推荐以下2款：
Navicat for SQLite：功能非常强大，几乎包含了数据库管理工具的所有必需功能，操作简单，容易上手。唯一的缺点是不能打开由System.Data.SQLite.dll加密过的数据库。
Database.Net：台湾人用.net开发的全能数据库管理工具，可以管理多种数据库，包括MSSQL、MYSQL、IBM DB2、Oracle、Access、Excel、OleDb、Odbc等十多种数据库（或数据接口），功能没有Navicat那么多，只包含最基本功能。对SQLite而言，Database.Net最大的优点是支持打开由System.Data.SQLite.dll加密过的数据库，且可以随时对数据库设置密码，是.net下开发SQLite必备的小工具。下载地址： http://fishcodelib.com/Database.htm 脚本之家下载地址 //www.jb51.net/database/41238.html
建议以Navicat for SQLite为主，Database.Net为辅，只要涉及到数据库加密时才用后者。
【操作SQLite实例】
操作SQlite的方法基本同其他数据库相同，但有一些区别：
『例1』整数似乎都是Int64的。
查询出网站App_Data目录下“省市.db”数据库中city表的总记录数
复制代码 代码如下:
SQLiteConnection cn = new SQLiteConnection("Data Source=|DataDirectory|省市.db;Version=3");
SQLiteCommand cmd = new SQLiteCommand("select count(*) from city", cn);
cn.Open();
int recordCount = (int)(Int64)cmd.ExecuteScalar();
cn.Close();
Response.Write(recordCount);
SQLite中count函数返回的是一个Int64的整数，这一点同MSSQL、Access等不同。实际上，经过有限的使用发现，似乎所有INTEGER字段的返回值都是Int64，这一点未经过有效证实。ExecuteScalar方法返回一个object实例，按照C#规定，拆箱时进行标准转换，必须转换成该object实例实际存储的格式，因此分两步，先转换成Int64，再转换成int。当然用.net中某些高级转换器如Convert.ToInt32方法只要一步就可以了。
『例2』批量增删改时需要用事务，否则效率很低。
批量插入1000条记录，每条记录只有简单的id、name、password三个字段：
复制代码 代码如下:
SQLiteConnection cn = new SQLiteConnection("Data Source=c:\\测试.db3;Version=3;password=12345");
SQLiteCommand cmd = new SQLiteCommand("select count(*) from test", cn);
cn.Open();
int recordCount = (int)(Int64)cmd.ExecuteScalar();
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
for (int i = 0; i < 1000; i++)
{
cmd.CommandText = "insert into test values(@id,@name,@password)";
cmd.Parameters.AddWithValue("@id", i);
cmd.Parameters.AddWithValue("@name", "姓名" + i);
cmd.Parameters.AddWithValue("@password", (i * 2).ToString());
cmd.ExecuteNonQuery();
}
cmd.CommandText = "select count(*) from test";
recordCount = (int)(Int64)cmd.ExecuteScalar();
cn.Close();
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
经过测试，这段代码中的for循环花费了70000～90000毫秒，一分钟多！
改用事务执行：
复制代码 代码如下:
SQLiteConnection cn = new SQLiteConnection("Data Source=c:\\测试.db3;Version=3;password=12345");
SQLiteCommand cmd = new SQLiteCommand("select count(*) from test", cn);
cn.Open();
int recordCount = (int)(Int64)cmd.ExecuteScalar();
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
SQLiteTransaction tran = cn.BeginTransaction();
cmd.Transaction = tran;
try
{
for (int i = 0; i < 1000; i++)
{
cmd.CommandText = "insert into test values(@id,@name,@password)";
cmd.Parameters.AddWithValue("@id", i);
cmd.Parameters.AddWithValue("@name", "姓名" + i);
cmd.Parameters.AddWithValue("@password", (i * 2).ToString());
cmd.ExecuteNonQuery();
}
tran.Commit();
}
catch
{
tran.Rollback();
Response.Write("执行出错！");
}
finally
{
cmd.CommandText = "select count(*) from test";
recordCount = (int)(Int64)cmd.ExecuteScalar();
cn.Close();
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
}
经过测试，这段代码中的try部分只用了100～150毫秒！开启事务后，效率非常高！
『例3』一般开发中可以编写自己的数据库通用操作类，进一步封装ADO.NET。
如上面用事务操作的代码，改用数据库通用操作类后：
复制代码 代码如下:
SQLiteData md = new SQLiteData("Data Source=c:\\测试.db3;Version=3;password=12345");
int recordCount = (int)(Int64)md.ExecuteScalar("select count(*) from test");
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
md.CreateTransaction();
try
{
for (int i = 0; i < 1000; i++)
md.ExecuteNonQuery("insert into test values(@id,@name,@password)", "@id", i, "@name", "姓名" + i, "@password", (i * 2).ToString());
md.CommitTransaction();
}
catch
{
md.RollBack();
Response.Write("执行出错！");
}
finally
{
recordCount = (int)(Int64)md.ExecuteScalar("select count(*) from test");
md.Close();
Response.Write("当前的总记录数：" + recordCount + "
");
}
可以看到代码精简了很多。
【SQLite相关有用的链接地址】
SQLite官方网站：http://www.sqlite.org/
SQLite内置核心函数参考文档：http://www.sqlite.org/lang_corefunc.html
SQLite日期时间函数参考文档：http://www.sqlite.org/lang_datefunc.html
SQLite数学函数参考文档：http://www.sqlite.org/lang_aggfunc.html
SQLite相关SQL语法参考文档：http://www.sqlite.org/lang.html
System.Data.SQLite.dll数据访问驱动下载地址：http://system.data.sqlite.org/index.html/doc/trunk/www/downloads.wiki