BioConductor

第二章 R与Bioconductor简介（一）

提要本章我们将覆盖R的基本使用并开始处理Bioconductor中的数据包和工具。包含的主题有R的简单编程，R绘图并处理哈希表。
Stone_Stan4d·2020-03-25 20:07

生信人的20个R语言习题-2019-06-20

pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2#不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor
天涯清水·2020-03-24 22:55

【转载】【R高级教程】专题二：差异表达基因的分析

专题一给出了聚类分析的示例，本专题主要谈在表达谱芯片分析中如何利用Bioconductor鉴定差异表达基因。鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。
宇宙独一无二的我·2020-03-24 15:21

那些常用的limma操作

但也会用不同的知识点来区分前言limma的全称是：LinearModelsforMicroarrayData需要阅读limma的官方说明：https://www.bioconductor.org/packages
刘小泽·2020-03-22 06:29

methylKit 进行差异甲基化分析

安装过程如下:source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“)biocLite(“methylKit”)推荐使用最新版本的R进行安装，这样可以使
生信修炼手册·2020-03-14 10:47

R语言20练习题

安装R包数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2source("https://bioconductor.org
刘小泽·2020-03-12 01:41

单细胞转录组数据分析||Seurat3.1教程:Interoperability between single-cell object formats

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)#installloomRfromGitHubusi
周运来就是我·2020-03-11 22:58

几个常用R语言的包

bioconductor最新版本的安装if(!
司南北·2020-03-10 20:42

Rstudio基础

生信宝典公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/A1QIY8KkZaW1q12la4Uc8wRstudio基础R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor
檸檬糖·2020-03-05 23:23

R包安装的几种方法

devtools)devtools::install_github(“YiqunLiHIT/SCIA”)不知道，盲安library(githubinstall)githubinstall(“SCIA”)方法二：bioconductor
PriscillaBai·2020-03-05 21:59

ChAMP 包分析甲基化数据

参考：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.htmlhttp://blog.csdn.net
Richard_Zhou·2020-03-01 19:23

R 在linux上的一些坑

Windows下安装方法类似，加上一键安装依赖包的参数install.packages("mongolite",dependencies=TRUE)biocLite方法##下载安装包source("http://bioconductor.org
Liam_ml·2020-03-01 03:30

RNAseq分析（5）：差异分析工具 GDCRNATools 安装及测试

前言GDCRNATools是一个用于下载、整理和综合分析GDC中IncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor包。
魚晨光·2020-02-23 21:01

(转帖）Shiny和Plotly实现可交互DNA甲基化分析包ChAMP

原贴地址：https://blog.csdn.net/joshua_hit/article/details/54982018https://bioconductor.org/packages/release
苏慕晨枫·2020-02-23 13:47

【r<-生信|包】RTCGA包安装与使用

安装在R或者Rstudio交互界面输入：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("RTCGAToolbox")Windows下，如果安装出现问题
王诗翔·2020-02-23 11:23

Installing and Managing Bioconductor Packages

MarcelRamos1andMartinMorgan11RoswellParkComprehensiveCancerCenter,Buffalo,NY1IntroductionUsetheBiocManagerpackagetoinstallandmanagepackagesfromtheBioconductorprojectforthestatisticalanalysisandcompreh
我是聪·2020-02-22 07:10

R学习资源-更新中......

