Blas 第17页

BLAS API 中文文档（2）（待续）

一、BLASlevel1函数接口表函数接口数据类型释义cblas_?asums,d,sc,dz向量元素值模的总和cblas_?axpys,d,c,z向量缩放后加上另一个向量cblas_?

埃佳·2022-02-13 22:18

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-36/fasta/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.gff3.gzArabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.a

pomela·2022-02-13 13:16

2018-11-20

今天继续看pipeline，单独试blastn那个部分，发现需要把sampling_random.sh里的fastq-sample前面的./去掉，这样就生成了有内容的sample.fa。

少年英雄小猪熊·2022-02-11 17:11

【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value

BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一个由NCBI开发的基础局部比对搜索工具。将查询序列与数据库中的序列进行比对，结果中显示有各种值。

乔伊nikkie·2022-02-11 17:34

nvidia jetson xavier nx安装pytorch

路遥_w·2022-02-10 07:18

Jetson xavier nx 入门系列——pytorch环境配置

以下安装过程同样适用于jetsonagxxavier一、安装依赖sudoapt-getinstalllibopenblas-baselibopenmpi-devsudopip3installmpi4pysudopip3installCython

Tulipdididi·2022-02-10 07:42

本地化BLAST+进行目标序列比对

这样的查找可以通过本地化的BLAST+来实现。关于BLAST:BLAST软件能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询query)与一个数据库进行比较，并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。

Akoya·2022-02-10 03:38

blast+安装（2018-05-24）

下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1.下载wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/

简单点lili·2022-02-09 13:24

RTX显卡+pytorch报错：cublas runtime error: the GPU program failed to execute

参考了这篇文章：https://blog.csdn.net/u013128836/article/details/101636736主要是pytorch、cuda、之间的版本问题，我直接从pip源上安装的torch1.1和torchvision，会报上面的错，但是直接从官网下载的.whl文件重装pytorch立即解决pytorch官网

肥猫有梦想·2022-02-08 14:02

Ubuntu卸载nvidia驱动并安装CUDA+CUDNN

1.切换到集成显卡下图第二项2.卸载之前的驱动sudoapt-get--purgeremovenvidia*sudoaptautoremovesudoapt-get--purgeremove"*cublas

付元鸿MarkJacos·2022-02-08 10:22

SV变异检测软件（2）-CREST的安装及简单使用

Github地址：https://github.com/youngmook/CREST在运行CREST之前需要先安装以下几个软件及模块1.BLATBlat，全称TheBLAST-LikeAlignmentTool

xianmao123·2022-02-07 13:28

文献笔记六十六：可视化展示blast结果的网页工具Kablammo

论文题目Kablammo:aninteractive,web-basedBLASTresultsvisualizer期刊及发表单位Bioinformatics2014UniversityofCalgary

小明的数据分析笔记本·2022-02-07 02:41

计算机视觉每日论文速递[06.24]

有些许帮助的话，麻烦关注一下哦(*￣rǒ￣)cs.CV方向，今日共计16篇[检测分类相关]：【1】AcuteLymphoblasticLeukemiaClassificationfromMicroscopicImagesusingConvolutionalNeuralNetworks

arXiv每日论文速递·2022-02-07 00:41

TBtools使用讲演课程-录屏-

而抽取信息却常常是最繁杂的，其中涉及大量简单的重复操作，包括序列提取，本地Blast，韦恩图分析....等等。于是，我写了TBtools这个小工具，尽可能逐一地替代这些操作。

生信药丸·2022-02-06 20:49

史上最全的BLAST本地化教程（四）DIAMOND: 超快蛋白序列比对软件

由于Nr数据库非常大，导致使用BLAST会消耗巨大的计算资源和时间。使用DIAMOND则能快500-20000倍，而获得和BLAST比较一致的结果。

生信分析秘籍·2022-02-06 10:43

faiss-index

basic-indexfaiss库包含线性检索方法（BLAS库优化）、哈希方法的实现（LSH）及矢量量化方法的实现（PQ、IVFPQ）。faiss库的一大优势是支持索引的动态增删。

点点渔火·2022-02-05 10:47

blas、lapack、cblas在Ubuntu上的安装

（最初是谁的，忘记了）1.确保机器上安装了gfortran编译器，如果没有安装的话，可以使用sudoapt-getinstallgfortran2.下载blas,cblas,lapack源代码这些源码都可以在

horsetif·2022-02-05 09:05

build a neural network报错

错误：InternalError(seeabovefortraceback):BlasGEMMlaunchfailed:a.shape=(300,1),b.shape=(1,10),m=300,n=10

