RNA-seq

植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完

写在前面：整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是70-90%。这导致在下游分析时，找到的差异表达基因很少，虽然火山图勉强画出，但是这些基因功能注释及信号通路没办法继续。因此我决定再分析一次，对其中的原因进行探究，比较两次分析的过程和结果。1.准备工作之软件安装1.1下载min
dandanwu90·2021-04-19 07:07

StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析

按：RNA-seq流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是StringTie进行组装取得readcounts数值，DESeq2分析差异基因。这里把我方法跟大家共享。
BeeBee生信·2021-04-19 06:43

BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

GATK基础RNA-seq分析完整版BSR参考GATK官方RNA-seqcalling流程最新版的BSR分析流程流程参考WT3个单株，混池。三个技术重复。NS(实验组)3个单株，混池。三个技术重复。
wo_monic·2021-04-19 03:15

单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制

这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录【ggplot2绘图具体策略第一篇】：测序结果概览：基因表达量
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 20:46

R可视化：使用EnhancedVolcano包可视化火山图

使用EnhancedVolcano包可视化火山图火山图是用来展示差异表达的基因或者物种，其常常出现RNA-seq，amplicon-seq分析的结果中。
华仔少年·2021-04-18 19:31

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi
科研风暴·2021-04-18 12:52

重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）

Abstract单细胞RNA-seq使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更多
生信宝典·2021-04-18 05:18

RNA-seq学习：No.4下游分析之DEseq2包差异分析

平滑肌细胞（即共8个数据）进行rna-seq实验，分析得到的基因表达矩阵。if(!require
小贝学生信·2021-04-15 07:59

2020-11-01 JC

AbstractRNAsequencing(RNA-seq)isagenomicapproachforthedetectionandquantitativeanalysisofmessengerRNAmoleculesinabiologicalsampleandisusefulforstudyingcellularresponses.RNA-seqhasfueledmuchdiscoveryand
丑小鸭_b360·2021-04-15 06:52

使用SingleR包进行单细胞类型注释分析

image.pngSingleR包简介SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包（Aranetal.2019）。
Davey1220·2021-04-15 01:40

bilibili视频-《转录组测序数据分析》笔记

看老大RNA-seq视频P5/P6:RNA-seq：软件安装-上/下1.有源代码的下载源代码，一般的软件会提供多个平台2.没有源代码的下载二进制版本linux的软件中心---conda---类似360软件中心
小梦游仙境·2021-04-14 06:02

RNA-seq下游分析（1）-数据预处理及分组整合

rm(list=ls())#清空列表options(stringsAsFactors=F)#设定全局变量library(foreign)#加载外部数据需要的包library(stringr)#处理字符串需要的包library(dplyr)#清洗数据需要的包rawcount<-read.table("all.id.txt",#读入文件header=T,#第一行为列名row.names=1,#第一列为
灵活胖子的进步之路·2021-04-13 06:44

RNA-seq 可变剪切

可变剪切定义有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接，alternativesplicing)内含子剪切需要区分外显子和内含子，主要识别包括内含子5‘及3’末端序列即中间分支点（branchsite）附近序列。5‘剪切点称为供体点（donorsite），3’剪切点称为受体点（acceptorsite）。内含子
生信君·2021-04-10 10:01

TCGA数据挖掘笔记1

需要写命令运行，官方下载的数据，下载的数据是零散的，每个病人的每个样本单独组织GDC.pngxml：储存单个样本的临床信息，需整理为临床信息的表格counts：储存单个样本表达数据，需整理为表达矩阵（RNA-seq
超级可爱的懂事长鸭·2021-04-09 19:35

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2021-04-05 22:00

CNS图表复现10—表达矩阵是如何得到的

其实呢，这个就涉及到了RNA-seq数据分析的上游流程，需要一些Linux知识啦，如果你没有服务器，下面的教程就纯粹
Seurat_Satija·2021-03-05 23:33

NGS reads去重知多少

NGS数据reads去重的一般总结：RNA-seq一般不去重ChIP-seq一般要去重CallSNP一般要去重RRBS一般不去重Targeted-seq（
Peter_iris·2021-03-02 10:08

Cell ：使用高通量液滴测序对单个细胞进行高度平行的全基因组表达谱分析

第一章单细胞科研：第二节，单细胞技术介绍##文章亮点###1Drop-seq可通过RNA-seq高度并行地分析单个细胞###2Drop-seq与DNA条形码的珠子一起将细胞包裹在纳升的液滴中•###3使用物种混合实验对
silenceboy_74ce·2021-02-27 15:34

SCENIC单细胞转录因子分析

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并证
大魔王鱼鱼鱼·2021-02-26 16:14

GATK4流程学习之RNA-Seq variant calling(SNP+INDEL)

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling(SNP+INDEL)-补：Mutect2+scRNAseq+cancercell-参考https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360
小贝学生信·2021-02-24 10:43

RNA-seq分析-数据库

！！！！声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI的SRA数据库。同时出身EBI的ENA数据库对于下载数据有很多便利之处，所以在具体下载文件之前先了解一下这两个数据库的情况。NCBI与EBI同属于INSDC:International
峰峰love典典·2021-02-07 17:15

DNA甲基化数据分析全流程

2021-01-01更新简单记录一下平时的分析过程和RNA-seq前期流程类似--质控、去接头、比对参考基因组、排序后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点
生信摆渡·2021-02-05 19:58

