本文用简明的样例，介绍如何使用Markdown和自动化工具帮你处理数学公式、参考文献引用、图片交叉索引等学术论文写作中常见的棘手问题。快来试试吧。
苦恼
自从我学会了如何在数字文档上用红笔写写画画，跟学生合写文章和指导毕业论文的工作就变得轻松多了。
有的部分，学生会很快改完反馈给我。但是我发现每次对引言和文献综述部分做出调整要求，学生们的反馈都非常慢。
有的时候，学生甚至会求饶，“老师，参考文献顺序能不能不动？或者全文都确定下来再统一做？每次调整一个，就需要很长时间！”
我一时惊愕，为什么需要那么久？
后来才明白，他们居然是在word中一条条手动插入尾注，来引用参考文献的。尾注的内容有的直接搬过来，有的手动输入，结果参考文献列表的格式“丰富多彩”——有的信息不全，有的格式根本就不符合GB/T 7714-2015的规范。
在我的帮助下，许多学生学会了使用NoteExpress, Endnote, Zotero和Mendeley等工具，用自动化方式管理和引用参考文献。
但即便是这样，效率依然不够高。尤其是跟别人协作的时候，参考文献引用的修改就成了噩梦。
你可能需要每次都把Mendeley或者Zotero的文献库同步给对方，否则自动生成的引用标记就容易乱掉。
写作学术论文时，你还不得不时常面对图表交叉引用、数学公式和脚注等问题。如果方法不当，会把宝贵的时间和注意力耗散掉，劳而无功。
Word编辑器用来写学术论文，可能真的并不是最优方案。
但是没办法，国内学术界，尤其是人文社科领域，目前投稿模板还主要是Word的。
好消息是，即便是形成Word文稿，效率也是可挖掘的。
我平时写作学术论文的时候，用的依然是让人喜欢的标记语言——Markdown。对，你没听错，它不光可以帮你写公众号、做幻灯，也可以写论文哦。
通过本文，我把自己用Markdown写作学术论文的流程分享给你。希望看过之后，能帮助你提升效率，带来更多愉悦的写作体验。
方案
我的方案，是采用Markdown来写作内容。然后用文档格式处理界的瑞士军刀Pandoc，把内容转换成Word格式。
Pandoc实在是黑科技。我曾经用它给你演示了如何把思维导图秒变成幻灯。还记得其中这张图吗？
图中每一个节点，都是Pandoc支持的一种文档格式。Markdown, Docx, PDF, LaTeX, ePub, HTML …… 基本上涵盖了我们常见的发布格式需求。
一次写作，多种格式发布。听起来是不是很兴奋呢？
要使用这一方案，我们需要安装一些必要的工具。这就开始吧。
环境
我们需要安装以下几样东西：
- Python 运行环境；
- Pandoc；
- Atom编辑器；
- 样例文件夹。
下面我们一一介绍安装方法和注意事项。
Python环境
我们的演示中，需要用到pip等Python环境工具。最简便的方法是安装Anaconda套装，这样就不必对各种组件一一手动调整安装了。
请到这个网址 下载最新版的Anaconda。下拉页面，找到下载位置。根据你目前使用的系统，网站会自动推荐给你适合的版本下载。我使用的是macOS，下载文件格式为pkg。
下载页面区左侧是Python 3.6版，右侧是2.7版。请选择2.7版本。
双击下载后的pkg文件，根据中文提示一步步安装即可。
Pandoc
请到这个网址下载Pandoc。
根据你的操作系统，下载对应的版本。我在macOS下，需要下载其中的pkg扩展名安装包，双击安装。
为了处理图形的交叉引用，我们需要添加一个pandoc插件。
在终端（macOS, Linux）或者命令行（Windows）下，执行：
pip install pandoc-fignos
正常安装后，pandoc就算准备好了。
Atom编辑器
请到这个地址下载Atom编辑器。网站会根据你的操作系统，自动找到对应的版本供你下载。
因为我用的是macOS，所以这里网站提供的是苹果版本Atom。
下载之后，安装运行。然后你需要安装1个插件，帮你预览Markdown，叫做markdown-preview-enhanced。
安装方法如下：
使用Cmd + ,呼叫配置菜单。注意我这里说的是苹果系统macOS上的操作。如果你用的是Windows，请把所有出现的Cmd按键替换为Ctrl按键，或者查阅帮助文档。
选择左侧边栏的最后一项+号，用于安装新的插件。
在搜索框中输入该插件的名字：markdown-preview-enhanced，点击搜索结果中该插件的Install按钮。
很快，插件安装好了。
这样，我们就可以实时查看Markdown的预览效果了。
样例文件夹
我专门为这篇教程，准备了一个github项目。
请从这个位置，下载压缩包，之后解压。
把其中的demo.md文件拖动到Atom编辑器中，就可以正式开始我们的探索之旅了。
基础版本
Atom编辑器里，demo.md文件显示如下。
左侧是Markdown源代码，对应的预览效果在右侧显示。
这里我们只包含了最简单的文本和图片。图片在我们刚刚下载文件夹的/assets子目录中。
到终端下，采用cd命令进入咱们的演示文件夹（我的在~/Downloads/demo-scholar-markdown-docx-master），执行：
pandoc demo.md -o demo.docx
可以看到，当前文件夹下，生成了demo.docx文件。
打开Word文件，内容是这样的：
基础版本的格式转换，就是这么简单。下面我们就要添加一些内容，让文稿变得愈加有学术色彩。
数学公式
我们尝试插入数学公式。
在Markdown下，可以直接使用LaTeX数学公式。你只需要负责键入符号，Pandoc负责将其转换成漂亮的公式显示在Word中。
