按照我的理解又分为以下几个方面的层级
硬件层之上：read卡，bios，双网卡绑定；
操作系统的优化：ulimit,tcp握手包的调试，selinux等；
数据库配置文件的调试：my.ini 主配置文件；
数据库表结构的调试；
SQL语句的优化；
[client]
port = 3306 #客户端端口号为3306
socket =/data/3306/mysql.sock #
default-character-set = utf8 #客户端字符集,(控制character_set_client、character_set_connection、character_set_results)
[mysql]
no-auto-rehash #仅仅允许使用键值的updates和deletes
[mysqld] #组包括了mysqld服务启动的参数，它涉及的方面很多，其中有MySQL的目录和文件，通信、网络、信息安全，内存管理、优化、查询缓存区，还有MySQL日志设置等。
user = mysql #mysql_safe脚本使用MySQL运行用户(编译时--user=mysql指定),推荐使用mysql用户。
port = 3306 #MySQL服务运行时的端口号。建议更改默认端口,默认容易遭受攻击。
socket =/data/3306/mysql.sock #socket文件是在Linux/Unix环境下特有的，用户在Linux/Unix环境下客户端连接可以不通过TCP/IP网络而直接使用unix socket连接MySQL。
basedir = /application/mysql #mysql程序所存放路径,常用于存放mysql启动、配置文件、日志等
datadir = /data/3306/data #MySQL数据存放文件(极其重要)
character-set-server = utf8 #数据库和数据库表的默认字符集。(推荐utf8,以免导致乱码)
log-error=/data/3306/mysql_xuliangwei.err #mysql错误日志存放路径及名称(启动出现错误一定要看错误日志,百分之百都能通过错误日志排插解决。)
pid-file=/data/3306/mysql_xuliangwei.pid #MySQL_pid文件记录的是当前mysqld进程的pid，pid亦即ProcessID。
skip-locking #避免MySQL的外部锁定，减少出错几率，增强稳定性。
skip-name-resolv #禁止MySQL对外部连接进行DNS解析，使用这一选项可以消除MySQL进行DNS解析的时候。但是需要注意的是，如果开启该选项，则所有远程主机连接授权都要使用IP地址方式了，否则MySQL将无法正常处理连接请求！
skip-networking #开启该选项可以彻底关闭MySQL的TCP/IP连接方式，如果Web服务器是以远程连接的方式访问MySQL数据库服务器的，则不要开启该选项，否则无法正常连接！
open_files_limit = 1024 #MySQLd能打开文件的最大个数,如果出现too mant openfiles之类的就需要调整该值了。
back_log = 384 #back_log参数是值指出在MySQL暂时停止响应新请求之前，短时间内的多少个请求可以被存在堆栈中。如果系统在短时间内有很多连接，则需要增加该参数的值，该参数值指定到来的TCP/IP连接的监听队列的大小。不同的操作系统在这个队列的大小上有自己的限制。如果试图将back_log设置得高于操作系统的限制将是无效的，其默认值为50.对于Linux系统而言，推荐设置为小于512的整数。
max_connections = 800 #指定MySQL允许的最大连接进程数。如果在访问博客时经常出现 Too Many Connections的错误提示，则需要增大该参数值。
max_connect_errors = 6000 #设置每个主机的连接请求异常中断的最大次数，当超过该次数，MySQL服务器将禁止host的连接请求，直到MySQL服务器重启或通过flush hosts命令清空此host的相关信息。
wait_timeout = 120 #指定一个请求的最大连接时间，对于4GB左右内存的服务器来说，可以将其设置为5~10。
table_cache = 614K #table_cache指示表高速缓冲区的大小。当MySQL访问一个表时，如果在MySQL缓冲区还有空间，那么这个表就被打开并放入表缓冲区，这样做的好处是可以更快速地访问表中的内容。一般来说，可以查看数据库运行峰值时间的状态值Open_tables和Open_tables，用以判断是否需要增加table_cache的值，即如果Open_tables接近table_cache的时候，并且Opened_tables这个值在逐步增加，那就要考虑增加这个值的大小了。
external-locking = FALSE #MySQL选项可以避免外部锁定。True为开启。
max_allowed_packet =16M #服务器一次能处理最大的查询包的值，也是服务器程序能够处理的最大查询
sort_buffer_size = 1M #设置查询排序时所能使用的缓冲区大小，系统默认大小为2MB。
注意：该参数对应的分配内存是每个连接独占的，如果有100个连接，那么实际分配的总排序缓冲区大小为100 x6=600MB。所以，对于内存在4GB左右的服务器来说，推荐将其设置为6MB~8MB
join_buffer_size = 8M #联合查询操作所能使用的缓冲区大小，和sort_buffer_size一样，该参数对应的分配内存也是每个连接独享。
