BAM

【一起学生信】根据reads名称提取bam

上文（https://lipidong.blog.csdn.net/article/details/88975801）提到了根据参考基因组的位置来提取bam信息，根据基因组区域来提取其实是比较容易的，即便没有现成的软件我们将
探索者v·2020-06-26 18:26

【一起学生信】bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率

bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率是在基因组测序分析中经常用到的操作，之前也用过python、perl实现过但是速度比较慢，今天偶然发现了一个软件bamdst（https://github.com/shiquan
探索者v·2020-06-26 18:55

生物信息的文件格式解析（转自 基因学苑）

有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换，其实是这样的，例如常见的从qseq到fastq，从fastq到bam，从bam到vcf等。
生信start_site·2020-06-26 06:41

BBQ(生信基础问题21)：SAM和Bam专题(三)---附加TAG

今天要介绍的内容是SAM/BAM文件的附加信息。
liu_ll·2020-06-25 06:14

RNA-seq-质控>生成bam文件

质控安装fastqc安装trim-galore最后一遍输入的质控对生成的SRR1039508_1_fastqc和SRR1039508_2_fastqc是？好像不太对下载参考基因组解压，最后一个tar-zxvfhg38.chromFa.tar.gz是正解前面把文件名改了，出了错先收集老大的一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定！http://www.bio-info-trainee.com/2
小梦游仙境·2020-06-24 16:39

基础设施即代码：Terraform和AWS无服务器

BAM是你已经准备投入使用的应用程序，它运行在服务器上，后台是一个通过API访问的数据库。你刚刚用IaC定义了所有的基础设施。IaC是DEVOPS团队的一项重要实践，已经集成到CI
cpongo4'"\?;@·2020-06-23 00:14

ChIP-seq数据分析实战1

最近开始上手ChIP-seq数据分析，按照“刘小泽”的流程，目前已拿到比对后的bam文件并进行了比对信息的统计，豆豆的流程非常赞，运行下来木有问题！
chenxiaoxi·2020-06-22 19:30

SAM/BAM 格式文件内容解析

一、首先需要知道以下几个知识点：详细内容请参考：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf1.1-basedcoordinatesystemAcoordinatesystemwheretherstbaseofasequenceisone.Inthiscoordinatesystem,aregionisspeciedbyaclosedinterval.
二傻吧·2020-06-22 15:19

『论文笔记』BAM:Bottleneck Attention Module(注意力机制)+TensorFlow2.0复现！

文章目录一.论文摘要二.BAM的网络结构2.1.总体的描述2.2.通道注意力机制2.3.空间注意力机制参考文献本论文是上篇CBAM的姊妹篇，原班人马打造，论文地址：CBAM！
张开放·2020-06-22 12:02

sam和bam格式文件的shell小练习 2019-05-04

sam和bam格式文件的shell小练习题目参考生信技能树题目答案参考生信技能树答案准备mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects
盼玉·2020-06-21 08:43

bamtofastq 将bam文件转成fastq文件

目标通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。
果蝇的小翅膀·2020-06-16 16:28

从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式

目标是将第一次比对的bam中unmappedreads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。
牛角箱鲀·2020-05-09 16:45

求 bam文件单个位点碱基比例

IGV上看碱基分布目的：给你一个bam文件，如何查看一个位点的碱基情况，直接IGV就ok,如果需要看多个点，就需要使用软件了。
caokai001·2020-04-23 15:18

为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小

测序数据比对结果BAM文件用samtools进行sort之后发现体积变小了...当时怀疑是不是sort过程中有一部分reads被丢弃了？
wangpeng905·2020-04-14 15:25

sam和bam格式文件的shell小练习-答案

sam和bam格式文件的shell小练习原文链接首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net
天涯清水·2020-04-14 06:22

Bedtools笔记

BedTools笔记工具目的：探索、处理和操作基因间隔文件（e.g.,BED,VCF,BAM）。学习Tutorial为了学习，先创建工作目录，下载相应的demo文件。
王诗翔·2020-04-14 00:31

