BAM

生信|通过manifest文件批量构建软链接

home/liuxs/biodata/gdc/wes/gdc_manifest.2018-10-17.txt|\head-n5|\awk'BEGIN{OFS="\t";}{info=$2;gsub(/\.bam

王诗翔·2024-02-24 20:24

【regex】正则表达式

.\-]例子正则表达式，按照规则写，写的时候应该不算困难，但是可读性差不同语言中regex会有微小的差异vim+需要转义，perl/python中+不需要转义锚位\bam\biam命名/命名捕获组(捕获组

斐非韭·2024-02-19 19:49

生信地基系列--常规分析流程

biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff

可能性之兽·2024-02-14 18:17

PSMC使用过程中的一些坑

首先肯定是要callSNPs的，最好用bcftoolspileup，避免后面报错可以用一个管道一次性搞定：bcftoolsmpileup-Ou-I-freference.fastaNL.marked.bam

杨康chin·2024-02-13 21:06

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv存在于out/filtered_feature_bc_matrix文件夹下我们之前也简单介绍了一下这三个文件的构造单细胞表达矩阵文件转换，那么我们在下游分析中，细胞分群以后，我们会得到一些

小潤澤·2024-02-12 00:57

StringTie参数备忘

www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html参数简介StringTie的基本用法：stringtie[options]*其中，aligned_reads.bam

陈光辉_山东花生·2024-02-08 10:10

PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤

，能用多个样本估计一个群体的历史群体大小：MSMC详情可见此链接@PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程首先是软件下载，需要用到PSMC和samtoolPSMC下载地址1、文件转换基因组文件格式为.bam

iBioinformatics·2024-02-08 07:38

修改bam文件的染色体信息

背景在运行wes的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错

jiarf·2024-02-05 09:11

2023-04-07

•软件：GATK•文件准备：基因组文件：genome.fasta比对结果文件：S1.sort.markdup.bam•参考脚本：第一步：创建tmp目录创建临时文件目录$mkdi

小谷头·2024-02-05 00:49

deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异

目录前言bamCompare工具1.1工具原理1.2使用说明1.3使用实例bigwigCompare工具2.1使用说明2.2使用实例前言今天主要介绍下，如果我有2个bw/bam文件，我想要比较这2个文件信号之间的差异时

Z_bioinfo·2024-02-03 15:00

如何快速查看bam文件染色体排序

bam文件的排序方式针对不同的应用场景，如果不能了解它将会极大影响计算的效率，本文简单介绍如何快速查看bam文件的染色体排序方式。

王诗翔·2024-02-03 06:30

EMMC 坏块

[3.195912]sps:BAMdevice0x07884000isnotregisteredyet.[3.200625]sps:BAM0x07884000isregistered.[3.206157

u影动·2024-02-01 20:00

LINUX的练习题

的练习题：最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam

七七师姐·2024-01-31 00:14

VCFtools的使用(参数说明)

写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。

little_sandy·2024-01-30 22:39

samtools常用命令

1.viewUsage:samtoolsview[options]|[region1[...]]默认情况下不加region，则是输出所有的region.2sortsort对bam文件进行排序。

花生学生信·2024-01-29 23:40

bioinfo100-第22题-都有了SAM文件，为什么还需要BAM文件？

Hello大家好！前面的若干问题，我们一直在围绕着SAM文件的记录格式做了详细地讨论，我相信大家通过我们的问题，跟随我们学习的思路已经掌握了SAM文件作为标准的比对格式的合理性以及相关特点。1.背景介绍和数据下载SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息，还记录了reads的原始信息，内容很是全面。这样很好，但也存在很多问题：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定

RachaelRiggs·2024-01-29 12:55

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

BAM文件（BinaryAlignment/Mapfile）是一种常用于存储测序数据的二进制格式。它主要用于存储DNA测序数据的比对（alignment）信息。

丁优雅ya·2024-01-25 05:22

YoloV8改进策略：改进Head|自研频域和空间注意力，超越GAM，CBAM等注意力|注意力创新改进|高效涨点|代码注释与改进|包括改进后的结构图

改进后的注意力超越了GAM、BAM和CBAM等常用的注意力。

静静AI学堂·2024-01-24 22:38

sam的格式和duplication的4种原因

picard解释flag的官网链接：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html[DNA-Seq]bam相关Sam相关参考信息softclipandhardclip

Amy_Cui·2024-01-23 18:41

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

YoloV5改进策略：BAM瓶颈注意力模块|BAM详解以及代码注释|CBAM姊妹篇|有效涨点

论文：《BAM:瓶颈注意力模块》https://arxiv.org/pdf/1807.06514.pdf近期深度神经网络的进展主要通过架构搜索来增强其表示能力。

静静AI学堂·2024-01-19 19:24

bedtools intersect用法 (intersectBed)

默认用法为：bedtoolsintersect[OPTIONS]-a\-b或者：intersectBed[OPTIONS]-a\-b其中a和b提供的文件为BAM/BED/G

生信编程日常·2024-01-19 17:20

一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam

数据从下机fq.gz文件到可用的.bam文件，每次都需要运行去接头，比对，去复，去MT，shift，排序等...尽管俺把他们都写在了一个shell中，但是每次还是需要修改一些输入输出的参数，并且数据的输出位置也比较混乱

