分子生物学数据库和软件

核酸数据库
EMBL Database	欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。
GenBank	美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
DDBJ	DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。
HIV Database	HIV序列数据库。
IMGT	ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。
dbEST	序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。
BERLIN	5S rRNA 数据库。
EPD	真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）
蛋白数据库
SWISS-PROT	SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系（the Department of Medical Biochemistry of the University of Geneva ）与EMBL（European Molecular Biology Laboratory，欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。直接下载Swiss-Prot蛋白数据库41版，压缩版，85.7M。英文用户手册及中文用户手册20K, 文本文件格式，希望对大家使用SWISS-PORT数据库有所帮助。均已放在生物软件光盘5中。
PIR	PIR（Protein Identification Resource）蛋白序列鉴定数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。
PDB	Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。
PROSITE	蛋白特征序列字典。
ENZYME	蛋白酶数据库。
REBASE	限制酶数据库。
HSSP	同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。
BLOCKS	蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。
KABAT	具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。
OMEGA	蛋白结构信息数据库（protein structural information）。
TMBASE	跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。
基因组数据库
gdb	人类基因组数据库。
DICTYDB	盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。
EcoGene	大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。
FLYBASE	果蝇（Drosophila ）基因组数据库。
MAIZEDB	玉米基因组数据库。
SGD	酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。
STYGENE	沙门氏菌（Salmonella typhimurium ）LT2基因组数据库。
SUBTILIST	纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。
WORMPEP	蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。
其它数据库
ECO2DBASE	大肠杆菌（Escherichia coli）基因-蛋白两维凝胶数据库。
GCRDB	G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。
MIM	MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。
PHDP	放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。
AARHUS/GHENT-2DPAGE	人角质化细胞（keratinocyte ）两维蛋白凝胶数据库（Aarhus and Ghent universities）。
SWISS-2DPAGE	日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。
TRANSFAC	转录因子数据库（Transcription factor database）。
YEPD	酵母电泳蛋白数据库（ Yeast electrophoresis protein database）。
SRPDB	信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。
EMP	酶和代谢途径数据库（Database of Enzymes and Metabolic Pathways）。
中国微生物资源数据库群	中国微生物菌种目录数据库、 经济真菌多媒体数据库 、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、微生物物种编目数据库、国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点、国际核酸序列数据库(DDBJ/GenBank/EMBL数据库)、国际微生物性状编码数据库、弧菌编码鉴定数据库、培养基数据库、亚洲石耳数据库、真菌新种数据库

生物芯片
ScanAlyze 2.51	5.6M。进行微阵列荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。使用手册，1.3M，PDF格式，源代码，520K。原始网站。
Cluster 2.20	5.2M。对大量微阵列数据组进行各种聚类（Cluster)分析与其它各种处理的软件，使用手册，290K。原始网站。
TreeView 1.60	5.2M。用图形来显示Cluster软件分析的结果，用来发表。英文使用手册，290K，PDF格式。程序源代码，338K。原始网站。
AMAD 1.01	2.4M。专门设计用于微矩阵的数据库，在支持Perl语言的Web服务器上使用。使用帮助见原始网站。
ArrayMaker、v1.8.8升级文件	2.3M与960K，美国stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档，估计不能单独使用，也可做一个参考。升级文件直接覆盖同名文件便可。需先安装jogger，1.9M。相关帮助文档1与2，900K与100K，PDF格式。原始网站。
J-Express pro 2.5	25M，是一个用JAVA语言写的应用程序，用来分析微阵列（microarray）实验获得的基因表达数据。需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行，使用手册，PDF格式，4M。原始网站。
ArrayVision 8.0 R4 Demo	117M。是一个用来方便定量基因表达阵列分析的软件。它提供了快速、自动分析阵列图像的方法。此为Demo版，可免费全功能使用28天。注意：只能在NT或者Win2000/Win XP下使用。安装序列号：ademo80r40。正式版：6900美元。原始网站。
IconoClust 2.2 Demo	12M，30天全功能演示版。专用微阵列图像分析软件。正式版420欧元。原始网站。
clusfavor 6.07	2M。对微阵列数据进行聚类分析（cluster）并将图形存储成发表质量的JPG格式图形软件。英文使用手册。原始网站。
GeneCluster 2.0	19M，进行聚类分析（cluster）软件。原始网站。
MAExplorer Version 0.96.34.01	14.5M，是一个基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件，用来帮助发现和癌症、疾病相关的调节基因，可进行各种微阵列数据分析工作，直接链接到网上的各种基因组数据库。使用手册，4.7M。原始网站。
FreeView和FreeOView	176K，基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能，源代码，64K。需要安装JRE和 Java Advanced Imaging (JAI) version 1.1。原始网站。
dchip 1.3	1.2M。DNA芯片分析软件，似乎是两个华人开发的软件，最好在WIN2000下运行。使用手册，PDF格式，530K。原始网站。
SAM 1.21	24.5M。Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，Stanford大学编制，如果无法下载，请去原始网站自行注册下载。原始网站。
BRB-ArrayTools 3.2	34.4M，显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。使用手册，870K。原始网站。
Pusamen 1.0	3M，微阵列数据管理和分析中文软件，经作者授权，在生物软件网发布。原始网站。
AMADA 2.0.7	5.5M，是Analysis of Microarray Data的缩写，是一个集成软件，用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据。程序界面类似EXCEL,进行数据转换、主要组成分析、各种聚类分析与图形显示功能。香港大学Xia Xuehua所著。原始网站。
DNA_MAP 1.0	8.2M，分析显示微阵列(Microarray)数据软件。原始网站。
Gal File Maker v1.2	1.2M。数据转换软件，将96孔板文件转换为384孔板文件，将384孔板文件转换为GAL文件（Axon GenePix Gene Array List file）。原始网站。
Array-A-Lizer 1.03	3.3M，DNA阵列实验结果快速分析软件。在对数据进行进一步分析前，用来快速确定DNA阵列实验数据的质量。源代码，3.6M。原始网站。
cluster 3.0	700K，日本学者编写的cluster软件的增强版，增加了K-Means算法，以寻找最佳聚类结果。原始网站。
ExpressionSieve Lite	1.3M，微阵列数据分析与显示软件包简化版，JAVA语言写成。原始网站。
GenePattern 1.2.1	140M，MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台，除了进行微阵列分析以外，还可以进行多种数据分析、共享数据，并能以单机或者联机模式运行。原始网站。
GenMAPP 2.0	30M，(Gene MicroArray Pathway Profiler)的缩写，将基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件，以图形形式显示以体现生物学途径或者是基因的分组，原始网站。
MADAM v4.0	57M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MicroArray DAta Manager的缩写，微阵列数据管理器，用来将数据输入为交互数据库格式，并对数据进行管理。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，700K，演示幻灯片，PPT格式，3.4M。原始网站。
Spotfinder v3.0 beta	6.4M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。快速分析微阵列图像工具软件，定量化基因表达结果并输出为TAV格式、EXCEL格式或数据库格式。使用手册，PDF格式，700K。演示幻灯片，PPT格式，4.2M。原始网站。
MIDAS 2.19	9M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。微阵列数据分析系统，Microarray Data Analysis System的缩写，除了以直观的图形显示所处理的数据，还对各种微阵列数据进行标准格式转换，输出格式为TAV格式。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，1.7M。演示幻灯片，PPT格式，4.8M。原始网站。
MeV v3.0.3	31M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MultiExperiment Viewer的缩写， 通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、统计、显示、分析。使用手册，PDF格式，7M。演示幻灯片，PPT格式，1M。原始网站。
TreeArrage	310K，对微阵列表达数据进行重新排序和聚类分析软件。如果无法下载，请自行到原始网站注册下载。原始网站。
Java Treeview 1.0.8	1.5M，一个开放源代码的微阵列数据显示软件。Java语言写成。原始网站。
EXPANDER 1.2.1	3M，(EXpression Analyzer and DisplayER)的缩写。基因表达与显示软件包。用JAVA语言写成，可对微阵列数据进行聚类分析、显示及处理。原始网站。
OligoArray 2.1	8.6M。用于基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件，原始网站。

