BAM

基因数据处理34之使用samtools和bcftools进行变异分析

1.指令：（1）samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_snp_A2G_chr20_225058.sorted.bam>NA12878
KeepLearningBigData·2020-07-11 03:49

RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控

参考文章：用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控高通量测序质控及可视化工具包RSeQCRSeQC使用笔记1.质控的原因及相关软件在AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mappingreads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链（uniformityofread
垚垚爸爱学习·2020-07-10 12:54

sam/bam格式说明

在生物信息学中尤其是高通量测序数据分析中，大部分的操作都是在实现短片段序列与参考序列的比对（mapping），比如bowtie等，这就涉及到如何使用一个统一的格式来表示这种mapping结果呢，sam（SequenceAlignment/Map）格式就是来解决这个问题的。sam文件拥有头部描述和详细比对两部分，其中头部描述是以@开头，后面紧跟两个缩写字母表示相应的含义。SAM分为两部分，注释信息（
xcaryyz·2020-07-10 12:53

SAM和BAM文件格式详解

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是：1QNAME,序列的名字（Read的名字）2FLAG,概括出一个合适的标记，各个数字分别代表1序列是一对序列中的一个2比对结果是一个pair-end比对的末端4没有找到位点8这个序列是pair中的一个但是没有找到位点16在这个比对上的位点，序列与参考序列反向互补32这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反
随风而逝*·2020-07-10 10:50

bam/sam格式说明

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是：1QNAME,序列的名字（Read的名字）2FLAG,概括出一个合适的标记，各个数字分别代表1序列是一对序列中的一个2比对结果是一个pair-end比对的末端4没有找到位点8这个序列是pair中的一个但是没有找到位点16在这个比对上的位点，序列与参考序列反向互补32这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反
weixin_34236497·2020-07-10 08:19

[samtools]view命令简介

Samtools，虽然叫做samtools，但是其在人重分析中操作的对象主要是BAM文件，有点名不副实啊。现在每天记录一点samtools的命令，版本为1.3.1。
BlueWing2000·2020-07-10 05:22

[samtools]sort命令简介

samtoolssort命令的功能描述：对bam文件进行排序，不能对sam文件进行排序。以leftmostcoordinates的方式对比对结果进行排序，或者使用-n参数以read名称进行排序。
BlueWing2000·2020-07-10 05:22

[samtools]mpileup命令简介

它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。
BlueWing2000·2020-07-10 05:51

[samtools]merge命令简介

samtoolsmerge命令的功能描述：当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。
BlueWing2000·2020-07-10 05:51

【一起学生信】 bwa -M 参数解读

不加-M目前的比对，都不加-M如果不加入-M参数，这种情况bam中的flag=2048(supplementaryalignment)#必须做好hg19的indexbwamemhg19.fa/dev/null
探索者v·2020-07-10 03:05

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式

在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析
少奶奶的猪·2020-07-10 00:15

NGS数据格式梳理02-SAM/BAM格式最详细解读

目录SAM/BAM格式简介[1]术语与概念理解[3][4]标头部分（headersection）比对信息部分（alignmentsection）比对部分概述比对部分详述[4]第一列、QNAME第二列、FLAG
pythonic生物人·2020-07-09 22:33

生信分析过程中这些常见文件（fastq/bed/gtf/sam/bam/wig）的格式以及查看方式你都知道吗？

在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析
生信宝典·2020-07-09 21:45

bam/sam 数据格式的介绍 （一）

1.bam文件读取samtoolsviewxxx.bamsamtoolsviewxxx.bam|less2.bam和sam的区别与一致sam是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等
niuhuihui_fei·2020-07-09 20:45

Learning the Sequence Alignment/Map format 2018-12-25

Source:https://github.com/davetang/learning_bam_fileTableofContentsTableofContentsIntroductionInstallingSAMtoolsBasicusageViewingConvertingaSAMfiletoaBAMfileConvertingaBAMfiletoaCRAMfileSortingaBAMfil
浩瀚之宇·2020-07-09 17:00

