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Linux
BAM
转录组入门(5): 序列比对
接着用samtools把它转为
bam
文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好,载入IGV,再截图
徐洲更hoptop
·
2017-07-19 12:03
worklog——pindel,GATK,delly使用
pindel:需要文件:sort过的
bam
文件;.fa的参考文件;config.txt文件(主要是用于标准化
bam
文件);
bam
.bai文件;.fa.fai文件将这些文件均放在一个目录A下步骤:①进入文件
union0402
·
2017-06-04 20:25
AMD Ryzen 8核/6核/4核跑分大曝光
对应情况如下:AMDRyzen:ZD3406
BAM
88F4
佚名
·
2017-02-14 08:18
AMD Ryzen性能怎么样?AMD Ryzen次旗舰跑分批量成绩曝光
本次测试的Ryzen仍然是工程样品,编号ZD3406
BAM
88F4_38/34_Y,其中的F4代表B2步进,基本和零售版没啥区别了。
佚名
·
2017-02-12 11:49
AMD顶级Ryzen处理器跑分图曝光:平均成绩70.5
图片显示,Singularity测试中使用的是TITANX显卡,搭配的则是AMD代号为ZD3601
BAM
88F4_40/36_Y的Ryzen处理器。
佚名
·
2017-02-04 10:11
系统学习机器学习之神经网络(十) --
BAM
网络
/897795.html联想记忆网络的研究是神经网络的重要分支,在各种联想记忆网络模型中,由B·Kosko于1988年提出的双向联想记忆(BidirectionalAssociativeMemory,
BAM
Eason.wxd
·
2017-01-09 17:08
机器学习
基因数据处理41之mango使用失败
0.19-git/bin$mango-submit/xubo/mango/snap/datatest.fa.adam-read_files/xubo/mango/snap/datatest2.sort.
bam
.adam-var_files
KeepLearningBigData
·
2016-05-30 13:58
基因数据处理
Adam学习16之SAM/
BAM
在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord
1.SAM/
BAM
和Fastq一样的Avro,不详细就写了2,数据:{"readNum":0,"contig":{"contigName":"chrUn_KN707606v1_decoy","contigLength
bob601450868
·
2016-05-01 02:00
Adam学习13之Fasta/Fastq/SAM/
BAM
文件格式数据读取
0.代码(读取方法):packageorg.bdgenomics.adamLocal.algorithms.test importorg.apache.spark.SparkConf importorg.apache.spark.SparkContext importorg.apache.spark.sql.SQLContext importorg.bdgenomics.adam.rdd.ADA
bob601450868
·
2016-04-30 22:00
深度学习框架的评估与比较
最近zer0n和
bam
凌风探梅
·
2016-03-09 11:08
DeepLearning
BizTalk Server 2010 培训
此次培训内容增加了在BizTalk在商务应用(EDI、
BAM
)方面的内容,另外对之前的培训课件也做了一定的修改。总共课程内容为三天。以下为课程表,如需培训课件老规则在本文评论处留下邮箱即可。
·
2015-11-13 22:24
server
BizTalk开发系列
此次培训内容增加了在BizTalk在商务应用(EDI、
BAM
)方面的内容,另外对之前的培训课件也做了一定的修改。总共课程内容为三天。以下为课程表,如需培训课件老规则在本文评论处留下邮箱即可。
·
2015-11-13 22:26
开发
BizTalk 开发系列(四十一) BizTalk 2010
BAM
安装手记
更多内容请查看:BizTalk动手实验系列目录 BizTalk 开发系列 使用64位系统可以支持更大的内存,现在服务器基本上都使用64位系统。微软从Windows Server 2008 R2开始服务器版的操作系统也只支持64位了,
·
2015-11-13 21:27
安装
jquery里面的$(this)和this都什么时候用,有什么区别
当你用的方法是jquery时,就用$(this),如果是JS方法,就用this, $(this).html( $(this).html() + "
BAM
!