1、bioconductor.github.io/BiocWorkshops/2、哈佛大学R课程3、R零基础教程4、R数据分析指南与速查手册5、PlottinginRforBiologists6、极客RrR
天涯清水·2020-02-22 06:13

R-TACG数据挖掘代码

TACG数据挖掘转载来自医学方#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#source("https://bioconductor.org/biocLite.R
ZZM2020·2020-02-21 23:26

功能注释后如何做富集分析

提问我之前写过用Bioconductor对基因组注释，用Bioconductor/AnnotationHub对模式植物的基因进行注释。
徐洲更hoptop·2020-02-21 03:39

如何根据芯片的探针ID找到基因名-基于R语言

如何根据芯片的探针ID找到基因名-基于R语言使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包，只有约90个常用的芯片有！
生信技能树·2020-02-17 07:41

【生信训练营-2】初识Bioconductor

如果把生物信息学分析比作一场战斗，那么Bioconductor（简称BioC）无疑是我们的一支王牌主力部队。这支神秘之师究竟有怎样的战斗力？今天我们就来一探究竟。
Rapp·2020-02-15 17:17

R语言与生信应用3-R简介-R语言学习资源

ManualsFAQsContributedR-blogger：http://www.r-bloggers.com/R语言资源汇总：https://github.com/qinwf/awesome-RBioconductor.课程：http://www.bioconductor.org
BioSi·2020-02-15 13:31

Day9-生信人的20个R语言习题-2019-06-18-未完

,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor
天涯清水·2020-02-14 20:35

生信技能树R语言作业-高级

pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2rm(list=ls())if(F){source("http://bioconductor.org
Y大宽·2020-02-14 19:54

理解差异表达与GO分析

记录跟差异基因分析相关的几个概念，主要摘自《R与Bioconductor》一书。
王诗翔·2020-02-13 23:31

2018-07-09（关于clusterProfiler的安装）

需要在bioconductor上安装。另外，clusterProfiler的下载需要你先下载很多的R包才能够下载，不然会一直提示non-zeroexitstatus而导致没办法成功安装
天秤座的机器狗·2020-02-13 02:12

Bioconductor与基因芯片

刘小泽写于18.9.9今天了解一下背景知识，为下面进行芯片数据分析打下基础应用领域之基因芯片Bioconductor的起源就是基因芯片分析，因此提供了芯片数据库如GEO、ArrayExpress结口，方便获取数据芯片提供商
刘小泽·2020-02-12 08:08

Bioconductor 分析芯片数据教程

介绍芯片数据分析流程有些复杂，但使用R和Bioconductor包进行分析就简单多了。
wangpeng905·2020-02-10 09:05

【Bioconductor系列】Bioconductor的地基--IRanges

Bioconductor的地基--IRangesBioconductor是一个开源项目，包括许多R生物信息学包。
徐洲更hoptop·2020-02-10 05:18

GEO数据挖掘小尝试：（一）寻找共同差异基因

在使用Bioconductor分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO数据库中已有的表达矩阵来进行数据分析的。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-08 03:40

R语言升级到3.6.0后遇到的Bioconductor安装问题

心里苦前言目前R3.6.1都已经preRelease了，我笔记本上的电脑也赶忙把R从3.5.4升级到3.6.0（当然生产力相关环境还没敢乱升级，毕竟升级一次R语言还是容易碰到很多问题的，例如这次记录）。问题在使用BiocManger安装一个包minfi的时候，报错：>BiocManager::install('minfi')Error:Bioconductorversion'3.8'require
面面的徐爷·2020-02-07 17:36

使用Bioconductor 分析芯片数据（一）

1、下载安装R相关包>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#由于我之前已经安装了，这里提示升级#网上找了下解决方法>remove.packages("
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-07 12:22

生信R语言学习资源瞄一眼

1、CRAN有大量的R包，根据用途查找https://cran.r-project.org/web/views/2、生物、生信相关的R包在Bioconductorhttps://bioconductor.org
小洁忘了怎么分身·2020-02-06 07:02

【r<-开发】Bioconductor包开发（二）：开发指南

https://www.bioconductor.org/developers/package-guidelines/介绍Bioconductor项目推广高质量，文档齐全，可互操作的软件。
王诗翔·2020-01-23 19:59

【r<-配置|安装】R3.5版本更新事一二

继R发布3.5版本后，Bioconductor发布了它的3.7版本，而3.7版本的bioconductor是基于3.5版本的R。
王诗翔·2020-01-23 18:18

