五月二十八日，安帝宣布大赦天下，诸臣因畏逼从逆者一无所问。江陵众臣将桓玄首级送至刘毅军中，刘毅又命人将桓玄首级送至建康，悬于朱雀桥上，京师轰动。司马遵率众臣奉晋历代神主于太庙，祷告天下太平。
刘毅等人以为桓玄已死，江陵克复，大事底定，遂不急进兵，又遇逆风，船未能进，众人日日置酒高歌。桓玄死几一旬，诸军犹未至江陵。
时桓谦逃匿于沮中（指今湖北省南漳、宜城二县的蛮河流域一带。），扬武将军桓振匿于华容浦。
桓玄旧将王稚徽留守巴陵，虽已投降晋朝，心念故国，打听到桓谦等人尚在，便遣人联络桓振，谎报军情道：“桓歆已克京口，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退，江陵空虚，桓公当并力攻之，不日可下，大楚可复。”
桓振闻报大喜，遂聚众得二百人，欲袭江陵，桓谦亦率众应之。卞范之从枚回洲跳水逃生，此刻也赶来相聚。
闰五月三日，众军行至江陵城下，卞范之道：“我军兵少，只可智取，不可力敌。”
桓谦道：“先生有何高见？”
卞范之道：“桓公率军埋伏城外树林，我率数人，暗藏兵刃，扮作随从，前去叫门，敌必不防，待我赚开城门，杀散守军，桓公再率军杀入，江陵唾手可得。”
桓谦道：“此计甚妙。”便依计而行。
卞范之便率数人来至江陵城下，与城上守军言道：“罪臣卞范之前来自首。”
城上守军听闻，慌忙报至王腾之，王腾之闻卞范之来到，大喜道：“逆贼自投罗网，又是大功一件。”遂命人大开城门，捉拿卞范之。
孰料，卞范之身边随从武艺高强，竟然将军兵杀散，桓谦等人看见，遂一拥而上，复陷江陵，乱兵杀入城中，将王康产、王腾之等人杀死。毛修之等人逃至城外，才免得一死。
桓振跃马奋戈，闯入安帝行宫，直至阶下，大声喝问桓昇所在。安帝惊惧不敢答，左右侍者答桓昇已死，桓振大怒，瞋目对安帝吼道：“臣桓氏一门，虽曾代晋，未尝杀戮一人，何负尔家，竟遭屠灭若是！”
安帝更是无语，旁人也不敢答，此时琅邪王司马德文从坐榻上起身，拱手施礼道：“此岂我兄弟意邪！众臣为之。”
桓振又吼道：“晋杀我桓氏一人，我杀晋一双。”遂欲杀安帝与琅琊王，众人大惊，四处躲避，正危急之时，桓谦赶到，厉声喝止，桓振大哭，乃下马，敛容致歉，礼拜而出。
安帝拉住桓谦的手，眼泪扑簌簌往下掉，道：“无爱卿，命休矣。”桓谦跪下磕头道：“天命所归，何敢为之。”
闰五月六日，桓振为桓玄举哀，立丧庭拜祭，谥号为武悼皇帝。闰五月七日，桓谦等率群臣奉玺绶于安帝道：“主上法尧禅舜，德迈古今，惜天不假年，楚祚不终，百姓之心复归于晋，臣等率百官恭请陛下复位。”安帝遂再次即位，以琅邪王司马德文领徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史。桓振将安帝左右侍御，皆换为自己心腹之人，监视安帝动静。 桓振字道全，少果锐无行，桓玄因此不以子侄相看待，曾任其为江夏相，因其凶横而罢黜。至是，桓振掌权，回首往事，不禁长叹，自言自语道：“公昔不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定也。今我独守孤城，将安归乎？”
桓振觉前路迷茫，遂纵情酒色，肆行诛杀。桓谦觉桓振意志消沉,于是劝道：“道全，今我手握天子，挟之以令天下，莫敢不从，你可整军东下，我固守根本，大业可成。”
桓振素来轻视桓谦，笑道：“叔父曾拥数万之众，与刘裕千人战，一战而失建康，再战失江州，三战而没荆州。我若东出，江陵一旦不保，死无葬身之地也。不若以逸待劳，乘其疲敝而胜之。”
桓谦闻言，张口结舌，悻悻而去。
