r语言主成分分析

Coding and Paper Letter（八十）

ElegantBookdown3.R语言包lifecycle，生命周期提供了一组工具和约定来管理导出功能的生命周期。
胖胖雕·2024-01-07 19:50

生信人R语言

09.任意基因任意癌症表达量和临床性状关联#视频中的代码rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)#OvarianserousCystadenocarcinoma(TCGA,Nature2011)#AllcompleteTumors(316samples)/1Genes#GeneSet/Pathwayisalteredin28(8.9%)ofqueriedsa
Yinwen(o^^o)·2024-01-07 16:52

生信人R语言

05.热图#测试数据#pheatmap绘制聚类热图的R包a1=rnorm(100)#rnorm()生成随机数dim(a1)=c(5,20)a2=rnorm(100)+2dim(a2)=c(5,20)library(pheatmap)#cluster_rows表示对行进行聚类#cluster_cols表示进行列的聚类pheatmap(a1,cluster_rows=F,cluster_cols=F)
Yinwen(o^^o)·2024-01-07 16:21

生信 R语言

11.芯片表达矩阵下游分析​rm(list=ls())#清除所有变量options(stringsAsFactors=F)#BiocManager::install("CLL")suppressPackageStartupMessages(library(CLL))data("sCLLex")sCLLex##ExpressionSet(storageMode:lockedEnvironment)#
Yinwen(o^^o)·2024-01-07 16:20

基于R语言分析自带数据集heart

本文将对R语言中自带的heart数据集进行分析。本文会包含所有代码，尽可能多的使用有关可视化的函数以及数据分析的模型。
觉醒的欢乐马·2024-01-07 16:09

R语言绘制世界地图采样图

如果要发文章的话，可以做一个世界地图采样图（不知道是不是叫这个），显得数据量很足，有说服力，比如这样https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)30341-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867419303411%3Fshowa
CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:14

2019-06-03绘制带有误差线的折线图

小伙伴说要画一个简单的带误差线的折线图，graphpad用不了，我琢磨一下，可以用R语言。
森尼啊·2024-01-07 09:07

主成分分析法 PCA

1.主成分分析法思想及原理1.1什么是主成分分析法PCA(PrincipalComponentAnalysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据降维算法（非监督的机器学习方法）。
小蘑菇1962·2024-01-07 07:20

R语言【ecospat】——ecospat.occ.desaggregation()：删除数据框中比指定距离阈值更接近的物种记录

Packageecospatversion4.0.0Parametersecospat.occ.desaggregation(xy,min.dist,by)参数【xy】：具有xy坐标的数据框（x列必须命名为'x'，y列必须命名为'y'）。参数【min.dist】：子数据框中点之间的最小距离。此参数的单位根据数据框而定。参数【by】：数据框中的分组元素（例如，species,NULL）。Detail
ALittleHigh·2024-01-07 06:11

R语言【base】——tempfile()：返回一个字符串向量，这些字符串可以用作临时文件的名称

Packagebaseversion4.2.0Parameterstempfile(pattern="file",tmpdir=tempdir(),fileext="")tempdir(check=FALSE)参数【pattern】：一个非空字符向量，给出名称的初始部分。参数【tmpdir】：提供目录名称的非空字符向量。参数【fileext】：提供文件扩展名的非空字符向量。参数【check】：逻辑
ALittleHigh·2024-01-07 06:04

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画流程图

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.
小明的数据分析笔记本·2024-01-07 01:51

精选顶级期刊中的三幅可复现图表

小编有话说：以下三幅图选自领域内顶级期刊，虽然并非采用R语言进行绘制，但图形绘制的关键知识点小编都总结过。由于时间和精力有限，目前未对这些图进行一一复现。
庄闪闪·2024-01-07 00:02

主成分分析（PCA）数学向详解

PCA的核心目标：压缩数据,但要使压缩后的数据损失尽可能小。为了讨论这一问题，我们假设我们的数据集有m个样本，具有l个维度的参数。记：（1）为了对X进行编码和解码，我们设f为编码器，g为解码器，C为X编码后的数据，具体来说：（2）其中X'为解码后的具有一定损失的数据。同时为了清晰的描述这个过程，用矩阵D来表示这一解码过程，具体来说：（3）为了衡量数据压缩后损失的数据有多少，可以用原始数据与编码后再
foddcusL·2024-01-06 19:53

