Apache Xindice
Apache Xindice 也是一个 Native-XML 数据库 (NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。 Xindice 使用 XPath 做为它的查询语言与 XML:DB XUpdate 做为它的更新语言 .
JDOInstruments
JDOInstruments 是一个用 Java 开发的嵌入式面向对象数据库 . 它还实现了 Sun 的 JDO 规范用于 Java 对象的透明持久化 . 它可运行在 windows2000, windows2003 64bits, 和 Linux(Fedora Core2) 平台上 .
H2
H2 是一个采用 Java 开发开源的嵌入式 SQL 数据库。它支持集群，提供 JDBC 和部分 ODBC API, 采用 C/S 模型。它还包括一个用于管理数据库的 Web 客户端。
RETE-DB
RETE-DB 是一个可定制多用户 Web 数据库。 RETE-DB 与其它多功能的 internet 数据库相比较 Speed,security 和 scalability 是它显著的优点。 RETE-DB 的特点包括：
1. 基于 Group 的访问控制思想。
2. 安全性：可对每一条记录，每一个字段定义访问权限。
3. 快速：经测试当处理数万条记录时，它还能跑得异常快。
4. 可量测性 (Scalability) ：多个分布式 RETE-DB 实例能够平行地运行在相同的数据库上。数据的每一次变化都将被记录，甚至包括 RETE-DB 管理操作变化的记录。
5. 导入 / 导出：搜索得到的结果能够被导出到电子表格中也能够把电子表格的数据类型记录导到数据库中。
Perst
Perst 是一个简单，快速，便捷，面向对象适合 Java 与 .NET 的数据库。 Perst 不需要专门的编译器或与预处理器，并且支持 ACID 事务。
SmallSQL
SmallSQL 是一个 100% 纯 Java 的 DBMS, 一个用于 Java 桌面应用程序的嵌入式关系型数据库。它有一个 JDBC3.0 接口并提供许多 ANSI SQL92 和 ANSI SQL99 特性。 SmallSQL 非常小而且快速因为它没有网络接口。
MyOODB
MyOODB 是一个面向对象数据库 , 真正快速的分布式数据库 , 支持真正的分布式对象 , 支持真正的分布式事务 , 支持隐式 / 显式事务 , 支持无缝高速 Web 服务访问 , 支持数据库自我恢复 , 支持多个并发嵌套事务并且数据库大小只占磁盘很小的空间。集合 MyOOWEB 和 MyOOSDK 能为开发快速，很小但又强大的 App/Web 应用程序提供一个平台。
Metanotion BlockFile
BlockFile 一个 100% 纯 Java ，轻量级，单个文件嵌入式数据库。它的功能介于 SQLite 与 BerkeleyDB 之间。专门为 PDA 和 Mobile 应用程序而开发。
JODB
JODB 是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。
NeoDatis ODB
NeoDatis ODB 是一个面向对象数据库，一个真正透明的对象持久层。利用一行简单的代码就能够持久化 native object 。 ODB 非常简单、非常快并自带强大查询语言。 ODB 既可以做为一个内嵌数据库引擎使用，也可以以 C/S 模式运行。
BaseX
BaseX 是一个原生 XML 数据库。它具有简洁的存储结构，高效的 XPath 和 XQuery 实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。
FeatherDB
FeatherDB 是一个采用 Java 开发基于 JSON 的 Document 数据库，是 CouchDB 的一个克隆。它拥有一个完整的 HTTP/REST 接口，支持通过 Java 类或 JavaScript （使用 java6 的 JavaScript 支持）实现查询。 FeatherDB 使用嵌入的 Jetty HTTP 服务器来处理所有交互。
hamsterdb-java
hamsterdb-java 是 hamsterdb 嵌入式数据库的一个 Java 封装。 hamsterdb 是一个采用 C 开发，非常快，轻量级的嵌入式数据库引擎。
Neo
Neo 是一个图形数据库（ graph database ）。它是一个可嵌入，基于磁盘的 Java 持久化引擎，其数据存储采用图形结构来代替表格。一张 graph 就是一种网状的结构图更适合于敏捷、快速开发。特性：能够以直观，面向图形的方式展示数据，网状结构图由节点，关联和属性组成。 Neo 能够在单一计算机上处理几十亿个节点，关联和属性。一个强大的横向移动框架能够在节点空间中快速横向移动。整个 Neo 大小还不到 500k 。拥有简单、便利、面向对象的 API 。此外 Neo 包括一些数据库固有的特性： ACID 事务支持，数据持久化 , 并行控制 , 事务恢复等。
xbird
XBird 是一个轻量级的 XQuery 处理器和 Native XML 数据库引擎，嵌入式数据库引擎，分布式 XQuery 处理器。此外 XBird 还支持 HTML Web 页面抓取（ scraping ）。
ChaiDB
ChaiDB 是一个采用 Java 开发的高性能嵌入式数据库。使用 B-Tree 实现数据存储，提供 JCA ， JTA 接口，数据库管理工具比如：备份与还原等。
HeliDB
HeliDB 是一个简单、快速的数据库，用于存储来自 Java 程序的 key—value 成对数据。可以通过配置来使该数据库支持不同的功能和存储方式。最简单的配置情况下，该数据库只是一个基于文件的 Map ，更复杂的配置，该数据库将使用 B+ 树数据结构来提供快速搜索、新增和事务支持。