_sunnyRain·2022-02-04 17:55

基因家族鉴定流程（二）用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白

本文章将介绍①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用③用四种软件的实践操作，python/R绘制韦恩图，取交集序列

精神秃头生信小伙儿·2022-02-03 14:36

使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果

今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况，基本的分析方法就是blast比对。

小明的数据分析笔记本·2022-02-03 04:03

Repeatmodeler安装 2021-12-15

1、RepeatMasker、TRF、RMblast在正式安装RepeatModeler主程序之前，需要提前配置好其依赖的工具。

小P不怕冷·2022-01-14 22:42

R语言大小写字母转换

大写函数toupper：将y中的字符全部转换为大写字母y=c("Col3a1","Lum","Dcn","Aspn","Lepr","Egr1")#Fibroblaststoupper(y)imag

努力努力向上向上的陈陈·2021-12-30 11:29

10X单核转录组 && 空间转录组揭示癌症相关成纤维细胞是宫颈鳞状细胞癌预后和治疗的潜在靶点

hello，大家好，这一篇我们要看一下单核转录组和空间转录组的联合分析，参考文章在TranscriptomicProfilingRevealsCancer-AssociatedFibroblastsasPotentialTargetsforthePrognosisandTreatmentofCervicalSquamousCellCarcinoma

单细胞空间交响乐·2021-12-24 16:36

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（3/4）

名词解释：PMI:postmorteminterval死亡间隔，简单的说就是死亡后多长时间做了snRNA-seqgranuleneurons和neuroblasts的关系：Neuralcircuitsinthehippocampus.Adultneuralstemcellsinthehippocampus

科研菜鸟·2021-12-23 21:07

安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决

问题安装R包（ade4）时遇到以下问题（缺少库文件）：image.png从报错信息可以看出报错根本原因是找不到lapack和blas库（-l是lib的意思，xxx是库名）问题解决：1，直接在Linux系统下搜索

bioyangyang·2021-12-09 10:44

【解决问题】【Tensorflow】failed to create cublas handle: CUBLAS_STATUS_ALLOC_FAILED

【解决问题】【Tensorflow】failedtocreatecublashandle:CUBLAS_STATUS_ALLOC_FAILED前言问题描述解决问题参考链接前言学了好多天的深度学习，终于学到使用

踏破万里无云·2021-11-09 20:49

非裔美国人和欧洲裔美国人儿童急性B-淋巴细胞白血病的基因突变

美国密西西比大学ChristianR.Gomez博士于2018年发表在ClinicalLymphoma,Myeloma&Leukemia的文章GeneticMutationsinB-AcuteLymphoblasticLeukemiaAmongAfricanAmericanandEuropeanAmericanChildren

亦是旅人呐·2021-11-08 10:26

水平基因转移HGT

Elevatedratesofhorizontalgenetransferintheindustrializedhumanmicrobiome中文：非工业地区人体微生物组水平基因转移提高杂志：CELL时间：2021单位：剑桥麻省理工HGT定义：WeusedBlast

小白菜学生信·2021-10-14 09:15

linux objdump 符号表列说明

查看.so的函数列表时:objdump-tTliblapack.so|grep'gotoblas'0000000000000000DO*UND*0000000000000000gotoblas上述说明liblapack.so

·2021-10-12 12:03

C++使用cuBLAS加速矩阵乘法运算的实现代码

本博客主要参考cuBLAS库词条实现，与原文不同的是，本博客：将cuBLAS库的乘法运算进行了封装，方便了算法调用；将原文的结果转置实现为了不转置，这样可以直接使用计算结果；测试并更改了乘法参数，解决了原文中更改矩阵大小时报错的问题

·2021-10-12 10:32

CVE-2021-41773 Apache HTTP Server漏洞复现

存在漏洞的版本：仅影响ApacheHTTPServer2.4.49版本推荐环境：GitHub-blasty/CVE-2021-41773:CVE-2021-41773playground下载后：docker-composebuild

Adsatrtgo·2021-10-08 17:05

eggnog-mapper功能注释

资料来源应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程1.eggnog-mapper介绍通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO，或者是InterProScan

