可能的原因：
1、网络问题，网络是否存在问题,花费了超过 connect_timeout 的时间去得到一个数据包
2、账号密码是否正确
3、客户端是否有权限连接该数据库
4、连接包是不是有带有正确的信息
5、Aborted Connection一般出来的情况都是网络不好，客户端异常crash之类的，总之就是连接打开之后没有正常的关闭

如果都不是上面的问题，可以尝试加大max_allowed_packet_size（ max_allow_packet=256M）,或者使用php的短连接，不使用长连接，再或者每次查询完成后关闭连接，
避免The client had been sleeping more than wait_timeout or interactive_timeout seconds without issuing any requests to the server.（客户端连接休眠时间超过wait_timeout,interactive)
实在没招了，可以启用general query log,把所有查询的sql都列出来。
还是解决不了，就是更底层的原因了，网络设备故障等等。

模拟：在linux下打开多个客户端，每个客户端登录mysql，然后我们在其中的一个linux客户端下，强制kill其他mysql客户端登录进程，同时监控error_log情况，即可出现上面日志情况。
参考：http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/communication-errors.html