一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（1）

这是一篇发表在4分左右sci的环状RNA文章

摘要

• 摘要背景：环状rna（circRNAs）在人类肿瘤研究中越来越受到重视。然而，仍有大量未知的环状rna需要被研究。本研究旨在探索新的环状rna及其在肝细胞癌（HCC）中的作用机制。
• 方法：采用大数据挖掘、逆转录-定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和计算生物学相结合的方法，对肝癌相关基因进行研究，探讨其可能的作用机制。采用CMap分析，探讨肝癌的潜在治疗药物。
• 结果：采用RobustRankAggreg方法，从GSE78520、GSE94508和GSE97332三个基因表达全微阵列数据中获得6个不同表达的CircRNA。在RT-qPCR确证后，选择了三种环状rna（hsa-u-circRNA-u102166、hsa-u-circRNA-u100291和hsa-u-circRNA-u104515）进行进一步分析。预测了三种circRNAs的miRNA反应元件。共鉴定出5钟circRNA-miRNA相互作用，包括2种circRNA（hsa-circRNA-u104515和hsa-circRNA-u100291）和5种miRNA（hsa-miR-1303、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-877-5p、hsa-miR-583和hsa-miR-1276）。收集上述5个miRNAs的1424个靶基因和3278个不同表达基因（DEGs）。通过miRNA靶基因与DEGs的交叉，我们获得了172个重叠基因。建立了一个基于172个基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络，其中7个hub基因（JUN、MYCN、AR、ESR1、FOXO1、IGF1和CD34）由该网络确定。富集分析显示，这7个hub基因与一些与癌症相关的生物学功能和途径有关。此外，通过CMap分析，基于7个hubgenes的3种生物活性化学物质（德西他滨、BW-B70C和吉非替尼）被确定为肝癌的治疗选择。
• 结论：本研究从circRNA-miRNA-mRNA网络的角度为肝癌的发病机制和治疗提供了新的思路。

研究背景

1976年首次发现的具有完全闭环结构的RNA。然而，由于传统RNA检测方法的局限性，这些没有poly-A尾巴的转录本长期被忽视。近年来，随着高通量测序技术的发展，在真核转录组中发现了大量的circRNAs。circRNAs具有细胞类型特异性和跨物种高度保守的特点，被认为是在多种疾病中起重要作用的新的星形rna，包括人类癌症。

竞争性内源性rna（ceRNAs）是作为miRNA海绵的转录物，通过与其他miRNA的竞争性结合在转录后水平上相互调节。近年来，由于circRNAs具有丰富的保守miRNA反应元件（MREs），已成为ceRNA家族研究的新热点。越来越多的研究表明，ceRNA机制参与了肿瘤的发生和发展。例如，经典的cirRNA，ciRs7，被认为吸收miR-7并释放miR-7对许多人类癌症靶基因的抑制作用。CircRNAs作为ceRNAs介导的病理过程在HCC中也有报道。

本研究采用基因芯片与计算生物学相结合的策略，探讨肝癌细胞中的新结构及其可能的作用机制。流程图概述了目前的工作，如图1所示：首先，我们从基因表达总集（GEO）收集了提供circRNAs表达谱的微阵列数据集，用RobustRankAggreg法获得不同表达的circRNAs（DECs），并用逆转录定量聚合酶链反应（RT qPCR）证实其表达。为了研究DECs在HCC中是否作为cerna发挥作用，我们收集了它们的海绵miRNA和miRNA靶基因，构建了一个circRNA-miRNA-mRNA网络。随后建立了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并鉴定了hubgenes。然后，通过基因肿瘤学（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和hubgenes的反应性富集分析，阐明HCC的潜在发病机制。此外，我们还进行了连接性图谱（CMap）分析，以获得治疗肝癌的生物活性化合物，这为进一步研究circRNAs在肝癌中的潜在治疗能力提供了新的视角。