三维条件随机场 ( dense CRF ) 分割MRI图像 (一)

这篇文章并不是要告诉大家复杂的条件随机场的数学原理，或者如何从源码编写crf程序，而是如何告诉大家如何使用别人已经写好的的工具去使用三维CRF分割三维的图像，其中主要是MRI图像的分割。环境是linux环境，ubuntu 16.04 server版本没有图形界。

文章主要分为两部分：
第一个是软件环境的配置，主要是ITK的安装测试
第二是CRF的安装

我们使用的软件来自于https://github.com/Kamnitsask/dense3dCrf 如果使用该软件用于发文章请注明软件的来源，具体如何引用在github的说明中有详细的描述。

为了安装该软件，我们需要配置两个软件，一个是cmake，一个是ITK，因为cmake配置简单而且很多linux已经有cmake这里就不在赘述。主要说ITK的安装。安装的第一步就是去ITK的官网点击下载，下载最新版本的ITK（https://itk.org/）

下载完成后我们建立一个叫做ITK的文件夹用于编译以及稍后的测试。目录的结构如下图所示。在ITK文件夹下包括以下四个文件夹。

mkdir ITK
cd ITK
#将新版本的ITK下载到该文件夹下或者移动过来。
tar -xzvf InsightToolkit-4.13.1.tar.gz # 解压缩生成InsightToolkit-4.13.1文件夹
mkdir ITK-bin #建立文件夹用于编译
cd ITK-bin
cmake …/ InsightToolkit-4.13.1 #编译
make
sudo make install #这里需要有管理员权限

到这里如果一切顺利的话我们的ITK就编译完成了，为了进一步的验证ITK是否编译成功，我们进行测试。

#回到ITK文件夹下  
cd .. 
mkdir helloworld   
mkdir helloworld-bin 
#将测试文件复制到heloworld的文件夹下 
cp InsightToolkit-4.13.1/Examples/Installation/HelloWorld.cxx helloworld  
cp InsightToolkit-4.13.1/Examples/Installation/CMakeLists.txt helloworld  
cd helloworld-bin 
cmake ../helloworld #编译测试文件 
make 
./HelloWorld #执行生成的Helloworld的程序

在这里如果执行正确的话我们会看到ITK Hello World的输出，表示我们已经成功的编译额ITK