands:--Indexingdictcreateas
Seurat_·2023-10-17 14:53

我花了两个月从零学会转录组分析

后来我发现很多文章中出现了heatmap，GSEA，以及单细胞转录组的分群，不论是作图方法还是对文章中figure的理解都令我一头雾水，我才发现生信是那么的有意思。
生物系烟酒僧·2023-10-17 13:06

如何对多变量数据批量进行t test和anova test并标注P值

特别是转录组分析，几十个几百个差异基因那可是家常便饭。和这次的主题无关，多变量的时候别忘了Bonferroni矫
Jason数据分析生信教室·2023-10-17 10:00

易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础，它们在卵巢中的卵泡小囊中发育，卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡（AntralFollicles）中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞（主要是颗粒细胞）的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯，对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的两种亚型：
易基因科技·2023-10-17 10:41

易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权

这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最高的一类RNA，占胞内所有RNA总量的80％以上。其与蛋白质结合形成核糖体，在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。由于核糖体RNA的占比含量极高，在总RNA测序研究其它功能性RNA的表达丰度、修饰状态等，核糖体RNA将侵占大量的可用数据，如何在检测前针对不同物种有效的去除核糖体RNA，或精准
易基因科技·2023-10-17 10:10

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。细菌中DNA甲基化研究意义MatthewJ.Blow等人通过对200多种不同的细菌和其他原核生物，例如古细菌等研究发现，超过90％的原核生物中都存在DNA甲基化，并且有600多个甲基转移酶
易基因科技·2023-10-17 10:38

de novo转录组 流程_AI-De Novo分子设计

denovo转录组流程大海捞针(NeedleinaHaystack)Onaverage,ittakestenyearsandcosts$2.6billiondollarstotakeadrugfromthepointofunderstandingtherootcauseofadiseasetoitsavailabilityinthemarketplace.Alargeportionofthisti
weixin_26632369·2023-10-17 05:39

10X空间转录组数据分析之空间细胞密度

今天给大家分享的是空间转录组的空间细胞密度的分析，这个分析非常重要，下面是一张展示图。
单细胞空间交响乐·2023-10-17 03:43

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

参考：孟浩巍的知乎zhn第23题转录组的比对与基因组的比对有何不同？Hello大家好！我们今天又见面了！
RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

一文理清常见的基因富集分析

前言对于很多小伙伴来说，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，即在基因组层面可以算突变率差异，转录组层面可以算基因表达水平差异，表观组可以观察甲基化水平差异，蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度差异，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度
生信宝库·2023-10-16 13:51

10X空间转录组之基因的空间表达模式

hello，大家好，这一次我们先来简单探讨一下我们在分析10X空间转录组数据时候得到的基因空间表达模式，也就是我们通常所说的空间差异基因，我们先来看看这个基因怎么得到的。
单细胞空间交响乐·2023-10-16 12:41

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。
抱紧我自己·2023-10-16 10:09
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