基因组学研究生·2024-01-15 01:32

修改BAM文件中的染色体名字

这时候就需要对BAM文件进行修改，具体方法如下：samtoolsview-H${id}_input.deduplicate.bam|sed-e's/SN

生信菜菜鸟·2024-01-14 15:33

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个repeat的bam

热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

YOLOv8 损失函数改进 | 引入 Shape-IoU 考虑边框形状与尺度的度量

️改进YOLOv8注意力系列一：结合ACmix、Biformer、BAM注意力机制论文讲解加入代码本文提供了改进YOLOv8注意力系列包含不同的注意力机制以及多种加入方式，在本文中具有完整的代码和包含多种更有效加入

一休哥※·2024-01-10 23:30

全基因组CNV分析3. 深入CNVkit分析管道

就和前文快速上手所介绍的流程一样，bam-cnn(Bincoverages)-

Jason数据分析生信教室·2024-01-07 23:31

samtools index failed

在计算过程中发现，和delly不同，pindel需要使用二代数据（*.bam）并识别索引“.bai”而不识别“.csi”。

薄皮儿核桃·2024-01-03 12:50

长染色体bam索引创建及变异检测

对于一般物种的比对结果，可以使用samtoolsindex进行索引创建，会输出bam.bai的文件，在后续数据提取以及变异检测步骤都会用到，但是对于某些物种而言，由于染色体长度的限制，并不能使用该方法进行索引的创建

xiaoji_hb·2024-01-03 00:47

Java中的Optional类使用技巧

下面是一些使用Optional的技巧：创建Optional对象：Optionaloptional=Optional.of("bam");如果值存在则调用方法：可以使用ifPres

api茶飘香·2023-12-30 10:32

2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测（上）

macs2运行参数macs2callpeak-tK1_ChIPed_S1_L007_R1.bam-cK1_Input_S5_L007_R1.bam-fBAM-gmm-nK1-B-q0.01-t-c实验组和对照组结果

穆易青·2023-12-29 19:43

CHIP-Seq数据分析流程

美丽的lemon·2023-12-29 19:41

论文阅读——RS DINO

RSDINO:ANovelPanopticSegmentationAlgorithmforHighResolutionRemoteSensingImages基于MASKDINO模型，加了两个模块：BAM

じんじん·2023-12-22 09:14

改进YOLOv8注意力系列一：结合ACmix、Biformer、BAM注意力机制

️改进YOLOv8注意力系列一：结合ACmix、Biformer、BAM注意力机制代码ACmixBiFormerBAMBlock加入方法各种yaml加入结构本文提供了改进YOLOv8注意力系列包含不同的注意力机制以及多种加入方式

一休哥※·2023-12-18 19:41

改进YOLOv8注意力系列二：结合CBAM、Coordinate Attention、deformable_LKA_Attention可变形大核注意力

改进YOLOv8注意力系列二：结合ACmix、Biformer、BAM注意力机制代码CBAM注意力CoordinateAttention坐标注意力deformable_LKA_Attention可变形大核注意力加入方法各种

一休哥※·2023-12-18 19:39

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

samtools进行sam文件向bam文件的格式转化，排序。stringtie组装转录本gffrea

学术程稻属·2023-12-18 03:56

转录组入门学习（五）

表达定量1.处理原始比对文件利用picard/samtools将sam格式转换为bam格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量

杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

LINUX命令&操作技巧

一个.表示当前目录cd-：返回刚才的目录gzip：压缩文件ls*bam:查看bam文件’>>‘不

王琪_738c·2023-12-16 14:34

生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard

下游比对数据的统计工具picardPicard是一组命令行工具，用于处理高通量排序数据和格式，如sam/bam/cran和vcf文件。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:48

生信软件3 - mapping比对bam文件质量评估工具 qualimap

qualimap简介qualimap可用于统计bam文件，输出结果包含可视化图形和详细统计信息，以及每条contig的mapping信息。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:48

第七讲b和m，走在边缘。

bam哄骗，迷惑。beam梁，束，光线。abeam正横着。bamboo竹子，竹木家具。barm泡沫。bim女人(荡妇)bimbo妓女。biome生物群系。bomb炸弹，彻底的失败。成功。b

石三英语·2023-11-30 16:52

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）目录零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）1.之前章节结果的查看1.构建参考基因组索引2.序列比对3.压缩和排序XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（

呆猪儿·2023-11-29 18:50

零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）

我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0，linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）上一章我们做了序列比对，并对原始的XXX.sam文件进行压缩，获得XXX.bam

呆猪儿·2023-11-29 18:50

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

61.《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(1)

还有一种文件用于存储高通量read比对数据，叫做SAM文件（SequeneAlignmentMapping，其压缩的二进制形式叫BAM）。SAM文件应用非常广泛，有必要了解一下其格式。

DataScience·2023-11-29 06:36

Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析

注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即image.png命令：samtoolssort-@4-ocrWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bamcrWT-1_val

热衷组培的二货潜·2023-11-28 21:45

deeptols 画图工具使用方法与代码

deeptols画图工具使用方法与代码deeptools使用安装：condainstall-ydeeptools使用：1、将bam文件转为bw格式的文件(1)先给bam文件排序：samtoolssortSRRxxx.bam-oSRRxxx_sorted.bam

ECHO1216·2023-11-28 16:12

ZT:samtools常用命令详解

1.viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，

felixhell·2023-11-28 16:07

手机摄像头基础知识-1-缩写篇

AE：autoexposure，自动曝光AF:autofocus自动对焦BAM：busaccessmanagerBOM：billofmaterials，物料清单，是描述企业产品组成的技术文件。

songhumansysu·2023-11-27 19:08

根据seqid提取fastq序列

:sed-i's/@/>@/g'head40.fq工具：seqkitseqkitgrep-fa.listhead40.fq[输出格式没有楼上好]samtoolsviewWT-1.validpairs.bam

苏牧传媒·2023-11-25 04:41

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