BAM

samtools 使用说明

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
qq_38790244·2023-09-16 11:41

samtools及bam文件的相关知识

文章目录一些重要的概念首先是关于模板和read的概念然后是线性比对(linearalignment)和嵌合比对(chimericalignment)的概念Phredscale1-base和0-base文件bam
卡西莫多的礼物·2023-09-16 11:41

Samtools应用指南-处理Sam与Bam文件

--prefix=全路径/samtools-1.9makemakeinstall1.0之前的版本没有configure步骤下载后直接makeCOMMANDS1.viewview主要是将sam文件转换成bam
hs6605015·2023-09-16 11:11

samtools常见用法示例

samtools是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件，功能最丰富。
qq_27390023·2023-09-16 11:11

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sabwa比对+samtools进行sam2bam
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

samtools提取bam paired-end reads

解决方案通过指定samtoolsview的-f/-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads-f/-F/-G参数介绍-fFLAG,--require-flagsFLAGOnlyoutputalignmentswithallbitssetinFLAGpresentintheFLAGfield.FLAGcanbespecifiedinhexbybeginningwith
qq_21478261·2023-09-16 11:39

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

前言这个教程源于曾健明，题库地址为其博客。所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。两个练手数据：2.1转录组数据：/public/study/mRNAseq/tair/的转录组的测试数据，具体教程可以看其博客：http://www.bio-inf
谢兴豪·2023-09-12 16:50

将bam文件转化成fastq文件

链接：https://www.metagenomics.wiki/tools/samtools/converting-bam-to-fastq
一只烟酒僧·2023-09-11 11:49

samtools flagstat统计bam文件比对结果

$samtoolsflagstatUsage:samtoolsflagstat[options]--input-fmt-optionOPT[=VAL]SpecifyasingleinputfileformatoptionintheformofOPTIONorOPTION=VALUE-@,--threadsINTNumberofadditionalthreadstouse[0]$samtoolsfl
JeremyL·2023-09-11 04:56

nmpa www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/

专家共识-检验科Ⅲ-9与流式技术相关的试剂IGV基因组浏览器玩转基因组浏览器之初识IGV玩转基因组浏览器之使用IGV查看基因结构信息玩转基因组浏览器之自定义IGV的参考基因组玩转基因组浏览器之IGV展示bam
mingyangdede·2023-09-08 14:27

bismark 识别甲基化位点

bismark比对完之后，会生成1个bam文件。使用bismark_methylation_extractor命
生信修炼手册·2023-09-07 00:58

day21ChIP-seq之sam转换为bam

生成的sam要转换成bam，再排序，在生成index。都是用samtools这个工具。
meraner·2023-09-02 17:30

Android根据bootmode设置usb config

1ShellScriptbootmode=`getpropro.bootmode`bootmode=${bootmode:0:4}adb_enabled=`getpropro.debuggable`pid9091_qti_bam
SEP5010·2023-09-01 11:48

J1939协议中CAN ID 与PGN互换--遇到了广播报文

J1939Explained-ASimpleIntro(2021)–CSSElectronicsRef:CAN帧ID与J1939PGN转换例子_horse_2007s的博客-CSDN博客Ref:在J1939中多帧数据如何发送，它是通过TP.CM_BAM
做一个码农都是奢望·2023-08-30 17:39

sam/bam文件结合igv可视化

关于sam/bam文件的格式，网上已经有很多介绍，但是很多没有结合igv可视化，所以不容易理解
Nickier·2023-08-29 14:52

线性代数学习笔记——线性方程组解的判定与解法

有非零解的充分必要条件是系数矩阵的秩R(A)bAm
ACxz·2023-08-27 14:27

samtools sort Failed to open file问题

报错[bam_sort_core]mergingfrom2525filesand1in-memoryblocks...
SnorkelingFan凡潜·2023-08-26 17:29

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

/bam放.bam的比对文件./sort排序后的.bam文件./bins把所有的bin的.fa文件放在一个文件夹
江有枫xx·2023-08-25 07:57

DESeq2:基于Counts分析

RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression（一)、数据准备1数据制备（Data)使用FeatureCounts读取*.bam
小杜的生信筆記·2023-08-24 22:17

【python】使用pysam读取sam/vcf/fasta文件时的常用属性

导入pysam模块importpysam使用pysam读取sam/bam
青灯照颦微·2023-08-24 08:47

awk比较两文件（-）

|awk'FNR==NR{x[$1];next}($1inx)'1.txt-取代第一个文件的位置：cat2.txt|awk'FNR==NR{x[$1];next}($1inx)'-1.txt这样在提取bam
生信编程日常·2023-08-21 23:07

基因组浏览器、BAM文件可视化工具（2）--- IGV

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB：JamesT.Robinson,HelgaThorvaldsdóttir,WendyWinckler,MitchellGuttman,EricS.Lander,GadGetz,JillP.Mesirov.
笺牒九州的怪咖·2023-08-19 23:27

RBP AS生信流程（三）定量二

老师的方法定量：featureCounts-T10-p-texon-ggene_id\-a/home/sxw/HF/Homorefer/humangtf/genecode38.gtf-oall.id.txt*.bam1&
cHarden13·2023-08-19 16:24

CNN经典结构（Lenet，AlexNet，VGG，GoogleNet，ResNet, Resnext, Densenet, Senet, BAM,mobilenet）及其pytorch实现

CNN经典结构前言本文主要介绍2012-2019年的一些经典CNN结构，从Lenet，AlexNet，VGG，GoogleNet，ResNet,Resnext,Densenet,Senet,BAM,CBAM
瞎了吗·2023-08-15 17:36

