BAM

RBP AS生信流程（三）定量

rsem-prepare-reference--gtfgtf文件\参考基因组文件\位置/命名##step2定量计算rsem-calculate-expression\--paired-end\（双端测序）--no-bam-output
cHarden13·2020-08-30 21:08

神经网络算法详解：反馈神经网络（Hopfield网络、双向联想记忆网络BAM、玻尔兹曼机BM、RBM）

本文介绍了反馈神经网络，包括Hopfield网络，离散Hopfield网络（DHNN），连续Hopfield网络（CHNN），双向联想记忆网络（BAM），玻尔兹曼机（BM），受限玻尔兹曼机（RBM）。
Y Shy·2020-08-25 01:44

神经网络算法详解 04：反馈神经网络（Hopfield、BAM、BM、RBM）

本文介绍了反馈神经网络，包括Hopfield网络，离散Hopfield网络（DHNN），连续Hopfield网络（CHNN），双向联想记忆网络（BAM），玻尔兹曼机（BM），受限玻尔兹曼机（RBM）。
datamonday·2020-08-25 01:23

CASH软件分析差异性可变剪接

声明：仅用于记录和交流，非用于指导RNA-seq数据拿到手已经是hisat2比对好的bam格式文件：test-treat.bam与test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序
代江山·2020-08-24 22:06

10.17 IGV可视化 snpEFF注释 解压缩命令

一、IGV可视化查看bam文件：samtoolsview-hin.bam可以加限制看具体位置第一，把你想查看的那部分区域用samtoolsview提取出来，生成一份小一些的BAM，然后下载下来，在导入到
KK_f2d5·2020-08-23 18:43

bcftools进行SNP calling

在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用,命令如下samtoolsmpileup-ufref.faaln.bam|bcftoolsview-bvcg->var.raw.bcf
生信修炼手册·2020-08-22 22:32

泰国人转向投资房地产

据泰国《世界日报》4月7日报道，曼谷资产管理公司（BAM）的负责人说，该公司目前正在提供一些房地产，包括别墅、公寓和空地，以刺激泰国经济的特殊销售。
sipvilqdpg·2020-08-22 19:38

[谦斑]大型金毛的驯养方法6

“bam米?bam米~起床啦~”比bambam先醒过来的金有谦看了看时间，发现已经快该吃晚饭了,正巧阿姨上来敲了敲房门,询问着少爷和客人是否要开晚饭。
水獭七的扁桃体w·2020-08-21 10:52

bam deal

pibasetoolsforvalidationalandcomparativeanalysisofBAMfilespibaseisanopen-sourcepackageoflinuxcommandlinetoolsforvalidatingnext-generationsequencingloci(SNPsandlociofinterestwherenoSNPsareknown)andforc
whiffen_cann·2020-08-20 02:16

Samtools安装与使用

Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequencealignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序
wangchuang2017·2020-08-19 20:12

samtools用法

1.Viewsamtoolsview-bSabc.sam>abc.bamsamtoolsview-b-q20abc.bam>abc.q20.bam-bbam输出bam-Ssam输入sam-@线程-q20
苏牧传媒·2020-08-19 18:28

fastqc的使用

fastqc[-ooutputdir][--(no)extract][-ffastq|bam|sam][-ccontaminantfile]seqfile1..seqfileN-o用来指定输出文件的所在目录
SicongFu·2020-08-19 16:49

bam2bw,上传ucsc可视化

首先用tophat，hisat等比对软件生成BAM文件然后用deeptoos转化deeptoolsInstallationcondainstall-cbiocondadeeptoolsbamCoverage
547可是贼帅的547·2020-08-19 04:21

生信（11）htslib处理bam或sam文件的简单示例

本文给出了一个示例，介绍如何使用htslib编写c程序来处理bam/sam文件。
生信了（公众号同名）·2020-08-18 10:15

编译安装samtools

/configuremake一般会报错，提示bam_tview_curses.c:41:20:fatalerror:curses.h:Nosuchfileordirectory#includecram/
也许云知道·2020-08-13 16:18

Linux生信练习3--sam/bam

作业原文:sam和bam格式文件的shell小练习|生信菜鸟团原始数据准备~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads../..
小贝学生信·2020-08-11 20:32