在线生物资源
BIOSCI/bionet	WWW界面的生物学新闻组，直接用浏览器观看便可，类似于论坛与BBS。生物学的各个学科，均可以找到相应的新闻组。我便常常到Biosoft新闻组查看。还可以使用检索功能。
ATCC	美国菌种保藏中心，又称美国模式菌种收集中心(ATCC)，是位于马里兰洲洛克菲勒的一家私营的，非赢利性组织。目前它可以提供以下物品：细胞系（3000种）；细菌和噬菌体（15000种）；动植物病毒（2500种）；原生动物 1200种以及重组物品等。
CMBO	细胞与分子生物学在线（Cell and Molecular Biology Online）。提供了大量与之有关的资料与链接。
EBI	欧洲生物信息研究所(the European Bioinformatics Institute)，著名的生物信息门户网站，提供与生物学有关的各种信息、数据库、软件工具、基因组等。是一个生物学工作者必去的网站。
ExPASy	(Expert Protein Analysis System)日内瓦大学分子生物学服务站，提供与蛋白有关的各种在线工具。该服务站允许你在Geneva大学提供的链接数据库中进行检索，如Swiss-Prot，Prosite, Swiss-2Dpage，Swiss-3Dpage, Enzyme, CD40Lbase, SeqAnalRef以及其它参照数据库如EMBL/GenBank/DDBJ，OMIM，Medline, FlyBase, ProDom，SGD，SubtiList等。在该服务站中可以进入其它分析工具，以达到确定蛋白质的目的。比如分析蛋白质的序列以及高级结构。ExPASy同时提供许多用于这方面查询的文件，并与其它站点相连接。
Genamics	非常棒的分子生物学与生物化学资源站点，包括软件(在线与离线软件)搜索、期刊搜索、基因组搜索、书籍搜索等。如果你没有在我的网站找到你需要的软件，可以直接到这个网站查询，只要有，一定能找到。因为它是最全的。
NCBI	美国国立生物技术信息中心（The National Center for Biotechnology Information），分子生物学信息中心，网站设立公共数据库，开发软件工具分析基因组数据，提供了大量与基因、蛋白序列有关的信息与文献资料。是一个生物学工作者必去的网站。
NLM	美国国立医学图书馆（The National Library of Medicine）。世界上最大的医学图书馆，提供著名的MEDLINE文献检索。PubMed检索中文使用手册，174K。
美国专利	提供美国专利的检索与全文下载。变更网址后，下载全文需要收费了。好在有欧洲专利局的免费全文检索。
欧洲专利	提供欧洲与美国专利的检索与全文下载。如果它再收费，我们怎么办？
中国专利	中国专利信息检索系统，提供中国专利的检索与全文下载。
Virtual Library: Biosciences	生物科学虚拟图书馆。分类详细，可以各取所需。
BCM Search Launcher	提供了基于INTERNET常用的与分子生物学有关的分析与研究在线工具连接，只需到其网页，便可直接使用各种在线工具，方便了研究人员的使用，非常棒。工具集包括核酸序列查询（Nucleic acid sequence searches ）、蛋白序列查询（General protein sequence/pattern searches ）、Species-Specific protein sequence searches 、多序列排队（Multiple sequence alignments ）、Pairwise sequence alignments 、基因特性查询（Gene feature searches）、序列工具、蛋白序列二级结构预测（Protein secondary structure prediction）。在网上使用在线工具，从此网站出发，再好不过，当然从我的网站出发也不错。
巴斯德研究所	法国巴斯德研究所是著名微生物、分子生物学研究所。该所网站提供了一个生物学方面的分类索引，BioNetbook，可以分类索引，也可用关键词搜索，非常好，是生物学方面的YAHOO,各种资料很丰富，大家一定要去看看。
BIOMEDNET	生物医学网，是生物学与医学研究者的网上社区，免费注册，内容包括新闻，检索，在线杂志，生物学资源，学术期刊等，但部分服务为收费服务。
人类基因组草图 NCBI草图	可查人类基因组顺序工作草图。
最常用分子生物学在线分析工具集合	最常用分子生物学在线分析工具集合的网站，由FOX推荐，大家试试。
英能期刊图书馆	万方数据开始收费，这个网站是一个不错的选择。
期刊网	“期刊网”是悠游网与中国科技部西南信息中心，重庆维普资讯公司联合推出的中国最大最权威的中文期刊咨询网站，是《中文期刊数据库》与悠游网智能中文搜索引擎的完美结合。本网站数据库中的文献是中国科技部西南信息中心重庆维普资讯公司十一年来辛勤耕耘的结晶，从1989年至今累计全文文献400余万篇，各种期刊达12000种。