·
2015-11-12 20:24
jquery
Biztalk2010安装及配置问题集
Biztalk2010时,碰到很多问题,有的是粗心有的也是比较bt的,如: 1)在win7 64下引入x86 的cab,有点粗心,幸亏给我报错版本不兼容(呵呵); 2)安装的时候 不知道为什么计数器被损坏
bam
·
2015-11-11 17:23
配置
Hello, Biztalk 2006 R2
BAM
Biztalk 2006 R2的
BAM
,允许我们很方便的让既有系统和WCF-based 系统,通过配置或者API的方式。把程序运行过程中的关键数据库push给
BAM
。
·
2015-11-11 15:04
EL
Hello,Biztalk 2006 R2
BAM
, WCF 集成
Hello, Biztalk 2006 R2
BAM
中提到了如何配置一个
BAM
的Activity模型以及通过
BAM
API直接把关键业务数据喂给
BAM
。这个适合于企业中Legacy 系统的场景。
·
2015-11-11 10:11
WCF
BizTalk 2010
BAM
Configure
wizard with basic configuration option on my windows7 with IIS 7, it came up with a warning saying
BAM
·
2015-11-08 17:02
config
BAM
对 GB18030 的支持方法~
对于某些本地化语言(如中文),必须向 Windows 添加相应的语言支持,Internet Explorer 才能正确显示
BAM
搜索结果。此处提供的说明用于添加中文语言支持。
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2015-11-06 07:25
方法
BizTalk动手实验(十)业务活动监控(
BAM
)演示
nbsp; BizTalk 开发系列 1 课程简介 通过本课程熟悉业务活动监控(
BAM
·
2015-11-02 15:27
活动
BPM≠Workflow+EAI (下)
在此,有個重要的模組稱作流程活動監控 (
BAM
, Business Activity Monitoring),它可以隨時
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2015-11-01 14:54
workflow
BAM
学习小结
Prepare
BAM
Observation Model 1) Create New Activity.
·
2015-11-01 10:30
学习
HttpClient Post /Get
Android Post Get 示例 package alex.reader.ebook.
bam
;import java.io.IOException;import java.util.ArrayList
·
2015-10-31 14:10
httpclient
BAM
:Activity Tree Items
Tracking Profile Editor Item Icon Description Notes Stage Automatically created in the activity tree when defining a milestone within an activity. The stages are listed when an activity is
·
2015-10-30 13:26
Activity
生物大数据处理的一点心得
在生物领域中,常常处理gff,gtf,
bam
,sam等格式的文件。在此我总结了几点我处理这些文件的经验。
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2015-10-23 08:55
大数据
BAM
Portal - Safety settings on this machine prohibit accessing a data source on another domain Error
BAM
Portal - Safety settings on this machine prohibit accessing a data source on another domain Error
·
2015-10-21 13:03
Access
WSS站点里Asp.Net 身份验证问题解决
由于我们BizTalk项目中经常会需要用到BAS,
BAM
等,(如:RosettaNet等),所以需要安装配置WSS,一般默认情况会提升Default Web Site(80)站点, 但是如果有Asp.Net
·
2015-10-21 13:48
asp.net
Business Activity Monitor
BAM
.xls的DLL Hell问题
打开
BAM
.xls进行业务活动监视的时候,会报如下错误:中文版:隐藏模块中编译错误:工具英文版:"Compile error in hidden module: Utility"由于
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2015-10-21 12:32
Activity
双向联想记忆神经网络
联想记忆网络的研究是神经网络的重要分支,在各种联想记忆网络模型中,由B·Kosko于1988年提出的双向联想记忆(BidirectionalAssociativeMemory,
BAM
)网络的应用最为广泛
LG1259156776
·
2015-08-07 21:00
记忆
神经网络
双联想
反馈型
BAM算法实现
Android HttpClient
packagealex.reader.ebook.
bam
; importjava.io.IOException; importjava.util.ArrayList; importjava.util.HashMap
yolinfeng
·
2015-06-08 20:00
exception
android
String
HashMap
url
iterator
关于RNA-SeQC.jar包的源码分析1
1.参数输入 -n 1000 -s \"TestId|ThousandReads.
bam
|TestDesc\" -t gencode.v7.annotation_goodContig.gtf
219
·
2015-03-14 08:00
源码分析
Windows Server 2008 以上服务器配置SMTP
使用SQLServer2014或SQLServer2012時,需要SQLServerDatabaseMail以設定
BAM
警示。SQLSe
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2015-03-12 11:00
windows
server
2008
samtools常用命令详解
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和
bam
文件的工具合集。包含有许多命令。
·
2015-03-05 19:00
tools
BizTalk动手实验(十)业务活动监控(
BAM
)演示
1课程简介通过本课程熟悉业务活动监控(
BAM
)的使用及各组件的配置。
·
2014-09-25 16:00
活动
BizTalk 开发系列(四十一) BizTalk 2010
BAM
安装手记
使用64位系统可以支持更大的内存,现在服务器基本上都使用64位系统。微软从WindowsServer2008R2开始服务器版的操作系统也只支持64位了,不过对于像BizTalk这种“繁杂的东西”在64位系统下确实增添了不少麻烦。微软于9月底正式发布了面向企业SOA解决方案的最新产品BizTalkServer2010。最新想搭一个最新的环境。本为装了BizTalk不下百遍的我,应该可以很快就搞起来。
·
2014-09-25 16:00
安装
业务流程分析和优化
1 BPM方法理论 流程管理的思想,经历了从workflow、BPM和
BAM
(Business Activity Monitoring
wushexu
·
2014-09-13 13:00
BPM 业务流程优化
Gaea
初级分析部分的输入是原始read文件(FASTQ格式或经gz压缩的FASTQ文件),输出是可供变异检测分析的比对文件(
BAM
格式)。
lilinji
·
2013-10-19 10:27
hadoop
Camel
BAM
组件的使用说明
BAM
是Camel一个特殊的组件,用来监控消息的路由质量,(消息在某个endPoint的处理时间是否超时,是否正确到达某个endPoint).