Bitbucket网站——基于web的版本库托管服务

Bitbucket能够与Atlassian的其他产品相集成，如Jira、HipChat、Confluence和Bam
programmer aloys·2020-08-10 09:22

SAM/BAM文件解读

BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。第1列：fastq的readID第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值，那么那个
Sepine·2020-08-09 20:46

高通 SPI驱动笔记

spi-qup-v2";//厂商设备名#address-cells=;//子元素地址值的个数#size-cells=;//子元素长度值的个数reg-names="spi_physical","spi_bam_physical
feisonzl·2020-08-09 19:05

高通平台SPI配置方法

高通相关文档80-nu767-1_e_linux_bam_low-speed_peripherals_configuration_and_debug_guide.pdf80-P2472-1B_E_MSM8953
导盲小Q·2020-08-08 19:56

转录组分析

UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta，下载很hg38参考基因组，通过tophat2和cufflinks对Hela细胞进行转录组分析，得到BAM
┡狼儿本色～々·2020-08-08 00:46

“一只长臂猿宠物的背后，有239只死在交易的各个环节。”

鱤餧ééé訰éèéèééé館èéèéèè°éèé¨éèé§è°¨éééèé§é±±¨¤°é谱跰跱éèèé¨è§éèè·°±°°°Bamè¨BamMarianiRamlièéèèè
果壳网·2020-08-03 00:00

“一只长臂猿宠物的背后，有239只死在交易的各个环节。”

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果壳网·2020-08-03 00:00

ECCV2020 | 论文阅读——BorderDet: Border Feature for Dense Object Detection

Abstract1Introduction2RelatedWork3TheProposedApproach3.1Motivation3.2NetworkArchitecture3.2.1BorderAlign3.2.2BorderAlignmentModule（BAM
Liaojiajia2019·2020-08-02 13:52

bwa samtools bowtie2大杂烩

比对，先要建indexbwaindex/path/to/ref.seq.fa一般bwa比对完后需要用samtools转换成bam或者排序什么的，都需要用samtools首先对ref进行建indexsamtoolsfaidxref.seq.fa
巴拉巴拉11·2020-07-31 16:18

bam2bw

ref：bam2bw,上传ucsc可视化-deeptoolsInstallationcondainstall-cbiocondadeeptoolsbamCoverage转化为bw文件bamCoverage-baccepted_hits.bam-oSRR2064456
苏牧传媒·2020-07-31 13:35

pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）

在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。
weixin_33674437·2020-07-30 20:42

[samtools]index命令简介

samtoolsindex命令的功能描述：为了能够快速访问bam文件，可以为已经基于坐标排序后bam或者cram的文件创建索引，生成以.bai或者.crai为后缀的索引文件。
BlueWing2000·2020-07-30 20:52

samtools用法详解

vcf文件sort查看用法主要参数释义：splitfastqfastabedcovdepthflagstatidxstatsstatsflagstviewviewbam文件转换为sam文件sam文件转换为bam
sunchengquan·2020-07-30 20:40

sam to bam文件出错

开始学习生物信息分析，在ubuntu上运行了samtoolsview，结果显示错误，如下：#samtoolsview-@60-bS*.sam>ra24p.bam[samopen]no@SQlinesintheheader
fethin·2020-07-30 19:08

SAM BAM 和 CRAM

处理NGS数据的生信人员每天都会接触各种数据格式，什么sam、bam、bed、vcf、gvcf等，大家对sam和bam都听得比较多，可能对cram不熟悉，此篇博文梳理下三个以‘AM’结尾的文件，不会具体说明三个文件的具体格式
SHMILYRINGPULL·2020-07-30 18:47

fastQC

这是一个基于java的分析程序，可以输入FastQ，BAM，SAM等格式的数据文件，然后程序将进行一系列评估分析。分析完之后提供一系列图表信息，从这个信息您可以知道您的数据质量怎么样，哪里存在问题。
晓佥·2020-07-30 13:27

Varscan检测de novo mutation

需要3个bam文件，分别对应faher,mother,child，同时还需要参考基因组的fasta序列。用法如下第一步：生成mpileup文件samtoo
生信修炼手册·2020-07-30 06:39

全基因组完整数据实战

1、从DNA到fastq；2、从fastq到bam；3、从bam到vcf；4、从vcf到pdf；一、从DNA到fa
awk_bioinfo·2020-07-29 22:59