在线核酸工具
RNA analysis	巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具。
Pattern Search and Discovery	巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具。
DNA sequence analysis	巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具。
Search Genes and Coding Regions	巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具。
Oligonucleotide Calculator	JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器。
解链温度计算器
BCM gene-finder	核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找。

在线蛋白工具
BCM Search Launcher	蛋白序列二级结构预测综合站点，从此出发，输入蛋白序列，可以根据需要，使用各种在线预测工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM，使用十分方便。
DAS	蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域。
TopPred 2	斯德哥尔摩大学理论化学蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测Topology prediction of membrane proteins在线工具
SOSUI	东京农业科技大学（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分类和二级结构预测在线工具。
PSIpred - MEMSAT2	本蛋白结构预测服务器允许你提交一个蛋白序列，进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测，并将结果用EMAIL提供给您。
HMMTOP	预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器
TMpred	预测蛋白序列跨膜区
TMHMM	预测蛋白的跨膜螺旋
The PredictProtein server	提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务
SMART	提供蛋白序列，在结构域数据库中查询，显示出其结构域及跨膜区等
SPLIT	膜蛋白二级结构预测服务器
PRED-TMR	提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务
CoPreThi	基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区
TMAP	提供预测蛋白跨膜片段的服务
multalin	蛋白序列对照服务器，比较几条蛋白序列的结构。
Protein Sequence Analysis	巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在线工具，绝对精选。
PSA	Protein Sequence Analysis 服务器为美国波士顿大学生物分子工程研究中心（the BioMolecular Engineering Research Center ）开发，提交氨基酸序列，预测二级结构及折叠区域。
PRS	EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸组成而非氨基酸序列顺序进行蛋白家族及各种特性预测的服务器，并将结果通过EMAIL发给您。
AAA	EMBL氨基酸分析服务器，与上一个服务类似，以氨基酸残基组成为蛋白分析基础数据，结合蛋白数据库进行分析。

在线综合工具
Biology Workbench 3.2 beta	由加州大学圣地亚哥分校国家计算科学与工程实验室提供的基于WEB的生物学工具。经免费注册后，可通过其服务器查询各种最常用的蛋白与核酸数据库，同时提供了各种常用的蛋白与核酸分析工具，并能进行序列排队。完成的工作可以在服务器上存储，供下次使用。主页上有一个使用教程，希望有人能翻译成中文造福大家。
SRS	巴斯德研究所提供的序列检索系统，从此出发，进行序列检索十分方便。
Structure analysis	巴斯德研究所提供的常用结构在线分析工具。
Phylogeny	巴斯德研究所提供的进化分析综合服务，包括了这个领域的常用在线工具。自己去看看有些什么吧。
Sequences Alignments and Comparisons	巴斯德研究所提供的序列排队与比较服务，集合了各种常用的排队与比较服务及在数据库中查找相关序列服务，包括:BLAST、FASTA、WISE、COMBAT、LASSAP等等等等，绝对能满足您的需要。
Sequence formats conversions	巴斯德研究所提供的各种序列格式转换与增减服务器。包括：READSEQ、FMTSEQ、CLUSTALW、sreformat、MVIEW、loadseq、cutseq、pasteseq。
EFETCH	巴斯德研究所提供的各著名数据库数据快速获得服务，给出EMAIL，选择数据库，提供条目名称或编号，快速获取数据。
sewer	200K。为数个HTML格式的页面，可下载后在线使用。是SEquence analysis using WEb Resources的缩写，将网上常用在线工具集合到几个HTML格式的页面，直接从此出发，便能非常方便地使用大多数网上常用的在线工具软件。我翻译成了中文，大家可试试生物软件网SEWER中文在线版。原始网站。
SMS	222K，为Sequence Manipulation Suite的缩写，是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合，常用的在线小工具，均包括在内，需要浏览器支持javascript，可以下载解压后离线使用。我提供了一个SMS中文翻译在线版，结果均以HTML文件格式输出。原始网站。

 

进化树分析
phylip95.exe	2 兆。 PHYLIP 3.572 用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白序列，限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。目前的版本为3.572。 原始网址。
TreeView 1.5	870 K。 Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。原始网址。
GeneTree	1.2 兆。 GeneTree是用来比较基因与种系进化树的程序。原始网址。
NDE 0.4.3	1.49 兆。 NDE是用来编辑NEXUS格式文件的程序，见上TREEVIEW。它只具有编辑功能，并不具有分析功能。原始网址。
TreeMap 1.0	122 K。 TreeMap用来可视地比较主、从进化树。原始网址。
Spectrum	730 K。 Spectrum 用来分析进化信息而不用将之转化为进化树。原始网址。

