有参转录组学习四：序列比对

Author：ligc

Date：19/5/15

下载index

进入hisat官网http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/faq.shtml，找到对应物种的基因组index

mm10_index

或者通过hisat2-build自己构建index。

hisat2-build -p 40 ~/AKAP95_rna_seq/reference/mm10_genome/mm10.fa mm10

hisat2比对

for i in `seq 59 62`
do
    nohup hisat2 -t -p 40 -x ~/AKAP95_rna_seq/reference/index/mm10/genome \
    -1 ~/AKAP95_rna_seq/raw_data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz \
    -2 ~/AKAP95_rna_seq/raw_data/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz \
    -S ~/AKAP95_rna_seq/alignment/SRR35899${i}.sam &
done

samtools

用于处理SAM、BAM文件

• view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对
• sort: 比对排序
• merge: 聚合多个排序比对
• index: 索引排序比对
• tview: 文本格式查看序列
  
  

  hisat2_result

for i in `seq 59 62 `
do
     samtools view -@ 30 SRR35899${i}.sam -b -o SRR35899${i}.bam
     samtools sort -@ 30 SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}.sorted.bam
     samtools index -@ 30 SRR35899${i}.sorted.bam
done

head -n 1000 SRR3589959.sam >test.sam
samtools view test.sam |less -S

SAM

samtools sort test.bam -o test.sorted.bam
samtools view test.sorted.bam |less -S

image.png

提取特定染色体区域的reads

samtools view SRR3589959.sorted.bam chr1:3000464-3151858 |less -S

本文主要参考了徐洲更师兄的文章

https://www.jianshu.com/nb/14291282