转录组分析笔记（3）数据下载

1. GEO数据库格式

   
   
   

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参考的文章
AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

网址：https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/

一个一个文件下载
wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR3589959/SRR3589959.sra
多个文件下载
for ((i=61;i<=62;i=i++));do wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra ;done

比对： HISAT2法

1. 安装HISAT2

conda install hisat2

2. 比对

hisat2 -t -x ref/index/hg19/genome -1 SRR3589954_1.fastq -2 SRR3589954_2.fastq -S aligned/SRR3589954.sam

解读：

A. 命令行目录 ./

B. Hg19目录 ref/index/hg19/genome

C. Hg19下载与解压缩

axel ftp:

tar -zxvf hg19.tar.gz

D. RNA-seq Data: ./

E. 注释 -t 记录时间 -x hg19 index文件目录

-1 -2 测序的两个fastq文件 -S 输出文件路径

内存使用情况

图片1.jpg

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