BAM

浅谈各个质控指标

GC含量输入文件fastq或bam相关软件及使用fastqcfastqcsample_R1.fq.gz#fastqc也可以输入bam文件#fas
无话_·2023-11-22 18:39

系统分析-业务流程分析工具

业务活动图（BAM）业务活动图是提供业务流程情况的全面模型。其主要应用在如下几个方面：1、业务流程调查时
林中白虎·2023-11-22 17:26

用python做生物信息数据分析（2-pysam）

手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam文件。当然，如果有可能的话，还需要对SAM或者BAM进行排序！这个事情我在java写过，but，最后效率不如htsjdk，故最后还是打包了htsjdk。
生信石头·2023-11-22 05:27

常见格式——bam

Bam(BinaryAlignment/Map)bam文件是Sam文件的二进制压缩格式，保留了与sam完成相同的内容信息。
oddxix·2023-11-22 04:04

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile
bred·2023-11-21 09:50

BAM（Bottleneck Attention Module）

BAM（BottleneckAttentionModule）是一种用于计算机视觉领域的深度学习模型结构，它旨在提高神经网络对图像的特征提取和感受野处理能力。
BestSongC·2023-11-11 02:33

线性代数（四）| 解方程 齐次性 非齐次性 扩充问题

文章目录1方程解的个数2解方程步骤2.1齐次性方程组2.2非齐次方程组3一些扩充问题系数矩阵增广矩阵Am×nX=BA_{m×n}X=BAm×nX=B1方程解的个数m代表有m个方程n代表有n个未知数系数矩阵的秩与增广矩阵的秩不同无解若相同
Qodi·2023-11-10 06:39

Sam/Bam文件格式详解

不同的文件格式往往有不同的目的：为了软件之间的兼容性；人类可读的用于数据加工、解析和处理的格式，比如.tsv,.csv等；为了提高计算机计算效率的数据格式，一般可读性不强的二进制文件，比如今天要讲解到的bam
生信阿拉丁·2023-11-06 09:41

AUTOSAR J1939Tp 传输方式详解

1939Tp应该支持两种传输模式,即BAM（广播模式）和CMDT(点对点传输模式)。2.InitializationandShutdow
阡陌安墨·2023-11-04 06:48

samtools

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
晓佥·2023-11-03 16:48

生信搬运工-03-测序文件格式介绍

文章目录一、Peak文件介绍1.NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、测序常见文件格式bam
奈良家の小鹿·2023-11-03 04:20

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam
lazymark2·2023-11-03 04:43

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧
单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam进行SAM/BAM文件处理(1)

Pysam作为一个python模块可以读取与处理SAM/BAM文件，并提供了方便的对象与丰富的操作接口，让我们了解一下。
DataScience·2023-10-30 23:59

Chip-seq分析笔记

此步骤把SRR的名称改掉，加快运行速度，速度非常快）4.质控4.1trim_galore4.2FastQC质控报告生成（旧的数据）5.bowtie2比对(15min/file)6.samtoolssam转换bam
xsq420281·2023-10-28 16:50

rename函数

某个目录下有多个sam文件：1.sorted.bam.sam2.sort
M78_a·2023-10-28 02:43

chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

deeptools是一款非常好用的工具，提供了很多有用的功能，本文主要介绍如何使用deeptools来计算样本间的相关性，并进行可视化，主要分为以下两个步骤1.计算bam文件的cover
生信修炼手册·2023-10-27 20:53

生信格式之sam、bam

一、sam、bam简介1、samSequenceAlignment/Mapformat，直译就是序列比对格式；序列比对是测序结果分析中最基础的一步操作，它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域
小贝学生信·2023-10-26 03:59

根据已有序列提纯二三代测序数据

bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>[email protected]>out.bambedtoolsbamtofastq-iout.bam-fqmito_f1
马连洼小法师·2023-10-25 23:44

转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]

本文知乎地址：samtools工具介绍Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequencealignmen
CYH-BI·2023-10-25 12:07

2021-10-10samtools的安装和使用

来源：https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293fsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。
__一蓑烟雨__·2023-10-22 20:01

文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化

whatisbambam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储空间，bam是sam的二进制格式，cram则是进一步压缩后的格式，这三者所记录的内容是一致的，
jiarf·2023-10-22 16:30

提取目标区域的bam文件，拆分bed文件，bed区间深度

提取bed区间内的readssamtoolsview-bh-Ltarget.bedbamfile.bam>target.bamsamtoolsview-hbbamfile.bamchr:start-end
风风是超人·2023-10-21 02:27

生信教程 | 基于PSMC估计有效群体大小

数据Genome：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000001905.1/Bam：https://www
冷冻工厂·2023-10-20 07:20

生信（十一）htslib处理bam或sam文件的简单示例

原创：hxj7本文给出了一个示例，介绍如何使用htslib编写c程序来处理bam/sam文件。
生信了·2023-10-16 09:14

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp的序列；2、BWA-SW和BWA-MEM
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

