节节麦基因组数据使用和下载

昨天Neal推送的Nature文章只提了第一作者信息（

原文中此处为链接，暂不支持采集

），忘记提每篇文章的灵魂人物了，即通讯作者，Neal让我说声抱歉。通讯作者在一个project的地位是毋庸置疑的，本文通讯作者有三位，约翰霍普金斯大学医学院的Steven L. Salzberg,乔治亚大学的 Katrien M. Devos和加州大学戴维斯分校的Jan Dvořák。

我们测基因组主要还是拿来用，所以后续工作必不可少，这里尽可能列出了这个版本基因组所能找到的数据，汇总在这里供大家下载。

1、RNA_seq测序数据

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB23317

2、Jbrowse

http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/jbrowse/index.html?data=Aet%2Fdata%2F&loc

Jbrowse的用法我们前边介绍过不少，可以参考下面文章里的介绍。可以下载某一区间内的基因序列（区间长度要小于500kb），可以下载某一区间甚至整条染色体上的基因信息。

原文中此处为链接，暂不支持采集

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3、参考基因组序列

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=CM008368:CM008374[PACC]

4、基因组在线blast

http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/blast.php

也可以在NCBI上进行blastn

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGETYPE=BlastSearch&LINKLOC=blasthome

这个方法我们以前介绍过了，可以参考这里（

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）。简单说一下，首先需要本次project号 PRJNA341983，将该号码填在如下图所示的地方（选择弹出的那条信息），注意红圈标出的地方。

点击blast即可。

5、基因组的基因注释信息（gff3）

此文件也可以在jbrowse里下载，这里放在百度云上。

链接: https://pan.baidu.com/s/1geOIf7t 密码: cc19

6、转录本，CDS和蛋白序列下载。注意，序列根据其提供的gff3文件提取。

链接: https://pan.baidu.com/s/1geOIf7t 密码: cc19

7、基因功能注释

没有找到官方的数据，给出节节麦与TGACv1版本基因的比对信息，这样就可以查看TGACv1的功能注释信息即可。基因数目较少的话也可以blastp。

https://images.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature24486-s3.xlsx

8、1762个抗病基因信息

https://images.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature24486-s4.xlsx

9、官方网站

http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/data.php

10、SSR查询

http://develop.omicsspeaks.com/ssrdb/db

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暂时就这些，欢迎小伙伴补充

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