生信学习笔记：利用GATK call SNP

在经历了样本收集、测序、质控和mapping后，我们输出了bam格式的数据。
ccArtermices·2020-07-09 14:31

基因数据处理112之运行gcdss的avocado编译识别报错getRecordGroupSample空指针异常解决办法

问题3-变异识别找不到RecordGroupSample（null）http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/51525241解决办法：在读入的sam/bam
KeepLearningBigData·2020-07-09 13:49

第二步-samtools-得到.bam文件

/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace$samtoolssort-@12-oaligned/105TRA/105TRA.sorted.bamaligned/105TRA/105TRA.sam[bam_sort_core
MissL_78e0·2020-07-09 02:32

下次再看见穿 「Air Dior」滑板的 Bam Margiela，别再只介绍他「知名滑手」| PTOMD

「PutThatOnMyDeck（PTOMD）」是SIZE潮流生活一档关于滑板的全新栏目，在此之前，我们也曾为大家带来过不少关于滑手、滑板摄影师、滑板鞋的独家内容，而随着当下以NikeSBDunk为代表的滑板鞋重回潮流的漩涡中心，更多人对于滑板也产生了更大的兴趣与热情。但是滑板终究是一项需要滑板人参与才能够完整的运动与生活方式，而「PutThatOnMyDeck」创立的初衷，便是希望藉由这档连续性
SIZE潮生活·2020-07-09 00:00

挑战生信菜鸟团VCF格式文件的shell小练习

参考生信菜鸟团VCF格式文件的shell小练习首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件wgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio
陈宇乔·2020-07-08 22:10

生信小白学习日记Day7——WGS分析流程（picard）

开始学习NGS分析，继BWA比对和SAM文件排序转BAM后的流程。NGS分析step5MarkDuplications参考这篇：GATK使用方法详解。
weixin_42953727·2020-07-08 21:17

靠心情喝下午茶，这家迷之多变的网红店

Bam
YHOUSE测评小分队·2020-07-08 17:01

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据

处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对samtools将sam文件转成bam
weixin_30885111·2020-07-08 15:56

linux命令 For循环

比如要统计每个BAM文件里的reads数目，用for循环可以如下：foriinH3K4me1_{0,1,4,12}hour.bam;doecho$i;samtoolsview-c$i;done对从文件中提取
theomarker·2020-07-08 07:23

ChIP-seq基础入门传送门

分析流程都是fastq-->bam-->vcf/expression/peaks，中间选择不同软件，不同参数而已。视频在生信技能树公众号后台回复“组学”可拿到。本次其实已经有不少人已经完成了
生信技能树·2020-07-08 00:51

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

免疫基因组指标的计算（6个）

图11.Mutationload肿瘤突变负荷2.新抗原负荷（Neoantigenload）配对样本的全外的.bam数据，第一步通过POLYSOLVERtool工具对每个样本4-digitHLA基因型进行推断
凌川美兮·2020-07-06 18:00

物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。

VCF格式文件的shell小练习原文链接首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps:
天涯清水·2020-07-06 04:16

samtools 生成bcf文件报错：[bcf_sync] incorrect number of fields (0 != 5) at 0:0

起源用samtools生成bcf文件，命令如下samtoolsmpileup-ABufref.faL.bam>L.raw.bcf错误输出文件一直增大。
meteor_cheng·2020-07-05 00:40

终于看到了一个完整的mutect2使用脚本

/"Mutect2-R$reference\-I$tumor_bam-tumor$(basename"$tumor_bam"_recal.bam)\-I$normal_bam-normal$
生信技能树·2020-07-04 14:29

bamtobed/bedgraph

ref:bamtobed—bedtools2.27.0documentation安装：BEDtools使用：bamtobed:bamToBed-ixxx.bam>xxx.bed-bedpeWriteBAMalignmentsinBEDPEformat
苏牧传媒·2020-07-04 04:46

注意力机制论文 --- A Simple and Light-weight Attention Module for Convolutional Neural Networks(BAM)