刘毅等闻江陵复为桓振所占，大惊失色，急忙向荆州进军，军至巴陵，一战而诛王稚徽。何无忌、刘道规另率一路大军进攻桓谦于马头（湖北公安），桓蔚于龙泉（江陵北面），皆破之。桓蔚，桓温兄弟桓秘之子，桓玄族弟。何无忌欲乘胜直取江陵，刘道规见其有轻敌之意，便劝道：“用兵之道，屈伸有时，不可冒进。诸桓世居西楚，群下皆为竭力。桓振勇冠三军，难与争锋。不若息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”何无忌闻言，有些不悦，道：“道则前当桓玄数万之众，何其勇也，今桓振小辈，又是无头之蛇，惊弓之鸟，何其怯也。君若不战，退后无妨，看我如何破敌。”遂不从，刘道规无法，只得随之进兵。
桓振迎战晋军于城西灵溪，命老将冯该埋伏于附近的杨林村。桓振孤注一掷，与晋军杀得难解难分，正酣战之际，冯该率军从旁杀出，晋军一路苦战，在江陵城下实成强弩之末，此刻见伏兵四起，终于支撑不住，大败而逃，死者千余人，何无忌收集残兵，退还浔阳。刘毅见何无忌东走，孤军不敢停留，只得也撤回浔阳。
刘毅是东征主帅，此番虽是何无忌遭遇败绩，他负主责，遂上表请罪。刘裕以刘毅节度诸军，指挥失当，免其青州刺史，自任之。
桓振声势复振，遂占据荆襄，以桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。 初，在桓玄败退江陵之时，毛璩即传檄远近，列玄罪状，遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之等率军攻击桓希，桓玄不知，乃谋奔汉中。
未几，柳约之等人击破汉中，杀死桓希，率众回军驻扎白帝城，毛璩乃自领梁州刺史。武陵王司马遵闻之，下令书于毛璩道："益州刺史毛璩忠诚体国，自桓玄启祸，常思蹑其后。今若殄灭凶逆，肃清荆郢者，便当即授上流之任。”
毛璩见书大喜，会桓玄死，遂遣柳约之、罗述、甄季之等，自白帝城进军，欲夺江陵，至枝江，闻何无忌等大败于灵溪，诸将自忖不敌桓振，亦引兵退，俄而罗述、甄季之皆病重，桓振率军追来，柳约之无奈，率军投降桓振。未几，柳约之欲谋袭桓振，事泄，桓振杀之。柳约之司马时延祖、涪陵太守文处茂收其余众，退保涪陵。桓振遣桓放之为益州刺史，屯兵西陵。文处茂率军出击，大破之，桓放之无奈退保江陵。
刘容领青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌等虽败退，赖以复振。桓玄兄子桓亮自称江州刺史，率兵入寇豫章（江西南昌），刘敬宣领兵击破之。刘毅、何无忌、刘道规在浔阳休兵数月，待到元气恢复，十月，复自浔阳西上，军至夏口（今湖北武汉）与桓军相遇。桓振遣镇东将军冯该守东岸，扬武将军孟山图据鲁山城（今武汉汉阳区），辅国将军桓仙客守偃月垒（今武汉武昌区），众合万人，水陆相援。
刘毅与众将商议，刘毅自领一军攻鲁山城，刘道规率军攻偃月垒，何无忌率船队扼守中流，与冯该相敌。发令完毕，刘毅环顾诸将，面沉似水，道：“今日一战，务求全歼，以雪前耻，倘有迁延，有如此案。”说罢，抽出腰中宝剑，刷一下将案几砍下一角，众将皆惊，拱手道：“不胜者，愿从军法。”
众人整军与桓军大战，自晨至午，二城俱溃，生擒鲁山图、桓仙客，冯该正与何无忌杀得难分难解，闻二城已失，不得以败走石城（湖北钟祥）。
十二月，刘毅等进克巴陵。刘毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕因刘毅功复任其为兗州刺史。
义熙元年，（公元405年）春，正月，刘裕命南阳太守扶风人鲁宗之起兵南下奔袭襄阳，雍州刺史桓蔚不防，败走江陵。
正月初七，刘毅等诸军已至马头（今湖北公安），逼近江陵。桓振被迫挟持安帝出屯江津（湖北沙市），欲求一战，刘毅坚守不出。桓振无奈，遣使求和，如刘裕愿割江、荆二州，则桓氏奉送天子，两家相安无事。刘毅闻言，仰天大笑，与来使道：“桓氏即归位于晋，则为晋臣，岂能以晋帝为质，求割荆、江，此岂是为臣之道。若桓振自缚来降，毅可上表求情，或赦其罪。”
使者无奈，返营据实以告，桓振闻言大怒，聚众来攻，被刘毅击退。