8 比对及找变异步骤的质控

使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度ls-lh*raw.vcf-rwxrwxrwx1rootroot184MJun710:58SRR7696207_raw.vcf-rwxrwxrwx1rootroot61MJun709
Y大宽·2020-04-12 02:51

BBQ(生物信息基础问题30)： IGV的使用小技巧

翻看说明书还是王道：http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuideuserguide目录IGVTools支持的文件类型与绘图方式；绘图的文件主要有bam
liu_ll·2020-04-10 00:38

sam格式的简单了解

而BAM就是SAM的二进制文件(B源自binary)。
天秤座的机器狗·2020-04-09 09:31

bam文件的理解

  做生信分析的小伙伴们，相信大家对bam文件都不陌生，但具体到如何get到bam文件提供给我们的信息，却少有人真正的理解，最近我做了相关的学习，和大家分享以下我的理解，具体的可参考黄树嘉的知乎分享https
静小沐·2020-04-08 12:01

10 月 25日 安装samtools 缺少 lzma.h 源码编译

起因对于自学生物信息学的我真是作死的一天，还好我是打不死的小郑，反正服务器主机不能联网，做RNA-seq要用到samtools，我灵机一动，把sam文件传到mac电脑，然后在mac上安装samtools，处理文件为bam
小郑的学习笔记·2020-04-07 20:05

学生信的那些事儿之十五 - 生信技能树sam和bam格式文件的shell小练习20题

用上一节下载的bowtie2软件中自带的测试数据生成sam和bam文件先：#下载bowtie2软件先wget-chttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files
Judepiggy·2020-04-06 06:16

VCF格式文件的shell小练习

首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
mayoneday·2020-04-05 23:57

【生物信息笔记】fastq-bam (dry-5)

http://www.zyllifeworld.com/2017/07/17/ribo-seq数据分析笔记（二）/http://www.bio-info-trainee.com/tag/比对http://www.chenlianfu.com/?p=2103BWAblog.sciencenet.cn/blog-1339458-815241.htmlwww.chenlianfu.com/bioinfo
Ternq8·2020-04-05 20:02

samtools 工具

参考文章：https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6805373.html1、view主要功能：sam和bam文件之间相互转换，针对bam文件进行相关操作。
德明1024·2020-04-04 20:16

《急！我的意中人撩我怎么办！》5

bam就提了一句带个牛奶回来，然后他带了个又贵又好看的一大瓶回来:)有谦你是真忘了平日里你做不完的报告是谁给你做完的，你拿错的文件是谁替你挨骂的？你知道我每次看见boss那个想笑又不笑的脸都在想什么？
zeta的芒果很甜·2020-04-04 14:09

Linux: 如何使用samtools看你的 PE library 的insert size

samtoolsviewP12.oLT.R1.trim.PE2SE.nodup.bam|awk'$9>0'|cut-f9|sort|uniq-c|sort-b-k2,2n|sed-e's/^[\t
Runuply·2020-04-03 16:48

NINE-one

Youpushathoughtaway,and-BAM!—itbo
桑桑木·2020-04-01 19:14

生信文件格式学习网站

start_site的推送《生物信息的文件格式解析》https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1这个网站含有众多生物信息的文件格式的介绍，sam，bam
小潤澤·2020-03-31 14:49

转录组（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，
Richard_Zhou·2020-03-29 18:31

bam文件的可视化（测序深度） | IGV

之前用IGV去看比对情况，直接导入bam文件(一个外显子的比对文件6G左右），结果笔记本就卡顿了，特别不顺。当时因为不着急，也就没想过要去了解变通方案。可以将bam转为tdf文件。
fatlady·2020-03-27 12:29

关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议

——原创：雷万钧问题起因：首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题：在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam却发现有很好的reads支持突变，说明GATK的检测参数用错了
生信雷·2020-03-25 08:57