thread_cache_size = 64 #设置Thread Cache池中可以缓存的连接线程最大数量，可设置为0~16384，默认为0.这个值表示可以重新利用保存在缓存中线程的数量，当断开连接时如果缓存中还有空间，那么客户端的线程将被放到缓存中;如果线程重新被请求，那么请求将从缓存中读取,如果缓存中是空的或者是新的请求，那么这个线程将被重新创建，如果有很多线程，增加这个值可以改善系统性能。通过比较Connections和Threads_created状态的变量，可以看到这个变量的作用。我们可以根据物理内存设置规则如下:1GB内存我们配置为8,2GB内存我们配置为16,3GB我们配置为32,4GB或4GB以上我们给此值为64或更大的值。
thread_concurrency = 8 #该参数取值为服务器逻辑CPU数量x 2，在本例中，服务器有两个物理CPU，而每个物理CPU又支持H.T超线程，所以实际取值为4 x 2 = 8。这也是双四核主流服务器的配置。
query_cache_size = 64M #指定MySQL查询缓冲区的大小。可以通过在MySQL控制台观察，如果Qcache_lowmem_prunes的值非常大，则表明经常出现缓冲不够的情况;如果Qcache_hits的值非常大，则表明查询缓冲使用得非常频繁。另外如果改值较小反而会影响效率，那么可以考虑不用查询缓冲。对于Qcache_free_blocks，如果该值非常大，则表明缓冲区中碎片很多。
query_cache_limit = 2M #只有小于此设置值的结果才会被缓存
query_cache_min_res_unit = 2k #设置查询缓存分配内存的最小单位，要适当第设置此参数，可以做到为减少内存快的申请和分配次数，但是设置过大可能导致内存碎片数值上升。默认值为4K，建议设置为1K~16K。
default_table_type = InnoDB #默认表的类型为InnoDB
thread_stack = 256K #设置MySQL每个线程的堆栈大小，默认值足够大，可满足普通操作。可设置范围为128KB至4GB，默认为192KB
#transaction_isolation = Level #数据库隔离级别 (READ UNCOMMITTED(读取未提交内容) READ COMMITTED(读取提交内容) REPEATABLE READ(可重读) SERIALIZABLE(可串行化))
tmp_table_size = 64M #设置内存临时表最大值。如果超过该值，则会将临时表写入磁盘，其范围1KB到4GB。
max_heap_table_size = 64M #独立的内存表所允许的最大容量。
table_cache = 614 #给经常访问的表分配的内存，物理内存越大，设置就越大。调大这个值，一般情况下可以降低磁盘IO，但相应的会占用更多的内存,这里设置为614。
table_open_cache = 512 #设置表高速缓存的数目。每个连接进来，都会至少打开一个表缓存。因此，table_cache 的大小应与 max_connections 的设置有关。例如，对于200 个并行运行的连接，应该让表的缓存至少有 200 × N ，这里 N 是应用可以执行的查询的一个联接中表的最大数量。此外，还需要为临时表和文件保留一些额外的文件描述符。
long_query_time = 1 #慢查询的执行用时上限,默认设置是10s,推荐(1s~2s)
log_long_format #没有使用索引的查询也会被记录。(推荐,根据业务来调整)
log-slow-queries = /data/3306/slow.log #慢查询日志文件路径(如果开启慢查询,建议打开此日志)
log-bin = /data/3306/mysql-bin #logbin数据库的操作日志,例如update、delete、create等都会存储到binlog日志,通过logbin可以实现增量恢复
relay-log = /data/3306/relay-bin #relay-log日志记录的是从服务器I/O线程将主服务器的二进制日志读取过来记录到从服务器本地文件,然后SQL线程会读取relay-log日志的内容并应用到从服务器
relay-log-info-file = /data/3306/relay-log.info #从服务器用于记录中继日志相关信息的文件,默认名为数据目录中的relay-log.info。
binlog_cache_size = 4M #在一个事务中binlog为了记录sql状态所持有的cache大小，如果你经常使用大的，多声明的事务，可以增加此值来获取更大的性能，所有从事务来的状态都被缓冲在binlog缓冲中，然后再提交后一次性写入到binlog中，如果事务比此值大，会使用磁盘上的临时文件来替代，此缓冲在每个链接的事务第一次更新状态时被创建。
max_binlog_cache_size = 8M #最大的二进制Cache日志缓冲尺寸。
max_binlog_size = 1G #二进制日志文件的最大长度(默认设置1GB)一个二进制文件信息超过了这个最大长度之前,MySQL服务器会自动提供一个新的二进制日志文件接续上。
expire_logs_days = 7 #超过7天的binlog,mysql程序自动删除(如果数据重要,建议不要开启该选项)
key_buffer_size = 256M #指定用于索引的缓冲区大小，增加它可得到更好的索引处理性能。对于内存在4GB左右的服务器来说，该参数可设置为256MB或384MB。
