All Users文件夹:
Win 98/ME所有用户文件夹，里面里面包括系统缺省登录时的桌面文件和开始菜单的内容。
Win 2000在Win 2000的系统目录中没有这个文件夹，Win 2000将用户的信息放在根目录下的Documents and Settings文件夹中，每个用户对应一个目录，包括开始菜单、桌面、收藏夹、我的文档等等。
Application Data文件夹:
Win 98/ME应用程序数据文件夹。包括任务栏中的快捷方式，输入法的一些文件等等。根据你系统中使用不同的软件，该目录中的内容也有所不同。
Win 2000在Documents and Settings文件夹中，每个用户都对应一个Application Data文件夹，同样每个用户由于使用的软件不同，目录内容也相同。
Applog文件夹:
Win 98/ME应用程序逻辑文件目录。逻辑文件是用来记录应用软件在运行时，需要调用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看这些文件，用记事本打开即可。
Catroot文件夹:
Win 98计算机启动测试信息目录，目录中包括的文件大多是关于计算机启动时检测的硬软件信息。
Win ME该文件夹位于系统目录的system目录中。
Win 2000该文件夹位于系统目录的system32目录中。
Command文件夹:
Win 98/ME DOS命令目录。包括很多DOS下的外部命令，虽说都是些小工具，但真的很好用，特别是对于系统崩溃时。
Win 2000这些DOS命令位于系统目录的system32目录中。
Config文件夹:
Win 98/ME/2000配置文件夹，目录中包括一些MIDI乐器的定义文件。
Cookies文件夹:
Win 98/ME Cookies又叫小甜饼，是你在浏览某些网站时，留在你硬盘上的一些资料，包括用户名、用户资料、网址等等。
Win 2000每个用户都有一个Cookies文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。
Cursors文件夹:
Win 98/ME/2000鼠标动画文件夹。目录中包括鼠标在不同状态下的动画文件。
Desktop文件夹:
Win 98/ME桌面文件夹。包括桌面上的一些图标。
Win 2000这个文件夹在系统目录中也存在，同时在Documents and Settings文件夹的每个用户目录中还有"桌面"文件夹。
Downloaded Program Files文件夹:
Win 98/ME/2000下载文件文件夹。该文件夹包含显示已打开的Web页所需的文件，其中大部分文件是用来运行Web页面上的动画。
Drwatson文件夹:
Win 98/ME/2000华生医生文件夹。本来华生医生可以在系统发生错误时拍下系统快照，但这个目录只有一个超文本文件。
Favorites文件夹:
Win 98/ME收藏夹文件夹。如果需要重新安装系统，请备份这个目录，这样可以保留收藏夹中的内容。
Win200每个用户都有一个Favorites文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中。
Fonts文件夹:
Win 98/ME/2000字体文件夹。在这个目录中可以添加删除字体文件，也可以删除一些不必要的文件而减少系统占用硬盘的空间。
Help文件夹:
Win 98/ME/2000帮助文件的文件夹，Windows有个好处就是有详细的帮助文件，这个目录里面就包括很多帮助文件，遇到问题多看看帮助文件，对你会有很大的帮助。
History文件夹:
Win 98/ME历史文件夹。IE浏览器有一个功能可以自己记录用户浏览过的网址，这个目录就是用来存放这些网址的。
Win 2000每个用户的历史文件都是相互独立的。位于Documents and Settings 文件夹的每个用户目录中Local Settings目录里面。
Inf文件夹:
Win 98/ME/2000安装文件文件夹。在安装驱动程序时，系统会提示我们指定相应的 Inf文件。要使用这些文件也很简单，直接选取其右键菜单中的"安装"即可。
Java文件夹:
Win 98/ME/2000和JAVA相关的一些文件夹。包括Classes和Packages两个子文件夹，其中Packages中包含了一些压缩文件和一些数据文件。在Win 2000中还包括Trustlib子目录。
Sysbckup文件夹:
Win 98/ME系统备份文件夹。系统会自动备份注册表以及系统文件，打包放在这个目录下，需要恢复时只需要解开文件将其覆盖会相应的目录即可。
System文件夹:
Win 98/ME/2000系统文件夹。系统中的重要文件都放在这个目录下，同时在安装新软件时也会向这个目录中拷贝文件。由于这里面很多文件是多个软件公用的，在删除软件时提示要删除这个目录中的文件最好选择不要删除。
System32文件夹:
Win 98/ME/2000 32位的系统的文件夹，里面包含了许多虚拟设备文件。同样也是很重要，在对里面的文件进行删减时也要特别注意。
Tasks文件夹:
Win 98/ME/2000计划任务文件夹，该文件夹包含已计划的Windows任务。Windows将按照指定的时间来运行这些任务。
Temp文件夹:
Win 98/ME/2000临时文件目录。在系统和软件的运行过程中会产生很多临时的文件，就存放在这个目录中。定期清理这个目录中的文件，可以减少硬盘的垃圾。
Temporary Internet Files文件夹:
Win 98/ME IE下载文件缓冲区。使用IE浏览器浏览网页时，系统会自动将浏览过的网页内容放在这个目录中，当你再次打开相同的网页时系统会从这个目录中进行提取，这样可以加快浏览的速度。
Win 2000每个用户都有一个Temporary Internet Files文件夹，位于Documents and Settings文件夹的每个用户目录中的Local Settings目录里面。
Web文件夹:
Win 98/ME/2000该文件夹中的文件主要是一些超文本模板、频道的图标和图像等等。Windows系统中一些窗口的布局也是通过这里面的文件来完成的。以前没有觉得这个目录重要，后来发现欢乐时光病毒就是通过感染这个目录中的文件来达到破坏的目的。
友情提醒:由于系统目录中的文件都很重要，所以在进行修改时要特别小心，如果你对系统不是太熟悉，建立你还是不要去动它们。