质粒绘图类
Plasmid Processor	240K 免费的绘制质粒图软件，由hoyoyo的生化软件下载专区提供。内含一个简单的中文说明文件。
Plasmid Processor Pro	320K 免费的绘制质粒图软件,与Plasmid Processor是同一个作者，既然是Plasmid Processor增强版，功能一定比Plasmid Processor有所增强。这是Alpha版,为99年1月的新版。
WinPlas Demo	1.3兆 一种质粒绘图软件商业版的演示版，比较好用，就是不能存盘，不能拷贝，不能打印（气死我了！）。我解决的办法是绘制好质粒图后，用Print Scrn键复制屏幕，粘贴到画笔选取绘制好的质粒部分，再粘贴到Word，麻烦得很，但也能用。不知哪位高手能破解了它，造福于我辈。谢谢Lhewen与Wnamn Manim的帮助,下载winplasCRK.zip 65K, 运行后,便拥有此软件的全功能。中文使用说明，43K，WORD97格式。
DMUP beta	220 K 质粒绘图软件测试版，可绘制环状质粒，并以BMP格式输出。

细胞生命游戏
cells.zip	30K 这是四川的一个高中生编写的细胞生命程序,模拟了著名的John Conway细胞生命模型,从中可以体会到生命的变化与死亡。非常棒。在程序运行窗口单击鼠标右键，可以打开对话菜单。
Life32	529K 这是目前运行最快的细胞生命程序,且功能非常多。其实细胞生命模型为一个数学问题，但我对它非常感兴趣。它不仅仅为数学问题，它是一个小宇宙，与我们的世界一样有着繁荣与死亡。
Life32起始图案	206K 细胞生命程序最有趣的地方在于各种有趣的起始图案。这些起始图案运行后，非常有规律，不像普通图案那样马上进入混沌状态，而是有各种奇妙的变化，希望对你有所启发，生成自己独有的有趣起始图案。
原始生命屏保	211K 原始生命屏幕保护程序模拟了几种微生物在阳光下生长与互相吞噬、长大、竞争的过程，你也可以用鼠标单击模拟雷电劈死强者，以帮助弱者。千变万化，绝无重复，有一次我在电脑前看了半个小时原始生命的世界。
PCR屏保	1.7 M 作为一个分子生物学工作者，电脑的屏幕保护总该有些自己的特色，让别人一看便知你是研究什么的。这个PCR屏幕保护程序在电脑上演示PCR过程，很有趣，就是太简单了些。直接运行即可。作者是个中国人，他主页上还有长城、巩俐的屏保，大家可以去看看。原始网址。
三维蛋白屏保	1.7 M 14种蛋白的彩色三维图片，让人赏心悦目。蛋白研究人员的第一屏保。
跳舞的三维分子屏保	645K 可加载MOL格式的分子文件，让你研究的分子在你的电脑上跳舞。生物或化学工作者的屏保。
疯狂的化学实验室屏保	465 K 分子们冲出三角瓶，在化学实验室中飞舞。

三维分子类
RASMOL 2.6	751K 观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。非常有名，巨棒！ RasMol 2.6 中文说明10K RasMol使用的简单中文说明,对RasMol的常用操作做了一个说明,肯定会对大家的使用有所帮助。 大家急需的PDB文件的检索下载中心。 自己提供蛋白序列,免费提供理论上的三维分子模型PDB文件:Swiss-Model。
CHIME 2.0	2兆, IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件,直接在浏览器中观看3D分子。不需RASMOL。
MolMol 2.6.0 MolMol 2.6.0帮助文件	405K 与 1.56M 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件，很漂亮的。只是要学会很麻烦，幸亏有完整的说明和教学文件。两个文件都要才可以用。原始网址。
raswin.exe	160k rasmol(win)2.7.0.1大家都用得很熟的rasmol新版本。点击此处看新增功能历史。windows版本说明文件rasmol.hlp102kb以及raswin.hlp85k。RasMol 2.7汉化完全版 316K 包括帮助文件的汉化。由hoyoyo的生化软件下载专区提供。
CrystInfo 1.0	626 K CrystInfo 1.0是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构。可以使用几个分子展示模式，并且根据内建的光线追踪算法，也可以使绘出的图像带光影效果，如阴影与反射效果。晶体的任何参数可以随意调整，可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型，并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数。英文使用手册 823 K。本来想完成手册的翻译，但实在没有时间，希望哪位同仁可以继续完成它，造福后来者。部分中文使用手册，106K,WORD97格式。
PDVIEWER	340 K, 观察三维分子PDB文件的程序。不如RASMOL，但也是一个选择。 原始网址。
Weblab Viewlite 3.5	3.3M, 3维分子浏览工具，是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro的简化版,免费推出， 但功能也十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试。99年7月底版本。数种格式的分子文件例子,698K,可以看看Viewlite 3.5的威力,真的很棒。 原始网址。