注意：如果该参数值设置得过大反而会使服务器的整体效率降低！
read_buffer_size = 4M #读查询操作所能使用的缓冲区大小。和sort_buffer_size一样，该参数对应的分配内存也是每个连接独享。
read_rnd_buffer_size = 16M #设置进行随机读的时候所使用的缓冲区。此参数和read_buffer_size所设置的Buffer相反，一个是顺序读的时候使用，一个是随机读的时候使用。但是两者都是针对与线程的设置，每个线程都可以产生两种Buffer中的任何一个。默认值256KB，最大值4GB。
bulk_insert_buffer_size = 8M #如果经常性的需要使用批量插入的特殊语句来插入数据,可以适当调整参数至16MB~32MB,建议8MB。
#myisam_sort_buffer_size = 8M #设置在REPAIR Table或用Create index创建索引或 Alter table的过程中排序索引所分配的缓冲区大小，可设置范围4Bytes至4GB，默认为8MB
lower_case_table_names = 1 #实现MySQL不区分大小。(发开需求-建议开启)
slave-skip-errors = 1032,1062 #从库可以跳过的错误数字值(mysql错误以数字代码反馈,全的mysql错误代码大全,以后会发布至博客)。
replicate-ignore-db=mysql #在做主从的情况下,设置不需要同步的库。
server-id = 1 #表示本机的序列号为1,如果做主从，或者多实例,serverid一定不能相同。
myisam_sort_buffer_size = 128M #当需要对于执行REPAIR, OPTIMIZE, ALTER 语句重建索引时，MySQL会分配这个缓存，以及LOAD DATA INFILE会加载到一个新表，它会根据最大的配置认真的分配的每个线程。
myisam_max_sort_file_size = 10G #当重新建索引（REPAIR，ALTER，TABLE，或者LOAD，DATA，TNFILE）时，MySQL被允许使用临时文件的最大值。
myisam_repair_threads = 1 #如果一个表拥有超过一个索引, MyISAM 可以通过并行排序使用超过一个线程去修复他们.
myisam_recover #自动检查和修复没有适当关闭的 MyISAM 表.
innodb_additional_mem_pool_size = 4M #用来设置InnoDB存储的数据目录信息和其他内部数据结构的内存池大小。应用程序里的表越多，你需要在这里面分配越多的内存。对于一个相对稳定的应用，这个参数的大小也是相对稳定的，也没有必要预留非常大的值。如果InnoDB用广了这个池内的内存，InnoDB开始从操作系统分配内存，并且往MySQL错误日志写警告信息。默认为1MB，当发现错误日志中已经有相关的警告信息时，就应该适当的增加该参数的大小。
innodb_buffer_pool_size = 64M #InnoDB使用一个缓冲池来保存索引和原始数据，设置越大，在存取表里面数据时所需要的磁盘I/O越少。强烈建议不要武断地将InnoDB的Buffer Pool值配置为物理内存的50%~80%，应根据具体环境而定。
innodb_data_file_path = ibdata1:128M:autoextend #设置配置一个可扩展大小的尺寸为128MB的单独文件，名为ibdata1.没有给出文件的位置，所以默认的是在MySQL的数据目录内。
innodb_file_io_threads = 4 #InnoDB中的文件I/O线程。通常设置为4，如果是windows可以设置更大的值以提高磁盘I/O
innodb_thread_concurrency = 8 #你的服务器有几个CPU就设置为几，建议用默认设置，一般设为8。
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1 #设置为0就等于innodb_log_buffer_size队列满后在统一存储，默认为1，也是最安全的设置。
innodb_log_buffer_size = 2M #默认为1MB，通常设置为8~16MB就足够了。
innodb_log_file_size = 32M #确定日志文件的大小，更大的设置可以提高性能，但也会增加恢复数据库的时间。
innodb_log_files_in_group = 3 #为提高性能,MySQL可以以循环方式将日志文件写到多个文件。推荐设置为3。
innodb_max_dirty_pages_pct = 90 #InnoDB主线程刷新缓存池中的数据。
innodb_lock_wait_timeout = 120 #InnoDB事务被回滚之前可以等待一个锁定的超时秒数。InnoDB在它自己的锁定表中自动检测事务死锁并且回滚事务。InnoDB用locak tables 语句注意到锁定设置。默认值是50秒。
innodb_file_per_table = 0 #InnoDB为独立表空间模式，每个数据库的每个表都会生成一个数据空间。0关闭，1开启。
[mysqldump]
quick
max_allowed_packet = 2M #设定在网络传输中一次消息传输量的最大值。系统默认值为1MB，最大值是1GB，必须设置为1024的倍数。单位为字节。
转摘自：http://hexudong.blog.51cto.com/7169867/1750109/