PE测序中read1与read2关系

PE测序中read1与read2关系1、前言2、插入片段与PE测序的3种关系3、插入片段不测通时PE_reads间关系（1）fq中的reads（2）bam中的reads（3）IGV中的reads参考文件
S_AGZX·2023-10-11 08:35

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺·2023-10-11 04:30

8-【samtools】的安装和使用

安装时间：2021.2.151.简介samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能。
lkj666·2023-10-07 05:19

如何在Rawdata的fq.gz中找到一条read序列

事情是这样的：在IGV中查看我的bam文件时，找到了一对有趣的reads：E00582:592:HHF5YCCX2:3:2101:5863:59604这个bam文件用的是clean的reads，但我想看看
笺牒九州的怪咖·2023-10-07 03:28

基因组比对结果的可视化

只需要导入参考基因组文件以及bam或者bw文件即可。IGV安装提前装好java，去IGV的官网下载和自己系统对应版本的exe文件，常规安装即可。
EwanH·2023-10-06 08:06

linux-P14-sam和bam格式文件的shell小练习

sam和bam格式文件的shell小练习练习题网址linuxawk命令详解image-20190617095445181image-20190617095608215image-20190617095552042image
小梦游仙境·2023-10-04 20:27

RSEM错误解决：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25)

一，错误的RSEM命令rsem-calculate-expression--paired-end-no-bam-output--alignments-p8star_Aligned.sortedByCoord.out.bamRSEM
拔了一颗牙·2023-10-04 01:42

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

2021-07-30 统计测序中插入片段长度insert_sizes

bam文件的第9列直接存储了fragmentlength的信息，直接提取之后就可以用来画图，提取的代码如下从bam文件中提取插入片段长度samtoolsviewinput.bam|\awk-F'\t''
xiaoguolaile·2023-10-01 15:43

2022-09-08 bam文件去除重复reads

适用场景：首选软件：picardMarkDuplicates命令示例：export_JAVA_OPTIONS=-Djava.io.tmpdir=./tmppicard-Xmx100gMarkDuplicatesI=YH9H-2filter_MAPQ20.bamO=YH9H-2filter_MAPQ20redup.bamCREATE_INDEX=tureREMOVE_DUPLICATES=tureM
AsuraPrince·2023-09-30 17:24

samtools reads 过滤

FilterAlignmentsforunmappedpairsAnunmappedreadwhosemateismapped.samtoolsview-u-f4-F264alignments.bam>
wangsb_2020·2023-09-30 15:34

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

MACS2学习笔记

安装默认使用Condamacs2的基本命令macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAM-nprefix-q0.00001macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAMPE-nprefix-q0.00001
面面的徐爷·2023-09-28 21:06

从fastq到群体结构分析软件及命令行实现

bwabwamem-t6-k32-M-R"@RG\tID:saample\tLB:sample\tSM:sample"fafq_R1.fq.gzfq_R2.fq.gz|samtoolsview-b-S->sample.bam
点滴生信·2023-09-28 11:22

samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）

准备序列比对后生成的bam文件或者.sam文件samtoolsflagstat.bam文件>flagstat.tax结果解释从第一行至第十一行分别表示：QCpass的reads的数量为2499971，未通过
奔跑的Forrest·2023-09-27 08:44

2019-07-05 macs14 bdg to bw

samtoolsmerge-@45final.bam1in.bam2in.final.bammacs14-t2cell-rep1.bam-ghs-n2cell-rep1-B--nolambda--nomodel
njmujjc·2023-09-25 10:02

对 fastq 和 bam 进行 downsample

对fastq和bam进行downsample一、Fastq1、seqtk二、Bam1、samtools2、PicardDownsampleSam3、比较并行采样模板一、Fastq1、seqtkSeqtk
毒鸡蛋·2023-09-19 14:18

bam转fq文件 避坑

网上主要有两种方法：bedtools里的bamToFastqbamToFastq-iXX.bam-fqXX.fqsamtoolsbam2fqbam2fqXX.bam>xx.fq注意这两种方法得到的fq文件大小完全不同
bio_橡树·2023-09-18 13:35

BWA比对及Samtools提取目标序列

主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（sample.bam三．samtools根据比对情况提取：#提取比对到参考序列上的比对结果samtools view -bF
鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable,andeasiertoprocessbyconventionaltextbasedprocessingprogr
垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

比对软件|Samtools

Samtools是一组实用程序，用于操作SAM（序列比对/映射）、BAM和CRAM格式的比对。它在格式之间进行转换，进行排序、合并和索引，并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。
作图帮·2023-09-16 11:14

[SAMtools] 常用指令总结

源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.htmlsamtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。
weixin_34268310·2023-09-16 11:14

bam文件读取_sam和bam文件处理

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
quan zhizun·2023-09-16 11:14

[samtools] sam格式与bam格式互换，提取未匹配reads，转为fastq

ConvertingaSAMfiletoaBAMfileFirst,ifyouusetheUnixcommandheadtest.samThefirst10linesonyourterminalaftertyping"headtest.sam",shouldbelinesstartingwithan"@"sign,whichisanindicatorforaheaderline.Ifyoudon'
weixin_33737774·2023-09-16 11:43
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