QDNAseq检测低深度WGS数据的拷贝数变异

官方网址为该R包释放在bioconductorhttp://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/QDNAseq.html上有官方manual，
佳期如梦你也是·2020-01-14 15:09

R包：OmicCircos

这里我只谈谈我的学习记录关于这个包：这个R包收录在了Bioconductor，所以只用输入下列命令就可安装：if(!require
小潤澤·2020-01-10 10:42

MDSeq-R包的学习笔记(直接粘贴代码)

#下面的方法不能安装source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("cqn")#InstallMDSeqfromlocalsourcewith
雨住多一横·2020-01-08 12:49

【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片数据

我现在直接在提供全文，然后新的链接是：https://www.shixiangwang.top/post/2017-10-09-microarray-data-analysis/参考学习《R语言与Bioconductor
王诗翔·2020-01-08 06:55

Bioconductor:成长中的单细胞数据分析武器库

Amezquita,Robert&Hicks,Stephanie.(2019).OrchestratingSingle-CellAnalysiswithBioconductor.10.1101/590562.近年来，诸如单细胞RNA测序等实验技术的发展使得在单个细胞中对基因组范围内的特征进行高维分析成为可能，这激发了大规模数据生成项目的形成，这些项目量化了单细胞水平上前所未有的生物变异。这些项目产
周运来就是我·2020-01-07 07:10

使用clusterProfiler进行GO富集分析

Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息packagesorganism
生信修炼手册·2020-01-06 00:19

生物信息神奇网站系列（十七）：Bioconductor Workflows

bioconductor是R语言一种重要的项目，是专门利用R处理生物数据，类似于biopython与bioperl等，不过Bioconductor功能更加强大，不只是辅助处理一些生物数据。
基因学苑·2020-01-05 12:40

再送你个对象~TxDb

刘小泽写于19.11.17教程来自Bioconductor：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GenomicFeatures
刘小泽·2020-01-04 23:59

Lecture 7 Affymetrix，R与bioconductor（芯片数据预处理及质量控制）

原笔记地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_note/1.芯片数据结构芯片数据的结构如下芯片数据的结构1.1SampleInformation对于SampleInformation，我们至少需要知道样本的组别，在一些更加复杂的使用设计中，我们可能还需要知道更多关于样本的信息如：对于研究癌症和正常人的实验设计中，我们可能需要记录每个个
x2yline·2020-01-04 00:16

R语言可做的10件事

R语言有一个非常全面的CRAN、Bioconductor、Neuroconductor和ROpenSci分析包列表，以及出色的包管理。
林学老歌·2020-01-01 12:28

GO富集之topGO

topGO手册中的实例实现手册地址：http://bioconductor.uib.no/2.7/bioc/vignettes/topGO/inst/doc/topGO.pdf快速入门部分可以参考：https
x2yline·2019-12-26 14:20

GO富集分析＼KEGG

-------------------------------#一、安装必须的R包（推荐使用的R版本3.2.2）#必须要安装的包：#1、clusterprofilter#source("http://bioconductor.org
风中的鱼儿·2019-12-24 08:14

GDAS009-Bioconductor中的基因组注释

title:GDAS009-Bioconductor中的基因组注释date:2019-09-0612:0:00type:"tags"tags:Bioconductor基因组注释KEGGGOcategories
backup备份·2019-12-23 08:20

monocle常用命令总结

1.安装Monocle支持环境R3.4以上版本获取Mnonocle：先安装Bioconductorsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite
阿糖胞苷_SYSU·2019-12-22 11:27

Bioconductor做生信分析入门介绍（下）

这是我听B站鲮鱼不会飞视频（R与Bioconductor的入门课）里的笔记哦~介绍AnnotationHub包如何下载公共数据并将不同版本的基因组坐标进行互相转换？
黄晶_id·2019-12-21 05:56
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