搬砖养猪者·2021-09-14 08:31

大暮维人高规格画集开箱

限定大暮维人两本画集Sky&与&Blast两本装帧Blast比较一般如果只收一本推荐画集Sky。

只剩下自己_a7be·2021-08-30 21:11

浅谈Tensorflow2对GPU内存的分配策略

目录一、问题源起二、开发环境三、Tensorflow针对GPU内存的分配策略四、问题分析验证五、GPU分配策略分析六、扩展一、问题源起从以下的异常堆栈可以看到是BLAS程序集初始化失败，可以看到是执行MatMul

·2021-08-13 08:52

基因组共线性工具MCScanX使用说明

MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具实际使用第一步:BLASTP比对根据"MCScanX:atoolkitfordetectionandevolutionaryanalysisofgenesyntenyandcollinearity

xuzhougeng·2021-06-27 19:10

基因家族鉴定 hmmer+blast (含hmmer安装)

策略hmmsearch+blast单独使用或者组合使用hmmsearch可以做两次，第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索，筛选过结构域后，使用本物种的该基因家族的多序列比对结果再次构建模型

山竹山竹px·2021-06-27 05:23

序列比对，不止BLAST

之前我们介绍了序列比对的常用工具：BLAST，但是其运行速度慢的令人捉急。当我们遇到问题，要么解决问题，要么解决导致问题产生的人。如果不是给导师打工，怎么会出现这种问题（手动狗头）。

鹿无为·2021-06-26 19:18

基因家族鉴定---Blastp

数据：研究物种的基因组文件：Protein.fasta近源种的基因家族蛋白序列:protein.fasta建库：makeblastdb-ininput_file-dbtypemolecule_type-parse_seqids-outdatabase_name-logfileFile_Nameinput_file

MLD_TRNA·2021-06-24 20:19

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。

L_bd68·2021-06-24 20:59

安装好tensorflow之后控制台import tensorflow as tf不报错，pycharm报错

pycharm报libcublas.so.9.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory这个时候需要在pycharm中设置environmentvariables

约德尔人winter·2021-06-23 20:58

BLAST结果可视化

老板就是上帝上帝说要有光，于是就有了光导师说要有可视化结果，于是我努力把结果可视化~前情提示为了知道测序reads中污染物的来源，我们之前学习使用了blast，甚至为了追求速度，我们进一步学习使用了blat

鹿无为·2021-06-22 21:34

USB-blaster驱动安装图文教程

在安装quartusii/prime的时候，软件安装过程会自动安装USB-Blaster驱动但是往往系统自动安装是失败的。

Icecone·2021-06-22 06:16

代谢过程+预后+药物

Reactiveoxygenspeciesmetabolism-basedpredictionmodelanddrugforpatientswithrecurrentglioblastoma复发性胶质母细胞瘤患者的活性氧代谢预测模型及药物研究一

呆呆聊生信·2021-06-22 03:48

怎样在windows上安装scipy

直接用pipinstallscipy命令来安装scipy会出现下面这个错误：image.png要直接解决这个问题要去安装lapack/blas环境，非常麻烦。一个简单的方法是从.whl文件安装。

治部少辅·2021-06-21 10:14

【陪你学·生信】七、在数据库中检索相似的序列

所以用未知序列blast得到的结果可以对未知序列进行推测。当两个序列非常相似时，生物学家称之为同源。然而有一点不明确，就是什么程度的相似可以称之为“非常”相似呢？

乔伊nikkie·2021-06-21 00:19

ubuntu16+tensorflow-gpu安装cuda

sudoapt-getupdatesudoapt-getupgradesudoapt-getinstall-ybuild-essentialgitpython-piplibfreetype6-devlibxft-devlibncurses-devlibopenblas-devgfortranpython-matplotliblibblas-devliblapack-devlibatlas

加拿大女孩·2021-06-20 19:54

基因组文章构成

1.genomesurvey数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含N过高的readsNT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行NT比对评估，如果有较高比例的序列同时比对到非近源物种的基因组上

颤抖吧__小虫子·2021-06-20 12:03

基因家族鉴定与分析

1.1此页面下载hmm文件image.png1.2blastp比对鉴定putativegene1.2.1在拟南芥数据库下载蛋白序列,并获得ubox的蛋白id，使用seqkit或seqtk提取序列，不能根据序列

EZ·2021-06-20 12:28

【陪你学·生信】八、序列两两比对的理论和操作

上一章介绍的是序列的BLAST操作——【陪你

乔伊nikkie·2021-06-20 10:03

clean-code-javascript

setTimeout(blastOff,86400000);Good://Declare

littleyu·2021-06-20 02:22

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