以下是解释(转载他人):

名词解释

覆盖网络： overlay networks,运行在一个网上的网（应用层网络），并不依靠ip地址来传递消息，而是采用一种映射机制，把ip地址和identifiers做映射来资源定位。

原理

每个主机配置一个ip段和子网个数。例如，可以配置一个覆盖网络使用 10.100.0.0/16段，每个主机/24个子网。因此主机a可以接受10.100.5.0/24，主机B可以接受10.100.18.0/24的 包。flannel使用etcd来维护分配的子网到实际的ip地址之间的映射。对于数据路径，flannel 使用udp来封装ip数据报，转发到远程主机。选择UDP作为转发协议是因为他能穿透防火墙。例如，AWS Classic无法转发IPoIP or GRE 网络包，是因为它的安全组仅仅支持TCP/UDP/ICMP。
下图解释了数据报通过覆盖网络转发的路线：

技术细节

flannel 使用etcd存储配置数据和子网分配信息。flannel 启动之后，后台进程首先检索配置和正在使用的子网列表，然后选择一个可用的子网，然后尝试去注册它。

etcd也存储这个每个主机对应的ip。flannel 使用etcd的watch机制监视/coreos.com/network/subnets下面所有元素的变化信息，并且根据他来维护一个路由表。为了提高性能，flannel优化了Universal TAP/TUN设备，对TUN和UDP之间的ip分片做了代理。


部署：

环境说明：

一共2台主机，etcd服务放到第一台服务器。 ----首先先关闭docker服务

(1)下载文件

host1：

curl -L  https://github.com/coreos/etcd/releases/download/v2.0.9/etcd-v2.0.9-linux-amd64.tar.gz -o etcd-v2.0.9-linux-amd64.tar.gz
git clone 
apt-get install linux-libc-dev
cd flannel; ./build

host2:

git clone 
apt-get install linux-libc-dev
cd flannel; ./build

(2)配置

host1:

tar -zxvf etcd-v2.0.9-linux-amd64.tar.gz
cd etcd-v2.0.9-linux-amd64/
./etcd --listen-client-urls=http://0.0.0.0:4001 --listen-peer-urls=http://0.0.0.0:7001 &
./etcdctl mk /coreos.com/network/config '{"Network":"192.168.0.0/16"}'

(3)启动flannel

host1:

ip link set dev docker0 down 
brctl delbr docker0
cd flannel/bin/
./flanneld -iface=eth0 &
source /run/flannel/subnet.env
docker -d --bip=${FLANNEL_SUBNET} --mtu=${FLANNEL_MTU} &

host2:

ip link set dev docker0 down 
brctl delbr docker0
cd flannel/bin/
./flanneld -etcd-endpoints=http://host1_ip:4001 -iface=eth0 &
source /run/flannel/subnet.env
docker -d --bip=${FLANNEL_SUBNET} --mtu=${FLANNEL_MTU} &

(4)测试，host1,host2各自启动一个docker，测试连通性

 host1:

docker run -t -i --name=peer ubuntu:12.04
root@1b8d4381a351:/# ifconfig eth0
eth0      Link encap:Ethernet  HWaddr 02:42:0a:00:1b:05  
          inet addr:192.168.16.3  Bcast:0.0.0.0  Mask:255.255.255.0
          inet6 addr: fe80::42:aff:fe00:1b05/64 Scope:Link
          UP BROADCAST RUNNING  MTU:1472  Metric:1
          RX packets:21 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:16 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:0 
          RX bytes:1618 (1.6 KB)  TX bytes:1096 (1.0 KB)

 host2:

docker run -t -i --name=peer ubuntu:12.04
root@2413381a351:/# ifconfig eth0
eth0      Link encap:Ethernet  HWaddr 02:42:0a:00:1b:05  
          inet addr:192.168.33.3  Bcast:0.0.0.0  Mask:255.255.255.0
          inet6 addr: fe80::42:aff:fe00:1b05/64 Scope:Link
          UP BROADCAST RUNNING  MTU:1472  Metric:1
          RX packets:21 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:16 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:0 
          RX bytes:1618 (1.6 KB)  TX bytes:1096 (1.0 KB)


root@1b8d4381a351:/# ping 192.168.33.3
PING 192.168.33.3 (192.168.33.3) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 192.168.33.3: icmp_seq=1 ttl=64 time=0.100 ms
64 bytes from 192.168.33.3: icmp_seq=2 ttl=64 time=0.092 ms
64 bytes from 192.168.33.3: icmp_seq=3 ttl=64 time=0.143 ms


这样跨主机容器间网络就能通啦