杂七杂八
Graph Paper 5.4.0.2	730 KB, 坐标纸打印软件，可打印出各种类型的坐标纸，包括：笛卡尔坐标、极坐标、三角坐标、六角坐标、对数坐标、平方坐标、平方根坐标等等。甚至可以做出五线谱图纸。非常棒，应人人备上这个软件。 原始网址。注册费，20美元。
DynaFit 3.28.024	4.8M，(生物)化学动力学与化学平衡计算软件。是用来分析化学动力学数据，酶动力学数据或配体-受体结合数据，进行非线性最小二乘法回归分析。需要在原始网站申请使用许可，对学术用户是免费的。使用手册，450K，PDF格式。 原始网址。
Migrate 1.7.6.1	600 K, 从遗传学角度，估算人口移民率程序。使用说明，800K。 原始网址。
arlequin 2.001升级文件	分别为6.8M和1.25M，包括JRE环境的完全版。人口遗传学软件,用来处理大量分子数据（DNA序列等）与传统的等位基因频率等数据。使用手册，1.13M。 原始网址。
FBAT 1.51	440K，是哈佛大学生物统计室编制的用于家族遗传相联检验的统计程序。使用手册，400K。原始网站。
GGT 02年10月版	1.5M，GGT是Graphical GenoTypes的缩写，图形化基因型表示软件。用于植物遗传学领域，可以以图形的形式表示分子遗传标记数据并进行统计分析。读取专门的GGT数据格式。使用手册，220K。原始网站。
CERVUS 2.0	367K。是使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件。用来计算等位基因频率，确定概率比临界值并分析动物和植物种群亲缘关系。原始网站。
Jarnac 2.0p5	3.8M，代谢过程模拟软件包，免费软件。使用手册，5600K，PDF格式，源代码，10M。原始网址
Gepasi 3.30	3.1M。是一个化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件。原始网站。
BCT 4.2	100K。微生物趋向性模拟程序BCT（The Bacterial Chemotaxis）4.2是一个基于文本形式的DOS程序，模拟了E.Coli在改变天冬氨酸（引诱剂）与镍离子（排斥剂）浓度时的适应性趋向反应。程序有多种参数可以选择，以文本格式输出。原始网站。
StochSim 1.0	3.1M。是一个多用途的随机生物化学反应模拟软件，它使用一个简单独特的算法，将粒子（例如蛋白、小分子或离子）作为一个独立的反应对象，根据浓度与速度来模拟生物化学反应，原始网站。
Map Manager QTX b20	800K，使用回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件。程序需要的DLL库文件，870K，以及使用手册，4M。原始网站。
Frozen Cell Stock Monitor	3,84M，90天免费版。是用来管理储存在液氮容器中的生物样品（例如细胞系、血清等等）的程序。有一个虚拟的容器，可以用来“储存”样品，并记录每个样品的位置、特性、数据、操作者等信息，还可与每个小瓶关联特别注释与照片，以帮助可靠地跟踪样品。可以方便地用任何数据检索储存的小瓶，并显示其储存的位置。程序还能记录小瓶复苏的信息，包括日期、操作者等等。 原始网站。
MICE	10 M，90天免费版。是一个虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件。程序有一个虚拟动物饲养设施，可以进行所有实际饲养中的操作，包括收到动物，喂养等等。每个动物记录了所有相关信息，包括生日、笼号、识别号，tail analysis number，父母、遗传状态、遗传背景等等，可以进行有效跟踪。原始网站。
DBsolve 5.02	3.9M，代谢及酶-受体结合模拟软件。原始网站。
boxit 2.0 DEMO	14.4M，是一个易于使用的关系型数据库系统，用来收集、储存、组织、管理抗体、细胞等生物样品的信息。演示版可处理15个数据。原始网站。
GRR 1.2.1.41	1M，是一个基于Windows的检测系谱误差(pedigree errors)的应用软件，通过用图形化表示家族成员间或任何研究个体之间标记等位基因的区别。原始网站。
AceDB 4.9u	14.2M，是一个基因组数据库系统，它提供了自定义数据库内核，设计了非标准数据模型，特别用来处理科学数据，尤其是基因组数据，目前在基因组项目管理领域有广泛应用。原始网站。
统计基因学软件MAPL98、DIAL98与GEST98	分别为6.4M、5M、5.7M，日本学者编制的统计基因学（Statistical Genetics ）软件，均为04年3月15日更新，依次为：连接、作图和QTL分析软件；全与半双列杂交表分析软件；群组和亲本与地点的交互作用分析。（也不知翻译的对不对，到原始网站看看吧）。原始网站。
PED 4.2	2.8M，Pedigree Drawing Software的缩写，系谱(Pedigree)绘制软件60 天评估版，不能存盘与打印，英文使用手册，530K。原始网站。
PEDRAW 2.0	730K，免费的系谱(Pedigree)绘制软件。原始网站。
MassXpert	305K。是一个用来帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件。所需的基本数据文件，20K，氨基酸三字母缩写Windows字体，6K。原始网站。
WinMDI ver 2.9	1.4M，分析流式细胞仪数据文件的免费软件，很好用，安装版为msi格式，需要msiistaller安装程序，1.4M（Windows2000不需要安装）。一般商用的分析软件的功能，基本上都有，完全可以满足实验研究需要和发表论文之用。网站上没有更新，显示仍为2.8版。帮助文件，160K。程序同时安装显示FCS（Flow Cytometry Standard）文件的软件FCSRead32，也可单独下载，310K。原始网站。
TestDNA	300K。是一个根据已知成份值生成细胞周期FCS文件的工具软件。使用批处理模式，可以很方便地生成上千个直方图文件。原始网站。
Cylchred 1.0.2	240K。细胞周期分析（CELL CYCLE ANALYSIS）软件，与WinMDI配合使用，分析其输出的FCS格式文件。原始网站。
JDesigner 1.9g	3.4M，包括源代码，一个简单的生物化学代谢图绘制软件。使用说明，370K。原始网站。
生物五笔 2002f	530K，生物医学专业的首选输入法，收录大量中西医、生物学词汇，对原五笔词频进行优化调整，由于作者专业即是医学生物学，因而选词十分专业，克服词汇选择大众化的毛病。而且具有最先进的医学生物学词汇。原始网站。
MapDraw 2.1	2M，遗传连锁图绘制软件，是一个excel插件，利用常用的遗传连锁数据分析软件MapMaker 3.0，实现了绘制遗传连锁图功能。下载的压缩包中包括MapMaker 3.0 和 MapDraw 2.1。作者文章。
E-Cell 3.1.102	60M，用于对生物细胞等大型复杂系统进行建模，模拟和分析软件。使用手册，700K，PDF格式。原始网站。
生物医学计算器(BioMedCalc)版本2.4	1.15M。用于生物学和医学计算的生物信息学软件。能够进行总和、均数和标准差、t检验、卡方检验、直线相关与回归和Spearman检验等生物医学常用的统计分析。含有PCR计算器、寡核苷酸计算器、离心计算器、溶液配制计算器、外汇计算器和定时器等功能。图形化界面直观友好，使用简便。适合对病例检测结果的统计分析和辅助细胞和分子生物学实验。尤其适用于病理研究。BioMedCalc v2.4是免费软件。作者Email: [email protected]。苏州大学chenjun先生提供汉化版。

