TCGA数据库中miRNA数据如何平稳下载 ？

之前，我们讲过TCGA的miRNA数据如何区分5p和3p，然而我们手上并没有数据，所以，这次讲如何获取数据。
TCGA数据的下载都差不多，有通用的方法。
我们以前讲过转录组数据的下载。
从GDC下载TCGA肿瘤数据库的数据

点击GDC进入，

选择Repository，cases，选择要研究的种属和样本

再点开files，选择需要的数据，我们这次是转录组里面的miRNA数据，转录组的数据下载看这个
从GDC下载TCGA肿瘤数据库的数据
选择完了之后，发送到购物车

进入购物车

下载manefest文件，用来下载需要的数据

除此之外，还要下载metadata文件，用于把样本名称转化为TCGA_id

下载gdc-tools,这是官方的下载工具。

选择自己系统对应的链接，下载，然后解压

把manefest文件和gdc-tools放在同一个文件夹，在文件夹中创建一个新文件夹叫，rawdata，用于放下载的数据。

windows用户可以下载一个git for windows安装一下，mac用户用自带终端即可
https://git-scm.com/download/win

在有manefest文件的文件夹，右击，打开git bash，mac用户进入终端，cd到当前文件夹。

输入以下代码，即可把数据下载到rawdata文件夹中

./gdc-client.exe download -m ./gdc_manifest_20190814_132348.txt -d rawdata/

其中 gdc_manifest_20190814_132348.txt这个根据每次操作会不一样。

命令行，代表用当前文件夹下面的gdc-client.exe软件中的 download功能，使用manifest的方式下载文件，存入rawdata文件夹。

### ./gdc-client.exe -h 这个命令可以查看gdc-client.exe的使用方法
### ./gdc-client.exe download -h 这个命令可以查看download的使用方法
### 理解参数
### -m 参数 表示用manifest来下载
### -d 参数 表示下载到指定的文件夹

然后数据就开始下载，不要关闭终端，下载完全之后有提示，现在文件已经在rawdata文件夹了

打开单个文件夹，是个txt文件，里面有需要的数据

下一次我们就要把这1207个文件批量读入R语言，会非常有趣。
在这个系列结束后，我会录制一个视频，公布在 果子学生信公众号上。
还有一件事情，上次说的499元基因检测试剂盒的抽奖，明天公布。
一张神图，解决科研统计80%的问题。
Y叔的检测结果已经出来了，他喝酒不上头，抽烟也不伤肺，是难得的交际身体。但是，线下看起来鹤发童颜，慈眉善目，一点都看不出来。

我是果子，明天见。