正月初九，鲁宗之击破桓振部将温楷于柞溪（江陵北二十里），进屯纪南（江陵北）。
桓振与众将商议道：“我方今腹背受敌，刘毅军深沟高垒，急切难破，鲁宗之数战数胜，必然骄狂无备，我自领兵北上击破之，你等保守根本，不可浪战。”遂留桓谦、冯该守江陵，桓振引兵北上与鲁宗之战，鲁宗之一路南下，未逢劲敌，见桓振军兵少，更加轻敌，军伍不整，桓振亲执长槊冲阵，余众跟进，鲁军不敌，遂大破之。
刘毅闻桓振北上，遂立刻率军出击江陵，桓谦闻刘毅军至，命冯该出兵迎敌，冯该苦劝道：“都督命我等固守江陵，不可轻出，侍中何不从命？”
桓谦大怒道：“我为中枢，且为其长辈，尔安敢轻我？”说完，拔剑欲砍冯该。
冯该无奈，只得率军出征，与刘毅等相遇于豫章口（江陵东南），刘毅率军与冯该大战，何无忌率船队出其后，两下夹攻，冯该大败，败军直退入江陵城，刘毅率军紧追，江陵遂陷，桓谦见势不妙，弃城而走。
刘毅等人杀入江陵，来至府衙，见堂上孤坐一人，正是桓玄谋主卞范之，卞范之见到刘毅等人，喝道：“希乐，快来取我头，送你大功一件。”
刘毅挥剑一指道：“卞范之，陛下何在？”
卞范之指了一指后堂，道：“桓公，桓公，我终不负你。”遂引颈受戮。
斩了卞范之，刘毅等忙到后堂拜见安帝与琅琊王，安帝见到刘毅，只是垂泪，口不能言，琅琊王叹道：“几不复见卿。”
刘毅等人忙跪拜于地，口称：“臣等救驾来迟，死罪，死罪。”赶忙奉驾于楼船之上，礼仪粗备。
桓振大破鲁宗之军，追出数里，闻江陵被攻，大惊道：“若根本一失，我等死无葬身之地也。”遂引军还，及至城下，望见火起，知城已陷，顿时心如死灰。
刘毅立于城墙之上，见到桓振，喝道：“桓振，还不下马受缚，留你全尸。”
桓振也不搭话，命手下驾云梯攻城，刘毅大呼道：“江陵已陷，尔等妻儿老小皆在城中，还不快快投降，好一家团聚。若有斩桓振者，赏金千两，封万户侯。”
桓振闻言大惊，拨马便逃，其众皆溃。后桓振逃至涢川，宁朔将军张畅之、高平相刘怀肃自沔攻桓振，桓振只好避走之。刘怀肃又奔袭石城，斩冯该及其子冯山靖。
刘怀肃为刘裕表兄，初为刘敬宣宁朔将军司马，东征孙恩，有战功，又为龙骧司马、费县令。闻刘裕在京口起义，弃县来奔。京口平定后，为振武将军刘道规司马，西平桓玄，屡立战功。
荆州刺史司马休之闻江陵克复，从建康赶到江陵赴任。
正月十三日，安帝下诏以军国大事悉委冠军将军刘毅处置。 正月十六日，安帝又下诏大赦天下，改元义熙，惟桓氏不赦，但因桓冲忠于王室，特赦其孙桓胤，不加追究。另以鲁宗之为雍州刺史，镇襄阳。毛璩为征西将军、都督益、梁、秦、凉五州诸军事、毛璩弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。
三月，桓振闻江陵空虚，自郧城奔袭江陵，荆州刺史司马休之无备，江陵复陷，逃奔襄阳。
桓振自称荆州刺史。建威将军刘怀肃闻变自云杜（今湖北京山县）驰赴江陵，日夜兼程，七日而至，与桓振军战于沙桥（江陵城北）。
桓振勒兵三万，旗帜蔽野，跃马横矛，躬自突阵，前秦太子苻宏劝道：“将军宜在后观阵，我等当冲锋突阵。”
桓振大声喝道：“你我皆国破家亡之人，不死阵前，有何面目见先人于地下。”
苻宏无言，只得率众与桓振冲向晋军，桓军攻势大盛，流矢伤刘怀肃额头，众惧欲奔，刘怀肃手擎大旗，瞋目喝道：“敢退此旗后一步者斩。”遂摇旗呐喊，晋军士气益壮。
两军呈胶着之际，刘毅遣广武将军唐兴助之，于是桓军大败，晋军阵斩桓振，复取江陵。江陵既平，司马休之回镇，执刘怀肃手泣道：“无子之力，我无所归矣。”
刘怀肃谦让道：“幸赖祖宗神明护佑，江陵才失而复得，怀肃岂敢贪天之功。”
刘毅遣兵四出，平定荆州桓氏余党，苻宏后为檀祗所灭。桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷等皆投奔后秦。