利用python中的pysam模块做一些简单的数据统计（BAM文件）

说点闲话起因是因为有个朋友问我能不能处理BAM文件，我找了一下python的确有处理BAM文件的模块，在没有搞清楚能不能做的情况下，我说可以没问题，这B可装上了天。然后，这B是哭着也要装下去了。
糕糕python·2020-03-24 13:01

sam和bam格式文件的shell小练习

首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/
mayoneday·2020-03-23 10:11

bam/sam 数据格式（2018-05-29）

locationNum=14&fps=1SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。
简单点lili·2020-03-15 04:14

《急！我的意中人撩我怎么办！》1

1L比草莓巧克力奶昔更喜欢的是bam【楼主】如题，楼主我又要先去喝口水了。2L抢楼成功！耶！3L抢4L楼上你失败了哈哈。5L手速不行啊3楼哈哈人家打字比你多还比你快哈哈。
zeta的芒果很甜·2020-03-14 12:55

测序数据类型整理（bam,sam,bw等）

fastq：测序返回的数据，主要是序列信息和对应的质量值fasta：用于序列存储sam：sequencealignment/mapformatfastq文件map到基因组之后的文件bam：sam的二进制压缩版本但我们并不需要具体某条
蜘蛛鱼·2020-03-11 23:50

BAM/SAM文件格式的一些小知识

BAM/SAM文件的一些小知识前言如果不是在陈老师这读博，然后开始折腾BAM/SAM文件，我估计这辈子都不会了解到这么多东西吧SAM/BAM简介SeeWikiSequenceAlignmentMap(SAM
zhym1992·2020-03-06 13:17

炸弹狂人

有一次我做了一个大号的炸弹（中伤害），把它扔进仇人家的窗户，我堵上耳朵，3秒后……BAM！
死亡不能站起的脚·2020-03-05 07:56

《急！我的意中人撩我怎么办！》2

冷漠.jpg@比草莓巧克力奶昔更喜欢的是bam你答应我的条件我就帮你保密。34L楼上……啥交易？带颜色的不？35L哇，怎么有一种中二偶像剧的感觉？
zeta的芒果很甜·2020-03-05 04:24

程序使用libstdc++库文件偏低及解决方案

/svict-isim.75.sorted.bam-r/data/ref_data/GATK_bundle/hg38/hg38.fasta-oout运行svict报错[me@node1svict]strings
浩瀚之宇·2020-03-04 13:23

转录组入门（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。来源于生信技能树：ht
lxmic·2020-03-04 02:33

看完这几部片子，保证你再也不敢过万圣节

黑疯婆子的万圣节2玛蒂亚将再次经历一个令人捧腹而又混乱不堪的万圣节，她在跟Bam和Hattie一起野外露营时，生命再度遭遇杀手、超自然生物、鬼魂、幽灵和僵尸等威胁。
快手看片·2020-03-02 19:26

deeptools使用过程中出现问题集

1.想要画一个chip-seq的热图，首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件，通过运行命令bamcompare-b1IP.bam-b2input.bam-olog2ratio_IP1
不吃菜的花花·2020-03-01 09:52

sam和bam文件处理

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
hygine·2020-02-28 19:06

hisat2的使用, samtools

一、获得fastq文件参考：bam文件转换fastqPS:我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc
vicLeo·2020-02-28 08:23

deeptools 用法

原文参考[ydchen](http://www.biotrainee.com:8080/thread-1566-1-1.html)bamCompare-b1treatment.bam-b2control.bam-olog2ratio.bwbamCoverage-btest.bam-otest.bw
Runuply·2020-02-26 15:30

deeptools bamCoverage无法识别bam文件

bamCoverage识别不了test.bam文件$bamCoverage-btest.bam-otest.bwThefile'test.bam'doesnothaveBAMorCRAMformat查看
_eason_·2020-02-25 00:54

移动时代的浪潮之巅 （二）

在移动互联网迅速崛起的几年，中国互联网大佬阿里巴巴、百度、盛大、360纷纷发布了各自的智能手机或者移动操作系统，并美其名曰阿里·云、百度·易、Bam
狂妄的蚂蚁·2020-02-23 07:08

如何使用Python操作BAM

在上一篇的文章里我详细介绍了BAM（SAM/CRAM）的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。
黄树嘉·2020-02-22 00:18
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