如果你对LaTeX数学公式的输入不是很熟悉，不要紧，这里有个小抄（cheatsheet），你可以参考。
我们打开demo-math.md，可以看到这次除了刚刚的内容，还增加了一个新的部分，叫做“数学公式”。
内含一个经典物理学公式，还有相应的变量解释。
在右侧预览区里面，我们看到了公式预览的效果。
回到终端下执行：
pandoc demo-math.md -o demo-math.docx
这次生成的docx文件如下图所示：
转换后的word文件里，不论是独立公式，还是行内数学符号，都显示正常。
脚注
写学术论文的时候，经常需要加入脚注。例如在首页需要添加作者和基金支持信息之类。咱们也尝试在本部分加入对应内容。
打开demo-footnote.md，对比一下添加了哪些信息。
脚注用[^1]来表示。内容用同样的符号，后接冒号，然后填写具体信息。
这次的预览中，我们看到了脚注的标注，但是脚注内容哪儿去了？
别担心，拖拽右侧的预览窗口，我们就能看到脚注了。
但是转换成word后，这脚注还在第一页吗？
我们到终端下，执行pandoc命令：
pandoc demo-footnote.md -o demo-footnote.docx
脚注如同我们需要的那样，显示在了首页底部。本部分测试成功。
文献引用
下面我们进入关键阶段——文献引用了。
我们打开百度学术，找几篇跟大数据特性相关的文献。
键入检索主题词“大数据+3V+5V”，搜索后的结果如下：
点开第一篇，我们看看内容。
页面下方有全文链接，我们选择知网。
点击PDF下载，查看全文。其中包含以下内容，跟咱们这篇文稿的主题相关。
我们决定引用这篇参考文献。
回到百度学术的页面，点击引用按钮。
在弹出页面中，点击下方蓝色的“BibTex”。
如上图所示，该文献的Bibtex信息就是这样的一段文本。我们将其拷贝下来，存储到.bib文件里。
依此类推，我们再下载其他两份文献的Bibtex信息。
你可以打开演示目录内的myref.bib文件查看，内容如下图所示：
下面我们就要引用这些文献了。
打开demo-citation.md。
引用的时候，我们使用Bibtex中每条文献信息大括号内的第一个字段，前面加上@符号，用方括号扩起来。需要引用多条文献的时候，在方括号内，对不同文献标记用分号区隔。
我们很容易就发现，参考文献的预览信息是不正确的。
下面我们看看Pandoc能否帮助我们将其转换成为正确的Word内容。
注意这次需要使用的参数比较多。因为我们不光需要指定参考文献的格式，还得告诉Pandoc，参考文献数据存储在了哪里（myref.bib）。
pandoc --filter pandoc-citeproc --bibliography=myref.bib --csl=chinese-gb7714-2005-numeric.csl demo-citation.md -o demo-citation.docx
打开转换后的word，看看效果。
Pandoc正确地帮我们把文献的引用标记信息转换成为了上角标，根据出现的顺序自动编排序号。对于多个文献的引用情况，也做了对应的处理。
参考文献列表呢？
我们翻动页面到文末。
参考文献列表已经根据GB/T 7714-2015的规范自动生成。
将来无论是对文献引用作增删、移动、修改，都可以通过执行上面的一条命令自动更新。非常方便。
图片引用
写作长篇学术论文（例如毕业论文）时，图片可能会有很多。引用起来如果手动编号，将来插入新的图片，就得手动重排许多后续内容，很麻烦。
下面我们尝试在Markdown里插入图片标题，并且在文中作交叉引用。
请打开demo-figref.md，内容如下：
注意这里图片使用时，加入了一些新的信息。前面的方括号里面，加上了图标题；后面的大括号，使用#fig:id的方式，加入了图的标记。
引用的时候，采用{@fig:id}的方式，分别引用每个图形。
注意右侧的预览区，图标记都是原封不动显示的。
为了能够让图片引用的时候使用“图”，而不是“Figure”，我们在文件首部插入4行内容：
---
fignos-cleveref: On
fignos-plus-name: 图
…
预览中，这部分也出现在了文章首部，很难看。
我们执行以下的pandoc命令，注意此次加入了图片引用处理要求。
pandoc --filter pandoc-fignos --filter pandoc-citeproc --bibliography=myref.bib --csl=chinese-gb7714-2005-numeric.csl demo-figref.md -o demo-figref.docx
这次生成的Word里面，图片自动加上了编号。
第二张图，序号也符合我们的预期。
注意，目前这个图片自动编号的功能对于中文支持还有些问题。例如标题中依然显示为“Figure”，而非我们想要的“图”。不过我们只需要调整替换图标题即可，所有的引用都是正常的。
如果你的学术论文里面有数十或上百张图片，你会立即体会到这种引用方式的好处。
小结
本文我们用一个最小化的样例，介绍了如何在学术论文写作时，利用Markdown和Pandoc处理以下格式信息：
- 数学公式；
- 脚注；
- 文献引用；
- 图片引用。
此时再来看我们生成的Word文稿，已经变成了这个样子：
是不是很有成就感呢？
举一反三，你也�可以把这些技巧和方法应用于其他学术文稿的写作中，它们包括而不限于开题报告、结项报告，甚至是科研项目申请书。
希望这些展示，能对你写作学术文稿效率的提升，起到促进作用。
讨论
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