报错：ERROR: lazy loading failed for package

ERROR:lazyloadingfailedforpackage常用的服务器崩了只能换台服务器，新的服务器好多R包都没有安装，今天安装DESeq2居然报错了各种R包，如果不在R语言官网上，那它极有可能在
微光**·2024-01-06 14:41

李宏毅机器学习-PCA

视频链接：李宏毅2020机器学习深度学习(完整版)国语用最直观的方式告诉你：什么是主成分分析PCA【中字】主成分分析法（PCA）|分步步骤解析看完你就懂了！
Zhuanshan_·2024-01-06 09:43

主成分分析

实验目的继续学习无监督学习中的降维算法，最经典的降维算法为主成分分析实验原理PCA的几何解释平移（去中心化）、旋转坐标轴，找到主成分pc1和pc2。
ykzcs2000·2024-01-06 06:02

基于R语言（SEM）结构方程模型教程

详情点击链接：基于R语言（SEM）结构方程模型教程01、R/Rstudio(2)R语言基本操作，包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等(3)R语言数据文件读取、整理（清洗）、结果存储等（含tidverse
夏日恋雨·2024-01-06 06:47

R语言频率分布直方图绘制教程

本篇笔记分享R语言绘制直方图的方法，通过多种展示风格对数据进行可视化，主要用到ggplot、ggpubr等包。什么是直方图？
生信分析笔记·2024-01-06 06:17

[原创][R语言]股票分析实战[8]:因子与subset的关系

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-06 05:28

微生物多样研究—β多样性分析概述

通过多变量统计学方法主成分分析(PCA，PrincipalComponentAnalysis)，主坐标分析(PCoA，P
JarySun·2024-01-06 00:14

ggplot2绘制经典散点图

了解如何重现著名的gapminder散点图在本教程中，您将学习如何再现由HansRosling开发的世界上最著名的数据可视化之一喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南在此先行拜谢了！！！
R语言数据分析指南·2024-01-05 23:46

跟着PNAS学作图：R语言ggplot2绘制面积图

论文中公布了部分作图代码，作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。论文本地
小明的数据分析笔记本·2024-01-05 16:10

R语言数据可视化参考书籍

会不断更新.....https://rkabacoff.github.io/datavis/https://z3tt.github.io/beyond-bar-and-box-plots/
队长的生物实验室·2024-01-05 14:14

R语言在生态环境领域中的实践技术应用

R语言作为新兴的统计软件，以开源、自由、免费等特点风靡全球。生态环境领域研究内容广泛，数据常多样而复杂。利用R语言进行多元统计分析，从复杂的现象中发现规律、探索机制正是R的优势。
梦想的初衷~·2024-01-05 13:58

【R语言】Error in file(file, “rt“) : 无法打开链结

一、问题描述R语言在使用read.table()时报错：Errorinfile(file,"rt"):无法打开链结此外:Warningmessage:Infile(file,"rt"):无法打开文件'data.txt
哇咔咔哇咔·2024-01-05 09:24

如何下载R语言的最新版本和旧版本

由于种种原因，可能导致我们得下载旧版本的R语言来配合Rstudio使用，接下来进行保姆级教学如何下载最新版本和旧版本的R语言。
哇咔咔哇咔·2024-01-05 09:23

突破技术边界：R与jsonlite库探秘www.snapchat.com的数据之旅

那么，我们如何用R语言来爬取和分析Snapchat的数据呢？本文将介绍一种利用R的jsonlite库来解析和处理Sn
亿牛云爬虫专家·2024-01-05 05:08

R语言学习笔记（15）-R函数(1)

一、R函数类似Linux中的命令，每个命令有特定功能。困难之处也在于函数的数量多R函数.png函数必须加括号返回值一般函数都有返回值，但这个返回值是多种多样的（1）返回函数结果如ls()，列出当前环境中的对象sys.date()，返回当前系统时间（2）无返回结果如rm()，直接删除指定变量，若成功则无任何反馈（3）返回计算结果需要清楚返回值类型，数据输出输入格式。之前所学习的数据结构，便是为此打基
Akuooo·2024-01-05 05:35