BAM
的设置如下1.1.1在业务路由中增加监控的endPoint
滄海一夢
·
2013-07-13 10:00
bma150重力感应
移植
bam
150的时候遇到了些问题,记录下。不对程序做具体分析,三星在驱动方面做的比较成熟。也许这些记录对想了解驱动的,用处不大,不过是实践的经验,如果你在项目工作中遇到,也许是个不错的参考。
bi511304183
·
2013-07-11 18:00
Berkeley DB 源代码分析 (3) --- Btree的实现 (2)
__
bam
_ditemInbtreewestoreon-pageduplicatekey/datapairsthisway:1.weonlyputthekeyontothepageonce,sinceit'sduplicated
dazhao_cn
·
2013-06-20 14:26
DB
源代码
分析
内核
Berkeley
samtools得到mapping中各个位置覆盖度情况程序,samtools tview的使用
blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.
bam
gaorongchao1990626
·
2013-03-30 16:00
perl多进程数量控制-信号或者判断pid是否存在
;usePOSIX;my@ip;openIN,'ip.txt'ordie'error'; @ip=;close(IN);my$total=$#ip+1;my$num=$total;my$a=0;my$
bam
bio_tt
·
2012-12-11 14:55
perl
信号
多进程
samtools学习及使用范例,以及官方文档详解
#第一步:把sam文件转换成
bam
文件,我们得到map.
bam
文件 system"samtoolsview-bSmap.sam>map.
bam
"; #第二步:sort一下
BAM
文件,得到map.sorted.
bam
gaorongchao1990626
·
2012-12-04 11:00
BizTalk动手实验(十)业务活动监控(
BAM
)演示
BizTalk动手实验(十)业务活动监控(
BAM
)演示更多内容请查看:BizTalk动手实验系列目录BizTalk开发系列1课程简介通过本课程熟悉业务活动监控(
BAM
)的使用及各组件的配置。
地球人
·
2012-09-22 21:00
Oracle
BAM
Export Rule的方式
BAM
导出Rule的方式有两种,一个是按照Rule逐个导出,另外一种是按照文件夹方式导出.
qingqingxuelang
·
2012-09-16 20:00
Oracle
BAM
Pie图无法自定义颜色
OracleBAM监控程序中,其中有一个报表功能需要做状态显示,即通常在weblogic中可以看到饼图表示服务器的Up和Down.红色代表服务器Down,绿色代表服务器Up.项目中也有类似的需求,因此也采用了饼图实现.初步实现时,一切都正常,但是发布到生产环境后,客户说服务器的状态是正常的,但是饼图显示不正常.如下图:按照原来的设计,全部都是正常数,按理饼状图应该显示为绿色,但实际却相反.花了半天
qingqingxuelang
·
2012-08-22 21:00
Oracle
BAM
利用Oracle User Messaging Service(UMS)发送报警引起的问题
OracleBAM项目上线后,运行得一直不是很稳定,Server后台不断报错,报错之后就出现各种异常,包括ODI被hung住,
BAM
的Report、DO等全部都打不开,每隔一段时间就出现这种状态,当时项目上就留了我一个人
qingqingxuelang
·
2012-08-11 01:00
oracle
exception
service
user
email
Descriptor
Oracle
BAM
发送报警信息超长的解决方法
在客户的OracleBAM监控项目中,通过SOA和ODI方式将业务接口运行时间,状态和相关信息写入数据对象DOInstanceInfo,并根据条件发送警报,而每发送一次警报,
BAM
都会往系统表History
qingqingxuelang
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2012-08-10 23:00
ODI与
BAM
集成自动配置集成脚本注意事项
VerifythatOracleBAMServerisrunningandreachablefromtheOracleDataIntegratorhost.OntheOracleBAMhost,gototheORACLE_HOME\
bam
qingqingxuelang
·
2012-08-07 22:00
SOA Suite 11g 开发指南之十四:使用
BAM
(Business Activity Monitor)
由两部分组成1.
BAM
监控的BPEL2.代理服务加
BAM
重点说明:1.在代理服务上加
BAM
图2.
BAM
监控BEPL架构图待续。。。。
C_LIFE
·
2012-08-06 18:00
Activity
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