RNA分析类
RNA draw	283k,RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件,对RNA一级序列进行二级结构分析作图,最有意思的是大部分功能集中在鼠标右键。RNA draw汉化版 336 K。由hoyoyo的生化软件下载专区提供。
RNAstructure 3.2	2.06兆 输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，非常出色的一个程序。这是99年新版。RNAstructure 3.2 中文帮助文件。 4K。
Tcl 8.0 RnaViz 1.0	2.6兆 与 820 K。 界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。先安装Tcl 8.0，再安装RnaViz 1.0。原始网址

蛋白质分析类
Anthe4_3c.exe	1.9兆 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3c包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。强烈推荐,所有研究蛋白的人员均应使用。功能虽多，帮助文件极为简单，我将尽快编制中文的简单使用介绍，请耐心等待。 分析蛋白序列所需要的Prosite蛋白数据库 1.4兆 与Swiss-Prot蛋白数据库28.7 兆，下载后，将解压后的数据放置在ANTHEPROT 4.3同一个目录，便可在本地使用程序的检索功能，不需联网查询。 中文使用介绍 122K,希望对大家的使用有所帮助。
PSAAM	390 K, 蛋白质序列分析软件包。 原始网址。

PCR相关
primer Premier 5.0 DEMO	2.8M。序列分析与引物设计，非常棒的一个软件。多媒体英文演示程序，6.6M、使用手册，417K。中文使用说明书，460K，PDF格式。原始网站。正式版885美元。
Oligo 6.65 Demo	2.7M，引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。原始网站。正式版960美元。
Primer D'Signer 1.1	600K，免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。原始网站。
Array Designer 2.03 Demo	13.4 MB，DNA微阵列（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。演示程序，8.6M，使用手册，370K，中文使用手册，320K。原始网站。正式版4885美元。
Beacon Designer 2.12 Demo	16 MB，实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件，演示程序，8.9M，使用手册，480K，原始网站。正式版1885美元。
NetPrimer	120K，JAVA语言写成的免费引物设计软件，用IE打开运行，需要安装JAVA Runtime Environment 1.4，11.7M。下载后，可在本地运行，不需要再到原始网站运行了。原始网站。
PC-Rare	900K。是一款基于OFD(Octamer Frequency Disparity)法的选择特定PCR引物的免费软件。出自以色列魏茨曼研究所，中文使用手册，PDF格式，400K。程序所需的数据库，940K。原始网站。
DNAWorks 1.1	320K。是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息，比如，目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助，用两步PCR法，可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。
TGGE-STAR	300K，DOS软件，PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。PCR结合温度梯度凝胶电泳（TGGE）或变性梯度凝胶电泳（DGGE）是一个快速且敏感的对点突变的筛选方法。电脑辅助设计DGGE的PCR引物和选择合适的梯度是保证筛选成功的重要因素。原始网站。

