0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统？

1. 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）

对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。

比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。

1. 选择windows还是linux？ 一定是linux，windows太多的生物软件不兼容了。
2. 选择linux的哪个版本？推荐桌面版的Ubuntu——稳定，美观，适合初学者之称；次之，Centos——免费、稳定的服务器linux版本之称。
3. 用那种方式安装linux好？推荐虚拟机安装。不太建议双系统，云端这种。因为，对于初学者在系统中，需要反复折腾，测试，搞垮系统是常事。
4. 选择开源的VMbox还是商业版VMware？两者都可以，但各有缺点。VMbox更新比较快，经常更新后，可能会出现报错，系统无法打开的现象，较低版本的反而比较稳定，如果用好了，不建议经常更新。还有一点是，VMbox在鼠标控制上，没有VMware流畅。VMware十分稳定，流程好用。最新版一般要收费。可以选择比最新版版本稍低的，上网搜注册码，免费使用。还是那样，用好了，不要经常更新。某些生信软件会提供VMbox的镜像，如qiime。
5. VMbox的镜像能不能转到VMware上使用？，答案是可以的，使用VMbox的镜像导出功能，然后使用VMware进行导入，保持两者格式相同。

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2. Ubuntu镜像下载

ubuntu镜像下载官网：https://www.ubuntu.com/download

下载链接：http://mirror.lzu.edu.cn/ubuntu-releases/18.04/ubuntu-18.04-desktop-amd64.iso

从2018年4月起，发布了最新的稳定版，Ubuntu 18.04 LTS，支持到2023年。推荐使用此版本。

Download the latest LTS version of Ubuntu, for desktop PCs and laptops. 
LTS stands for long-term support — which means five years, until April 2023, 
of free security and maintenance updates, guaranteed.

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3. 虚拟机下载

VMbox 下载官网：https://www.virtualbox.org/
VMware pro下载专业稳定版 ：http://dl.pconline.com.cn/download/1120703-1.html

VMware Workstation 注册码，测试有效

VMware Workstation v12 for Windows 
5A02H-AU243-TZJ49-GTC7K-3C61N 
VF5XA-FNDDJ-085GZ-4NXZ9-N20E6
UC5MR-8NE16-H81WY-R7QGV-QG2D8
ZG1WH-ATY96-H80QP-X7PEX-Y30V4
AA3E0-0VDE1-0893Z-KGZ59-QGAVF

4. VMbox安装ubuntu-18.04 桌面版

系统按安装第一环节

1. 名称与系统版本一致，方便版本管理

2. 内存为2G，过大会对windows使用时出现卡顿。

3. 创建空白磁盘

4. 选择镜像文件类型

5. 动态分配，节省windows上的硬盘空间

6. 建议使用500GB，至少200GB，满足日后16S、转录组分析。对于基因组分析，建议在2T。

7. 系统初步设置完成，还需进一步设置。

8. 启动宿主机与虚拟机双向复制功能

9. 开启网络

10. 启动录像，会增加计算机运算，日后才启动，方便日后视频制作，调节为最高分辨率，和启动录音。

11.输入已经下载的ubunt镜像

12. 设置共享文件夹

13. 其他配置选择，日后有需要才进行调整。点击启动

出现报错，VMware 不能为虚拟电脑 ubuntu-18.04 打开一个新任务.

不能为虚拟电脑 ubuntu-18.04 打开一个新任务.

The VM session was aborted.

返回 代码: E_FAIL (0x80004005)
组件: SessionMachine
界面: ISession {7844aa05-b02e-4cdd-a04f-ade4a762e6b7}

14 .可能是驱动问题，点击取消声音驱动，再次启动，成功

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进入系统安装第二环节

1. 点击优点的 安装，建议默认安装语言为默认，English。基于生信要熟悉英语环境，第二，后续英语环境，软件运行才稳定，否则中文环境容易报错。

2. 默认安装键盘类型，英语，方便日后打命令行

3. 打勾，安装第三方软件，相当于整个iso的内容进行安装

4. 在不熟悉硬盘分区知识的情况下，直接选择安装空白磁盘，选择继续，方便快捷。日后，系统安装多了，才进行分区。分区有助于系统发生故障的时候进行恢复，备份。个别区埙坏，不会影响其他区。

5.时区，选中国上海。时间同步也很重要，否则有可能导致软件出错。

6. 设置用户名，主机名，密码。建议用户名和主机名，尽量短，因为日后会显示在命令行上，占地方。同时名称不要设置与系统常见的单词相同，以免混淆，影响报错时排错。

7. 安装进行中，需要安装147项，大概30min。

8. 安装完成。安装完成后需要进一步进行配置。