在ADCM论文中我们提到它的设计参考了BAM来的，因而找了这篇论文。
长安不乱·2020-07-03 15:00

「GATK 3.8」VariantAnnotator介绍

输入文件用于注释的VCF文件和可选的BAM文件输出文件注释完毕的VCF文件使用案例对HaplotypeCaller或UnifiedGenotyper的结果中增加每个样本
徐洲更hoptop·2020-07-02 15:41

使用samtools来对sam/bam/cram相互转换

使用samtools来对sam/bam/cram相互转换1.sambamsamtoolsview-hNA12878.bam>NA12878_2.samsamtoolsview-b-SNA12878.sam
KeepLearningBigData·2020-07-01 18:44

比对到hg19和hg38对somatic变异的寻找影响很大

我的bam文件如下：4.0GMar2906:18B_marked_fixed.bam3.8GMar2913:22D_marked_fixed.bam4.5GMar2907:26T_marked_fixed.bam
生信技能树·2020-07-01 07:01

SAE J1939数据链路层-传输协议

在TP.CM中包含有TP.CM_RTS、TP.CM_CTS、TP.CM_BAM等，具体格式可以参考1939协议中的数据链路层，目前整车厂一般不实用RTS和CTS报文，
meteorite91·2020-07-01 03:03

WGS分析笔记（4）—— Call SNVs/indels

“突变”区别  对于WGS的数据，在处理完bam文件以后，就是callvariations了，
十三而舍·2020-07-01 01:06

SAM/BAM相关的进阶知识

同一份BAM文件samtoolsdepth和samtoolsmpileup的结果不同？为什么samtoolsflagstat与hisat2的mappingrate不同？
UnderStorm·2020-06-30 03:38

bamdst: bam文件深度统计

gitclonehttps://github.com/shiquan/bamdst.gitcdbamdst/make安装完成之后出现了可执行文件使用先看看example/里面有些啥有一个bed区域文件和bam
presentlife·2020-06-30 02:17

Python3爬取豆瓣短评——以好剧《白鹿原》为例

整合后的完整代码见github：https://github.com/Bam
米竹·2020-06-30 01:08

wig、bigWig和bedgraph文件详解

from生信菜鸟团（http://www.bio-info-trainee.com/1815.html）我们一般会熟悉sam/bam格式文件，就是把测序reads比对到参考基因组后的文件！
超级无敌大蜗牛·2020-06-30 00:53

RNASeq的分析流程软件

并且，输出的bam是unsorted的，需要自己再做一步bamfilesorting。而htseq-count只能得到generead
傅小潇·2020-06-29 17:12

转录组入门（5）： 序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图
weixin_34372728·2020-06-28 18:49

vcf 文件小练习

/reference/lambda_virus-1reads_1.fq-2reads_2.fq|samtoolssort-@5-otmp.bam-bcftoolsmpileup-f..
Juan_NF·2020-06-28 17:11

统计测序深度和覆盖度的工具

/test\-I/path2bam/03_bam_processing
weixin_30466039·2020-06-27 20:34

低功耗STM32F411开发板（原理图+PCB源文件+官方例程+驱动等）

STM32F411开发板%EF%BC%88原理图%2BPCB源文件%2B官方例程%2B驱动等%EF%BC%89#/detailsSTM32F411芯片介绍：ST的该新型电子元器件STM32F411的批量数据采集模式(BAM
我是谁_谁是我·2020-06-27 14:52

[samtools]depth命令简介

命令格式：samtoolsdepth[options][in1.bam|in1.sam|in1.cram[in2.bam|in2.sam|in2.cram]…]参数：-a输出所有位点，包括零深度的位点；
BlueWing2000·2020-06-27 07:15

redux 多种触发dispatch方式

[原文链接]https://blog.bam.tech/developper-news/4-ways-to-dispatch-actions-with-reduxredux作为jsapp的主要的状态容器和
bazingaedward·2020-06-27 00:25

【一起学生信】根据目标区域提取bam信息

测序完成得到的reads我们会比对到参考基因组得到bam文件，bam文件一般很大，很多时候我们只需要提取部分内容。根据参考基因组位置提取根据指定基因组区域的提取bam，可以使用以下命令。
探索者v·2020-06-26 18:58
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