序列分析类
vised11.exe	243k。Visual Sequence Editor 1.1 序列输入分析和格式转换软件。简单功能说明。由hoyoyo的生化软件下载专区提供。
MACAW 2.05	209K 多序列构建与分析软件MACAW 2.05。通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列与DNA序列数据，但是，在如此多的数据中，了解其相互关系，查找有用的片段是一个非常困难的工作。这样一些片段常常显示类似的分子结构与生物特性。用人工的方法是不可能完成如此大量的比较工作的。运用统计学方法，利用一定的运算规则，使用计算机来查找这些片段是唯一的方法。MACAW 2.05正是这样的一个程序。MACAW-hp.zip MACAW 2.05的中文使用说明。
Clustal W 1.8	530K 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W很适合这些方面的要求。Clustal W的WINDOWS平台窗口式用户界面程序，Clustal X 1.8, 440K。 原始网站，有一个在线使用手册，在使用过程中有什么问题，可以在此获得帮助。
ForCon 1.0	1 兆。 蛋白质与核酸序列格式并无统一标准，不同的数据库与不同的程序定义了不同的格式文件，可以说是千变万化，令人头痛。因此，序列格式转换程序悄然出现，ForCon 1.0便是一个出色代表。它是一个核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常见的多序列格式文件。ForCon 1.0支持连续序列形式与隔行序列形式，也可互相转换。原始网站。中文使用说明，506K，WORD97格式。
SeqVerter 1.4	592 K。 SeqVerter是又一个序列格式转换软件，它可以同时打开多个序列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入一个多序列文件以及将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。原始网站。中文使用说明，35K，WORD97格式。
FASTA 3.2t05	990 K。 在Internet上有许多的在线FASTA查找服务，查找某数据库中的同源序列。也可下载后离线使用。将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列并输出。
GeneDoc	866 K。 GeneDoc帮助研究人员进行多序列比较，并可以以各种方式标记序列，生成发表质量的输出报告。GeneDoc还能进行相关的分析，让你对研究的序列了解更多。原始网站，最近两天连不上，要有耐心。
BLAST 2.0	2.9兆。 在一个庞大的数据库中查找某一个序列的类似序列，没有BLAST的帮助可以说无法想象。目前在Internet网上有许多在线的Blast查找程序，专门用于查找各大数据库中与用户提交的序列类似的序列。分成五个不同的程序，分别为：blastp(提交蛋白质序列，在蛋白质序列数据库中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白质序列数据库中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白质序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)。通常通过在线方式或Email方式提交查询序列，得到查询结果。如果需要在本地使用的话，可以下载BLAST程序与相应数据库，便能在本地使用了。DNA TOOL可以调用此软件，参见DNA分析类。原始网站。
FASTA/BLAST SCAN 3.5	198 K。FASTA/BLAST SCAN是一个补充程序，用来对FASTA与BLAST查询输出的文件进行处理，并以Pearson 格式输出序列文件，便于使用其它分析软件分析检索出的序列。是一个很好的小帮手。
SeqPup 0.8	2.6兆。SeqPup是生物分子序列编辑与分析软件。功能包括多序列比较、单序列编辑、各种序列格式文件读取与将序列输入到不同的序列格式文件、序列整理打印（可加框与阴影，加标记等）、序列编辑、互补序列、DNA翻译到蛋白质序列或蛋白质序列翻译到DNA。它还可以外挂其他分析软件，例如ClustalW等，可自己定义外观应用软件。目前的版本用Java语言写成，需要Java运行环境，在此下载JAVA运行环境。原始网站。
K-Estimator 5.1	3.34 兆。当对两个核酸序列进行队列比较时，K-Estimator用来评估两者核苷酸替代数（趋异性），包括蛋白编码区与非蛋白编码区。使用Monte Carlo模拟估算可信区间。在分子进化研究中，评估两条核酸序列的被替换核苷酸数量是一个中心课题。精确量化这些数据将直接影响广泛应用于进化基因学的许多实验的可靠性。对蛋白编码区，分为两种情况，一种是核苷酸替换不造成氨基酸改变，称为同义替代（synonymous)，另一种情况为核苷酸替换造成氨基酸改变，称为非同义替代（nonsynonymous)，必须分别评估这种核苷酸替代数量。每个位点同义替代数量用Ks表示，非同义替代数量用Ka表示。对非蛋白编码区，总替代数为K。K-Estimator 便是用来计算K.Ka,Ks及可信区间的应用软件。原始网站。
BioEdit 4.7	8 兆。BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等等等。总之，功能强大，人人需要。英文使用手册 900 K。原始网站。
Sequin 2.8	2.8兆。Sequin是一个独立的程序，由NCBI（美国国家生物情报中心）开发，用来向三大核酸数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询序列数据。非常重要的一个工具软件。 原始网站。
LaserGene99 DEMO	12 兆。核弹级综合性序列工具软件，功能很广，名气很大。囊括分子生物学领域大多数内容。10天全功能演示版，超期后更改日期也没用，只能卸载后重新安装。强烈推荐。英文使用手册，PDF格式。使用ADOBE Acrobat reader 3.0阅读。破解文件，3.3 M, 解压后覆盖原有的同名EXE文件即可。注意先将原有EXE文件去除只读属性。原始网址。
DAMBE 3.0	5 兆。DAMBE 3.0 是香港大学的 Xia Xuhua编制的综合性序列工具软件，功能很广，包括格式转换、统计，处理、分析、绘图,处理各种序列数据。原始网址。
SeaView	294 K。图形化多序列队列编辑器,能够读各种队列格式(MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE),可手动编辑队列。原始网址。
Jalview1.7b	336K。Jalview为用Java语言写的多序列队列编辑器，需要Java运行环境，在此下载JAVA运行环境。原始网址。