清风数学建模代码笔记2（更新课_1

1.excel制图2.因子分析类似于主成分分析也用作降维，但其容易解释，较之主成分分析使用更为广泛。
笑一个吧U·2024-01-05 02:42

三、数学建模之灰色关联分析【清风数学建模个人笔记】

目录灰色关联分析概述应用一：进行系统分析什么是系统分析步骤代码应用二用于综合评价步骤：灰色关联分析概述当样本个数n较大时使用标准化回归；当样本个数n较少时，才使用灰色关联分析系统分析的方法：回归分析、方差分析、主成分分析等灰色关联分析对样本量的多少和样本有误规律都同样适用
小赵要考研究生·2024-01-05 02:11

数学建模 -- 灰色关联分析

写在前面：笔记为自行整理，内容出自课程《数学建模学习交流》，主讲人：清风主要用于系统分析和综合评价非主流主成分分析不可以综合评价是用来降维的案例一：进行系统分析第一步：画统计图并且分析第二步：确定分析数列第三步
yb0os5·2024-01-05 02:40

【数学建模】主成因分析

目录一、问题的提出二、降维的作用五、PCA的计算步骤六、例题1讲解七、例题2的讲解八、Matlab代码九、主成分分析的滥用：主成分得分十、主成分回归本讲将介绍主成分分析(PrincipalComponentAnalysis
要如我愿·2024-01-05 02:40

清风数学建模笔记-主成分分析

内容：主成分分析介绍：主成分分析是一种降维算法，它通过旋转和变换将多个指标转化为少数几个主成分，这些主成分是原变量的线性组合，且互不相关，其能反映出原始数据的大部分信息。
别被算法PUA·2024-01-05 02:10

降维算法的简单介绍

降维算法降维算法：通过减少数据的维度，如主成分分析和t-分布邻域嵌入等。降维通俗的讲，是通过减少数据的维度来处理高维数据的过程。降维算法有助于消除数据中的冗余信息，减少噪声，并提高计算效率。
Algorithm_Engineer_·2024-01-04 23:49

数量生态学：R语言的应用—第四章聚类分析2-解读和比较层次聚类结果

数量生态学：R语言的应用—第四章聚类分析2今天来给大家介绍一下如何解读和比较层次聚类结果由于今天内容比较多，所以我们先来看看思维导图，看看大致有什么解读和比较层次聚类结果这里强调一下，聚类分析是一种探索性分析
fafu生信小蘑菇·2024-01-04 23:53

R语言快速入门

START为什么要使用R？多数商业统计软件价格不菲，投入成千上万美元都是可能的。而R是免费的！R拥有顶尖水准的制图功能。如果希望复杂数据可视化，那么R拥有最全面且最强大的一系列可用功能。R是一个可进行交互式数据分析和探索的强大平台。R是一个无与伦比的平台，在其上可使用一种简单而直接的方式编写新的统计方法。它易于扩展，并为快速编程实现新方法提供了一套十分自然的语言。R可运行于多种平台之上，包括Win
我脱下短袖·2024-01-04 19:51

结构方程模型（SEM）

我们前期推出的《基于R语言结构方程模型》课程通过结构方程原理介绍、结构方程全局和局域估计、模型构建和调整、潜变量分析、复合变量分析及结构方程贝叶斯方法实现等一系列专题的介绍及大量案例讲解，由浅入深地系统介绍了结构方程模型的建立
思考的小猴子·2024-01-04 18:25

数模学习day06-主成分分析

主成分分析(PrincipalComponentAnalysis,PCA)主成分分析是一种降维算法，它能将多个指标转换为少数几个主成分，这些主成分是原始变量的线性组合，且彼此之间互不相关，其能反映出原始数据的大部分信息
WenJGo·2024-01-04 16:31

which函数的用法

R语言的which函数主要是用于条件筛选，在R语言里面用的非常多，因为很多时候我们都需要筛选满足一些特定条件的数据记录。
大数据技术派·2024-01-04 16:34

清风数学建模笔记-因子分析

内容：因子分析概念：通过分析研究变量间的相关系数矩阵，把这些变量间错综复杂的关系归结成少数几个综合因子，由于归结出的因子个数少于原始变量的个数，但是又包含原始变量的信息，所以这一过程也称之为降维，与主成分分析相比更容易得到解释
别被算法PUA·2024-01-04 14:53