《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》单细胞流程

12月份发的，也就是一个星期前，是刘小乐教授推荐阅读的推特地址：https://twitter.com/XShirleyLiu/status/1336882218044624896本篇文章讲解了单细胞RNA-seq
小潤澤·2021-02-04 19:14

ggplot2画出条形图（facet_wrap）

25173606facet_wrap分面操作分面详解https://zhuanlan.zhihu.com/p/27093478添加误差棒R的各种边距R颜色大全具体实现代码：rm()setwd("D:/RNA-seq
wo_monic·2021-01-27 20:33

转录组数据定量归一化

目前，转录组测序（RNA-seq）分析是非常成熟的研究手段，有众多分析工具和方
生信阿拉丁·2021-01-18 23:52

空间转录组--2020年年度技术学习摘引笔记

1.什么是空间转录组  空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中不同空间位置上的mRNA的表达信息。  
xuwenpku·2021-01-18 07:34

R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图

先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。libr
TOP生物信息·2021-01-05 09:24

Rna-seq edgeR

我只是链接的搬运工：rna-seq处理流程转录组RNA-SEQ上游分析edgeR1.快速通道2.详解版
生信酸碱盐·2021-01-04 18:52

箱线图怎么判断异常值_箱线图的生物学含义

我们阅读量破万的综述：RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期：表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值描述数据
乆黎·2020-12-30 12:12

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（五）

当当当！！！今天笔记记录完后，DESeq2这个包的基本工作流程也就完成了，其实整个过程中内容并不是很多，重要的是对每一步理解。AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（四）Analy
BINBINCC·2020-12-11 16:58

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（四）

前面铺垫了那么多终于要开始了AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（四）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（五）Differentialexpressio
BINBINCC·2020-12-11 16:54

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（三）

假期结束啦！！！！！！！在将数据导入并完成构建DESeqDataSet后，我们需要先对数据进行初步过滤和整理，之后才可以根据我们的目的来进行数据挖掘（这个词听起来好高大上啊，哈哈哈）。AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（一）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（二）AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2（三）Analyzing
BINBINCC·2020-12-11 16:52

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（二）

书接上文，我们已经学会了如何利用countmatrix数据来构建DESeqDataSet，今天我们来学习另一种数据输入的构建方法htseq-countinputHtseq-countinput先介绍一下什么是HTSeq，它是一个Python包用来对测序数据进行分析。1.Gettingstatisticalsummariesaboutthebase-callqualityscorestostudyt
BINBINCC·2020-12-11 16:44

Analyzing RNA-seq data with DESeq2（一）

之前和毕业师姐一起做差异基因分析的时候用到过DESeq2，但一直没有系统的学习过很多地方都不懂，所以从今天开始打算在课题之余把官方文档中差异分析部分系统学习一遍。本文完全用做个人学习记忆，摘抄自DESeq2官方说明文档参考链接：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.htm
BINBINCC·2020-12-07 11:31

Single cell analysis inform mechanisms of myeloid target therapies in Colon cancer

cell上发表的单细胞的文章，题为SinglecellanalysisinformmechanismsofmyeloidtargettherapiesinColoncancerHighlights：1单细胞RNA-seq
花生米yangyang·2020-11-27 16:43

RNA-seq摸索：4.2 rawdata差异分析的一些图

RNA-seq(6):数据可视化——学习笔记古歌看这步之前已经拿到res!
没有猫但是有猫饼·2020-11-25 09:57

50个ggplot2可视化案例

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

DESeq2分析转录组数据（一）：构建DESeq数据集

初学RNA-seq，用于有参原核转录组的分析，主要参照DESeq2说明书：(AnalyzingRNA-seqdatawithDESeq2)和(RNA-seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression
相鼠有皮·2020-11-15 11:48

RNA-seq 分析流程（二）DEseq2 分析差异表达基因

linux分析部分详见RNA-seq分析流程(一)https://www.jianshu.com/p/e8a0be4121b1rm(list=ls())if(!
煮梦斋_bioinfo·2020-11-13 15:54

单细胞RNA-seq去除批次效应

NBT上的文章，讲述的是两套单细胞数据如何去除批次效应文章链接：https://www.nature.com/articles/nbt.4091前言由于不同的实验室，以及各个技术人员手法不同，在测单细胞RNA-seq
小潤澤·2020-11-06 19:49

RNA-Seq数据分析流程

文章目录RNA-seq数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引
高美玲·2020-11-03 13:43

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-23 15:00

2020.10.21【R语言】丨 undefined columns selected 问题解决办法

最近做RNA-seq项目的时候准备用R的boxplot()工具画一个各个样品的箱线统计图。
穆易青·2020-10-21 14:19

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-19 22:00

RNA-seq前期数据分析

自己在学习数据处理时候的笔记，希望能帮到大家~RNA-seq数据基本分析流程：参考文献：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#procedure关于
柴本chai·2020-10-11 05:19

WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2020-10-07 22:00

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories

imageMonocle2使用反向图嵌入（ReversedGraphEmbedding）的机器学习算法，来对单细胞RNA-seq数据进行单细胞发育轨迹推断分析。
Davey1220·2020-09-19 18:46

使用CHETAH包进行单细胞类型注释分析

image.pngCHETAH包简介CHETAH（CHaracterizationofcEllTypesAidedbyHierarchicalclassification，通过层级分类辅助鉴定细胞类型）是用于单细胞RNA-seq
Davey1220·2020-09-18 09:45

FC后下游分析

在GSE46224文件夹里，定量以后，获得(15+8)个fc.txt文件，这个是RNA-seq测序数据的表达矩阵，RNA-seq的count数据符合负二项分布，因此用SVA包时，要用ComBat-Seq
cHarden13·2020-09-17 00:18
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