DNA分析类
DNAuser 1.0	1.6M,一个简单的多功能DNA序列分析软件。由DNAClub更新而来。该软件的开发者为陈雄风研究员，是浙大的客座研究员。原始网站。
jambw 1.1	1.9兆。 Java语言是一个跨操作平台的语言，用该语言编写的软件，可以跨操作平台使用，只要这个系统有支持Java语言的环境即可。在Windows环境下，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，所以用 Java语言编写的分子生物学软件JaMBW便是在浏览器下工作的。JaMBW是一个分子生物学软件包，功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、 多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、PCR引物设计、缓冲液设计等功能，包含了分子生物学研究常用的一些操作。JaMBW是一个非常出色的工具软件。原始网址。
DNA Tool 6.0.122	6.5兆。 DNATool是一个功能很全面的DNA序列分析工具包，共享软件，免费注册。它包括的功能有：序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数据库进行查找、多序列比较、序列翻译、蛋白序列分析、引物设计与分析、基因表达序列分析（SAGE）功能等，还包括DNA分析常用到的一些功能，如碱基百分组成、分子量计算等，可以说包括了大多数DNA分析的内容，是一个不可多得的好工具。原始网址。
pDRAW32 1.1.60	2.6M，是又一个非常方便的质粒绘制工具与DNA分析工具。它包括DNA序列输入与分析、限制酶消化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能。作者将许多选择设计成选项，只须你选择即可，使用非常方便。软件需要的限制酶数据库， 6 K。原始网站
AnnHyb v.4 b22	1.1M。DNA工具软件，对短DNA序列，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计算、分子量计算、摩尔消光系数计算等功能。增加了许多功能，包括序列检索、注释、编辑，格式转换，限制酶分析、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列分析、探针分析等等，是一个有用而方便的小工具。原始网站。
ABIView 1.0	250 K。可打开ABI格式序列文件，查看与编辑。Windows3.1与Windows95,98平台使用。完全免费。原始网站。
Chromas 2.23 Chromas 1.45	240K和46K。另一个可打开ABI格式序列文件，查看与编辑的Windows95软件。原始网站有Windows3.1版本。 共享软件，可免费使用60天,1.45版本为免费版。原始网址。注册费75澳元，相当于45-50美元。
DNAssist 2.0	10.7M。非常好用而且有名的DNA分析共享软件，含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用90天。90天后仍然能够全功能使用，只是启动延时。原始网站。注册费200美元。
DNAProbe	116K。为了确定蛋白家族新成员的基因序列，常常需要根据蛋白序列对比设计核苷酸序列。 DNAPROBE便是用来帮助在这种情况下进行核苷酸序列设计。原始网站。
DnaSP 3.51 3.53升级版	分别为3.2M和870K，基因多态性分析软件，输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析。原始网站。
DFW 2.21	780K。DNA for Windows的缩写，是一个易于使用的DNA分析软件，主要用于小规模序列分析，例如用来编辑与显示ABI仪器获得的色谱文件。程序具有DNA翻译与限制酶分析功能，并可以利用外部程序CLUSTALW 进行序列比对。原始网站。注册费50英镑。
Artemis R5	800K。Artemis是a DNA sequence viewer and annotation tool的缩写，为一个免费的DNA序列查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性。以Java写成，需要安装JRE1.2后(5.1M)，直接双击便可执行。程序读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列，为英国桑格中心推出。使用手册，260K。原始网站。
ACT R2	1M，是Artemis Comparison Tool的缩写，DNA序列比较查看器，基于Artemis程序写成，也是以Java语言推出，需要安装JRE1.2后(5.1M)，直接双击便可执行。。主要用来读取与显示blastx与tblastx的比较结果，也可以读取与图形化查看EMBL与GENBANK数据库的条目，同样为英国桑格中心推出。使用手册，260K。原始网站。
GDA 1.1	750K。GDA为(Genetic Data Analysis)的缩写，主要用来进行不连续基因数据的统计分析，输入文件格式为NEXUS ，BIOSYS ,Weir与GeneStrut 。原始网站。
RDP 1.09	3.5M，recombination detecting program的缩写。在病毒的进化中，基因组的重组被认为是一个主要作用。该软件从一组比对的核酸序列中查找可能的重组序列。输入的比对核酸序列文件格式支持FASTA, GCG, NEXUS, CLUSTAL or DNAMAN 等格式。解压后有一个详细的Word格式的帮助文件。原始网站。
Sequencher 4.1.4 Demo	9.7M。序列拼接软件，还具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。原始网站。价格单机版3350美元。
MeltCalc 免费简易版 MeltCalc 2.06天限时专业版	分别为255K与811K。 自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。基于热力学计算，根据输入的核酸序列，自动计算热力学数据，融合温度（Tm)，设计杂交探针。软件不支持引物设计，所以可与Prime3（引物设计）联合使用。使用手册，366K，PDF格式。原始网站。
基因探索者 1.0 Demo	3.75 MB，我国自行开发的第一个中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件（作者原话）拥有功能：DNA序列的常规分析统计; 定位ORF与外显子;Motif 搜索;蛋白翻译;Oligo分析;引物设计;电子酶切和载体构建;同源序列对排;序列拼接以及相关的数据库系统等。演示版拥有部分功能，包括互补链, 阅读框定位, DNA翻译,质粒绘图等等。大家如果用得觉得好，就向作者联系购买吧，毕竟还是中文界面让人感到亲切。这是我见到的第一个国产较成熟的windows下的生物软件。原始网站。
ConsInspector 3.3	3.3M。DNA蛋白结合位点预测识别软件。软件包括1996年8月的共有序列库（consensus library）。通过比较预先设定的共有序列库来识别预测共有序列。原始网站。
MatInd 2.2与MatInspector 2.2	3.3M。也是两个快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具。内含TRANSFAC 4.0库。 原始网站。
GBuilder 1.23	2.3M。是JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列（例如来自高通量基因测序与已表达序列标志（ETS）数据库的序列数据）的软件，GBuilder使用CORBA链接到位于EBI的数据库服务器。使用此程序，需要安装java运行环境。英文使用手册，230K，PDF格式。原始网站。
GenomePixelizer 2002.2.15版	2.45M，是用来帮助理解基因组中的簇基因（clustering gene）之间的相互关系的软件。特别是检测基因组中的重复事件（duplicating events），追踪进化的“足迹”以及显示遗传图等。程序需先安装TCL/TK后（分别为2.5M与1.1M），才能执行。 原始网站。
LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41	11.8M，是一个图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。使用教程，577K。FLASH动画使用教程，3.7M。谢谢Halen（[email protected])辛苦的翻译工作，中文帮助文件，500K，PDF格式。原始网站。
Gene Construction Kit 2.5 Demo	4.6M，与大多数分析的软件不同，它管理并显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没序列均可）。建议所有分子生物实验人员和克隆策略人员备用，Demo版有不能打印输出保存等等限制。软件所需的酶数据库，解压至GCK Data目录，250K。使用手册，1.5M，PDF格式。 原始网站。
Genalysis 2.1.2 评估版	2.3M，比较基因组或大量基因序列的工具软件，可发现精确匹配序列片段，还能使用各种基于因特网的工具进行分析。该软件对通过比较一个相类似的基因组序列，发现新基因组序列中的基因特别有用。很遗憾，评估版功能有所限制。原始网站。
GenescanView4 GenescanView8	均为91K，查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件并计算峰大小的小软件,意大利University of Padova提供，两个软件均可使用，可能稍有不同。原始网站。
WinGene 2.31	1.4M，分析核酸序列的多用工具软件。拥有一些常用的核酸序列分析功能。原始网站。
Sequin 4.55	3.6兆。Sequin是一个独立的程序，由NCBI（美国国家生物情报中心）开发，用来向三大核酸数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询与提交序列数据。非常重要的一个工具软件。英文使用手册，HTML格式。 原始网站。
Pyxis 1.0	12M,是一个分析一组功能相关的基因形成的基因簇是否具有统计学意义的软件。目前只能用Saccharomyces cerevisiae 基因组数据进行统计分析。原始网站。