BBQ(生物信息基础22)：samtools 操作 bam&sam

  SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息，还记录了reads的原始信息，内容很是全面。这样很好，但也存在很多问题：1：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定是大于100G的，也就是占用了更多空间；2：mapping的结果是没有排序，无论是按reads的name排序还是按在基因组上的位置排序，都没有。所以默认的SAM输出文件是乱序的，处理很不方便；mappin
liu_ll·2020-07-29 14:16

临床测序(WES, WGS)分析流程（一）基本流程+过滤

从指控->比对->BAM处理->call突变->合并gvcf都可参考我之前的GATKGermlineBestPractivce假设目前得到VCFtest1.vcf（包含4个样本，其中一个为CJ-258）
theomarker·2020-07-28 12:13

4M 高速UART 测试

芯片手册上说低速UART基于FIFO，高速UART基于BAM（BusAccessManager？）。
kinbo88·2020-07-28 00:26

sam/bam格式：源于别人的最全的

写在前面以下摘自别人；因为我懒，或者你看：chrome-extension://cdonnmffkdaoajfknoeeecmchibpmkmg/assets/pdf/web/viewer.html?file=http%3A%2F%2Fsamtools.github.io%2Fhts-specs%2FSAMv1.pdfsequencealignmentmap/format：sam文件，是fastq
Amy_Cui·2020-07-28 00:08

徒手学习facets CNV分析结果

facets整合了BAM文件预处理、总信号和等位基因特异信号的分层联合处理，最终整合计入肿瘤纯度(tumorpurity)、倍性(ploidy)、
假装挖金矿的狮毛·2020-07-28 00:53

生物研究中不得缺少的数字概念

2018/01/biological-numbers/对于我们做数据分析的人来说，需要关注很多数字，如软件安装时系统是64位还是32位，程序的运行时间多久，运行内存需求多大，测序原始文件多大，比对完之后的BAM
生信宝典·2020-07-27 20:35

第一次看到如此原始的绘图代码

在运行RSeQC软件对转录组的比对好的bam文件进行质控的时候，我发现了一个很无语的现象，就是它模仿fastqc的4个质控图里面，GC含量分布，ATCG碱基比例没有问题，但是画碱基质量图的时候，所有样本都是空的
生信技能树·2020-07-27 15:54

可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍

在日常数据处理和分析工作中，根据分析项目的不同我们会面对各种各样的文件，比如mapping得到的SAM或者BAM文件，在此基础上转化而来的记录各种（定量）信息的bedgraph文件、Wig文件或者tdf
思考问题的熊·2020-07-15 07:25

awk备忘录

print}，如awk'1'就是awk'1{print}'介绍和cut比较：cut也可以选择列，但不能重新排列，或计算新的值#Cuttingcolumns1,3,and4.samtoolsviewdemo.bam
琼脂糖·2020-07-15 00:09

Samtools和Bcftools

Samtools和Bcftools简介SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集，包含有许多命令。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-07-13 14:53

reads在染色体上分布作图（转载）

bam转换成bed再进行下一步###bedtoolscov
njmujjc·2020-07-13 10:42

BAM7

"目录号:HY-15341Apoptosis-BAM7是Bax活化剂，EC50为3.3μM。
莫小枫·2020-07-12 13:03

BBQ（生信基础问题17）----mapping专题：SAM和BAM了解一下？

我们利用bowtie建立了index的话，接下来是不是可以直接进行比较了呢？那么mapping（是指把数据回贴到参考基因组的这个过程）是如何实现的呢？----------------------------------------------我是给出代码的分割线-----------------------------------------cd/asnas/sunyl_group/liull/s
liu_ll·2020-07-12 07:23

MACS2学习笔记

安装默认使用Condamacs2的基本命令macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAM-nprefix-q0.00001macs2callpeak-ttreatment.bam-ccontrol.bam-ghs-B-fBAMPE-nprefix-q0.00001
面面的徐爷·2020-07-11 20:52

samtools及BCFtools常用参数和使用文档

1、概述samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。
寂桐·2020-07-11 14:22

iAS 相关日志目录

BPELProcessManager:ORACLE_HOME/integration/orabpel/system/logsOracleBPELProcessORACLE_HOME/integration/bam
congnao6759·2020-07-11 04:25
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