复习linux基础指令及python处理基因组数据

原本应该是学习的时候记录的，但是各种原因耽误了，只能想起来了就记一点比对可以使⽤用bowtie2软件⾃自带的测试数据⽣生成sam/bam⽂文件，代码如下:mkdir-p~/biosoftcd~/biosoft
程凉皮儿·2023-08-15 13:06

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

目录引言bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph
茅逗逗·2023-08-14 06:32

测序数据比对到基因组正负链？

关于bam文件第二列的flags:第一列代表的是二进制，我们在bam文件里看到的其实是十进制，下面有个例子，讲述了怎么把十进制转成二进制。但是我不明白第二列为什么是0*1,0*2等等。
Amelie_ec72·2023-08-09 18:14

BSA分析-实战笔记(一)软件安装

seqkit：序列处理软件condainstallseqkitfastp：数据质控condainstallfastpbwa：数据比对到参考基因组condainstallbwasamtools：处理sam/bam
Akuooo·2023-08-09 09:28

比对结果去重软件：sambamba的安装以及安装出错解决办法

sambamba主要有filter，merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件。
笺牒九州的怪咖·2023-08-08 21:21

bedtools intersect 的八个常用案例

摘自“生信技能树”的《bedtools用法大全》用来求两个BED或者BAM文件中的overlap，overlap可以进行自定义是整个genomefeatures的overlap还是局部。
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-08 19:49

GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止

/alignment/bam/P368T.sorted.markd
骑行去看海·2023-08-08 17:49

GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止

/alignment/bam/P368T.sorted.markdup.bam--known
骑行去看海·2023-08-08 17:19

bamdst安装及使用

得到测序文件进行比对后经常需要对bam文件进行覆盖深度、靶向捕获效率的统计分析进行初步质控。
xianmao123·2023-08-07 22:34

2019-08-18-02-fastq/sam和bam文件

fastqfastq查看：zcatfilename.fq.gz|head-n8#显示前8行文件内容（前8行代表2条序列）格式说明：fastq文件每4行代表一条序列第一行：记录序列测序时所用仪器以及在测序通道中坐标信息，以@开头；第二行：测序的序列信息，以ATCGN表示，由于荧光信号干扰无法判断是什么碱基时就用N表示；第三行：通常一个+；第四行：与第二行碱基信息一一对应，存储测序碱基的质量值。sam
jing_我愿·2023-08-04 21:17

计算ChIP-seq的CPM值

首先，准备callpeak后的narrowpeak文件，和bam文件利用bedtoolsmulticov先计算每一个peak的count数。
pudding815·2023-08-03 22:36

samtools Bam文件常用操作

sam文件转bam文件-f有某个flag值的序列-F不含有某个flag值得序列-b输出BAM格式samtoolsview-Stest.sam-b>test.bam#比对到负链的readssamtoolsview-f16test.bam
像鸟一样飞过你的高山·2023-08-03 13:34

《Bioinformatics Data Skills》之BAM文件转换，排序与建立索引

一般来说除了查看文件，我们很少用到sam文件，大多数程序设计出来都是直接读取二进制的bam文件而不是sam文件字符串，例如samtools的子命令sort，index，depth，mpilup等为了效率都要求
DataScience·2023-08-01 21:33

GATK-变异流程2

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
家和建材广场·2023-07-31 19:47

FastQC

3.输入文件格式丰富，BAM、SAM、FastQ等。文档地址：http://www.bioinformat
希望你会好·2023-07-27 15:54

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。
穆易青·2023-07-26 19:42

deeptools

写在前面：参考1参考2BAM和bigWig文件处理质量控制热图和其他描述性作图其他deeptools
shine_9457·2023-07-26 02:46

Samtools 命令详解

samtools命令详解samtools常用命令总结samtoolsview重要参数释义：-b：输出bam格式，用于后续分析-C：输出CRAM文件-1：快速压缩（需要-b）-u：输出未压缩的bam文件，
超级无敌大蜗牛·2023-07-25 16:01

samtools软件从bam文件提取目标序列

可以使用samtoolsfastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。
佳名·2023-07-21 11:22

将qualimap结果统计成表格

qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令：ls*bam|xargs-n1-P2-I{}qualimaprnaseq-bam{}-gtfAt.gtf-occount.matrix-outdirrnaseq_result
wangsb_2020·2023-07-19 07:19

bam转sam

BAM->SAMsamtoolsview-h-oout.samout.bamSAM->BAMsamtoolsview-bSout.sam>out.bam如果没有@SQsamtoolsfaidxref.fasamtoolsview-btref.fa.faiout.sam
M78_a·2023-07-17 21:59

2022-09-13 所里小服务器数据copy到nas3

readlink-fm64430e_220823_210557.ccs.bam（展示软件链接数据绝对路径）[email protected]:/data0/agis_kongweilong
AsuraPrince·2023-07-17 15:23

J1939协议简介【小白入门】

文章目录J1939协议简介J1939主要特性报文格式及使用方法(J1939/21)地址和名称(J1939/81)地址请求报文传递(J1939/21和J1939/7x)TP_BAM报文TP_CM报文报文接收
无法回到的过去·2023-07-15 10:13

RSeQC使用

–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19.bed12-iSRR3589956.bam-ooutput2
苏牧传媒·2023-07-13 21:43

基于双分支残差结构的低光照图像增强研究与应用实现

首先，采用改进InceptionV2提取浅层特征；其次，使用残差特征提取块（RFB）和稠密残差特征提取块（DRFB）提取深层特征；然后，融合浅层和深层特征，并将融合结果输入亮度调整块（BAM）调整亮度，
就是求关注·2023-06-10 12:12
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