R语言rayrender包，glossy光滑的材料

R语言rayrender包，glossy光滑的材料#ThuJul0101:44:172021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.1forwindow10#[email protected]
youmigo·2024-01-04 14:24

IMU用于无人机故障诊断

与依赖额外传感器和RPM测量的传统故障诊断方法不同，所研究的方法利用IMU信号（加速度计和陀螺仪）的主成分分析（PCA）来解释故障数据。这种方法擅长处理嘈杂的数据，无需额外的传感器，因而无需支付
惯师科技·2024-01-04 10:47

r语言mfrow全程_第二篇——用几分钟了解R语言入门知识（续）

命令行——写代码用的数据对象——暂时只需要记住向量(vector)、列表(list)、数据框(dataframe)函数——重要！马上讲。par——马上讲。六、函数在R里面，我们每天都在和函数打交道。但函数究竟是什么？我希望大家先记住一个函数，叫做function()。正所谓太极生两仪，两仪生四象。R中本来并没有那么多函数，然而R给我们提供了两样东西——一系列基本函数，以及一个叫做function(
weixin_39936403·2024-01-04 07:52

聚类分析8—顺序聚类和模糊聚类（数量生态学：R语言的应用 第四章）

数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析8—顺序聚类和模糊聚类今天是数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析最后一部分内容了，不知不觉已经过了一周了，内容还是很多的，不知道你掌握了多少，不会的话的好好理理，
fafu生信小蘑菇·2024-01-04 02:50

R语言【base】——rm/remove()：从指定环境中删除对象

Packagebaseversion4.2.0Parametersremove(...,list=character(),pos=-1,envir=as.environment(pos),inherits=FALSE)rm(...,list=character(),pos=-1,envir=as.environment(pos),inherits=FALSE)参数【...】：要删除的对象，如名称（
ALittleHigh·2024-01-04 00:12

R语言【BIEN】——BIEN_occurrence_family 可从 BIEN 数据库中提取指定科（或多个科）的所有记录。

PackageBIENversion1.2.6ParametersBIEN_occurrence_family(family,cultivated=FALSE,new.world=NULL,observation.type=FALSE,all.taxonomy=FALSE,native.status=FALSE,natives.only=TRUE,political.boundaries=FALS
ALittleHigh·2024-01-04 00:42

R语言【CoordinateCleaner】——cc_inst()：识别生物多样性机构附近的记录

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_inst(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=100,geod=TRUE,ref=NULL,verify=FALSE,verify_mltpl=10,value="clean",verbose
ALittleHigh·2024-01-04 00:10

R语言代码实现聚论文的复现：关于聚类标准误的问题（2009,RFS) -Estimating Standard Errors in Finance Panel Data Sets Co···

论文原文：在公司融资和资产定价的实证工作中，研究人员经常使用面板数据。在这些数据集中，残差可能在不同公司或不同时间之间存在相关性，OLS(普通最小二乘)标准误可能存在偏差。本文研究了文献中应对的不同方法，说明为什么不同的方法有时会给出(相同)不同的答案，并为研究者提供使用指导。众所周知，当残差独立同分布时，OLS标准误是无偏的。当残差在各观测值之间存在相关性时，OLS标准误可能存在偏差。虽然面板数
亦旧sea·2024-01-03 21:36

R语言：一致性聚类 ConsensusClusterPlus

什么情况下会用到一致性聚类？顺手策个文章套路：比较常用到聚类分析的就是肿瘤亚型识别的文章吧。这类文章一般会对表达量或甲基化等数据进行聚类分析，选出最优聚类数；对聚出的类组进行差异化表达分析得到DEGs，差异表达基因做GO、pathway一系列分析，在分析一下与生存的关系、免疫细胞丰度的区别，等等。。。要是一不小心找出了这几组免疫细胞有区别、生存有区别，是不是一篇揭示XX癌免疫应答异质性的文章就来了
生信频道·2024-01-03 20:47

基于 EigenFaces 的人脸检测

EigenFaces概述EigenFaces人脸检测是一种从主成分分析（PrincipalComponentAnalysis，PCA）中导出的人脸识别和描述技术。
会的东西有点杂·2024-01-03 18:13
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